genome.fa.s10573.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010573.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125496, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  690509

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10875--11257	29	13.0	29	75	16	326	29	1	29	39	1.66
10875--11261	30	13.1	28	75	16	304	29	1	30	38	1.66
10876--11257	59	6.5	59	87	5	531	29	1	29	39	1.66
11940--11987	22	2.2	22	100	0	96	14	50	22	12	1.77
12214--12285	21	3.4	21	98	0	135	11	37	47	4	1.59
13022--13083	6	10.8	6	80	16	78	51	0	3	45	1.17
13022--13090	11	6.1	11	82	15	79	52	0	2	44	1.16
13022--13093	17	4.3	16	84	10	99	54	0	2	43	1.15
13776--14006	59	3.9	58	79	6	207	34	3	27	34	1.74
13818--14008	30	6.5	30	82	5	194	34	3	28	34	1.73
13819--14008	88	2.1	89	81	5	224	34	3	27	34	1.73
15820--16495	209	3.2	208	85	3	808	24	20	15	40	1.90
16234--16401	85	2.0	85	85	0	228	24	19	14	41	1.89
17279--17405	43	2.9	45	77	9	136	20	22	14	42	1.88
17330--17444	41	2.8	40	81	7	142	16	22	14	46	1.84
17293--17444	43	3.5	42	80	8	157	18	23	13	44	1.86
19058--19764	356	2.0	356	96	0	1315	28	20	15	35	1.94
28644--28781	30	4.7	29	81	5	136	34	2	27	34	1.72
29376--29434	28	2.1	28	84	6	75	20	8	1	69	1.23
29517--29552	18	2.1	17	90	10	56	13	8	0	77	0.98
40625--40678	21	2.6	21	80	11	65	37	20	9	33	1.84
56615--56662	17	2.8	18	78	6	55	72	0	27	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66412--66470	29	2.0	31	86	6	86	27	1	6	64	1.28
76558--76602	19	2.5	18	85	7	56	15	11	11	62	1.55
77187--77242	27	2.0	28	82	3	69	73	0	23	3	0.99
79861--79906	23	2.0	23	87	4	67	28	8	10	52	1.66
86997--87038	19	2.3	19	87	4	68	52	7	0	40	1.29
93211--93250	4	10.0	4	83	0	53	70	5	2	22	1.19
93361--93484	30	4.1	30	82	2	142	35	3	22	38	1.71
93373--93499	60	2.1	60	83	4	157	39	3	18	38	1.67
93486--93590	53	2.0	53	88	3	158	51	14	10	23	1.73
94641--94780	67	2.2	63	84	7	174	48	3	1	46	1.28
94642--94776	63	2.1	62	81	8	148	48	3	1	45	1.29
94760--94795	18	2.0	18	88	0	54	27	0	2	69	1.02
94635--94812	67	2.6	68	74	15	170	47	2	2	47	1.29
94796--94826	12	2.6	12	100	0	62	70	0	6	22	1.09
95443--95615	40	4.4	39	77	5	186	25	19	28	26	1.98
95445--95614	79	2.2	79	82	2	207	25	19	28	26	1.99
96106--96213	28	3.8	28	67	16	76	35	6	25	33	1.81
96167--96449	118	2.4	118	83	7	337	37	3	26	32	1.73
96196--96460	29	9.0	30	67	15	142	37	2	26	33	1.71
96166--96450	59	4.8	59	79	8	287	37	3	26	32	1.73
96730--96842	29	3.9	29	72	10	104	39	2	24	32	1.69
98733--98772	11	3.6	11	82	0	53	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98733--98836	6	18.5	6	70	13	60	50	5	2	40	1.41
98735--98833	17	5.9	17	73	3	94	53	6	3	37	1.41
98747--98835	34	2.7	33	80	1	106	53	6	3	35	1.44
99418--99547	39	3.3	39	82	4	138	25	25	29	20	1.99
99453--99559	39	2.7	38	81	8	117	28	23	28	20	1.99
99962--100365	97	4.2	96	88	2	533	14	26	20	38	1.91
99853--100381	146	3.6	144	77	6	483	14	25	20	39	1.91
99793--100381	49	12.1	49	77	5	478	15	25	20	38	1.92
101256--101350	6	16.0	6	71	16	65	1	18	3	76	0.97
101258--101327	22	3.0	22	76	15	70	0	18	4	77	0.93
101292--101353	19	3.4	18	80	18	67	3	16	1	79	0.95
101258--101350	47	2.0	48	85	10	129	1	18	3	77	0.96
106428--106810	29	13.1	30	72	15	229	39	1	25	33	1.67
106428--106797	59	6.3	58	80	7	335	39	1	24	33	1.65
106429--106800	117	3.2	115	81	7	380	39	1	25	33	1.65
