genome.fa.s9609.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009609.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116995_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1078827

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805571--805639	34	2.0	34	94	0	120	47	4	13	34	1.62
805332--806050	242	3.0	239	94	1	1276	35	12	16	34	1.87
805813--805881	34	2.0	34	97	0	129	46	4	14	34	1.64
805332--806050	239	3.0	241	95	1	1284	35	12	16	34	1.87
805878--806252	192	1.9	193	86	4	524	32	15	16	36	1.89
807333--808121	394	2.0	395	99	0	1555	28	13	16	40	1.87
811259--811438	87	2.1	88	89	5	276	30	23	12	34	1.91
813213--813246	16	2.1	16	94	0	59	44	5	26	23	1.76
813748--813833	27	3.1	29	79	9	92	45	24	8	22	1.79
813849--813929	28	2.8	29	88	7	103	39	23	11	25	1.88
813830--813929	29	3.3	30	83	12	125	36	27	11	26	1.90
814687--815077	97	3.9	100	80	11	413	19	9	15	55	1.68
823699--823738	21	2.0	20	85	14	55	65	2	0	32	1.06
824210--824899	360	1.9	363	94	4	1205	36	11	14	37	1.83
828810--828869	31	1.9	32	82	3	77	48	25	10	16	1.77
835751--835821	35	2.0	35	86	5	99	12	30	4	52	1.58
855261--855306	22	2.1	21	84	11	58	60	2	4	32	1.28
855459--855580	49	2.5	49	79	2	122	16	31	30	22	1.96
855592--855714	49	2.5	51	89	7	191	25	25	22	26	2.00
861295--861505	107	1.9	109	92	2	354	46	8	7	36	1.63
865546--865590	22	2.0	23	86	4	65	51	0	2	46	1.13
868038--868319	20	14.4	20	87	6	398	32	26	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868993--869039	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
871530--871860	19	18.4	19	82	12	432	47	18	19	14	1.82
871558--871882	52	6.0	53	91	4	460	47	17	20	15	1.83
871889--871990	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
872096--872132	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
872127--872199	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
872113--872185	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
874050--874106	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
874031--874123	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
873994--874128	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
874124--874252	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
874124--874215	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
874296--874674	93	4.1	93	98	1	744	46	18	12	22	1.83
874296--874674	184	2.0	186	98	1	744	46	18	12	22	1.83
876376--876465	14	5.7	14	72	23	72	42	23	24	10	1.84
876368--876482	33	3.5	33	92	0	203	45	20	23	10	1.82
876371--876487	19	6.9	19	69	24	84	43	21	23	11	1.84
876499--876553	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
876674--876742	33	2.2	32	89	5	104	47	18	21	11	1.80
876923--876977	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
877123--877316	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
877123--877316	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877309--877385	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
877371--877422	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
878148--878183	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
878362--878512	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
878366--878492	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
878359--878491	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
880780--880804	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
880979--881032	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
882092--882149	20	2.9	20	92	0	89	39	22	20	17	1.92
882173--882226	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
882155--882225	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
882168--882245	33	2.4	33	91	0	120	12	23	21	42	1.87
884233--884299	19	3.5	19	81	4	80	37	23	22	16	1.94
884288--884345	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
884272--884350	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
884357--884452	19	5.7	16	71	22	65	11	18	22	46	1.81
884379--884436	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
884362--884452	32	2.8	33	93	3	157	10	17	23	48	1.79
884438--884480	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
884446--884491	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
884965--885009	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
886859--886911	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886922--887014	20	4.6	20	81	4	105	19	24	17	38	1.92
886915--887017	41	2.6	41	93	3	174	20	22	15	41	1.89
897627--897910	31	9.2	31	96	0	514	34	15	11	38	1.83
898309--898529	64	3.5	64	81	4	223	27	19	21	32	1.97
901357--901578	31	7.2	31	94	0	399	34	16	11	37	1.85
901490--901574	16	5.4	16	64	25	56	31	16	12	38	1.87
904246--904306	16	3.9	15	79	14	61	31	1	8	59	1.37
904255--904306	11	4.8	11	78	4	52	32	1	5	59	1.32
912626--912661	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
912679--912713	6	5.8	6	96	0	61	34	17	11	37	1.85
912874--912948	3	25.7	3	94	5	136	33	0	0	66	0.92
913423--913464	14	2.9	15	85	7	59	26	2	7	64	1.32
913830--914094	138	1.9	139	83	0	343	30	13	13	42	1.82
917307--917379	32	2.3	33	80	7	96	39	41	8	10	1.70
917438--917510	32	2.3	32	92	2	130	39	28	8	23	1.83
918784--918823	16	2.6	16	92	4	64	45	7	12	35	1.70
919823--919847	10	2.5	10	100	0	50	32	8	0	60	1.26
924739--924858	42	2.8	43	89	3	170	24	10	16	48	1.78
928763--928804	20	2.1	20	86	0	57	14	16	21	47	1.82
929325--929433	33	3.3	32	78	7	112	14	9	30	45	1.76
931486--931552	3	23.0	3	93	6	120	68	0	0	31	0.90
936430--936463	9	3.6	9	85	14	50	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936933--936967	6	5.8	6	100	0	70	17	48	34	0	1.47
938515--938568	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
939850--939888	17	2.4	17	87	12	55	33	5	12	48	1.63
942069--942105	13	2.8	13	100	0	74	43	0	24	32	1.55
957397--957505	21	5.0	21	75	10	110	51	18	6	23	1.69
957550--957581	15	2.1	15	100	0	64	40	18	6	34	1.76
957611--957901	40	7.1	41	74	8	173	35	16	16	31	1.91
957732--957901	81	2.1	81	80	2	180	37	18	14	30	1.91
957732--957901	41	4.2	40	75	9	139	37	18	14	30	1.91
961101--961292	96	2.0	96	100	0	384	37	19	7	35	1.80
965724--965758	16	2.2	16	100	0	70	45	14	34	5	1.68
970431--970603	90	1.9	89	88	1	256	36	8	6	47	1.60
974016--974041	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
982751--982783	16	2.1	16	100	0	66	30	27	6	36	1.81
984608--984667	24	2.5	24	97	0	111	13	30	3	53	1.56
986517--986567	24	2.1	24	85	0	66	15	17	50	15	1.78
986517--986579	24	2.6	24	82	5	65	15	14	52	17	1.75
988786--988815	15	2.0	15	93	0	51	3	50	0	46	1.18
993195--993291	51	1.9	51	89	0	149	45	32	0	21	1.52
993645--993723	25	3.1	25	72	16	90	20	0	35	44	1.52
998632--998803	84	2.0	84	95	0	308	40	12	5	41	1.66
1016724--1016841	60	2.0	60	89	0	182	33	9	41	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1021415--1021456	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1027527--1027586	20	2.8	21	85	7	68	21	36	25	16	1.94
1027548--1027591	20	2.2	20	84	4	54	20	36	31	11	1.88
1028361--1028402	21	2.0	21	90	0	66	21	35	28	14	1.92
1028361--1028421	20	3.0	20	82	2	68	21	32	27	18	1.96
1028414--1028469	15	3.5	15	71	21	51	19	35	25	19	1.95
1028387--1028471	33	2.5	35	90	5	138	21	31	25	21	1.98
1028379--1028454	19	4.2	18	70	23	61	21	34	26	18	1.96
1028583--1028624	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
1028887--1028956	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5