genome.fa.s9630.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009630.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117026_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1249403

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5539--5593	25	2.2	25	100	0	110	50	16	18	14	1.77
14481--14507	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25849--25897	25	2.0	25	91	0	80	36	10	12	40	1.77
29989--30162	30	5.6	29	68	12	78	37	20	19	22	1.94
30087--30171	30	2.8	31	77	13	97	35	22	22	20	1.96
32641--32692	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
32681--32794	20	5.7	20	81	6	104	31	24	18	25	1.97
32678--32794	61	1.9	61	83	0	153	33	23	17	24	1.97
33335--33376	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
33388--33473	33	2.6	33	92	1	136	11	24	25	38	1.89
33441--33498	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
35501--35623	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
35557--35623	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
36536--36571	17	2.1	17	100	0	72	52	30	16	0	1.44
36992--37027	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
37212--37342	19	7.4	19	76	17	129	14	22	19	44	1.86
37208--37342	52	2.6	52	91	1	207	14	22	20	42	1.87
39812--39865	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
40929--40973	20	2.2	20	96	0	81	33	24	22	20	1.97
40974--41045	19	4.4	16	84	15	62	12	20	19	47	1.82
40987--41035	19	2.6	19	100	0	98	14	20	16	48	1.80
41134--41170	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43015--43118	19	5.4	19	81	4	102	41	23	20	15	1.90
43034--43107	39	1.9	38	88	2	112	37	21	24	16	1.93
43084--43125	18	2.2	19	83	8	50	54	19	14	11	1.70
43144--43208	18	3.8	18	74	17	66	13	20	20	46	1.84
43166--43223	14	3.9	14	72	16	53	10	18	22	48	1.78
43149--43239	32	2.8	33	86	3	121	13	18	19	48	1.81
43225--43267	20	2.2	20	83	4	52	20	23	18	37	1.94
43233--43278	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
43760--43804	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
45120--45162	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
45672--45741	20	3.5	20	92	0	113	25	18	28	27	1.98
45712--45789	41	1.9	41	81	5	95	21	14	21	42	1.88
45755--45863	41	2.7	41	88	5	132	19	22	17	40	1.91
45780--45850	21	3.4	21	76	3	90	16	23	16	42	1.89
45794--45867	20	3.7	20	76	3	85	18	22	17	40	1.91
48061--48100	18	2.2	18	90	0	62	7	7	17	67	1.38
48067--48107	18	2.3	18	100	0	82	4	7	17	70	1.28
50027--50052	11	2.4	11	100	0	52	34	26	7	30	1.85
52354--52666	156	2.0	155	87	5	449	34	9	11	44	1.73
65745--65789	9	4.8	9	83	8	54	55	0	0	44	0.99
70269--70333	13	5.2	13	72	7	62	24	4	1	69	1.16
72810--72867	21	2.5	22	75	13	64	72	0	3	24	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72817--72868	21	2.7	20	85	11	72	75	0	1	23	0.91
73087--73125	15	2.7	15	92	4	62	66	10	0	23	1.22
74686--75609	106	8.7	106	92	0	1438	23	18	24	33	1.96
78357--78671	149	2.1	149	96	0	576	26	17	20	34	1.95
81752--81799	3	17.3	3	75	16	50	72	0	2	25	0.95
81750--81804	5	10.8	5	77	11	58	74	0	1	23	0.91
81759--81804	16	2.9	16	81	12	60	73	0	2	23	0.94
82023--82061	15	2.7	15	92	4	62	66	10	0	23	1.22
83977--84037	20	3.0	21	65	4	61	21	16	26	36	1.94
84047--84117	21	3.5	20	67	18	56	16	21	23	38	1.93
84068--84137	20	3.5	20	69	18	63	14	22	21	41	1.89
84040--84140	41	2.5	41	95	0	184	15	21	22	39	1.92
84965--85010	6	7.8	6	95	2	67	0	17	56	26	1.41
87952--87984	15	2.1	16	88	5	50	39	3	0	57	1.14
97188--97230	23	1.9	23	85	4	61	25	6	4	62	1.40
98588--98817	20	11.5	20	80	5	223	37	25	17	19	1.93
