genome.fa.s14835.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014835.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129877, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  538739

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6578--6634	10	5.7	10	76	15	55	21	5	3	70	1.22
6573--6634	20	3.1	20	85	0	70	22	6	3	67	1.28
9396--9438	18	2.4	18	100	0	86	37	51	6	4	1.50
15498--15670	78	2.2	78	82	5	197	24	16	26	32	1.96
27731--28340	304	2.0	304	95	0	1087	34	20	18	26	1.96
28424--28468	18	2.5	18	85	7	56	40	31	20	8	1.83
28719--29047	167	2.0	167	91	0	541	46	11	27	14	1.79
36216--36270	23	2.4	22	84	3	74	41	20	7	30	1.79
41406--41521	58	2.0	58	98	0	223	33	29	16	20	1.95
51039--51082	15	3.0	15	76	6	54	38	13	6	40	1.71
67093--67124	16	2.0	16	100	0	64	25	0	18	56	1.42
71525--71582	28	2.1	28	87	3	82	22	15	15	46	1.83
73045--73090	18	2.4	19	82	13	51	30	4	0	65	1.12
77236--77261	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
81700--81732	15	2.2	15	94	0	57	18	6	21	54	1.64
82991--83064	37	2.0	37	97	0	139	24	25	8	41	1.82
104180--104228	19	2.6	19	93	0	89	53	4	18	24	1.62
107361--107407	25	1.9	24	87	12	69	57	12	10	19	1.64
110606--110651	21	2.2	21	92	0	74	26	2	26	45	1.65
110788--110819	7	4.6	7	92	0	55	28	3	31	37	1.73
110788--110824	14	2.6	14	91	4	56	27	5	32	35	1.79
110809--110933	46	2.7	45	83	4	135	39	10	25	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111169--111201	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
111296--111360	33	1.9	34	87	3	96	32	13	9	44	1.76
111407--111550	50	2.8	50	77	8	148	36	14	13	36	1.85
113013--113054	18	2.3	18	76	8	50	21	4	19	54	1.62
124808--125020	37	5.8	37	88	5	272	15	16	30	37	1.90
124865--124933	21	3.5	20	66	20	56	14	13	33	39	1.85
124808--125020	111	1.9	111	86	3	304	15	16	30	37	1.90
126940--126979	21	1.9	21	89	0	62	25	2	27	45	1.66
127108--127135	7	4.0	7	100	0	56	28	0	28	42	1.56
131133--131365	48	4.8	46	88	4	231	50	14	10	24	1.74
131148--131365	96	2.3	96	90	3	332	51	14	10	23	1.72
132668--132727	17	3.5	17	88	0	93	16	21	8	53	1.69
132668--132750	34	2.4	34	83	0	94	18	21	9	50	1.75
136242--136357	57	2.0	57	100	0	232	42	10	5	42	1.61
136267--136357	28	3.2	28	66	25	82	42	8	5	42	1.59
152126--152159	17	2.1	17	88	5	52	73	0	5	20	1.04
158296--158332	18	2.1	18	100	0	74	37	0	16	45	1.47
168591--168630	21	1.9	21	90	10	64	25	2	47	25	1.64
171331--171358	13	2.2	13	100	0	56	46	17	21	14	1.84
171942--172073	66	2.0	66	93	0	228	29	18	18	34	1.94
199338--199366	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
199442--199749	154	2.0	154	96	0	562	39	18	16	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201241--201319	31	2.6	30	78	6	88	25	10	13	50	1.73
206461--206575	26	4.4	26	83	4	106	30	23	16	29	1.96
206487--206679	50	3.8	50	77	9	144	32	22	18	26	1.97
206518--206679	25	6.4	25	80	8	150	33	22	18	25	1.97
206518--206709	75	2.5	76	81	9	198	32	21	19	26	1.97
206518--206709	25	7.6	25	78	8	149	32	21	19	26	1.97
212693--212749	26	2.2	25	79	11	62	57	1	15	24	1.48
214905--215236	49	6.8	49	81	0	306	22	25	15	36	1.93
214905--215236	98	3.4	98	82	0	396	22	25	15	36	1.93
214905--215236	147	2.3	146	80	4	371	22	25	15	36	1.93
221534--221580	25	1.9	24	82	4	58	59	2	12	25	1.45
224177--224241	29	2.2	28	82	12	78	35	1	20	43	1.61
225024--225090	23	2.9	24	78	14	86	26	17	23	31	1.97
228401--228437	17	2.2	18	85	9	51	21	18	2	56	1.54
