genome.fa.s14628.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014628.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129667, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761112

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5706--5809	52	2.0	52	94	3	183	45	9	9	35	1.70
17517--17681	83	2.0	82	98	0	312	30	21	20	26	1.98
37593--37643	23	2.2	23	89	0	75	54	9	11	23	1.66
45278--45303	13	2.0	13	100	0	52	30	23	30	15	1.95
50720--50758	14	2.7	14	82	17	53	28	23	10	38	1.87
55796--56550	49	15.4	49	73	2	431	40	17	21	19	1.91
55831--56527	98	7.1	97	79	2	552	41	17	21	19	1.91
55894--56550	147	4.5	147	76	5	533	41	17	21	19	1.91
56493--56632	51	2.8	51	71	1	120	43	19	18	18	1.88
56801--57424	39	15.5	39	71	9	221	32	27	14	25	1.95
56802--57501	81	8.6	81	85	2	850	32	26	15	25	1.95
57839--57880	20	2.0	21	86	4	59	69	11	4	14	1.34
58289--58335	24	1.9	25	87	12	71	23	2	8	65	1.31
59942--60152	104	2.0	104	97	0	395	29	16	22	31	1.95
60155--60246	36	2.6	36	82	6	107	33	19	25	21	1.97
60181--60249	36	1.9	36	93	0	120	33	18	28	18	1.95
67425--67503	36	2.2	35	88	6	115	37	21	21	18	1.94
67425--67503	35	2.2	36	88	6	117	37	21	21	18	1.94
67901--67956	3	18.3	3	92	3	94	33	0	1	64	1.04
68506--69036	150	3.6	149	86	4	752	42	3	10	43	1.56
68605--68824	51	4.4	51	67	15	143	43	2	10	43	1.51
68941--68986	19	2.4	19	77	0	56	41	2	8	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73612--73679	4	17.0	4	84	0	82	23	29	1	45	1.62
81891--81939	21	2.3	21	83	13	57	83	0	10	6	0.80
81891--81953	24	2.5	24	82	14	67	79	1	14	4	0.97
82338--82962	42	14.9	42	86	2	756	21	18	23	36	1.95
83414--83501	3	29.3	3	90	0	140	32	3	1	62	1.19
84030--84565	149	3.6	151	87	4	712	42	3	9	43	1.55
85588--86067	239	2.0	238	92	1	793	37	7	13	41	1.72
86851--86926	21	3.7	20	74	8	71	27	13	25	34	1.93
87249--87310	32	1.9	32	100	0	124	22	3	33	40	1.70
99318--99348	12	2.6	12	94	0	53	41	3	41	12	1.59
99780--99811	17	1.9	17	93	6	57	12	12	15	59	1.61
103215--103263	25	2.0	25	100	0	98	36	0	22	40	1.54
103219--103269	25	2.2	22	83	13	59	39	1	17	41	1.61
107366--107406	16	2.6	16	75	24	50	36	0	0	63	0.95
108234--108292	30	1.9	32	82	6	77	59	3	5	32	1.36
108984--109040	30	2.0	29	90	10	91	45	5	1	47	1.35
110487--110570	41	2.3	33	72	27	96	42	9	20	27	1.83
110496--110578	41	2.0	41	100	0	166	40	9	19	30	1.83
122641--122693	23	2.3	23	83	3	72	35	0	7	56	1.28
125727--126129	30	13.7	29	80	8	345	36	0	25	36	1.63
125753--126083	59	5.6	55	77	10	216	35	1	26	37	1.65
126102--126200	30	3.3	30	77	8	94	45	3	14	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126008--126181	90	1.9	89	81	5	208	43	1	20	35	1.59
128862--128986	50	2.5	50	92	0	196	32	15	29	22	1.94
128862--128938	24	3.1	24	67	7	73	31	15	31	22	1.95
128954--129010	24	2.4	24	81	0	60	35	10	31	22	1.88
129434--129485	25	2.0	26	82	14	63	42	0	17	40	1.49
132771--133010	53	4.5	53	87	0	347	26	15	23	34	1.94
139590--139640	19	2.7	19	75	0	57	0	21	1	76	0.88
150901--151147	53	4.7	53	89	3	358	27	16	22	34	1.95
151833--151881	21	2.3	21	85	0	62	26	18	18	36	1.94
154126--154150	10	2.5	10	100	0	50	44	0	40	16	1.47
159073--159097	10	2.5	10	100	0	50	44	0	40	16	1.47
165685--165771	44	2.0	44	88	4	131	47	10	12	29	1.75
169349--169444	34	2.8	34	83	0	129	19	10	28	41	1.84
172559--172606	23	2.1	23	84	0	60	45	0	8	45	1.33
172572--172627	23	2.5	23	80	11	55	51	0	5	42	1.24
