genome.fa.s9644.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009644.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117060_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611714

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151145--151581	209	2.1	210	85	2	583	25	18	29	26	1.98
151001--151686	337	2.0	337	83	3	871	26	18	30	25	1.98
151339--151686	128	2.7	128	87	1	475	25	18	29	25	1.98
151984--152070	32	2.7	32	90	0	138	31	22	16	29	1.96
160364--160456	30	3.1	30	75	3	71	58	10	12	18	1.63
161710--161739	14	2.1	15	93	6	53	30	20	23	26	1.98
164137--164209	20	3.7	20	87	5	85	46	12	16	24	1.81
164232--164747	196	2.6	199	79	7	497	40	12	17	29	1.87
171497--172237	200	3.7	200	86	1	1004	40	13	12	33	1.83
171898--171937	21	2.0	21	90	9	66	42	15	12	30	1.83
172126--172345	106	2.1	107	88	2	327	44	9	11	35	1.73
173462--173553	4	25.0	4	67	16	56	50	0	0	50	1.00
173462--173553	6	16.7	6	75	17	56	50	0	0	50	1.00
173462--173548	40	2.2	42	89	8	137	49	0	0	50	1.00
173462--173571	40	2.8	40	75	18	108	48	0	0	51	1.00
175820--175844	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
176930--177135	34	5.9	34	69	16	143	26	25	12	36	1.91
176909--177038	65	2.0	65	89	0	197	25	23	11	39	1.88
176974--177190	76	2.8	77	86	6	303	28	24	12	35	1.92
178060--178088	10	2.9	10	100	0	58	62	20	0	17	1.33
183704--183738	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
185029--185082	8	7.5	8	73	23	57	22	22	40	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185043--185126	26	3.2	26	86	0	123	23	19	40	16	1.91
185103--185187	18	4.6	18	82	8	107	15	18	48	17	1.82
185046--185122	13	5.9	13	84	0	100	25	18	38	16	1.92
185138--185170	13	2.5	13	95	0	57	15	18	45	21	1.85
188919--188953	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
190224--190275	8	6.5	8	86	8	63	26	26	32	13	1.94
190232--190272	7	5.6	7	88	5	55	29	26	31	12	1.92
190232--190288	15	3.9	15	80	13	66	26	26	33	14	1.94
194512--194552	2	20.5	2	94	0	73	53	46	0	0	1.00
194701--194934	130	1.8	127	80	10	276	40	11	13	34	1.81
194906--195350	197	2.2	198	88	1	651	38	14	13	33	1.86
195539--196227	225	3.0	225	84	4	859	32	15	12	40	1.84
197488--197534	15	3.3	14	77	11	51	25	2	2	70	1.10
201243--201287	19	2.4	18	85	3	54	28	24	31	15	1.96
202899--202960	19	3.2	19	95	4	115	38	1	0	59	1.07
202897--202962	20	3.3	20	93	4	116	39	1	0	59	1.07
210500--210666	88	1.9	88	86	7	241	37	11	14	36	1.83
213936--213989	21	2.6	21	84	0	72	31	27	20	20	1.97
214388--214420	11	3.0	11	95	0	57	60	0	3	36	1.12
215039--215182	59	2.4	59	94	0	243	39	9	14	36	1.78
218868--218897	14	2.1	14	93	0	51	50	0	0	50	1.00
220106--220192	35	2.7	31	80	15	104	42	5	17	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222986--223039	26	2.1	26	100	0	108	25	25	25	22	2.00
239433--239462	16	1.9	15	93	6	51	3	6	26	63	1.35
239679--239765	43	2.0	43	100	0	174	45	16	9	28	1.77
240650--240693	19	2.3	19	84	0	61	22	36	13	27	1.92
241282--241343	27	2.3	27	80	5	72	38	6	16	38	1.74
242425--242543	35	3.4	35	71	13	109	31	15	19	32	1.93
242884--242943	21	2.8	22	89	2	86	31	26	15	26	1.95
242891--242943	22	2.5	21	90	3	79	33	28	11	26	1.91
242907--242978	35	2.1	35	84	2	92	31	29	11	27	1.91
243419--243488	33	2.1	33	83	0	86	35	12	28	22	1.91
244464--244503	14	2.7	14	88	7	53	72	0	22	5	1.04
246152--246208	18	2.9	19	87	12	89	29	10	12	47	1.74
246437--246541	22	4.7	22	70	8	86	31	30	14	23	1.94
246461--246489	12	2.4	12	100	0	58	34	41	0	24	1.55
246955--247018	33	1.9	34	83	3	85	32	9	29	28	1.88
