genome.fa.s14446.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014446.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129485, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  684930

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3337--3371	16	2.2	16	89	0	52	34	5	8	51	1.56
13849--13890	22	1.9	22	100	0	84	42	9	4	42	1.58
27694--27736	13	3.2	13	83	9	52	32	0	0	67	0.91
31559--31601	22	1.9	22	85	4	59	46	0	9	44	1.35
35245--35301	24	2.4	23	85	8	71	35	10	15	38	1.82
40471--40717	30	8.4	30	79	6	227	36	25	2	36	1.68
40483--40701	89	2.5	90	84	6	279	36	26	1	35	1.67
44884--44915	14	2.4	14	94	5	57	71	6	9	12	1.29
44967--44991	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
45046--45093	16	3.1	15	85	11	62	79	0	20	0	0.74
45169--45241	37	2.0	37	94	0	128	24	17	26	31	1.97
45320--45413	46	2.0	46	97	0	179	38	7	23	30	1.82
46980--47153	49	3.6	49	80	8	201	37	14	28	19	1.91
47507--48649	49	23.3	49	68	13	323	37	17	25	19	1.94
48746--48863	49	2.4	49	75	2	121	34	19	24	21	1.96
47282--48884	98	16.4	98	83	2	1752	37	17	25	19	1.94
48848--49306	229	2.0	229	98	0	891	41	17	17	23	1.90
49344--49660	153	2.1	153	90	1	510	36	17	19	25	1.94
52589--52618	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
52801--52826	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
54122--54179	28	2.0	29	86	3	82	48	0	8	43	1.34
54178--54287	31	3.5	31	69	11	98	23	13	15	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54200--54310	29	3.7	29	70	11	96	27	12	14	45	1.81
54172--54298	63	2.0	63	98	0	245	27	12	14	44	1.82
54442--54484	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
57124--57160	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
57159--57195	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
58319--58429	29	3.8	29	84	7	136	36	27	4	32	1.77
70156--70939	205	3.8	205	92	1	1207	36	20	21	20	1.95
72134--72195	3	20.7	3	86	0	88	62	1	3	32	1.20
73326--73477	29	5.2	29	80	10	141	34	24	4	36	1.76
73326--73476	58	2.6	59	83	7	175	33	24	4	37	1.76
77793--77852	31	1.9	32	86	6	88	28	5	15	51	1.63
82393--82428	18	2.1	17	89	5	54	36	8	0	55	1.30
85615--85723	11	10.3	10	70	21	64	37	1	2	57	1.24
85665--85733	35	2.0	34	82	2	84	44	1	2	50	1.25
85705--85758	27	2.0	27	82	13	67	51	0	5	42	1.25
85699--85764	20	3.3	20	87	8	91	45	0	7	46	1.31
92250--92307	25	2.4	25	77	8	66	46	10	1	41	1.48
97662--97902	29	8.3	28	68	13	114	40	2	24	32	1.67
97618--97909	58	5.0	60	78	9	244	42	2	23	31	1.68
99086--99131	3	15.7	3	78	13	51	28	2	4	65	1.23
99086--99131	19	2.6	19	86	10	62	28	2	4	65	1.23
99609--99651	22	2.0	22	90	0	68	23	13	41	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99872--99943	17	4.2	17	78	0	81	52	4	4	38	1.40
99883--99949	34	2.0	34	90	0	107	55	7	4	32	1.48
117060--117094	19	1.9	19	88	11	56	40	25	0	34	1.56
126388--126416	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
127099--127226	48	2.7	47	85	4	161	42	22	23	10	1.85
127108--127226	23	5.1	23	85	8	132	42	23	23	10	1.86
127289--127336	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
129864--129895	15	2.3	15	89	10	50	59	0	0	40	0.97
129935--129978	14	3.1	14	78	12	54	52	4	0	43	1.22
131227--131283	29	1.9	30	92	3	98	52	12	5	29	1.60
136317--136595	30	9.6	29	77	13	222	35	2	26	35	1.72
136317--136594	57	4.8	61	77	15	250	35	2	26	35	1.71
136307--136583	88	3.1	87	75	13	273	35	3	26	33	1.74
137652--137701	10	4.7	11	78	7	50	50	2	0	48	1.12
