genome.fa.s13174.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013174.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128193, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  308382

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3296--3329	16	2.1	17	88	5	52	29	14	8	47	1.75
4202--4239	2	19.5	2	91	5	60	55	0	44	0	0.99
9705--9782	28	3.0	25	79	17	88	42	0	1	56	1.07
9700--9782	27	3.0	26	78	15	87	42	0	1	56	1.07
12779--12811	17	1.9	18	88	11	52	57	0	9	33	1.30
15126--15183	28	2.1	27	87	3	80	31	5	31	32	1.80
15101--15232	30	4.5	27	78	10	95	34	4	25	35	1.77
16385--16431	6	8.2	6	83	9	62	55	2	0	42	1.12
16388--16431	17	2.6	17	92	0	70	56	2	0	40	1.11
16385--16431	11	4.1	12	83	8	62	55	2	0	42	1.12
16996--17955	39	24.7	39	70	10	491	25	18	30	25	1.98
16916--17216	78	3.9	77	79	6	284	25	17	29	26	1.98
16916--17204	155	1.9	156	82	2	375	25	18	29	26	1.98
17123--17994	117	7.5	116	74	6	546	25	18	30	25	1.98
17190--17994	78	10.3	78	82	3	809	25	18	30	25	1.98
29781--30108	29	11.1	30	75	11	177	34	3	26	35	1.72
29776--30108	59	5.6	59	77	11	258	34	3	26	36	1.72
29782--30115	30	11.3	29	75	12	193	35	3	25	35	1.73
31404--31435	11	2.8	12	90	9	50	34	3	0	62	1.11
32035--32099	6	11.2	6	76	12	64	56	1	1	40	1.18
32038--32099	17	3.6	17	91	4	97	58	1	1	38	1.18
40081--40111	8	3.8	8	95	4	53	19	0	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40080--40112	9	3.8	9	84	8	50	18	0	3	78	0.87
40077--40132	29	1.9	29	81	0	67	25	0	5	69	1.09
49147--49277	26	5.0	26	77	3	120	15	29	24	31	1.95
49142--49284	52	2.8	52	76	4	144	14	30	23	30	1.95
49972--50000	14	2.0	15	93	6	51	68	3	0	27	1.05
51118--51161	14	3.0	14	83	6	52	61	4	11	22	1.48
51260--51672	29	14.1	29	73	14	280	35	2	24	37	1.71
51271--51585	59	5.4	57	80	11	259	36	2	24	36	1.70
51473--51585	28	4.0	28	85	1	136	38	3	21	36	1.71
51260--51637	89	4.3	84	75	13	234	35	2	24	36	1.70
52585--52626	13	3.2	13	80	6	50	35	0	0	64	0.94
53325--53409	17	5.1	17	78	5	93	55	4	1	38	1.29
55606--55649	22	2.0	22	90	0	70	38	11	15	34	1.84
61500--61541	14	3.1	14	83	6	52	52	4	0	42	1.22
61585--61618	17	2.0	17	88	11	52	64	0	0	35	0.94
61874--61913	19	2.0	20	85	4	55	42	2	30	25	1.68
62181--62215	18	1.9	18	94	0	61	37	25	11	25	1.90
69709--69804	47	2.0	47	100	0	192	56	14	6	22	1.61
75616--75677	29	2.1	30	87	6	90	41	17	8	32	1.79
75590--75677	31	2.9	31	80	9	94	43	15	7	32	1.76
75635--75702	31	2.4	27	76	13	73	41	13	10	35	1.78
78340--78422	25	3.3	25	83	3	87	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84046--84084	18	2.2	18	86	9	53	20	23	0	56	1.42
87034--87128	25	3.9	24	81	4	93	29	15	23	31	1.95
87055--87162	50	2.2	50	80	8	114	31	15	24	28	1.96
97300--97332	6	5.5	6	92	0	57	63	0	36	0	0.95
101075--101137	30	2.1	30	87	0	90	23	30	34	11	1.90
107080--107149	24	3.0	24	89	6	99	27	24	21	27	1.99
112453--112568	54	2.1	54	90	4	180	50	6	9	34	1.60
114531--114580	25	2.0	25	92	0	82	36	4	36	24	1.74
119418--119470	22	2.5	22	87	3	72	58	0	3	37	1.16
126914--126963	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
133168--133208	2	20.0	2	85	5	55	46	4	2	46	1.37
134998--135034	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
142652--142706	15	3.9	14	77	15	51	25	9	3	61	1.42
142961--143049	11	7.9	11	79	9	56	37	3	2	57	1.28
142973--143039	6	11.7	6	81	9	86	41	2	1	53	1.25
142962--143049	17	5.2	17	90	0	122	37	3	2	56	1.28
