genome.fa.s9626.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009626.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117018_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  478969

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 251 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--256	3	87.3	3	82	14	322	67	0	32	0	0.94
345--388	3	14.3	3	95	4	79	31	0	0	68	0.90
332--396	9	7.0	9	81	18	64	33	0	0	66	0.92
3913--3985	33	2.2	33	100	0	146	27	9	27	35	1.88
7696--7747	4	14.0	4	84	15	76	50	26	0	23	1.50
7692--7747	18	3.1	18	94	0	94	50	26	0	23	1.50
7696--7755	22	2.8	22	94	2	104	50	25	1	23	1.59
8236--8333	36	2.8	36	82	3	128	34	18	12	34	1.88
8585--8831	29	8.6	28	74	14	175	27	10	14	47	1.77
8582--8697	54	2.1	54	80	10	128	28	8	14	48	1.73
8556--8890	147	2.3	147	95	1	604	26	11	15	46	1.79
8931--8998	27	2.5	28	85	9	95	33	7	14	44	1.73
8932--8988	27	2.1	27	93	0	96	31	7	15	45	1.73
8976--9104	37	3.6	37	68	16	110	32	11	11	44	1.77
8959--9181	67	3.3	66	84	7	274	31	12	12	43	1.79
8944--9193	67	3.8	66	83	6	246	31	11	12	44	1.79
9704--9942	40	5.6	40	68	17	115	25	32	17	24	1.97
9723--10035	133	2.3	134	90	1	495	25	30	17	26	1.97
10246--10283	3	12.3	3	94	5	67	31	0	0	68	0.90
10232--10295	19	3.5	19	81	12	64	32	0	3	64	1.10
10243--10291	25	2.0	25	91	0	80	30	0	4	65	1.11
13079--13196	32	3.7	32	88	4	159	41	2	9	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19487--19525	18	2.2	18	90	0	60	35	0	2	61	1.10
20931--20964	16	2.1	16	94	0	59	52	0	2	44	1.16
21006--21039	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
21489--21532	20	2.2	20	100	0	88	18	15	4	61	1.50
21559--21605	23	2.1	21	84	7	58	34	19	14	31	1.92
21532--21779	130	1.9	130	94	0	433	35	13	15	35	1.86
22176--22251	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
23832--23904	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
30424--30467	23	1.9	23	90	9	72	56	15	9	18	1.65
34947--35039	42	2.2	42	84	0	114	25	19	20	34	1.96
34947--35039	21	4.4	21	77	0	87	25	19	20	34	1.96
35409--35462	21	2.6	21	87	0	72	29	16	16	37	1.91
35409--35471	21	3.0	21	83	0	63	31	17	15	34	1.92
35781--35820	21	1.9	21	84	0	53	60	2	7	30	1.38
38112--38213	34	2.8	37	88	10	158	43	14	12	29	1.83
38109--38239	37	3.6	37	82	10	162	41	15	11	31	1.82
38605--38647	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
42321--42373	17	3.2	16	79	10	54	79	7	13	0	0.93
42344--42394	23	2.2	23	82	6	59	80	7	11	0	0.90
42326--42397	24	3.0	24	76	13	58	77	8	13	0	0.98
43056--43126	22	3.2	22	94	4	117	35	23	14	26	1.93
43540--43574	17	2.0	18	88	5	54	20	8	31	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45688--45717	15	2.0	15	93	0	51	10	20	63	6	1.47
47074--47115	20	2.1	20	82	8	50	30	14	4	50	1.63
49479--49571	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
49479--49571	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
49498--49632	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
49560--49674	20	5.7	20	82	6	115	31	26	18	24	1.97
49557--49688	41	3.2	41	78	6	151	34	25	16	23	1.95
49862--49905	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
50145--50207	20	3.2	20	84	6	76	14	19	23	42	1.87
51512--51556	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
52038--52104	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
52093--52150	14	3.9	14	75	16	62	50	25	15	8	1.73
52077--52167	32	2.8	33	91	3	157	48	23	17	10	1.79
52038--52172	19	7.6	18	71	19	79	43	23	20	12	1.86
52184--52241	14	3.9	14	75	16	62	8	15	25	50	1.73
52179--52257	32	2.4	33	93	2	133	10	17	24	48	1.78
