genome.fa.s11124.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011124.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126097, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  574181

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 270 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269--421	30	5.2	29	73	18	129	33	5	26	33	1.81
149--580	59	7.4	59	77	7	291	37	4	23	34	1.74
269--409	28	4.9	28	72	19	112	33	5	26	34	1.80
272--580	29	10.5	29	74	12	206	35	3	23	36	1.73
327--589	29	9.0	29	76	7	219	36	2	23	38	1.68
1045--1208	82	2.0	82	98	1	312	39	8	7	43	1.63
1385--1414	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
1665--1713	23	2.1	24	85	11	66	24	18	4	53	1.62
3732--3814	22	3.6	22	80	6	85	12	27	19	40	1.87
9549--9836	142	2.0	142	100	0	576	37	9	25	27	1.87
10647--10685	18	2.1	19	90	4	62	35	0	15	48	1.45
10900--10969	22	3.1	22	89	2	95	17	25	17	40	1.90
11471--11501	15	2.1	15	93	0	53	25	16	12	45	1.83
14705--14832	25	5.1	25	83	3	152	33	25	16	24	1.96
14705--14832	50	2.6	50	84	2	168	33	25	16	24	1.96
32159--32197	20	1.9	20	84	5	51	74	2	10	12	1.17
33293--33355	33	1.9	33	90	0	99	44	15	22	17	1.86
33423--33911	245	2.0	245	99	0	960	39	10	12	38	1.77
43585--43620	2	18.0	2	94	0	63	50	47	2	0	1.15
43620--43649	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
46645--47295	261	2.5	261	77	6	670	37	17	16	29	1.91
51215--51256	21	2.0	21	100	0	84	23	23	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57529--57590	30	2.1	30	85	8	83	53	8	6	32	1.56
58355--58495	6	25.0	6	68	17	88	43	0	3	52	1.23
58349--58466	17	6.9	17	81	4	139	43	0	2	53	1.20
58378--58431	11	4.7	11	75	8	54	44	0	1	53	1.11
58349--58466	35	3.4	34	79	5	139	43	0	2	53	1.20
58349--58495	17	9.1	16	72	17	108	42	0	3	53	1.22
60213--60318	30	3.6	30	78	13	107	37	27	1	33	1.68
60228--60558	29	11.5	28	69	17	141	36	26	3	33	1.73
60233--60319	30	2.9	30	87	3	131	39	26	2	32	1.69
60391--60607	89	2.5	88	88	5	314	37	24	4	33	1.76
60420--60576	29	5.4	29	78	9	149	37	26	5	31	1.78
64933--64962	11	2.7	11	89	0	51	90	0	3	6	0.56
65470--65538	6	10.8	6	77	11	57	76	0	20	2	0.91
65496--65538	13	3.4	12	87	9	59	76	0	18	4	0.95
65521--65553	16	2.1	16	88	5	50	78	3	15	3	0.99
65472--65558	13	7.2	12	70	21	58	74	1	21	2	0.99
66969--67104	41	3.2	41	80	8	157	31	16	15	36	1.90
67245--68489	209	6.0	209	87	2	1631	37	17	22	22	1.94
68866--68982	11	10.5	11	69	12	69	45	1	3	49	1.29
68911--68947	17	2.2	17	95	0	65	45	0	0	54	1.00
68865--68976	6	20.0	6	71	15	80	43	1	3	50	1.29
69635--69673	10	3.8	10	81	18	53	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70724--70934	60	3.6	59	77	13	209	36	27	3	32	1.75
70704--70991	29	9.8	29	71	13	144	36	27	4	32	1.77
70705--70992	89	3.3	86	83	9	314	36	27	4	32	1.76
73847--73884	20	1.9	20	94	0	67	52	2	2	42	1.29
82937--82984	6	8.2	6	76	4	53	54	2	2	41	1.24
82937--83015	41	1.9	41	84	5	106	51	3	6	37	1.45
85404--85583	42	4.3	42	80	8	170	23	24	11	40	1.87
85404--85583	84	2.1	84	82	7	213	23	24	11	40	1.87
86376--86419	20	2.2	20	83	4	52	34	15	2	47	1.58
97756--97793	19	2.0	19	85	10	51	13	2	23	60	1.45
102274--102446	86	2.0	86	98	0	337	31	10	19	37	1.87
115598--115632	6	6.2	6	87	12	56	14	0	0	85	0.59
125401--125440	19	2.1	19	90	0	62	35	25	5	35	1.78
127169--127323	77	2.0	77	97	0	292	25	22	10	41	1.86
132154--132203	24	2.1	24	84	0	64	30	2	26	42	1.66
