genome.fa.s9638.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009638.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117047_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  894601

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118--152	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
1257--1319	13	4.5	13	70	18	54	20	22	41	15	1.90
1259--1336	31	2.5	31	85	0	102	20	19	43	16	1.88
1296--1336	18	2.3	18	95	0	73	17	17	48	17	1.81
2132--2168	19	1.9	19	94	0	65	43	13	18	24	1.86
3735--3788	22	2.5	23	79	11	69	48	24	0	27	1.52
11120--11184	28	2.3	28	84	10	96	33	0	24	41	1.55
14208--14292	31	2.7	31	82	7	84	34	10	2	52	1.49
16854--16884	5	6.2	5	92	0	53	77	0	0	22	0.77
17405--17507	32	3.3	31	90	1	116	38	4	8	47	1.56
17424--17507	32	2.6	32	96	0	150	38	5	9	46	1.61
21580--21606	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
26689--26744	27	2.0	28	86	10	78	50	21	0	28	1.49
28943--28993	21	2.4	21	96	0	93	17	19	31	31	1.95
29080--29121	21	2.0	21	86	9	59	28	26	16	28	1.97
30847--30973	60	2.1	60	80	8	134	37	15	14	32	1.88
36989--37043	28	1.9	29	88	3	85	38	5	20	36	1.75
42722--42789	31	2.2	31	91	0	118	35	19	8	36	1.83
42980--43049	31	2.3	29	81	9	86	40	12	11	35	1.80
43257--43298	15	2.8	15	79	13	50	35	23	0	40	1.55
44177--44240	31	2.1	31	84	0	83	40	14	20	25	1.89
45871--45930	30	2.0	30	100	0	120	43	6	13	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47758--47783	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
59549--59587	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
59596--59703	46	2.3	46	100	0	216	49	20	8	22	1.75
62076--62112	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
73978--74028	2	25.5	2	87	0	75	43	0	5	50	1.26
73984--74041	18	3.2	18	92	0	89	39	0	10	50	1.37
76048--76073	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76623--76659	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
76813--76843	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
84987--85026	19	2.1	19	100	0	80	10	37	37	15	1.80
85143--85233	3	30.7	3	91	2	148	31	2	1	64	1.12
86554--86594	19	2.2	19	86	8	57	39	2	2	56	1.26
97974--98022	1	49.0	1	83	0	62	91	0	8	0	0.41
99059--100023	83	11.7	82	92	2	1576	27	13	23	35	1.93
100709--101318	114	5.4	114	97	0	1123	39	13	19	28	1.89
101640--101724	3	28.7	3	85	7	120	32	2	1	63	1.15
101637--101733	18	5.6	17	77	12	83	36	2	1	60	1.15
113673--113716	22	2.0	22	90	0	70	22	25	27	25	2.00
116800--116844	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
118335--118649	149	2.1	149	98	1	605	26	17	21	34	1.95
118617--118661	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
122741--122795	2	27.5	2	96	0	101	49	0	1	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123910--123978	21	3.5	21	64	22	58	44	17	8	28	1.78
123905--123986	38	2.2	38	100	0	164	40	19	10	29	1.86
128972--129033	30	2.1	30	100	0	124	51	12	3	32	1.56
132349--132375	12	2.2	12	100	0	54	33	33	0	33	1.58
136600--136646	24	1.9	25	86	4	69	29	21	10	38	1.87
140449--140511	26	2.5	26	78	19	71	63	7	3	25	1.37
141658--141733	38	2.0	37	82	12	93	50	3	0	46	1.20
143327--143429	52	2.0	52	86	0	143	24	21	15	38	1.92
147189--147214	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
147449--147477	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
147853--147878	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
149067--149106	17	2.4	17	87	8	55	60	10	0	30	1.30
152400--152887	20	24.2	20	82	12	501	41	23	19	15	1.90
152400--152887	60	8.1	59	85	9	580	41	23	19	15	1.90
