genome.fa.s9644.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009644.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117060_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611714

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335--1620	103	12.5	103	81	5	1403	37	10	17	34	1.84
335--6448	207	30.1	206	75	9	4495	38	9	17	34	1.82
1637--4600	104	29.1	103	78	6	2589	38	9	17	34	1.82
1449--1809	189	1.9	188	82	6	453	38	8	19	33	1.83
1637--6322	309	15.3	306	73	10	2807	38	9	17	34	1.82
2414--6256	205	19.0	194	68	15	626	38	9	17	34	1.82
2414--2796	196	2.0	195	86	3	547	38	7	20	33	1.81
1645--4600	614	4.8	605	77	8	2267	38	9	17	34	1.82
3875--6322	103	24.0	100	73	11	707	38	9	17	34	1.82
3908--4600	308	2.3	305	78	6	758	38	9	16	34	1.82
4547--4655	55	2.0	56	83	8	143	42	12	22	22	1.87
4444--4738	159	1.9	158	84	3	405	39	12	19	28	1.88
4606--4834	102	2.2	104	83	3	286	39	10	17	32	1.84
4750--5028	150	1.9	148	80	3	326	37	7	17	36	1.79
4900--6322	102	14.0	102	77	7	1094	38	8	17	34	1.81
5766--5949	91	2.0	90	84	5	237	38	7	21	33	1.80
6237--6410	88	2.0	87	82	5	208	42	7	17	32	1.77
7190--7261	24	2.9	24	89	4	108	30	18	12	38	1.87
12070--12134	22	3.0	22	93	0	103	10	21	46	21	1.82
18646--18680	14	2.5	14	100	0	70	34	28	22	14	1.93
18646--18683	7	5.4	7	87	0	58	31	28	23	15	1.96
18717--18796	9	8.3	9	75	13	61	30	26	27	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18723--18797	29	2.5	31	87	8	111	30	26	25	17	1.97
18759--18797	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
20341--20397	12	4.8	12	76	8	53	21	17	14	47	1.82
20344--20408	24	2.7	24	78	0	76	21	15	12	50	1.76
25420--25526	48	2.2	49	88	3	155	21	11	16	50	1.76
25420--25526	24	4.5	24	79	2	117	21	11	16	50	1.76
26768--26795	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
30537--30669	24	5.5	24	82	5	126	18	14	16	50	1.78
30578--30663	12	7.3	11	74	14	73	16	13	17	52	1.75
30537--30662	48	2.6	48	80	5	139	19	15	16	49	1.80
31408--31956	103	5.3	100	78	7	521	38	12	16	32	1.86
31408--31955	208	2.7	207	79	6	492	38	12	16	32	1.86
31905--31986	30	2.7	30	94	0	137	35	8	15	40	1.78
31816--32080	133	2.0	131	85	2	352	37	9	16	36	1.81
31698--32190	235	2.1	237	81	6	572	37	9	17	36	1.82
31935--32779	103	8.4	101	72	13	380	38	8	18	34	1.81
32235--32843	103	5.9	104	78	7	555	37	9	18	34	1.83
32283--32728	205	2.2	205	81	6	510	38	8	19	32	1.83
32806--32877	37	2.0	37	91	2	119	47	12	16	23	1.81
32837--40319	103	73.9	103	79	7	7110	38	10	17	34	1.83
32603--33086	244	2.0	242	82	5	582	38	10	18	33	1.84
36988--37066	36	2.2	37	81	2	88	37	13	17	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37967--38324	190	1.9	190	84	5	483	38	8	18	34	1.82
38275--38327	28	1.9	27	88	3	79	37	7	13	41	1.72
38215--40319	397	5.2	395	80	8	1933	38	9	17	34	1.83
39968--40140	90	1.9	90	85	0	238	34	12	17	35	1.88
39782--40316	295	1.8	297	85	3	756	36	8	18	36	1.82
44159--44219	32	1.9	32	83	6	79	31	31	21	16	1.95
45264--45326	27	2.3	27	76	10	65	25	7	17	49	1.74
49195--49284	27	3.3	27	87	1	108	24	6	22	46	1.75
49236--49294	27	2.2	27	100	0	118	28	11	16	42	1.84
50142--50188	21	2.2	21	84	0	58	42	23	17	17	1.88
51008--51076	26	2.7	26	88	0	93	30	18	27	23	1.98
55347--55689	170	2.0	173	96	2	640	30	18	16	34	1.93
57661--57733	35	2.1	36	94	2	130	21	32	1	43	1.61
58253--58283	15	2.1	15	100	0	62	29	38	12	19	1.89
67092--67194	16	6.6	16	71	11	70	36	7	10	44	1.68