142973--143039	23	2.9	23	84	8	75	41	2	1	53	1.25
144734--145033	30	9.9	30	70	18	151	36	24	1	38	1.63
144738--144826	31	2.9	30	75	11	90	40	22	1	35	1.62
144809--145094	30	9.6	29	71	17	160	33	25	1	38	1.67
144778--145002	121	1.8	123	85	3	321	35	24	0	40	1.61
144794--145094	59	5.1	59	83	6	313	33	26	1	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150457--150513	27	2.1	27	83	6	71	36	1	0	61	1.07
151173--151223	16	3.3	15	76	13	59	25	1	1	70	1.08
151170--151225	14	4.0	14	79	20	64	26	1	1	69	1.08
151292--151330	19	2.1	18	90	4	60	38	0	5	56	1.22
152122--152164	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
152299--152346	20	2.3	20	82	3	60	43	2	4	50	1.33
153174--153206	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
153175--153224	21	2.4	22	80	10	59	46	2	2	50	1.24
155933--155966	14	2.4	14	95	0	59	44	26	0	29	1.55
162382--162447	23	2.9	23	90	4	98	13	21	19	45	1.85
171045--171072	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
171083--171109	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
174869--174993	63	2.0	63	95	0	223	25	34	24	15	1.94
177731--177774	21	2.1	21	87	4	63	43	6	4	45	1.51
179794--179860	6	11.3	6	75	9	57	41	4	1	52	1.31
179785--179845	19	3.4	18	86	8	88	39	3	1	55	1.26
179794--179860	11	5.7	12	72	10	57	41	4	1	52	1.31
179794--179860	17	3.8	17	84	4	71	41	4	1	52	1.31
181659--182056	30	13.4	29	77	8	367	38	26	2	33	1.68
181659--182056	59	6.7	58	85	3	483	38	26	2	33	1.68
192504--192890	201	1.9	200	90	1	614	34	18	23	22	1.96
192655--193199	261	2.1	261	91	1	878	34	19	22	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192983--193348	194	1.9	194	86	0	516	36	16	22	23	1.94
193731--193797	11	5.7	12	73	16	59	43	4	0	52	1.21
193731--193797	6	11.3	6	75	15	59	43	4	0	52	1.21
193718--193802	36	2.4	35	84	7	118	41	4	1	52	1.30
195566--195998	29	14.8	29	78	12	399	37	28	2	31	1.69
195566--195998	59	7.4	59	85	4	547	37	28	2	31	1.69
195566--195998	117	3.7	117	87	4	597	37	28	2	31	1.69
202567--202631	6	11.3	6	77	9	73	43	1	1	53	1.19
202566--202636	17	4.2	17	87	0	97	40	1	2	54	1.23
202567--202656	34	2.7	33	86	5	110	46	2	2	48	1.26
202571--202628	11	5.2	11	77	8	55	44	1	1	51	1.21
202570--202645	17	4.5	17	80	6	82	46	2	2	48	1.30
202608--202656	17	2.9	17	81	3	55	53	2	2	42	1.24
202815--202906	47	2.0	47	97	0	175	41	33	9	15	1.80
203493--203531	9	4.1	9	84	12	51	46	0	0	53	1.00
204751--205048	30	10.1	29	79	10	275	34	27	3	34	1.75
204751--205021	89	3.0	87	81	9	307	34	26	2	35	1.72
204792--205117	118	2.8	118	83	6	360	34	28	3	33	1.74
204761--205021	59	4.4	59	87	2	328	35	26	3	34	1.72
204800--205131	59	5.6	58	78	7	239	35	27	3	33	1.74
226224--226555	29	11.3	29	73	14	236	33	28	4	33	1.77
226239--226549	58	5.3	59	81	9	318	34	27	4	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226239--226555	87	3.6	86	76	9	286	34	28	4	33	1.77
228744--228821	29	2.7	29	89	2	111	37	26	6	29	1.81
228744--228845	29	3.4	30	81	4	91	38	24	4	32	1.77
228812--228967	29	5.2	30	75	11	124	35	21	1	41	1.62
228961--229016	30	1.9	29	89	7	87	35	23	5	35	1.78
233207--233259	24	2.2	24	80	6	63	50	13	26	9	1.71
241329--241699	39	9.6	38	67	18	149	26	29	18	24	1.98
241305--241738	78	5.6	77	81	1	456	25	29	19	25	1.99
241363--241759	39	10.2	39	67	10	141	25	29	18	26	1.98
241315--241774	155	3.0	155	80	2	512	25	29	19	26	1.98

Tables:   1   2