173102--173301	101	2.0	101	95	0	364	23	20	9	47	1.79
174373--174422	21	2.4	21	93	0	91	12	30	10	48	1.73
179515--179568	24	2.3	23	81	12	65	35	24	1	38	1.66
183720--183829	38	3.0	37	74	9	109	36	20	21	20	1.95
184298--184357	28	2.2	28	90	3	95	30	16	26	26	1.97
185028--185463	217	2.0	217	99	0	863	30	13	17	38	1.88
186574--186621	21	2.3	21	85	0	60	8	39	25	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201216--201281	33	2.0	33	100	0	132	24	27	15	33	1.95
205851--206295	195	2.3	193	82	5	504	29	18	25	26	1.98
210299--210344	22	2.1	22	100	0	92	30	21	19	28	1.98
212046--212070	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
212397--212435	17	2.3	17	87	12	62	0	15	0	84	0.62
220976--221000	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
225713--225813	31	3.2	31	79	5	112	28	26	15	28	1.96
226814--227033	10	23.4	9	67	21	98	62	3	1	32	1.19
226786--226845	18	3.4	18	79	9	70	70	1	3	25	1.12
226814--227025	19	11.1	19	68	19	113	62	3	1	33	1.20
226911--226964	27	2.0	27	83	16	69	64	1	1	31	1.14
226979--227035	28	2.0	30	82	6	73	63	7	0	29	1.21
227029--227102	33	2.2	34	83	13	109	66	2	5	25	1.27
227680--227954	10	29.1	9	67	21	79	34	1	2	61	1.18
227683--227786	9	10.4	10	71	14	54	37	0	1	60	1.08
227686--227805	39	3.1	39	75	20	108	36	0	1	61	1.06
227679--227787	19	5.6	19	71	18	64	38	0	1	59	1.08
227777--227846	19	3.7	19	76	12	72	28	1	1	68	1.06
227740--227835	39	2.5	38	83	6	104	33	1	1	64	1.07
228439--228475	17	2.2	16	90	4	56	29	0	0	70	0.88
228443--228529	9	9.7	9	67	25	51	32	2	2	63	1.19
228594--229201	306	2.0	307	97	0	1137	44	12	12	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232657--232726	28	2.5	30	76	19	78	68	4	0	27	1.08
233332--233361	16	1.9	15	93	6	51	63	10	0	26	1.26
234740--234782	11	3.8	11	80	17	52	30	2	0	67	1.03
236529--236563	4	8.8	4	93	0	61	74	0	2	22	0.95
241375--241510	37	3.7	37	91	0	218	35	33	19	11	1.87
241416--241480	16	3.8	16	72	18	58	35	33	20	10	1.87
241432--241495	21	3.3	21	68	20	66	37	34	20	7	1.81
248090--248232	37	3.9	36	89	3	205	38	30	20	10	1.87
251111--251192	43	1.9	43	85	5	112	41	15	1	41	1.55
251318--251444	51	2.5	50	80	11	127	44	6	3	44	1.47
251130--251507	144	2.6	145	90	3	589	45	9	3	41	1.54
251932--251973	3	14.0	3	84	0	57	59	0	7	33	1.25
252422--252712	42	6.9	42	84	3	336	37	22	16	23	1.94
252445--252709	126	2.1	126	87	2	381	37	22	15	23	1.93
253120--253176	16	3.4	16	76	7	51	1	5	7	85	0.78
255639--255724	17	5.1	17	86	0	127	37	1	3	58	1.23
255634--255725	6	15.8	6	74	10	66	38	1	3	57	1.22
255639--255724	34	2.5	34	92	0	145	37	1	3	58	1.23
256103--256154	21	2.3	22	80	9	61	42	5	28	23	1.77
257557--257927	29	12.5	30	71	12	180	36	23	2	36	1.69
257560--257927	60	6.2	58	74	8	307	36	23	2	36	1.69
257560--257930	30	12.6	29	75	6	273	36	23	2	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257906--257942	19	1.9	19	94	0	65	43	24	0	32	1.55
258148--258189	19	2.2	19	86	0	57	35	16	7	40	1.76
270025--270321	39	7.6	38	73	13	221	21	25	22	29	1.99
270025--270321	117	2.5	116	78	8	341	21	25	22	29	1.99
270027--270369	78	4.4	79	79	5	313	22	27	22	27	1.99
270061--270360	39	7.7	38	72	11	180	22	27	22	28	1.99
270878--270963	17	5.1	17	85	0	118	37	2	3	56	1.29
270880--270964	6	14.8	6	71	9	52	37	2	3	56	1.29
270878--270963	34	2.5	34	90	0	136	37	2	3	56	1.29
270877--270964	11	7.7	12	70	13	51	38	2	3	55	1.29

Tables:   1   2   3