67116--67194	30	2.6	30	91	0	122	37	6	8	46	1.60
67147--67206	14	4.2	14	74	16	52	41	8	10	40	1.69
69196--69243	22	2.2	22	84	0	60	10	20	0	68	1.18
69202--69244	22	2.0	22	90	0	68	9	25	0	65	1.22
72824--72881	30	1.9	30	85	3	80	22	17	12	48	1.80
79856--79882	11	2.5	11	100	0	54	29	29	11	29	1.91
82895--82979	26	3.3	26	91	1	136	18	14	31	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87764--87890	54	2.4	54	89	0	191	27	16	19	36	1.93
88006--88130	54	2.3	54	90	2	189	24	15	22	37	1.93
88280--88419	54	2.6	54	85	2	174	24	13	24	37	1.91
88674--88814	53	2.6	53	84	3	167	29	16	20	33	1.94
88790--89123	153	2.2	153	86	3	456	41	12	16	29	1.86
89085--89199	54	2.1	54	86	0	158	26	15	20	37	1.93
89099--89228	54	2.4	54	89	1	190	26	14	23	35	1.93
91921--92010	34	2.6	35	89	3	128	27	18	17	35	1.94
96792--96898	34	3.1	35	88	9	155	26	21	18	33	1.96
98784--98813	15	1.9	16	93	6	53	40	6	13	40	1.71
100545--100579	8	4.4	8	85	0	52	28	0	0	71	0.86
100555--100604	23	2.2	23	82	10	59	36	0	2	62	1.07
102090--102129	21	1.9	21	100	0	80	57	5	0	37	1.21
108264--108365	24	4.2	24	77	5	98	20	15	16	47	1.83
110086--110120	17	2.1	17	88	0	52	31	2	2	62	1.24
110295--110336	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
113394--113447	20	2.8	20	81	13	53	18	7	5	68	1.33
114445--114481	19	2.0	18	89	5	56	45	0	21	32	1.52
115716--115758	8	5.0	8	91	8	59	81	0	18	0	0.69
115716--115761	16	2.6	18	90	10	69	80	0	19	0	0.71
115719--115761	18	2.2	20	84	12	63	79	0	20	0	0.74
115716--115763	15	3.1	16	88	8	64	79	0	20	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118003--118115	54	2.1	54	90	3	174	38	15	22	23	1.92
118479--118579	22	4.6	22	96	2	186	32	16	13	36	1.89
118479--118579	43	2.3	44	96	1	186	32	16	13	36	1.89
119209--119333	45	2.8	45	91	0	196	24	22	20	32	1.98
119276--119487	77	2.8	77	85	0	273	26	19	20	33	1.96
119429--119532	45	2.3	45	85	3	129	26	20	19	33	1.96
119352--119655	121	2.5	122	85	2	394	27	19	20	32	1.97
119474--119615	76	1.9	76	90	0	230	26	19	19	33	1.96
119231--119609	198	1.9	198	89	3	593	25	19	20	33	1.97
119560--119711	47	3.3	47	83	3	200	30	21	20	28	1.98
119550--119700	45	3.3	45	86	3	212	29	19	19	31	1.97
119429--119830	168	2.4	166	87	5	576	27	20	19	32	1.97
119718--119830	45	2.5	45	83	2	136	27	20	18	33	1.96
119607--119920	121	2.6	121	90	2	490	28	20	18	33	1.96
121303--121336	17	2.0	17	88	0	50	29	2	2	64	1.22
123975--124008	18	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
127785--127834	24	2.1	24	100	0	100	24	26	12	38	1.90
129681--129714	18	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
135104--135172	28	2.5	27	78	19	79	53	0	4	42	1.20
135340--135370	15	2.0	16	93	6	55	19	22	6	51	1.69
141217--141290	29	2.5	28	80	10	69	18	8	8	64	1.45
144156--144745	59	10.0	59	77	10	437	37	11	21	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144155--144717	118	4.8	118	78	8	495	37	11	21	29	1.89
144164--144618	177	2.6	177	81	6	496	36	10	22	30	1.88
144460--144646	60	3.2	59	86	8	231	35	12	21	29	1.91
144799--145063	44	6.0	44	93	0	431	40	6	19	33	1.77
145473--145512	21	1.9	21	94	0	71	25	25	25	25	2.00
149373--149475	30	3.5	29	72	10	75	60	9	10	19	1.57
150868--151371	129	3.9	128	82	5	597	26	18	31	23	1.97
150870--151641	46	18.1	44	65	18	190	25	18	31	24	1.98
151270--151410	42	3.4	42	70	13	130	22	17	30	29	1.97
151265--151430	81	2.0	82	95	1	298	22	17	31	28	1.97

Tables:   1   2   3   4