genome.fa.s9609.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009609.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116995_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1078827

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 509 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038--2072	12	2.8	12	86	4	52	77	0	0	22	0.78
2601--2651	21	2.4	21	80	0	66	27	17	23	31	1.97
8788--8857	35	2.0	36	82	2	88	38	14	17	30	1.89
12274--12361	41	2.2	40	89	6	133	36	9	12	42	1.75
12345--12401	27	2.1	27	83	3	71	40	12	15	31	1.85
12319--12404	24	3.5	23	75	17	75	37	13	16	32	1.88
16898--16974	39	2.0	39	84	0	100	32	23	20	23	1.98
17084--17146	33	1.9	33	96	0	117	15	15	41	26	1.88
20654--20697	23	2.0	23	82	13	56	34	9	52	4	1.54
20824--20875	24	2.3	23	80	16	63	55	1	3	38	1.29
30533--30600	35	1.9	35	87	0	100	42	19	20	17	1.89
42242--42535	146	2.0	146	99	0	579	29	14	11	43	1.82
43660--43704	21	2.2	21	92	4	74	35	11	11	42	1.76
44876--44918	22	2.0	22	85	0	59	41	0	4	53	1.21
45704--45731	11	2.5	11	100	0	56	21	0	0	78	0.75
47748--47904	60	2.6	60	88	2	217	37	5	8	47	1.59
61039--61163	36	3.5	35	91	4	196	21	24	24	29	1.99
64321--64345	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
71802--71951	31	4.8	31	78	1	131	46	5	4	44	1.45
71798--71951	62	2.5	61	81	4	182	46	5	4	44	1.46
89995--90043	5	9.8	5	78	8	55	57	0	2	40	1.10
97029--97090	30	2.0	31	90	3	99	33	22	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98603--98669	27	2.5	27	95	0	116	32	17	11	37	1.87
98603--98687	27	3.3	25	87	9	95	30	17	12	38	1.88
98678--98707	15	2.0	15	93	0	51	26	20	23	30	1.98
104840--104880	19	2.2	19	95	0	73	36	17	9	36	1.82
105966--105999	3	11.7	3	93	6	61	70	0	29	0	0.87
123218--123271	24	2.2	24	96	0	99	25	22	22	29	1.99
124435--124567	65	2.0	67	97	2	252	45	18	19	16	1.86
126304--126341	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
126950--127100	32	4.7	32	90	1	205	19	25	27	27	1.99
128662--128797	69	2.0	68	92	1	227	41	2	16	38	1.63
141350--141399	25	2.0	25	100	0	100	32	24	0	44	1.54
141663--141696	17	2.0	17	88	0	50	52	32	0	14	1.42
143665--143704	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
143685--143747	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
147556--147595	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
153891--153938	21	2.3	21	89	7	71	29	14	12	43	1.82
155212--155249	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
160506--160554	25	2.0	23	84	7	62	38	0	0	61	0.96
160506--160566	22	2.6	24	80	10	65	42	0	0	57	0.98
160724--160751	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
160716--160758	16	2.8	16	79	6	54	53	0	0	46	1.00
161065--161097	14	2.4	14	94	0	57	51	6	3	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175968--176109	64	2.2	63	79	11	148	34	23	18	23	1.96
176748--176792	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
184938--185008	35	2.0	35	100	0	142	36	14	11	38	1.81
197160--197218	20	3.0	20	97	0	109	37	16	0	45	1.48
198369--198398	14	2.1	14	93	0	51	30	3	0	66	1.07
198644--198707	21	3.0	21	93	0	101	29	26	20	23	1.99
198948--199089	42	3.4	42	93	0	248	35	23	21	20	1.96
198948--199141	42	4.6	41	87	5	223	35	23	21	20	1.96
198951--199109	84	1.9	83	89	5	248	35	25	20	19	1.96
198948--199150	21	9.7	21	76	15	188	34	24	21	20	1.97
206747--206777	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
208648--208677	5	5.8	5	96	4	51	80	0	3	16	0.85
210002--210051	19	2.8	18	76	8	57	72	2	6	20	1.16
210007--210058	19	2.7	20	80	14	56	73	0	5	21	1.04
