genome.fa.s9629.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009629.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117022_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  453070

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4680--4713	15	2.3	15	90	10	52	58	5	5	29	1.45
6853--6896	17	2.5	17	88	3	61	59	2	2	36	1.23
7198--7262	30	2.2	30	97	0	121	33	15	13	36	1.87
11908--11961	20	2.8	18	81	13	63	61	5	5	27	1.41
12229--12270	18	2.3	19	83	8	59	61	0	2	35	1.09
15458--15562	24	4.4	24	88	0	138	40	20	12	25	1.88
15476--15582	48	2.2	48	85	6	128	42	19	14	23	1.87
17964--18011	22	2.3	19	80	16	51	27	29	22	20	1.99
33173--33211	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
35492--35538	15	3.5	13	78	16	51	59	0	2	38	1.09
39080--39107	14	2.0	14	100	0	56	14	14	21	50	1.78
40904--40935	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
41685--41718	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
43738--43950	114	1.9	113	83	4	277	32	8	20	38	1.83
44787--44945	35	4.5	35	87	0	201	23	23	19	33	1.97
49337--49409	36	2.0	36	91	0	119	36	2	0	60	1.11
63227--63357	56	2.3	56	90	0	199	38	14	14	32	1.86
70994--71038	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
80082--80125	21	2.1	21	91	0	70	34	2	2	61	1.21
80151--80197	21	2.2	21	88	0	67	63	6	4	25	1.36
90493--91489	84	12.1	83	78	4	937	29	25	19	24	1.99
90493--91486	165	6.0	164	84	3	1181	29	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90664--91486	248	3.3	248	92	1	1278	29	25	20	24	1.99
105826--105884	31	2.1	28	81	15	68	28	30	22	18	1.97
108327--108383	2	29.5	2	92	7	100	50	0	0	49	1.00
109867--109933	33	2.0	34	86	13	95	47	0	4	47	1.22
111982--112037	25	2.2	25	75	9	60	37	8	1	51	1.44
111983--112036	26	2.1	26	82	3	65	35	9	1	53	1.44
112174--112240	34	1.9	34	87	3	98	53	0	7	38	1.29
112671--112743	27	2.7	26	74	16	67	35	6	2	54	1.41
112672--112736	28	2.4	26	82	10	76	36	6	3	53	1.41
112885--112941	29	2.0	29	86	6	80	52	1	10	35	1.46
113669--113714	19	2.3	21	85	14	62	36	6	0	56	1.25
116525--116573	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
121787--121860	37	2.0	36	87	7	105	48	4	0	47	1.20
122840--122913	29	2.6	29	91	2	123	17	21	16	44	1.86
122929--122964	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
123272--123450	64	2.8	63	82	5	207	25	18	21	34	1.96
123335--123496	64	2.5	63	85	5	193	25	21	20	32	1.98
125608--125676	33	2.1	33	83	2	86	30	7	15	46	1.73
125728--125787	20	3.0	21	84	15	76	63	0	0	36	0.95
125726--125781	23	2.5	24	88	8	82	66	0	0	33	0.92
125727--125793	21	3.1	21	79	10	73	61	0	0	38	0.96
130576--130602	11	2.5	11	100	0	54	29	37	14	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130639--130682	11	3.9	11	79	5	52	34	29	15	20	1.94
130879--130957	37	2.2	37	90	2	124	53	13	7	25	1.66
133960--133985	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
134899--134942	20	2.2	20	84	8	54	50	2	0	47	1.13
146766--146804	19	2.1	19	100	0	78	10	20	15	53	1.70
150487--150556	3	23.0	3	85	8	97	62	2	0	34	1.10
150494--150556	19	3.4	19	95	2	110	61	3	0	34	1.12
150897--150975	41	2.0	40	87	7	115	25	16	35	22	1.95
150753--151251	135	3.7	133	85	3	635	25	18	30	26	1.98
151464--151522	26	2.2	26	78	3	64	40	18	11	28	1.86
151768--151948	64	2.8	65	83	4	213	44	14	10	30	1.78
152014--152072	31	1.9	31	93	3	102	42	15	13	28	1.85
152109--152213	36	2.8	37	84	2	140	40	11	16	32	1.84
152109--152222	37	3.1	36	83	3	138	42	11	15	29	1.82