108677--108773	17	5.8	17	74	3	99	54	6	2	37	1.37
108687--108775	34	2.7	33	83	1	115	55	6	2	35	1.39
108677--108776	6	17.8	6	73	12	61	53	6	2	39	1.37
109248--109290	15	2.8	15	86	13	61	79	0	2	18	0.85
109250--109290	8	5.4	7	86	13	55	80	0	2	17	0.82
111217--111265	20	2.5	20	83	10	64	32	4	0	63	1.13
111230--111288	25	2.3	25	79	2	64	25	3	0	71	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111229--111274	19	2.5	19	86	10	60	28	0	0	71	0.86
112614--112660	21	2.2	21	100	0	94	38	14	21	25	1.92
115558--115595	18	2.1	18	95	0	67	36	7	0	55	1.29
116172--116220	9	5.6	9	73	22	50	28	2	2	67	1.13
116170--116219	26	2.0	26	88	4	75	30	2	2	66	1.14
118584--118637	28	1.9	28	85	7	74	37	14	5	42	1.69
127328--127369	17	2.4	17	88	4	57	21	28	2	47	1.63
127308--127355	24	2.0	24	83	0	60	18	35	2	43	1.62
129199--129240	17	2.4	17	88	4	57	47	2	28	21	1.63
129213--129260	24	2.0	24	83	0	60	43	2	35	18	1.62
137016--137051	7	5.1	7	100	0	72	72	13	13	0	1.13
138316--138358	22	2.0	22	100	0	86	9	6	13	69	1.35
141544--141597	21	2.5	22	77	14	60	33	24	12	29	1.92
164078--164116	20	2.0	20	90	10	62	10	17	10	61	1.55
166805--166862	12	4.8	12	80	20	59	77	0	18	3	0.91
166804--166862	23	2.4	24	83	13	68	77	0	18	3	0.90
166826--166863	13	2.9	13	80	11	51	81	0	18	0	0.69
167588--167712	30	4.2	30	80	10	132	28	4	21	44	1.72
169324--169639	79	4.0	80	85	2	395	25	18	24	31	1.98
169324--169815	40	12.4	41	70	11	251	26	18	25	29	1.98
169705--169770	33	2.0	33	93	0	114	27	21	27	24	1.99
169920--170148	97	2.4	97	85	2	302	24	28	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170492--170614	49	2.5	49	71	10	108	17	26	18	37	1.93
171032--171252	112	2.0	112	82	3	273	41	11	19	27	1.86
176073--176106	17	2.0	17	94	0	59	79	0	5	14	0.91
176169--176355	30	6.3	30	76	7	157	28	4	22	43	1.72
176182--176364	59	3.1	60	79	4	201	30	3	20	45	1.69
176182--176348	88	1.9	89	82	6	214	29	2	22	45	1.67
177310--177352	10	4.1	10	84	3	50	23	2	2	72	1.08
177351--177386	4	9.2	4	87	6	56	72	0	2	25	0.98
179332--179772	190	2.3	193	78	3	480	28	18	26	26	1.98
182865--182940	38	2.0	38	89	5	118	43	14	15	26	1.85
184474--185101	100	6.3	99	74	5	347	37	18	17	26	1.93
184830--185203	100	3.8	100	76	6	246	36	16	17	29	1.92
186995--187032	9	4.3	9	84	15	53	15	2	0	81	0.80
187165--187218	19	2.8	19	74	2	54	18	3	7	70	1.26
194011--194049	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
195537--195587	17	2.9	17	77	11	50	13	1	7	76	1.09
199537--199588	21	2.5	21	93	3	88	19	15	19	46	1.85
201476--201513	13	2.8	13	84	15	51	81	0	18	0	0.69
201476--201512	18	2.0	20	89	10	60	81	0	18	0	0.70
202438--202907	101	4.7	101	79	5	405	33	17	20	28	1.95
202539--202904	202	1.8	202	83	2	493	33	17	21	28	1.96
202901--202944	20	2.2	20	100	0	88	20	4	38	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202800--203026	119	1.9	121	82	1	287	32	15	22	28	1.95
203424--203466	22	1.9	23	95	4	79	69	11	2	16	1.28
204293--204343	25	2.0	25	84	0	66	60	0	15	23	1.35
204754--204818	17	3.9	17	77	15	57	18	1	4	75	1.05
204753--204821	12	5.4	12	76	22	54	18	1	4	75	1.05
204970--205007	14	2.6	14	91	4	58	23	0	0	76	0.79
204972--205023	19	2.7	20	87	3	70	21	0	1	76	0.87
208063--208106	2	22.0	2	80	0	52	45	0	54	0	0.99
211416--211602	90	2.1	92	85	6	256	45	9	9	35	1.70
211789--211848	22	2.7	24	75	15	65	45	8	0	46	1.33

Tables:   1   2   3