genome.fa.s14197.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014197.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129230, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282627

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64--119	24	2.3	24	93	0	94	3	19	7	69	1.27
7177--7310	60	2.3	58	83	6	164	45	0	2	50	1.22
7286--7335	26	2.0	26	88	4	75	52	6	0	42	1.26
8220--8265	24	1.9	24	86	0	65	43	17	2	36	1.61
11508--11567	29	2.0	29	87	3	84	31	3	11	53	1.53
11758--11822	29	2.2	28	76	10	69	49	13	3	33	1.58
12005--12069	29	2.2	28	76	10	69	49	13	3	33	1.58
11708--12207	247	2.0	247	100	0	1000	42	13	8	35	1.75
13108--13151	22	2.0	23	86	13	65	40	4	40	13	1.65
14588--14797	28	7.5	28	85	1	233	14	17	22	45	1.85
14588--14797	56	3.8	56	83	1	260	14	17	22	45	1.85
17289--17652	195	1.9	191	83	3	469	24	26	19	29	1.98
22283--22730	195	2.3	195	84	3	564	24	28	20	27	1.99
25239--25283	20	2.2	20	81	11	56	42	17	0	40	1.50
27034--27174	45	3.1	45	78	8	151	9	6	16	67	1.39
27070--27130	23	2.7	23	80	10	72	13	6	16	63	1.48
27062--27186	24	5.4	23	74	6	83	11	8	15	65	1.46
27108--27198	24	3.9	23	78	8	85	10	7	14	67	1.42
27055--27198	46	3.1	46	79	7	121	11	6	15	66	1.42
27330--27365	11	3.2	11	88	4	54	25	0	8	66	1.19
27333--27381	12	4.3	11	80	10	53	24	0	6	69	1.11
27326--27381	23	2.5	22	74	8	58	28	0	7	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29518--29942	38	10.9	39	76	7	285	15	18	29	36	1.91
29560--29931	118	3.2	118	81	5	346	15	18	29	37	1.91
36503--36537	10	3.6	10	88	7	54	25	0	0	74	0.82
36495--36537	19	2.3	19	91	0	68	27	0	2	69	1.00
36495--36534	9	4.4	9	87	9	55	27	0	2	70	1.01
37178--37294	62	1.9	62	87	3	173	34	10	19	35	1.86
42432--42536	36	2.9	35	83	7	129	22	25	14	37	1.92
47683--47774	38	2.4	38	75	8	98	29	14	25	31	1.94
48912--48960	17	2.9	17	78	0	53	48	10	20	20	1.78
52143--52219	37	2.1	37	87	0	109	24	16	28	29	1.97
59024--59072	24	2.0	24	84	7	64	0	28	14	57	1.38
71717--71747	13	2.4	13	94	0	53	32	9	0	58	1.31
76567--76660	20	4.7	20	78	4	91	31	7	12	47	1.69
80356--80406	24	2.1	24	100	0	102	35	31	3	29	1.76
82066--82180	54	2.1	53	81	9	126	55	3	5	35	1.39
82159--82196	2	19.0	2	94	0	67	50	0	2	47	1.15
82358--82406	14	3.6	14	84	13	57	4	16	14	65	1.42
82693--82735	18	2.5	16	82	14	50	41	2	9	46	1.48
83387--83543	85	1.8	85	84	2	217	23	24	12	39	1.89
83108--83978	208	4.2	208	89	3	1270	23	21	16	38	1.92
83595--83750	85	1.8	85	81	2	197	23	24	12	39	1.90
83802--83969	85	2.0	85	84	2	221	25	22	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83980--84149	46	3.7	46	80	4	211	25	20	24	30	1.99
84293--84594	50	6.1	49	74	9	245	18	29	15	36	1.92
84189--84597	198	2.1	198	83	5	506	17	29	16	36	1.92
84154--84553	99	4.0	99	80	4	430	18	30	15	35	1.92
84192--84573	49	7.7	49	69	11	208	18	30	15	35	1.92
84154--84651	99	5.0	99	78	6	411	18	29	16	36	1.93
84189--84651	50	9.4	49	69	10	212	18	29	16	36	1.92
85555--85587	16	2.1	16	100	0	66	0	18	0	81	0.68
85591--85637	15	2.9	15	81	12	58	14	6	0	78	0.93
85560--85637	24	3.2	24	79	15	72	8	11	0	79	0.93
85555--85641	39	2.2	40	84	10	108	9	11	0	79	0.94
86567--86595	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
86569--86606	18	2.2	18	90	4	60	2	13	0	84	0.73
86832--86886	24	2.4	23	85	11	69	27	14	9	49	1.73
90323--90349	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
