genome.fa.s14112.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014112.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129143, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  360202

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8083--8125	4	11.0	4	80	5	52	18	0	6	74	1.04
8085--8125	12	3.5	12	96	3	75	17	0	7	75	1.02
8144--8225	23	3.5	23	80	5	76	30	12	18	39	1.87
10764--10790	6	4.5	6	100	0	54	66	0	33	0	0.92
15063--15137	35	2.1	35	90	0	114	37	6	17	38	1.76
15177--15219	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
15246--15277	15	2.1	16	94	5	57	0	15	0	84	0.63
15449--15523	37	2.0	37	100	0	150	41	10	5	42	1.62
15459--15518	19	3.2	19	63	13	52	41	11	5	41	1.63
17967--18215	24	9.9	24	69	14	153	32	16	28	22	1.96
17883--18242	52	7.0	50	74	14	198	35	16	25	22	1.95
17916--18086	76	2.2	76	86	2	236	33	18	27	21	1.96
17909--18242	128	2.6	128	84	4	442	34	16	26	23	1.95
18044--18292	76	3.2	76	90	2	356	34	15	27	23	1.94
18196--18257	28	2.2	28	85	2	81	41	14	19	24	1.88
22024--22066	18	2.4	18	88	7	61	53	0	2	44	1.13
24052--24117	32	2.1	32	100	0	132	27	18	24	30	1.98
29831--30029	91	2.2	91	89	0	308	23	15	27	33	1.95
31864--31929	26	2.5	26	78	11	73	69	3	10	16	1.29
31867--31930	25	2.6	24	81	13	69	70	3	10	15	1.28
32569--32611	13	3.3	13	80	6	52	11	4	4	79	1.04
33457--33504	25	1.9	25	83	8	62	35	18	2	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42051--42081	6	5.0	6	92	7	53	35	0	0	64	0.94
42198--42232	14	2.4	14	85	4	52	37	11	11	40	1.77
43682--43737	4	14.0	4	84	0	58	0	60	0	39	0.97
43681--43736	8	7.0	8	93	0	94	0	62	0	37	0.95
44320--44445	62	2.0	62	96	0	234	34	10	8	46	1.69
44521--44579	31	1.9	31	85	0	82	37	10	11	40	1.76
45138--45176	21	1.9	20	84	5	51	43	5	7	43	1.55
46671--46719	22	2.2	22	92	0	80	53	14	10	22	1.71
48085--48159	24	3.1	24	86	0	105	56	8	9	26	1.59
50093--50167	24	3.1	24	86	0	105	54	8	9	28	1.60
51913--51997	21	4.0	21	86	3	116	38	12	9	38	1.76
51915--51999	43	2.0	43	90	0	134	38	12	9	38	1.76
59323--59377	22	2.5	22	84	0	74	16	30	30	21	1.95
59317--59377	11	5.5	11	74	0	59	18	31	29	21	1.96
60434--60476	3	15.0	3	90	9	72	32	0	0	67	0.91
66721--66782	23	2.8	22	75	4	61	41	4	1	51	1.33
66700--66755	30	2.0	28	82	10	69	42	5	0	51	1.24
70527--70606	40	2.0	40	100	0	160	37	0	22	40	1.54
72731--72779	21	2.2	24	85	10	68	44	18	4	32	1.68
77783--77831	21	2.2	24	85	10	68	44	18	4	32	1.68
79510--79578	32	2.2	33	84	10	90	26	15	11	46	1.80
80205--80275	30	2.3	29	79	9	79	50	1	2	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80959--80994	18	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
85666--85715	14	3.6	14	82	15	59	0	12	18	70	1.17
85962--85999	20	1.9	20	89	10	60	18	0	34	47	1.49
86236--87407	210	5.6	209	83	3	1394	24	21	15	38	1.93
86486--86642	85	1.8	86	83	1	208	23	24	12	40	1.88
86893--86984	48	1.9	48	86	4	132	25	19	15	40	1.90
86237--87410	418	2.8	420	84	3	1537	24	21	16	37	1.93
86909--87064	85	1.8	85	84	0	213	24	23	14	37	1.93
87119--87276	85	1.9	85	83	0	208	24	23	15	36	1.94
87422--87735	41	7.6	41	84	3	369	31	18	18	30	1.95
87446--87735	82	3.5	82	89	2	411	31	20	17	31	1.95
88955--89003	23	2.1	24	84	3	64	0	22	0	77	0.77
88965--89003	12	3.2	12	89	10	62	0	15	0	84	0.62
88965--89004	19	2.1	19	90	9	64	0	15	0	85	0.61
88965--89015	19	2.7	19	85	11	61	3	13	0	82	0.81