138886--139062	49	3.6	49	69	16	132	18	25	16	38	1.92
138885--139087	99	2.1	97	85	3	273	17	25	18	37	1.93
138941--139914	49	19.8	49	72	13	635	17	24	19	39	1.92
138911--139188	99	2.8	99	81	4	278	16	23	19	39	1.91
139033--139914	98	9.0	98	86	3	1053	17	24	19	39	1.92
148861--149178	109	2.9	109	83	1	361	25	21	21	31	1.98
149324--149363	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
150934--151312	86	4.5	85	79	5	355	34	26	16	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153727--153835	54	2.0	54	100	0	218	42	14	12	30	1.83
155902--155940	21	1.9	21	89	5	62	46	23	0	30	1.53
156389--156473	3	28.3	3	100	0	170	32	0	0	67	0.91
159039--159072	2	17.0	2	93	0	59	0	0	47	52	1.00
165152--165207	27	2.1	27	100	0	112	41	3	21	33	1.70
166094--166172	34	2.3	34	78	4	88	68	17	5	8	1.35
166135--166256	22	5.8	21	76	13	99	67	19	5	7	1.36
166685--166711	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
170279--170308	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
180824--180862	21	1.9	21	89	5	62	53	0	2	43	1.14
186222--186285	23	2.8	23	80	15	78	37	0	20	42	1.52
194536--194793	128	2.0	128	94	0	453	33	10	16	39	1.84
199600--199689	25	3.6	25	85	7	103	17	16	28	36	1.92
201803--201853	22	2.2	24	79	6	61	39	0	15	45	1.47
202007--202118	47	2.4	47	86	1	154	27	13	22	36	1.92
202635--202697	24	2.6	24	92	0	108	30	9	7	52	1.62
202664--202779	56	2.1	56	96	0	214	32	9	4	53	1.53
204651--204701	24	2.1	24	88	0	75	27	7	5	58	1.49
204667--204713	24	2.0	24	86	0	67	25	12	8	53	1.67
208364--208451	43	2.0	43	84	0	113	32	15	12	38	1.85
208524--208572	21	2.5	19	78	12	53	28	4	8	59	1.45
212285--212316	16	1.9	17	93	6	57	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218870--219122	125	2.0	125	99	0	497	22	21	16	39	1.92
222538--222595	28	2.0	29	90	3	91	15	0	18	65	1.27
224841--224876	19	1.9	19	88	5	56	58	8	8	25	1.55
227444--227472	10	3.0	10	95	5	51	31	0	41	27	1.56
228441--228510	27	2.6	27	95	0	122	35	5	27	31	1.80
228582--229041	59	7.8	59	77	8	350	33	3	25	37	1.73
228624--228733	29	3.8	29	77	10	107	34	0	26	38	1.63
228660--228743	30	2.9	29	77	13	91	35	0	25	39	1.56
228730--229039	29	10.5	28	70	17	118	33	4	25	37	1.75
230924--230978	17	3.2	17	84	2	65	41	1	1	54	1.21
230954--231022	11	6.0	11	79	11	59	56	0	1	42	1.08
230951--231022	6	12.3	6	74	11	69	56	0	1	41	1.07
230946--231013	19	3.8	18	86	5	93	55	1	1	41	1.18
234165--234222	30	2.0	30	83	10	75	39	20	1	37	1.63
234184--234406	29	7.6	29	77	14	131	40	21	3	34	1.69
234155--234395	58	4.2	58	78	9	244	40	22	2	34	1.69
234166--234406	88	2.7	87	78	9	265	39	22	3	34	1.71
240221--240250	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
243897--244081	51	3.6	51	77	7	171	28	24	14	33	1.94
251152--251329	51	3.5	50	83	4	207	31	21	13	33	1.92
256688--256713	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
262390--262463	3	24.7	3	100	0	148	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264799--264897	36	2.8	36	84	0	126	36	16	24	23	1.94
264871--264925	28	2.0	28	92	0	92	32	16	29	21	1.95
269946--270040	36	2.6	36	91	0	145	34	14	24	26	1.94
278792--278871	38	2.1	39	97	2	153	28	7	16	47	1.73
288135--288171	18	2.1	18	94	0	65	48	10	2	37	1.52
288625--288721	40	2.4	40	87	0	140	23	24	9	42	1.83
288748--288888	41	3.4	41	87	2	192	27	23	12	36	1.90
295840--295927	40	2.2	40	85	0	113	23	22	10	43	1.84
295953--296099	41	3.5	41	87	2	204	27	25	12	34	1.92
308320--308362	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3