90885--90932	17	2.7	18	84	9	55	45	2	8	43	1.45
90885--90932	18	2.7	18	83	3	62	45	2	8	43	1.45
98030--98131	51	2.0	51	100	0	204	25	21	25	27	1.99
98615--98853	29	8.1	29	77	8	155	31	2	25	39	1.71
98615--98844	58	3.9	56	79	8	176	32	3	26	38	1.72
98670--98885	30	7.3	29	78	9	170	33	4	23	39	1.74
98634--98862	60	3.9	58	80	5	201	33	3	24	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100565--100609	11	4.0	11	82	2	54	48	2	0	48	1.13
100565--100685	6	21.0	6	70	16	69	54	4	0	40	1.25
100579--100680	17	6.1	17	83	4	136	56	3	0	38	1.24
100662--100688	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
101117--101598	39	12.4	39	71	13	244	24	19	32	24	1.98
101139--101516	78	4.8	78	81	3	395	24	20	31	23	1.98
109643--109678	6	6.0	6	86	0	54	16	30	16	36	1.91
110537--110575	20	2.0	20	85	10	53	28	25	2	43	1.68
113785--114056	30	9.1	29	77	11	171	34	1	23	39	1.66
113795--114056	60	4.4	58	78	9	217	34	1	23	39	1.66
115754--115816	11	5.5	11	78	3	63	52	1	0	46	1.10
115754--115816	6	11.0	6	76	10	69	52	1	0	46	1.10
115768--115834	17	4.1	17	88	5	102	58	1	0	40	1.07
115768--115834	33	2.0	33	88	5	100	58	1	0	40	1.07
116624--116809	76	2.4	76	79	1	185	37	15	19	27	1.91
116846--117325	75	6.5	75	74	8	363	35	13	23	27	1.93
116925--117051	68	1.9	68	85	3	175	33	14	26	25	1.94
116848--117335	143	3.3	150	78	5	386	35	13	23	27	1.92
122880--122940	15	4.1	14	77	8	59	44	3	3	49	1.35
125505--125533	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
132746--132827	18	4.6	18	69	1	58	29	19	23	28	1.98
136180--136221	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136298--136356	26	2.2	25	82	8	64	64	1	0	33	1.04
137624--137671	24	2.0	25	88	12	73	72	0	25	2	0.95
138344--138392	22	2.3	23	82	13	68	69	0	26	4	1.06
145658--145689	12	2.7	12	95	0	55	68	0	25	6	1.12
144967--148051	772	4.1	757	79	11	3097	35	8	21	35	1.83
147913--147976	8	7.9	8	77	8	58	65	0	31	3	1.08
148009--148034	12	2.2	12	100	0	52	30	0	7	61	1.24
149438--149472	9	3.9	9	84	0	52	25	2	0	71	1.00
149523--149579	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
149834--149863	15	2.0	15	93	0	51	16	6	13	63	1.50
162035--162364	158	2.1	158	82	3	396	22	23	24	30	1.99
165070--165095	7	3.7	7	100	0	52	0	26	0	73	0.84
165771--166004	41	5.6	42	84	4	233	37	10	25	26	1.88
165777--165975	41	4.8	41	88	1	245	37	10	25	26	1.88
165777--166009	82	2.8	82	79	5	263	37	10	25	26	1.88
169372--169535	82	2.0	82	96	0	301	29	25	2	42	1.68
170496--170537	21	2.0	21	90	0	66	21	16	11	50	1.77
173181--173215	9	3.9	9	84	0	52	25	2	0	71	1.00
173510--173544	11	3.3	11	92	4	54	28	0	5	65	1.15
173516--173554	10	3.9	10	90	6	53	23	0	5	71	1.05
177301--177360	17	3.5	16	78	13	66	28	0	3	68	1.05
175846--180508	779	6.1	764	81	8	4977	34	8	21	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178849--178896	20	2.3	21	89	7	71	29	2	0	68	1.01
179522--179585	28	2.3	27	84	7	76	67	0	31	1	1.00
179516--179570	17	3.3	17	76	20	53	69	0	30	0	0.89
179522--179587	24	2.6	25	80	9	71	68	0	30	1	0.99
180373--180403	12	2.6	12	94	0	53	32	0	0	67	0.91
180946--180974	12	2.4	12	100	0	58	31	0	0	68	0.89
181160--181213	25	2.3	23	84	12	65	20	0	7	72	1.08
181176--181216	11	3.6	12	77	9	50	26	0	4	68	1.10
182624--182723	43	2.3	43	87	3	148	32	11	13	44	1.78
183875--183934	21	2.9	21	87	0	84	35	25	15	25	1.94

Tables:   1   2