134714--134752	17	2.2	18	86	4	53	30	2	15	51	1.57
138897--139133	128	1.9	128	97	0	447	40	17	17	24	1.91
139130--139244	43	2.7	43	88	0	167	32	19	20	28	1.96
139670--139803	66	2.0	66	81	2	153	12	23	20	43	1.86
142112--142156	21	2.1	21	91	0	72	40	22	11	26	1.87
142737--142904	41	4.1	41	85	2	230	25	25	9	39	1.86
142737--142904	81	2.0	82	86	2	230	25	25	9	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144689--144732	22	2.0	22	100	0	88	31	18	13	36	1.90
149828--150095	41	6.5	41	84	3	315	24	25	11	38	1.88
150798--150888	3	30.3	3	97	0	173	67	0	31	1	0.98
150884--150909	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
154973--155000	6	4.7	6	100	0	56	32	0	14	53	1.41
155102--155136	8	4.4	8	85	0	52	57	2	0	40	1.14
155054--155162	49	2.2	48	81	12	134	44	1	6	47	1.39
155106--155139	16	2.1	16	94	0	59	50	2	0	47	1.16
155079--155195	49	2.2	53	85	13	154	44	0	5	49	1.30
155198--155334	44	3.2	43	71	10	129	43	1	10	44	1.47
155168--155408	76	3.1	77	82	8	333	46	1	8	43	1.42
155306--155351	8	5.5	8	82	10	56	63	2	0	34	1.07
155316--155352	18	2.1	18	100	0	74	59	0	0	40	0.97
156830--156862	16	2.1	16	100	0	66	57	0	0	42	0.98
157509--157537	13	2.1	14	93	6	51	86	13	0	0	0.58
157999--158109	42	2.6	42	82	4	125	22	27	15	35	1.94
159537--159676	41	3.5	41	81	1	158	22	24	16	37	1.94
164521--164571	20	2.5	21	83	6	68	37	3	9	49	1.55
167348--167389	7	6.0	7	100	0	84	28	0	42	28	1.56
168417--168488	34	2.1	34	94	0	126	54	0	16	29	1.43
170463--170505	22	2.0	22	85	0	59	30	2	0	67	1.03
170736--170803	33	2.1	33	97	0	127	27	16	7	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171526--171569	20	2.2	20	91	0	70	34	0	0	65	0.93
171661--171690	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
180280--180325	22	2.1	22	100	0	92	50	19	8	21	1.75
184862--184986	62	2.0	62	96	0	232	30	24	16	28	1.97
185125--185243	35	3.4	35	76	4	132	29	25	22	22	1.99
185098--185255	70	2.3	70	89	0	244	30	22	23	23	1.99
186534--186568	15	2.3	15	90	0	52	57	28	5	8	1.52
186541--186573	15	2.2	15	100	0	66	57	24	6	12	1.57
209634--209665	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
215167--215946	337	2.3	334	89	4	1182	33	20	13	33	1.91
216434--217321	333	2.7	335	93	2	1490	37	20	12	29	1.89
218286--218447	81	2.0	81	98	0	315	44	11	11	32	1.76
225806--225869	24	2.7	24	95	0	110	50	9	14	26	1.73
233025--233059	3	11.7	3	87	0	52	0	25	0	74	0.82
233025--233059	12	2.9	12	95	0	61	0	25	0	74	0.82
234254--234284	16	2.0	16	93	6	55	38	3	19	38	1.68
237070--237211	23	6.2	23	90	3	178	10	27	23	38	1.87
237070--237211	46	3.1	46	89	0	212	10	27	23	38	1.87
237070--237211	69	2.1	69	86	2	196	10	27	23	38	1.87
237176--237250	39	1.9	39	88	0	114	13	22	21	42	1.87
241959--242008	21	2.3	22	82	3	66	50	0	0	50	1.00
241951--242015	16	3.8	16	75	18	67	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242273--242313	15	2.6	17	74	18	52	51	7	24	17	1.70
246761--246827	27	2.5	27	100	0	134	23	19	4	52	1.64
251498--251535	18	2.2	18	86	9	53	60	10	5	23	1.50
252644--252698	21	2.7	20	83	8	65	34	12	0	52	1.40
252644--252699	7	8.0	7	76	7	51	33	12	0	53	1.39
252645--252711	35	1.9	35	84	0	89	34	13	1	50	1.51
256325--256378	14	3.6	14	78	9	54	31	1	3	62	1.23
256352--256405	26	2.1	25	83	10	65	37	3	5	53	1.42
276158--276200	18	2.4	18	85	11	54	30	4	0	65	1.13
276183--276240	27	2.1	27	81	12	66	25	3	1	68	1.14

Tables:   1   2   3