152966--153022	6	9.5	6	100	0	114	33	50	15	0	1.44
153523--153561	6	6.5	6	100	0	78	0	15	51	33	1.44
153657--153884	20	11.2	20	74	13	182	15	19	22	42	1.89
153666--153807	42	3.4	42	93	1	234	16	20	25	38	1.93
155049--155104	19	2.9	19	81	7	60	39	3	1	55	1.28
155058--155118	19	3.2	19	83	6	70	34	3	3	59	1.30
171081--171136	14	4.0	14	90	4	78	17	0	35	46	1.49
171068--171136	14	4.9	15	82	10	76	21	0	31	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172568--172617	17	3.1	16	75	21	50	34	0	0	66	0.92
172568--172614	12	4.4	11	74	15	53	34	0	0	65	0.93
172681--172713	17	1.9	17	88	11	50	33	3	0	63	1.10
180307--180410	29	3.6	29	71	6	86	31	24	5	38	1.79
186682--186722	18	2.2	19	83	16	50	41	2	0	56	1.13
189214--189253	7	5.9	7	88	5	64	25	15	15	45	1.84
189214--189253	20	2.0	20	90	5	62	25	15	15	45	1.84
191831--191877	4	11.8	4	100	0	94	48	25	0	25	1.51
196826--196850	12	2.1	12	100	0	50	52	16	8	24	1.70
197468--197492	6	4.2	6	100	0	50	20	16	32	32	1.94
197644--197730	43	2.0	43	93	0	147	19	26	18	35	1.95
198093--198129	17	2.2	17	90	4	58	67	0	0	32	0.91
198153--198180	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
205577--205631	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
206276--206301	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
206495--206547	21	2.6	19	75	16	52	26	20	18	33	1.96
207034--207077	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
217878--218162	137	2.1	137	100	0	570	36	20	17	26	1.94
219812--220005	82	2.4	81	85	2	255	32	15	14	36	1.88
221046--221108	30	2.1	29	94	2	108	34	14	20	30	1.92
223542--223622	30	2.7	30	90	0	135	35	17	20	25	1.95
230509--230567	31	1.9	31	96	0	109	25	15	15	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231724--231758	17	2.1	17	94	0	61	48	0	0	51	1.00
233912--234111	101	2.0	101	90	0	319	36	10	18	35	1.85
238168--238209	20	2.0	22	86	9	61	59	2	11	26	1.45
239566--239643	3	26.0	3	100	0	156	0	33	0	66	0.92
241165--241249	36	2.4	36	100	0	170	38	24	10	25	1.88
248782--248925	71	2.0	71	100	0	288	13	23	15	47	1.81
249565--250131	147	3.9	147	93	1	946	26	14	20	38	1.91
249565--250131	295	1.9	290	92	2	956	26	14	20	38	1.91
254635--254669	15	2.3	15	95	0	61	28	22	25	22	1.99
259524--259570	20	2.3	20	96	0	85	25	19	17	38	1.92
261723--261779	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
262613--262652	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
263613--263638	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
264833--264928	48	2.0	48	100	0	192	52	8	22	16	1.71
267346--267387	15	2.8	15	85	7	59	0	23	2	73	0.94
267346--267390	20	2.2	20	84	7	56	0	24	2	73	0.95
267362--267393	11	3.1	11	91	8	50	0	25	6	68	1.12
267669--267741	16	4.6	16	92	0	128	19	17	54	8	1.67
267851--267941	3	30.0	3	86	2	128	61	0	0	38	0.96
268176--269408	113	10.9	112	93	2	2006	30	18	13	37	1.89
270206--271527	83	16.0	83	97	1	2462	35	22	14	28	1.93
271502--271552	25	2.2	22	83	13	59	43	23	15	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271419--271635	104	2.0	105	92	3	355	37	22	13	26	1.91
283472--283539	28	2.4	28	82	4	84	60	1	1	36	1.15
285080--285121	15	2.8	15	85	7	59	0	23	2	73	0.94
285080--285124	20	2.2	20	84	7	56	0	24	2	73	0.95
285096--285127	11	3.1	11	91	8	50	0	25	6	68	1.12
285528--285627	3	33.0	3	85	2	92	56	0	0	44	0.99
285528--285627	15	6.4	15	81	7	119	56	0	0	44	0.99
285528--285627	18	5.5	18	86	1	119	56	0	0	44	0.99
289374--289414	21	2.0	20	85	4	55	29	4	2	63	1.28
289890--289955	29	2.2	30	81	5	71	62	3	12	22	1.43

Tables:   1   2   3   4