genome.fa.s9637.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117046_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  867493

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4027--4073	23	2.1	22	84	4	58	25	14	8	51	1.71
7011--7090	31	2.6	31	78	7	92	41	13	20	25	1.88
11084--11143	28	2.1	29	81	3	68	30	0	25	45	1.54
15123--15354	43	5.4	42	87	1	311	25	26	18	29	1.98
15125--15385	85	3.0	85	85	6	339	25	25	18	30	1.98
15419--15501	42	2.0	42	95	0	148	8	25	27	38	1.85
16085--16277	66	2.9	66	97	0	359	33	26	16	23	1.95
17015--17054	10	4.1	10	80	6	55	20	20	30	30	1.97
17053--17081	14	2.1	14	100	0	58	20	55	24	0	1.44
24345--24388	7	6.6	7	84	10	65	15	29	29	25	1.96
24345--24388	13	3.3	13	93	3	70	15	29	29	25	1.96
27611--27682	19	3.6	19	78	12	81	30	15	26	27	1.96
28011--28393	58	6.6	58	92	2	621	33	10	20	35	1.87
28011--28393	173	2.2	174	92	2	637	33	10	20	35	1.87
33110--33181	19	3.6	19	78	12	81	30	15	26	27	1.96
33510--33788	58	4.8	58	94	0	461	33	10	20	35	1.87
36401--36437	14	2.6	14	95	0	65	5	37	10	45	1.62
37382--37490	42	2.6	42	81	8	114	34	20	17	27	1.95
37189--37701	253	2.0	253	88	4	759	33	17	16	32	1.92
37424--37911	211	2.3	211	89	2	714	34	17	15	32	1.92
37840--37953	42	2.7	42	85	6	135	35	21	19	23	1.96
37160--38051	463	1.9	463	87	3	1323	33	16	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39356--39391	19	1.9	18	94	5	63	22	22	25	30	1.99
44226--44250	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
46053--46092	21	1.9	21	85	10	55	30	7	7	55	1.56
50555--50593	16	2.3	18	87	12	57	5	17	0	76	0.96
51442--51504	25	2.5	25	97	0	117	53	17	4	23	1.62
64088--64139	14	3.6	14	84	5	77	36	7	21	34	1.82
64090--64148	29	2.0	29	93	0	100	38	10	20	30	1.86
64088--64146	14	4.1	14	82	4	73	37	8	20	33	1.83
64390--64467	32	2.5	30	78	15	79	50	0	3	46	1.20
64484--64534	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
64559--64679	20	6.5	18	70	18	52	47	1	0	50	1.16
64585--64655	23	3.2	23	76	11	76	46	0	1	52	1.09
64616--64683	23	3.1	22	80	14	61	47	0	1	51	1.09
64646--64683	20	1.9	20	94	0	67	52	0	0	47	1.00
64602--64698	29	3.6	28	71	21	80	49	0	1	49	1.07
64653--64707	20	2.7	21	77	11	51	52	0	1	45	1.11
64921--65010	42	2.1	42	89	0	135	48	17	14	18	1.81
70606--70672	27	2.5	27	85	4	82	10	11	28	49	1.73
73753--73791	19	2.1	19	90	0	60	20	17	35	25	1.95
79448--79485	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
79484--79571	3	29.3	3	92	0	149	32	0	3	63	1.11
80893--80939	22	2.0	23	84	15	62	34	10	21	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80905--81161	74	3.5	74	95	3	448	33	14	13	37	1.86
81289--81341	16	3.3	16	94	0	97	13	0	35	50	1.41
86496--86674	74	2.4	74	88	7	274	35	12	13	38	1.83
88352--88393	6	6.8	6	88	2	57	59	0	7	33	1.25
88352--88394	12	3.5	12	90	3	68	58	0	9	32	1.30
88710--88739	15	2.0	15	93	0	51	50	13	6	30	1.67
89634--89689	23	2.4	23	72	0	58	33	23	21	21	1.97
90226--90267	18	2.3	18	92	8	68	28	33	9	28	1.88
94719--94753	18	1.9	18	88	0	52	37	11	28	22	1.89
95226--96137	199	4.6	200	87	2	1258	33	12	14	39	1.84
95233--96137	399	2.3	399	88	2	1300	33	13	14	39	1.84
99309--99356	20	2.5	20	86	3	62	18	43	20	16	1.88
102729--102809	21	4.0	21	82	9	96	17	40	25	16	1.89
102729--102809	40	2.0	41	87	2	119	17	40	25	16	1.89
105152--105188	9	4.1	9	89	0	56	2	56	0	40	1.13
107174--107748	200	2.9	199	75	8	580	29	15	11	43	1.82