254410--254523	31	3.7	31	78	3	115	29	28	25	15	1.96
255252--255317	22	3.0	22	78	8	71	33	22	21	22	1.97
257716--257753	19	2.0	19	94	0	67	39	0	13	47	1.42
258806--258885	23	3.7	23	69	19	82	17	20	8	53	1.69
259429--259502	25	3.0	25	72	5	62	39	16	2	41	1.62
259716--259760	17	2.6	18	82	3	56	44	2	0	53	1.13
259774--259816	15	2.7	16	82	7	52	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259767--259818	25	2.1	25	82	7	61	38	0	1	59	1.08
260209--260246	15	2.5	15	95	0	67	47	0	0	52	1.00
260248--260454	22	8.0	22	67	26	81	35	0	11	52	1.38
260224--260681	54	8.4	54	77	14	458	35	0	11	53	1.37
260274--260569	31	10.6	30	74	24	269	34	0	11	53	1.38
260248--260681	164	2.7	164	91	5	699	35	0	11	53	1.38
260466--260507	21	2.0	22	95	4	77	33	0	14	52	1.42
260496--260548	14	3.6	14	71	14	52	35	0	7	56	1.28
260542--260615	22	3.2	21	70	17	58	31	0	12	56	1.36
260588--260649	32	2.0	31	96	3	115	33	0	12	53	1.39
260629--260671	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
262170--262197	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
271562--271623	26	2.4	26	97	0	115	37	3	29	30	1.73
275806--275961	60	2.6	59	81	11	176	32	20	5	41	1.76
281628--281681	24	2.3	23	81	12	65	53	0	0	46	1.00
281865--281895	12	2.5	13	89	10	55	58	0	0	41	0.98
282292--282340	23	2.2	21	82	13	55	61	2	2	34	1.19
282648--282695	19	2.6	19	93	3	80	33	6	39	20	1.78
285657--285720	29	2.2	29	91	0	110	32	25	7	34	1.84
290808--290855	19	2.7	18	84	9	71	14	22	22	39	1.91
290808--290859	18	2.8	19	88	5	81	15	23	23	38	1.92
290858--290887	9	3.2	9	95	4	51	23	50	23	3	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292087--292133	23	2.0	23	100	0	94	12	25	12	48	1.77
298149--298237	9	9.3	9	71	11	61	16	25	25	31	1.97
298148--298186	20	2.0	20	100	0	78	15	23	25	35	1.94
298149--298194	10	4.7	10	79	12	51	13	21	28	36	1.91
298196--298235	19	2.1	19	85	0	53	22	25	25	27	2.00
298252--298287	7	5.1	7	93	0	54	13	25	27	33	1.94
301506--301582	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
302456--302560	29	3.6	29	89	0	147	33	20	5	40	1.77
307564--307872	47	6.6	47	93	2	516	22	24	10	43	1.84
310491--310524	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
311299--311336	19	2.0	20	89	5	60	36	7	52	2	1.45
313773--313810	16	2.3	16	95	4	67	26	7	28	36	1.84
323786--323838	8	6.9	8	85	12	67	83	0	3	13	0.79
323787--323836	22	2.2	23	89	10	77	84	0	4	12	0.76
324844--325427	221	2.6	220	94	2	1012	29	15	27	28	1.96
324837--325427	55	10.7	55	91	4	933	29	15	27	28	1.96
325747--325786	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
325796--325829	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
326833--326870	19	2.0	20	89	5	60	36	7	52	2	1.45
327632--327656	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
328040--328112	36	2.0	36	100	0	146	32	8	8	50	1.62
329528--329573	2	23.0	2	95	0	56	50	8	0	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333931--333976	24	1.9	24	100	0	92	21	15	23	39	1.92
338158--338208	6	8.5	6	80	0	57	47	0	45	7	1.32
343286--343353	21	3.2	20	74	15	66	27	13	19	39	1.89
344283--344309	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
346670--346702	17	2.0	17	88	5	50	51	12	3	33	1.54
349673--349714	21	2.0	21	95	0	75	35	4	35	23	1.76
352404--352453	16	3.2	16	75	11	50	60	4	8	28	1.43
352541--352631	18	6.1	15	74	23	59	49	4	2	43	1.34
352550--352670	13	9.5	12	71	16	61	47	4	4	43	1.44
352565--352670	13	8.3	13	68	18	71	47	5	3	43	1.45

Tables:   1   2   3   4