210030--210072	18	2.3	18	84	4	50	74	2	2	20	1.04
210154--210221	33	2.1	32	84	10	86	45	5	4	44	1.48
210181--210382	35	5.5	37	70	16	111	41	6	4	47	1.51
210155--210354	107	1.9	108	83	9	266	41	6	5	47	1.53
210262--210382	39	3.2	36	76	14	104	42	6	4	46	1.51
211070--211347	80	3.4	80	90	2	394	24	20	26	27	1.99
211360--211947	94	6.3	94	96	0	1061	22	19	24	33	1.97
217626--217660	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223030--223064	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
227623--227666	19	2.4	19	85	7	56	68	0	11	20	1.20
227627--227682	19	3.0	18	80	17	53	71	0	7	21	1.09
227656--227685	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
227798--227997	35	5.5	37	70	17	118	42	7	4	47	1.49
227753--227964	33	5.9	37	72	16	112	42	7	4	45	1.52
227691--227931	71	3.5	70	74	13	194	43	7	3	45	1.49
227881--227997	38	3.2	35	80	14	103	42	6	5	45	1.53
227902--227974	37	1.9	37	86	10	103	42	5	6	45	1.54
231379--231450	22	3.4	22	84	7	96	26	16	34	22	1.95
241165--241194	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
246964--247024	30	2.0	30	100	0	122	29	13	26	31	1.93
248244--248734	8	61.4	8	90	0	235	34	25	15	25	1.95
248244--248734	12	40.9	12	69	0	235	34	25	15	25	1.95
248247--248453	20	10.4	20	88	0	234	39	24	10	25	1.87
248279--248733	40	11.5	40	87	1	423	33	25	16	24	1.95
248279--248733	16	28.7	16	88	1	396	33	25	16	24	1.95
252729--252769	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
255382--255517	3	43.0	3	74	10	83	37	2	5	55	1.35
255386--255517	16	8.7	15	74	13	76	37	2	5	54	1.36
255402--255453	22	2.3	22	90	3	77	42	0	3	53	1.19
255403--255503	22	5.0	21	71	23	65	37	0	5	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255382--255516	19	6.9	19	73	15	96	37	2	5	54	1.35
256891--257028	64	2.2	64	82	8	158	34	15	23	26	1.95
257017--257074	20	2.6	22	84	10	66	31	22	20	25	1.98
258084--258118	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
259876--259950	38	1.9	39	86	2	107	29	8	33	29	1.86
260367--260404	15	2.5	15	95	0	67	23	23	44	7	1.79
275639--275669	14	2.2	14	94	0	53	22	38	29	9	1.86
275664--275729	10	6.6	10	78	13	73	30	31	27	10	1.90
275658--275729	20	3.6	20	94	0	117	29	30	29	11	1.91
275726--275797	33	2.2	33	90	5	110	25	26	38	9	1.86
275929--276014	29	3.0	29	86	3	129	22	31	33	12	1.91
278136--278180	20	2.2	20	96	0	81	35	13	24	26	1.92
283286--283320	7	5.0	7	85	0	52	14	8	20	57	1.63
283285--283320	14	2.6	14	100	0	72	13	8	22	55	1.65
297632--297762	27	4.9	27	89	0	127	16	18	40	24	1.91
297651--297762	54	2.1	54	96	0	206	16	19	39	25	1.91
300968--301466	250	2.0	249	88	2	743	37	26	12	23	1.90
302117--302154	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
310564--310610	22	2.1	22	84	0	58	57	2	2	38	1.23
311545--311571	6	4.5	6	100	0	54	0	33	14	51	1.43
312032--312131	3	33.7	3	87	2	148	64	0	1	35	1.01
312286--312932	118	5.5	118	95	2	1119	28	20	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313655--313746	48	1.9	48	100	0	184	42	22	15	19	1.89
314879--314960	24	3.6	23	73	17	82	2	19	0	78	0.87
314879--314954	5	15.6	5	74	20	63	2	18	0	78	0.86
314879--314953	20	3.9	19	83	10	73	2	18	0	78	0.86
326265--326313	22	2.1	22	81	7	53	57	2	2	38	1.22
327250--327276	6	4.5	6	100	0	54	0	33	14	51	1.43
327740--327848	3	36.7	3	90	1	175	66	0	0	32	0.98
330560--330608	24	2.0	24	88	0	71	46	0	0	53	1.00
330567--330631	24	2.7	24	85	7	78	47	1	0	50	1.10
330817--330864	23	2.1	23	84	7	62	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5