99510--99556	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
99731--99755	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
101594--101827	72	3.3	72	81	10	297	46	17	21	14	1.84
101580--101849	105	2.6	102	90	7	375	45	17	22	14	1.84
101580--101849	53	5.1	52	89	8	406	45	17	22	14	1.84
101561--101854	72	4.2	68	78	13	276	44	18	22	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101845--101943	20	5.6	19	74	20	92	14	24	17	44	1.85
102050--102083	14	2.4	14	95	0	59	44	20	0	35	1.52
102766--102829	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
102764--102828	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
102870--102926	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
102854--102933	33	2.4	33	93	0	133	8	20	22	48	1.76
102914--102987	21	3.5	21	78	7	87	14	18	17	48	1.81
103067--103137	33	2.2	33	94	5	126	49	18	23	8	1.75
103517--103610	20	4.7	20	91	0	161	19	19	29	31	1.96
103597--103648	20	2.6	20	81	6	61	11	17	26	44	1.83
103516--103648	60	2.2	60	78	2	160	16	18	28	36	1.92
104659--104705	20	2.3	22	79	20	57	48	4	2	44	1.34
104707--104731	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
113696--113721	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
121412--121455	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
123921--123976	3	19.0	3	75	10	53	67	1	3	26	1.16
123929--123978	26	1.9	26	91	0	82	66	4	6	24	1.32
124265--124641	43	8.8	42	73	11	250	23	20	30	25	1.98
124176--124625	130	3.5	129	90	1	679	24	20	29	26	1.99
124654--124707	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
124723--124904	66	2.8	63	76	13	179	37	17	20	25	1.93
124723--124904	65	2.8	63	78	12	188	37	17	20	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124996--125049	25	2.0	25	82	10	63	44	11	12	31	1.78
125103--125145	15	2.9	15	93	3	70	44	4	20	30	1.72
125134--125207	30	2.4	30	80	6	78	40	13	12	33	1.82
125508--125533	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
125605--125812	65	3.3	62	77	11	199	46	12	11	30	1.76
125663--125812	65	2.4	64	85	7	200	46	12	9	32	1.73
125772--125825	28	1.9	28	96	0	99	48	11	9	31	1.70
125811--125914	52	2.0	52	92	3	172	35	17	14	32	1.90
125911--126004	28	3.4	27	81	11	111	48	14	10	25	1.76
126249--126352	36	3.0	36	81	4	124	35	11	20	32	1.88
126320--126551	105	2.3	100	82	6	259	37	12	19	31	1.89
126554--126686	67	2.0	67	95	1	241	38	10	18	32	1.85
126646--126732	38	2.3	38	84	3	106	36	13	19	29	1.91
127084--127151	12	5.7	12	73	13	68	26	0	26	47	1.53
127084--127151	24	2.8	24	97	0	127	26	0	26	47	1.53
128321--128358	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
128966--129059	46	2.1	45	85	2	125	37	9	26	26	1.87
131483--131543	31	2.0	31	93	6	106	60	9	14	14	1.58
133037--133080	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
135570--135630	3	21.0	3	77	12	65	67	1	3	27	1.16
139588--139629	18	2.3	18	80	8	50	26	26	9	38	1.87
140718--140751	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140877--140930	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
143195--143230	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
143467--143574	49	2.2	49	85	3	137	30	20	16	32	1.95
143689--143738	25	2.0	25	92	0	82	26	8	20	46	1.78
145339--145440	20	5.1	20	83	4	125	23	20	18	37	1.94
145447--145495	20	2.5	20	100	0	98	18	28	12	40	1.86
146961--147052	21	4.4	21	83	0	112	21	19	36	21	1.95
146961--147052	42	2.2	42	92	0	148	21	19	36	21	1.95
146983--147083	42	2.4	42	84	0	130	22	18	34	23	1.96
147223--147256	4	8.5	4	86	0	50	70	2	0	26	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6