229396--229424	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
234594--234635	15	3.0	15	76	20	54	33	42	7	16	1.75
237761--237940	26	7.0	26	75	6	102	32	24	17	25	1.97
237821--237952	25	5.2	25	82	2	156	31	25	18	23	1.98
239129--239335	46	4.5	46	83	0	225	25	23	17	34	1.96
239129--239334	69	3.0	69	79	4	218	24	23	17	34	1.96
239129--239330	23	8.7	23	78	4	176	24	22	17	34	1.96
253112--253203	23	4.0	23	91	0	139	21	25	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253112--253203	46	2.0	46	93	0	157	21	25	19	33	1.97
255825--255878	24	2.2	24	93	0	90	53	9	11	25	1.66
257347--257398	18	2.9	18	88	0	77	36	13	11	38	1.81
258862--259164	82	3.7	82	87	1	401	20	16	26	36	1.94
259352--259518	68	2.4	68	90	6	246	23	5	14	55	1.60
259480--259572	31	3.2	31	65	20	81	25	6	13	53	1.64
259460--259572	57	2.0	57	94	0	199	25	6	14	53	1.63
263671--263701	12	2.6	12	100	0	62	12	25	41	19	1.87
264377--264492	26	4.5	26	74	6	94	31	21	15	31	1.94
264478--264533	25	2.4	23	91	8	87	39	21	8	30	1.84
264460--264533	22	3.1	24	83	13	91	36	21	12	29	1.90
267509--267556	18	2.7	18	87	6	62	35	14	12	37	1.84
269031--269331	82	3.7	82	85	0	368	20	14	28	36	1.92
269348--269446	26	4.0	25	80	3	92	21	18	27	33	1.96
269376--269452	26	3.0	26	88	1	111	18	15	27	38	1.91
269595--269763	72	2.3	72	88	2	250	23	6	13	56	1.60
269708--269819	57	2.0	57	90	0	179	28	8	11	51	1.66
271453--271579	11	12.2	11	68	24	55	29	3	1	66	1.16
271453--271538	40	2.2	38	85	8	111	26	4	1	67	1.17
271449--271611	10	17.4	9	68	24	63	30	3	1	65	1.16
271513--271607	19	5.1	19	69	13	72	30	1	1	67	1.04
271513--271625	56	2.0	54	83	8	138	30	1	1	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274073--274397	26	12.5	26	83	7	349	34	16	21	27	1.95
274075--274397	78	4.2	78	85	5	404	34	17	21	26	1.95
284417--284564	52	2.8	52	92	0	242	31	16	20	31	1.95
285827--286350	185	2.9	184	91	2	806	31	21	16	29	1.95
289232--289308	21	3.7	21	91	0	118	25	5	32	36	1.78
289240--289322	21	4.0	21	87	0	103	25	6	31	37	1.80
293933--296576	676	3.9	675	87	1	3651	31	29	12	26	1.93
307069--307123	24	2.2	24	84	9	67	74	0	20	5	1.01
307093--307126	13	2.6	13	90	0	50	76	0	14	8	1.01
309771--309992	50	4.5	50	69	11	159	45	10	2	41	1.50
309661--310108	148	3.1	144	82	10	508	44	9	3	41	1.55
309996--310041	21	2.2	20	85	11	58	45	4	2	47	1.34
309858--310117	135	1.9	138	81	8	318	45	12	3	38	1.60
314894--314933	19	2.2	18	90	4	62	60	10	15	15	1.60
316225--316311	45	1.9	45	100	0	174	34	18	20	26	1.96
326958--327481	262	2.0	262	95	0	949	43	17	8	31	1.78
331245--331770	184	2.8	185	84	3	623	32	21	15	31	1.94
333832--334028	107	1.8	108	82	3	245	25	22	21	30	1.99
333833--334052	107	2.0	108	80	6	241	27	22	20	30	1.98
336358--336412	15	3.5	16	85	9	78	56	0	0	43	0.99
337112--337149	19	2.1	19	85	9	53	31	0	10	57	1.32
337673--337698	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
346580--346651	31	2.3	32	83	4	85	44	2	2	50	1.31
350814--350846	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
351409--351496	20	4.4	20	80	7	83	37	7	9	45	1.65
351899--351938	17	2.3	19	79	16	50	35	17	0	47	1.48
353863--353966	27	3.9	27	79	9	97	34	20	17	27	1.95
357017--365523	215	39.6	215	81	4	9062	28	16	13	40	1.87
366589--366715	43	3.0	43	78	2	148	33	7	20	39	1.80
367598--367637	19	2.1	19	100	0	80	65	10	0	25	1.24
367772--367999	96	2.4	96	87	1	312	51	14	8	25	1.69
367772--368016	48	5.1	48	87	3	275	52	13	8	24	1.69

Tables:   1   2