52230--52296	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
52242--52296	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
54164--54199	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
54306--54359	14	3.5	14	75	22	54	46	20	22	11	1.82
54319--54364	14	2.8	17	75	25	53	45	19	21	13	1.84
54287--54364	33	2.4	33	91	0	120	41	20	24	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54383--54460	20	3.9	20	98	0	147	15	23	24	37	1.93
55517--55570	24	2.2	24	86	0	72	25	14	20	38	1.91
55745--55769	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
58059--58185	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
58060--58192	66	2.0	66	97	0	248	42	19	21	16	1.89
58368--58404	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
59760--59826	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
59760--59882	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
61891--62084	19	10.8	19	74	16	94	45	21	20	12	1.83
61940--61976	14	2.6	14	95	0	65	40	24	24	10	1.87
61916--62009	47	2.0	48	89	2	145	39	25	23	11	1.88
62000--62089	19	4.7	19	93	2	144	48	21	17	12	1.79
61953--62028	33	2.3	33	83	0	107	40	27	21	10	1.86
62000--62089	39	2.3	38	92	1	144	48	21	17	12	1.79
62664--62716	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
62725--62778	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
62665--62780	61	1.9	61	85	0	160	24	18	25	32	1.97
62767--62817	20	2.5	20	77	0	57	19	25	17	37	1.94
62848--62888	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
64393--64450	25	2.3	27	88	11	88	15	15	31	37	1.89
64577--64645	19	3.8	18	73	22	72	50	30	14	4	1.62
69030--69069	18	2.3	18	91	4	64	62	12	7	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69969--70033	3	22.0	3	96	3	123	33	0	0	66	0.92
72572--72611	16	2.5	16	83	0	53	52	17	17	12	1.74
72624--72657	16	2.2	15	89	5	50	52	17	11	17	1.73
72628--72670	16	2.7	16	85	0	59	48	25	16	9	1.75
72740--72773	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75832--75891	19	3.2	19	67	9	59	31	3	15	50	1.60
75832--75948	41	3.0	39	88	6	173	33	2	17	47	1.61
75931--75971	21	2.0	20	85	4	55	41	0	19	39	1.52
77459--77510	21	2.5	21	81	6	52	32	3	0	63	1.12
88260--88299	19	2.1	18	90	9	62	57	0	5	37	1.21
95928--95963	5	7.2	5	96	0	63	2	0	80	16	0.83
96842--96876	18	1.9	18	88	0	52	22	14	5	57	1.59
98508--98532	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
100596--100669	21	3.6	21	89	7	107	31	28	20	20	1.97
100596--100710	21	5.6	22	80	13	79	30	25	20	23	1.99
100722--100762	21	2.0	21	90	0	64	26	21	21	29	1.99
101028--101130	52	2.0	52	96	0	188	42	13	22	21	1.87
105622--105724	52	2.0	52	98	0	197	41	13	23	21	1.88
106666--106733	29	2.3	29	77	5	75	44	14	5	35	1.70
108477--108531	27	2.1	26	83	6	67	34	1	3	60	1.25
108808--108857	23	2.2	22	82	10	57	60	4	0	36	1.16
112335--112427	48	1.9	48	91	0	150	31	15	10	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112699--112730	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
113200--113275	21	3.7	21	80	3	100	40	18	25	15	1.90
113184--113275	41	2.3	41	98	1	177	39	18	25	17	1.92
113184--113275	21	4.5	21	77	5	91	39	18	25	17	1.92
113202--113336	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
113264--113358	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
113546--113589	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
113853--113890	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
115206--115250	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
115728--115773	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93

Tables:   1   2   3