156285--156323	17	2.3	17	81	0	51	69	5	10	15	1.34
156397--156443	17	2.7	17	78	12	51	70	0	12	17	1.17
156469--156523	27	2.1	26	80	12	60	69	5	1	23	1.19
156561--156603	4	10.8	4	85	9	52	72	0	0	27	0.85
156589--156671	39	2.1	39	84	4	105	67	2	4	25	1.23
156720--156766	15	3.1	15	82	17	53	63	0	2	34	1.06
156732--156815	13	6.3	13	74	12	57	67	0	3	28	1.07
156703--156764	10	6.6	9	76	10	54	58	3	1	37	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158180--158386	110	1.9	110	85	2	290	23	17	21	37	1.94
159077--159239	68	2.4	68	81	7	190	38	8	20	33	1.83
159375--159591	106	2.0	106	84	0	281	22	21	24	32	1.98
161152--161289	69	2.0	69	95	0	249	26	13	21	38	1.91
161361--161410	13	3.8	14	82	10	61	4	18	4	74	1.14
161361--161412	26	2.0	26	88	7	79	3	17	3	75	1.11
164449--164487	17	2.3	17	81	0	51	69	5	10	15	1.34
164561--164608	18	2.7	18	77	3	53	70	0	12	16	1.16
164697--164841	18	8.2	18	68	17	72	66	1	5	26	1.21
164886--164934	25	2.0	25	84	8	64	59	0	4	36	1.17
164911--164997	40	2.3	37	74	14	86	66	0	3	29	1.08
165879--165940	32	1.9	32	86	0	88	58	9	12	19	1.62
169126--169163	18	2.1	18	90	0	58	15	15	34	34	1.90
169185--169243	3	20.0	3	89	6	86	66	1	0	32	1.02
173448--173549	51	2.0	51	96	0	186	47	7	13	31	1.72
173703--173736	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
183934--183991	31	2.0	27	87	12	80	55	10	12	22	1.66
184015--184084	36	1.9	37	94	2	124	24	18	7	50	1.72
189811--189861	26	2.0	26	92	0	84	39	13	17	29	1.88
190670--190728	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
195343--195401	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
199141--199201	31	2.0	31	90	0	95	55	0	8	36	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199453--199503	19	2.8	18	82	11	59	29	1	0	68	1.00
199469--199511	20	2.2	20	87	8	61	37	2	0	60	1.10
201914--201964	14	3.9	14	73	19	56	13	11	19	54	1.69
201911--201964	24	2.2	24	93	0	90	14	11	18	55	1.68
202130--202167	20	1.9	20	88	0	58	23	7	5	63	1.42
202164--202276	47	2.4	47	81	1	118	9	15	19	55	1.67
202168--202276	24	4.6	24	81	2	112	9	15	20	55	1.67
211398--211451	23	2.3	23	93	0	90	27	12	20	38	1.89
212802--212906	33	3.3	32	80	6	115	14	17	22	45	1.84
221007--221053	20	2.3	20	85	0	58	10	25	25	38	1.88
227010--227122	50	2.3	50	88	0	163	13	33	31	21	1.92
227010--227136	50	2.5	49	82	5	155	14	33	30	21	1.93
228593--228619	8	3.4	8	100	0	54	48	0	11	40	1.39
229128--229232	50	2.1	50	89	0	156	18	31	36	14	1.90
232197--232221	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
238244--238306	25	2.6	24	80	5	72	71	1	0	26	0.95
239760--239811	7	7.6	7	81	8	54	61	0	30	7	1.24
239766--239811	18	2.6	18	77	12	51	60	0	30	8	1.26
241236--241278	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
250306--250429	59	2.1	59	100	0	248	54	17	8	19	1.69
251887--251946	25	2.4	25	100	0	120	25	13	23	38	1.91
252004--252043	3	13.3	3	89	10	64	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251996--252039	22	2.0	22	91	8	72	68	2	0	29	1.02
252201--252314	43	2.8	40	72	4	93	23	18	31	26	1.97
252372--252483	40	2.8	40	95	0	197	25	17	34	21	1.95
253069--253112	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
253478--253538	32	1.9	32	86	6	88	42	9	14	32	1.79
253568--253765	67	3.0	67	87	2	229	45	11	13	29	1.79
253628--253749	37	3.5	36	73	15	130	44	10	13	31	1.77
253610--253804	67	3.0	67	85	5	265	44	12	12	31	1.79
253752--253856	52	2.0	53	92	3	176	37	17	12	33	1.87
253852--253898	25	1.9	25	86	4	69	48	14	10	25	1.76

Tables:   1   2   3