genome.fa.s9637.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117046_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  867493

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683259--684197	482	1.9	482	96	0	1718	36	19	14	30	1.91
683908--684808	452	2.0	452	93	0	1559	35	19	13	30	1.91
685959--686045	29	2.9	29	86	10	88	22	10	8	58	1.57
685980--686045	29	2.3	30	94	5	118	18	9	9	63	1.49
688963--689038	13	5.4	14	74	16	59	53	6	17	22	1.66
688963--689051	15	6.2	14	75	12	65	53	6	16	22	1.66
688974--689042	29	2.4	29	92	4	115	53	7	15	23	1.67
691289--691362	39	1.9	38	94	2	130	35	8	4	52	1.50
692017--692059	20	2.2	20	91	0	68	34	37	13	13	1.85
691943--692217	142	1.9	143	81	5	333	35	21	13	29	1.92
699315--699357	19	2.2	20	88	8	63	53	0	6	39	1.28
703296--703467	82	2.1	82	85	2	229	34	16	17	31	1.93
703441--703494	27	2.0	27	96	0	99	31	11	20	37	1.88
705081--705258	40	4.4	40	85	4	216	33	20	14	31	1.93
705081--705254	19	8.7	20	73	9	131	33	20	14	30	1.93
714678--714707	12	2.5	12	94	0	51	0	36	30	33	1.58
720047--720077	14	2.3	13	94	5	53	32	12	16	38	1.86
720194--720233	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
733576--733725	3	49.7	3	97	1	282	67	32	0	0	0.96
733724--733759	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
733949--734293	130	2.6	131	81	2	399	30	17	20	32	1.95
734191--734390	90	2.2	90	82	2	242	34	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734281--734958	133	5.2	132	77	9	626	32	15	20	32	1.94
734420--734922	251	2.0	253	83	4	649	32	14	22	31	1.94
735190--735245	20	2.8	20	88	0	76	23	26	16	33	1.95
735191--735257	20	3.3	20	83	4	64	22	23	16	37	1.94
737999--738048	22	2.3	22	89	0	73	76	6	4	14	1.13
738107--738156	18	2.7	19	78	6	57	74	4	2	20	1.08
745102--745495	195	2.0	195	92	0	653	43	10	12	33	1.77
745904--745930	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
751278--751333	27	2.1	27	100	0	112	37	17	3	41	1.67
758693--759733	182	5.6	182	84	8	1280	27	16	13	42	1.86
759459--759501	20	2.2	20	95	0	77	18	23	20	37	1.94
759463--759509	20	2.4	19	89	10	76	14	17	21	46	1.83
759280--759693	202	2.1	201	87	4	584	26	17	14	42	1.87
764944--764990	21	2.2	21	100	0	94	31	19	23	25	1.98
766810--766848	17	2.4	17	95	4	71	23	5	12	58	1.54
769575--769633	20	3.0	20	74	16	59	37	8	1	52	1.42
769914--769992	2	40.0	2	78	12	74	40	2	1	55	1.21
770046--770086	20	2.0	20	86	9	57	41	17	2	39	1.62
770481--770532	19	2.6	20	84	9	70	57	3	5	32	1.40
770481--770580	22	4.8	20	75	15	87	52	2	11	35	1.48
770504--770595	22	4.2	23	76	13	79	54	0	10	34	1.36
770513--770632	14	8.7	14	64	24	51	52	1	10	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770603--770664	22	2.9	21	76	9	54	56	1	9	32	1.41
770617--770673	28	2.0	28	83	12	73	59	0	8	31	1.28
771883--771938	27	2.0	29	82	6	71	41	23	16	19	1.90
773020--773126	32	3.4	32	82	1	117	17	22	29	29	1.97
774808--774843	16	2.2	16	95	5	63	77	0	0	22	0.76
783260--783324	23	2.7	23	77	15	62	24	4	1	69	1.16
783292--783331	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
783316--783358	2	22.0	2	84	13	54	44	4	0	51	1.22
783390--783450	17	3.5	18	68	17	56	29	6	1	62	1.30
783379--783449	34	2.1	34	86	5	99	29	7	2	60	1.37
783459--783491	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
783612--783656	18	2.6	17	83	13	56	15	13	0	71	1.15
783610--783656	17	2.7	17	81	12	60	14	12	0	72	1.13
786842--786884	14	3.1	14	77	9	52	81	2	13	2	0.89