107715--107812	20	4.8	20	72	2	79	24	18	15	41	1.89
115016--115061	21	2.2	21	84	0	56	45	28	0	26	1.54
115017--115128	55	2.0	55	91	0	179	49	26	0	24	1.51
115072--115118	21	2.2	21	84	0	58	51	29	0	19	1.47
117297--117371	31	2.5	31	95	4	136	26	2	14	56	1.52
120690--120719	3	9.7	3	92	7	51	63	0	3	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120684--120719	16	2.2	16	95	0	63	61	0	5	33	1.19
120693--120717	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
120917--121457	113	4.8	114	92	1	831	32	16	22	27	1.96
122565--122617	22	2.2	24	90	9	83	5	15	0	79	0.91
122567--122618	11	4.6	11	81	11	61	3	17	0	78	0.89
122574--122638	15	4.2	16	77	14	57	6	15	1	76	1.05
122568--122639	22	3.2	23	81	16	64	5	15	1	77	1.01
126163--126216	4	13.8	4	79	14	51	72	0	5	22	1.05
126173--126222	27	1.9	25	88	8	73	76	0	4	20	0.95
129807--129836	11	2.7	11	89	0	51	46	10	20	23	1.80
135615--135644	3	9.7	3	92	7	51	63	0	3	33	1.11
137521--138347	338	2.5	335	91	3	1319	44	5	4	44	1.49
138290--138341	26	2.0	26	85	7	70	50	1	1	46	1.23
138752--138788	19	1.9	19	89	10	58	51	2	5	40	1.39
140126--140290	76	2.2	76	86	3	235	56	10	2	30	1.47
145883--145923	15	2.7	15	81	11	57	26	31	26	14	1.95
148346--148390	15	2.7	16	86	13	56	73	2	2	22	1.05
149029--149191	76	2.2	74	83	3	202	55	10	2	31	1.47
149114--149152	20	2.1	17	86	13	51	56	10	0	33	1.33
150673--150719	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
150281--150752	180	2.6	182	88	1	680	42	14	15	26	1.86
150682--150724	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152944--153008	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
153042--153107	33	2.0	33	88	5	98	30	0	48	21	1.50
154898--154946	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
156922--157029	6	18.5	6	79	5	105	36	10	33	20	1.86
156909--157032	12	10.3	12	89	0	149	37	9	33	20	1.85
158242--159186	183	5.2	183	97	0	1748	35	14	16	33	1.90
166968--167024	28	2.0	28	100	0	114	36	10	24	28	1.88
167519--167825	53	5.8	53	90	0	488	27	15	17	39	1.90
169113--169140	13	2.2	13	100	0	56	28	7	21	42	1.79
171737--171780	15	2.9	15	89	3	70	52	9	6	31	1.59
174049--174135	3	29.3	3	76	19	85	65	0	1	33	1.00
174062--174130	24	2.9	24	87	12	106	66	0	0	33	0.92
174448--174531	42	2.0	42	85	2	114	23	25	26	25	2.00
174309--174843	132	4.1	132	93	0	847	32	22	20	24	1.98
174603--174664	20	3.0	21	72	13	65	25	25	29	19	1.99
176812--176879	1	68.0	1	80	0	73	1	8	0	89	0.54
176804--176881	10	7.8	10	78	16	81	2	10	0	87	0.65
176800--176879	17	5.0	16	81	13	94	2	10	0	87	0.63
179153--179205	20	2.6	20	96	3	97	18	45	24	11	1.82
185026--185106	22	3.8	22	75	10	71	24	34	24	16	1.95
185066--185106	22	1.9	22	95	5	75	26	36	24	12	1.91
207584--207636	25	2.1	25	100	0	106	24	13	7	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210236--210282	20	2.3	21	88	3	69	40	21	14	23	1.90
210578--210627	22	2.3	23	82	10	68	24	18	22	36	1.95
222786--222825	20	2.1	19	85	4	53	22	5	12	60	1.52
230046--230089	13	3.4	13	80	0	52	68	13	2	15	1.31
232314--232365	9	6.1	9	76	13	56	63	1	0	34	1.06
232311--232363	16	3.2	17	84	10	65	66	1	0	32	1.03
232317--232366	17	3.0	17	91	2	75	60	4	0	36	1.16
235516--235545	14	2.1	14	100	0	60	46	6	13	33	1.69
237952--237977	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
239757--239820	26	2.7	23	78	21	69	42	4	23	29	1.74

Tables:   1   2   3   4