89923--89958	12	3.1	11	88	11	54	0	13	0	86	0.58
89925--89958	15	2.4	14	90	5	50	0	11	0	88	0.52
95074--95128	15	3.9	14	75	15	51	0	14	18	67	1.24
95058--95125	21	3.3	20	68	22	52	0	16	17	66	1.26
95729--95888	48	3.6	45	73	17	147	24	21	15	38	1.92
95729--95888	85	1.9	85	90	0	257	24	21	15	38	1.92
95672--96522	210	4.1	210	87	2	1183	23	21	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95674--96522	418	2.0	419	88	0	1270	23	21	17	37	1.94
96357--96513	85	1.8	85	83	0	206	23	23	16	36	1.94
97387--97596	68	3.1	67	85	2	242	23	21	18	36	1.95
99986--100231	123	2.0	123	99	0	483	35	15	14	33	1.89
104970--105013	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
111019--111102	32	2.5	32	80	18	91	35	3	1	59	1.22
111019--111105	33	2.5	35	82	15	103	35	3	1	59	1.22
111095--111169	33	2.3	34	88	4	109	34	8	0	57	1.28
111113--111170	17	3.4	17	67	9	55	32	10	0	56	1.33
116057--116101	17	2.6	17	100	0	90	60	0	35	4	1.17
119006--119054	24	2.0	24	96	0	89	53	10	0	36	1.35
126295--126375	30	2.7	30	88	1	110	27	18	19	34	1.95
128546--128997	81	5.5	81	78	9	388	43	11	11	32	1.78
128600--128999	163	2.4	163	82	8	454	44	11	11	32	1.77
136627--136682	7	8.1	7	80	4	60	33	25	23	17	1.96
136624--136679	27	2.1	27	86	0	76	39	23	19	17	1.92
136750--136807	27	2.3	27	91	8	95	10	1	32	55	1.44
140519--140581	3	20.7	3	90	3	99	66	0	1	31	1.01
141627--141663	13	2.8	13	95	0	65	35	24	24	16	1.95
141627--141665	7	5.9	7	82	11	55	33	25	25	15	1.95
141658--141707	22	2.3	22	82	6	57	32	20	28	20	1.97
141754--141812	27	2.1	28	90	6	93	10	1	32	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151593--152206	308	2.0	308	87	1	899	34	12	22	31	1.91
152526--152575	26	1.9	26	83	0	64	52	10	10	28	1.67
158648--158683	17	2.1	17	89	0	54	55	2	0	41	1.14
159320--159350	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
159435--159482	23	2.0	23	84	8	60	37	2	8	52	1.44
164214--164352	36	3.9	36	87	0	179	23	14	24	37	1.92
174633--176282	179	9.2	179	92	1	2677	39	21	13	26	1.90
176118--176434	151	2.1	151	93	2	539	41	22	13	22	1.89
176268--177284	357	2.8	358	95	1	1790	38	22	13	25	1.91
176268--177284	180	5.7	180	94	1	1760	38	22	13	25	1.91
178310--178351	5	8.4	5	81	7	50	73	0	0	26	0.83
178310--178363	19	2.9	19	86	2	65	70	0	0	29	0.88
178337--178380	8	5.1	8	79	15	52	63	0	0	36	0.95
178342--178383	19	2.2	19	87	8	59	69	0	0	30	0.89
178342--178383	20	2.2	19	86	4	57	69	0	0	30	0.89
178643--178685	12	3.5	12	75	6	50	58	18	0	23	1.40
178644--178695	25	2.0	26	92	3	88	55	17	3	23	1.58
178860--178906	24	1.9	25	86	4	69	72	4	0	23	1.02
182049--182086	20	2.0	20	94	5	69	63	2	2	31	1.22
189088--189178	29	3.1	29	72	12	89	31	5	25	37	1.79
189088--189206	29	4.1	28	71	16	82	31	4	26	38	1.75
189097--189296	59	3.4	58	80	8	194	32	3	27	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189135--189295	30	5.5	28	74	13	119	34	2	25	37	1.70
190941--191043	6	17.8	6	71	18	67	56	2	0	39	1.21
190939--191031	11	8.4	11	69	15	59	56	3	1	38	1.22
190948--191030	16	5.1	17	81	11	102	57	3	1	37	1.24
190949--191030	34	2.5	33	88	7	123	58	3	1	36	1.24
191516--191720	78	2.6	78	85	0	248	28	20	29	21	1.98
191575--191787	117	1.8	117	84	2	293	27	22	28	22	1.99
191655--191995	78	4.4	78	83	3	400	27	21	28	22	1.99
191616--191954	156	2.2	154	82	4	412	28	21	28	21	1.99
191576--191837	117	2.2	116	80	5	269	27	20	29	22	1.99

Tables:   1   2