genome.fa.s9630.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009630.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117026_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1249403

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149600--149657	22	2.6	22	83	0	80	18	18	41	20	1.91
149805--149846	20	2.1	20	100	0	84	14	14	23	47	1.80
151314--151349	10	3.3	11	92	7	56	0	16	55	27	1.42
151311--151345	5	6.6	5	96	3	52	0	20	54	25	1.45
151447--151719	20	13.4	20	81	12	168	25	20	17	36	1.94
151467--151623	21	7.6	21	77	16	166	24	22	20	31	1.98
151442--151771	41	8.0	41	81	10	329	25	20	19	35	1.96
151466--151783	103	3.1	103	75	14	271	24	20	19	35	1.96
151711--151785	21	3.6	21	92	0	114	21	20	26	32	1.97
158535--158636	51	2.0	51	94	0	177	22	23	12	41	1.88
160578--160642	3	22.0	3	78	9	71	33	0	3	63	1.10
161935--161987	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
161977--162029	20	2.7	20	100	0	106	37	20	20	20	1.94
162016--162067	20	2.6	20	96	0	95	30	21	21	26	1.98
162246--162302	22	2.6	22	85	0	78	22	42	14	21	1.88
162680--162729	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
162697--162751	20	2.8	20	88	0	74	12	16	21	49	1.79
162716--162759	20	2.2	20	83	0	52	15	13	18	52	1.75
164629--164785	20	8.5	20	74	18	126	42	21	17	18	1.89
164652--164806	34	4.4	34	73	13	143	43	20	18	16	1.88
164813--164864	20	2.6	20	90	0	77	21	21	23	34	1.97
167030--167105	33	2.3	34	95	2	136	13	23	19	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167097--167165	20	3.5	20	84	4	95	17	20	26	36	1.94
169513--169559	24	2.0	24	91	0	76	36	14	21	27	1.93
169517--169568	24	2.2	24	82	0	59	38	17	19	25	1.93
170392--170434	20	2.2	20	91	0	68	20	18	27	32	1.96
170425--170538	20	5.7	20	82	2	138	20	18	21	40	1.92
170425--170538	41	2.8	41	85	1	158	20	18	21	40	1.92
170535--170601	21	3.2	21	89	0	98	34	17	29	17	1.94
174686--175123	110	4.0	110	87	2	625	35	22	18	22	1.95
179475--179544	36	1.9	36	82	5	88	27	30	21	21	1.98
181658--181734	37	2.1	37	83	9	95	48	1	5	45	1.33
183339--183367	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
203370--203436	18	3.7	18	100	0	134	23	14	34	26	1.94
205357--205715	172	2.1	173	90	1	569	37	18	4	39	1.71
206174--206215	22	1.9	22	100	0	84	26	38	26	9	1.87
206245--206298	22	2.5	22	96	0	99	12	33	18	35	1.89
206320--206438	34	3.5	34	97	0	220	35	24	24	15	1.95
209288--209312	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
212475--212509	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
214357--214439	31	2.8	30	78	7	89	42	3	6	48	1.45
215603--215636	14	2.4	14	90	0	50	38	0	8	52	1.33
216945--216974	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
219402--219435	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225332--225365	17	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
236002--236170	87	1.9	87	96	2	313	25	13	20	40	1.88
246950--246982	10	3.3	10	95	0	57	15	12	12	60	1.59
246932--247018	34	2.5	33	82	10	95	11	10	17	60	1.57
247237--247292	23	2.3	23	87	6	76	8	8	17	64	1.48
247336--248226	470	1.9	470	91	0	1480	34	13	16	36	1.88
248248--248329	7	11.7	7	85	5	103	52	30	1	15	1.51
248413--248457	20	2.2	20	100	0	90	37	17	15	28	1.91
248696--248750	20	2.6	21	80	8	67	45	5	9	40	1.59
248721--248778	17	3.2	17	71	20	55	46	3	6	43	1.47
248767--248883	49	2.4	48	80	5	110	54	10	3	31	1.50
249048--249094	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
249045--249095	23	2.2	24	96	3	95	49	3	0	47	1.20
249365--249435	16	4.4	16	87	0	106	40	14	23	21	1.89
249460--249607	64	2.3	63	81	10	158	20	20	27	31	1.97
255591--255630	18	2.2	18	100	0	80	30	10	17	42	1.82
261801--261892	31	3.0	31	93	1	150	32	7	18	41	1.79
261970--262023	19	2.8	19	94	0	90	42	12	12	31	1.81
262129--262170	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
262453--262522	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
263493--263547	3	18.7	3	76	10	51	65	1	30	1	1.13
265323--265413	31	3.0	31	93	3	150	32	7	18	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265593--265634	21	2.0	21	95	0	75	26	19	28	26	1.98
265916--265985	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
266435--266478	13	3.3	13	78	6	52	18	50	22	9	1.75
269386--269437	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
269383--269435	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
269389--269438	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
273297--273335	14	2.8	14	84	0	51	17	10	12	58	1.61
274050--274089	5	8.2	5	94	5	73	80	0	0	20	0.72
274051--274089	14	2.7	14	88	4	51	79	0	0	20	0.73
275554--275620	20	3.3	20	79	4	89	40	17	22	19	1.92
275551--275646	41	2.3	41	96	0	174	39	16	23	19	1.92
275554--275646	20	4.6	20	75	4	87	38	17	24	19	1.92
275635--275729	20	4.7	20	77	2	82	35	24	16	23	1.95
275632--275709	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
277556--277600	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
278073--278139	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
278128--278217	14	5.9	14	73	19	81	47	25	18	7	1.75
278112--278222	32	3.4	32	94	1	195	46	24	19	9	1.78
278229--278382	19	8.6	19	75	14	114	12	20	24	42	1.87
278251--278308	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
278234--278324	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
278309--278363	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279537--279572	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
279677--279753	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
279687--279753	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
280169--280204	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
280311--280387	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
280321--280387	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
280871--280964	33	2.8	33	96	0	170	44	19	23	12	1.85
280871--280968	19	5.7	19	68	22	81	44	19	23	12	1.84
280964--281006	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
280992--281025	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
281147--281183	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
282541--282607	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
282541--282663	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
284662--284846	19	10.1	19	74	14	156	43	21	21	12	1.86
284662--284846	33	5.1	38	79	12	149	43	21	21	12	1.86
284842--284886	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
285441--285534	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
285523--285618	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
285523--285615	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
290596--290633	19	2.1	19	85	5	51	31	0	7	60	1.25
297699--297790	19	4.7	19	86	8	114	35	23	9	30	1.87
297620--297791	20	8.6	20	75	9	129	36	25	11	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297946--297984	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
298579--298612	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
301067--301101	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
301053--301094	12	3.5	12	90	0	57	54	21	7	16	1.65
301055--301088	12	2.8	12	100	0	68	52	23	5	17	1.66
301469--301546	34	2.3	34	84	0	102	35	23	20	20	1.96
301609--301766	64	2.5	64	93	1	271	51	16	1	29	1.55
303290--303393	45	2.3	45	81	4	122	35	17	19	27	1.94
303400--303457	20	2.6	22	86	10	75	29	22	22	25	1.99
305762--305866	21	5.0	20	81	8	113	22	20	35	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6