786967--787104	69	2.0	69	95	0	249	37	21	14	26	1.92
787401--787470	16	4.2	16	85	10	104	41	12	20	25	1.88
787408--787462	19	3.1	19	82	15	80	41	10	18	29	1.84
788588--788813	36	6.4	36	75	10	171	29	17	12	41	1.86
788501--788779	101	2.8	101	82	2	308	30	16	12	40	1.86
788604--788867	138	1.9	138	85	1	368	28	17	12	40	1.86
788771--788944	65	2.6	65	81	7	190	34	21	8	35	1.84
789661--789867	110	1.9	110	90	2	335	35	23	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791245--791279	14	2.4	14	90	4	52	28	0	0	71	0.86
791241--791299	19	3.0	20	83	14	70	32	0	0	67	0.91
791259--791297	14	2.8	14	88	0	51	28	0	0	71	0.86
791312--791341	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
791413--791444	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
791587--791621	18	1.9	18	94	0	61	17	11	0	71	1.14
795308--795618	45	7.0	45	88	0	437	29	25	9	35	1.87
795281--795618	135	2.5	135	88	1	484	29	24	9	36	1.86
795757--796150	68	5.8	68	90	0	592	27	24	16	31	1.96
796366--797048	58	11.8	58	91	1	1018	35	19	11	34	1.87
797716--797748	8	3.9	9	88	11	52	78	0	21	0	0.75
797717--797748	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
799414--799504	38	2.4	39	86	1	121	30	13	26	29	1.94
799418--799515	39	2.6	38	85	1	115	31	15	22	30	1.95
800951--801385	98	4.4	98	86	2	597	33	17	18	30	1.94
800951--801385	195	2.2	196	86	3	617	33	17	18	30	1.94
801484--801513	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
812572--812614	20	2.0	20	86	8	59	39	2	34	23	1.67
816046--816971	311	3.0	311	89	1	1385	28	13	19	38	1.90
829776--829853	2	40.0	2	93	5	133	48	0	1	50	1.09
830626--830651	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
831394--831601	65	3.2	65	80	8	185	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837396--837443	22	2.2	22	85	3	62	27	22	25	25	2.00
840136--840295	65	2.5	63	85	6	205	30	24	19	26	1.98
847929--848061	31	4.2	31	72	4	97	27	28	27	16	1.97
847929--848061	63	2.1	62	82	8	153	27	28	27	16	1.97
850887--850925	7	5.3	7	88	11	60	25	25	35	12	1.92
850886--850925	15	2.7	15	100	0	80	25	25	37	12	1.91
850928--850972	13	3.5	13	90	0	72	17	20	44	17	1.87
850915--850950	18	2.0	18	94	0	63	11	22	47	19	1.80
850886--850928	8	5.6	8	89	10	72	23	25	37	13	1.92
853024--853156	31	4.2	31	72	4	97	27	28	27	16	1.97
853024--853156	63	2.1	62	82	8	153	27	28	27	16	1.97
855977--856015	7	5.3	7	88	11	60	25	25	35	12	1.92
855976--856015	15	2.7	15	100	0	80	25	25	37	12	1.91
856018--856062	13	3.5	13	90	0	72	17	20	44	17	1.87
856005--856040	18	2.0	18	94	0	63	11	22	47	19	1.80
855976--856018	8	5.6	8	89	10	72	23	25	37	13	1.92
858111--858243	31	4.2	31	72	4	97	27	28	27	16	1.97
858111--858243	63	2.1	62	82	8	153	27	28	27	16	1.97
861057--861094	7	5.3	7	93	6	67	26	26	34	13	1.93
861056--861094	15	2.7	15	96	4	71	25	25	35	12	1.92
861097--861143	12	3.8	13	86	8	62	14	19	46	19	1.84
862075--862143	20	3.4	20	80	4	75	18	5	42	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862037--862131	21	4.6	21	72	2	75	21	5	43	30	1.74
862573--862605	16	2.0	17	88	5	50	54	12	6	27	1.60
863019--863127	58	1.9	58	81	9	134	39	13	6	40	1.71
863160--863190	16	2.0	16	93	6	55	54	12	6	25	1.62
864339--864374	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
864723--864782	20	3.1	19	72	9	59	46	3	1	48	1.28
864793--865049	135	1.9	139	91	5	425	38	7	8	45	1.62

Tables:   1   2   3   4

The End!