genome.fa.s15053.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015053.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130097, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  444518

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--50	4	12.0	4	79	8	55	2	32	0	66	1.03
18--50	17	1.9	17	100	0	66	0	30	0	69	0.88
2614--2646	7	4.7	7	92	0	57	54	3	12	30	1.52
19388--19425	11	3.5	11	89	3	51	50	15	5	28	1.66
25615--25804	72	2.6	72	78	2	193	22	32	19	26	1.97
40359--40392	15	2.2	16	89	5	52	64	0	2	32	1.08
41700--41759	31	1.9	31	86	6	86	53	11	3	31	1.53
42554--42588	13	2.7	13	91	8	54	74	0	25	0	0.82
42560--42595	16	2.2	17	90	5	56	72	0	27	0	0.85
42570--42640	18	4.5	15	79	13	63	63	0	36	0	0.95
42592--42639	9	5.8	9	87	7	59	60	0	39	0	0.97
42572--42648	16	4.8	16	77	15	61	64	0	35	0	0.93
42608--42645	18	2.1	18	90	0	58	68	0	31	0	0.90
43780--43827	24	2.0	23	84	4	60	20	6	4	68	1.28
48240--48278	18	2.2	18	100	0	78	20	23	5	51	1.67
57199--57251	6	8.8	6	82	0	70	32	3	50	13	1.59
65781--65880	50	2.0	50	88	3	148	44	4	8	44	1.52
69103--69222	58	2.1	57	87	9	172	46	20	0	32	1.56
69548--69576	11	2.6	11	100	0	58	6	0	27	65	1.18
70553--70582	9	3.3	9	95	0	51	26	33	6	33	1.83
72615--72649	12	2.9	12	91	0	52	48	8	0	42	1.33
72615--72649	10	3.5	10	92	0	52	48	8	0	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86479--86629	59	2.5	59	78	13	175	26	12	9	50	1.71
87553--87600	23	2.1	23	92	0	78	50	0	2	47	1.12
96602--96669	17	4.1	17	79	9	70	42	0	5	51	1.26
97253--97293	21	2.0	21	90	0	64	43	7	12	36	1.70
97306--97347	23	2.0	22	86	13	61	54	7	0	38	1.28
97299--97367	26	2.6	26	93	2	111	53	7	1	37	1.38
97402--97430	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
98331--98398	30	2.3	30	85	10	86	50	1	0	48	1.10
104952--105030	15	5.4	15	75	6	81	32	8	17	40	1.81
104952--105037	14	5.9	14	78	6	91	32	8	17	41	1.79
104953--105146	29	6.7	29	77	4	122	29	9	20	40	1.84
111771--111813	22	1.9	23	90	4	70	62	11	11	13	1.54
119295--119323	14	2.0	15	93	6	51	58	6	13	20	1.58
119406--119567	59	2.8	57	74	9	157	35	6	24	33	1.82
119416--119566	28	5.2	28	68	16	87	34	6	24	34	1.82
119419--119595	29	6.1	29	68	19	84	35	6	23	33	1.82
119640--119785	30	5.0	29	84	11	165	39	0	20	39	1.58
119640--119786	59	2.5	59	80	16	171	40	0	20	38	1.58
121630--121728	17	5.9	16	76	8	72	51	4	1	43	1.27
121632--121762	6	23.0	6	68	10	69	54	4	0	40	1.26
121678--121746	23	3.3	21	76	23	74	57	4	0	37	1.18
121678--121762	17	4.6	18	75	17	84	60	4	0	35	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121707--121756	23	2.2	23	85	0	64	64	4	0	32	1.12
132645--132728	31	2.6	33	79	9	84	42	1	2	53	1.21
133026--133050	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
133913--133943	14	2.2	14	94	0	53	64	0	0	35	0.94
145697--145728	15	2.1	16	88	11	50	53	0	0	46	1.00
145805--145843	19	2.0	19	85	5	51	43	5	0	51	1.24
149040--149090	11	4.6	11	80	9	59	11	3	11	72	1.25
149037--149090	22	2.5	22	78	6	65	11	3	12	72	1.25
158340--158386	24	2.0	22	88	8	67	55	0	2	42	1.12
158645--158692	21	2.2	21	88	3	69	31	0	2	66	1.03
158653--158697	21	2.0	22	91	8	74	33	0	4	62	1.15
159869--159924	28	2.0	28	83	10	71	42	8	1	46	1.45
159985--160020	18	2.0	18	89	10	56	52	8	0	38	1.32
165189--165584	132	3.0	132	87	0	558	23	22	22	30	1.99
165524--165628	43	2.4	43	93	0	183	24	31	21	21	1.98
168167--168478	120	2.6	119	81	6	351	30	16	16	36	1.90
168274--168478	58	3.4	60	82	12	269	30	16	17	35	1.92
168603--169025	61	6.9	60	78	10	353	29	18	14	36	1.91
167994--168923	450	2.1	453	88	2	1379	31	15	15	36	1.90
168604--169015	121	3.4	121	82	8	455	29	18	15	36	1.91
169340--169473	61	2.2	61	81	7	166	35	14	20	29	1.92
169531--169586	28	2.0	28	96	0	103	37	3	12	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170856--170896	16	2.6	16	88	3	57	4	14	21	58	1.55
172535--172592	31	1.9	31	89	3	91	55	8	12	24	1.64
172535--172617	31	2.6	31	83	7	87	49	9	14	26	1.74
173004--173051	24	2.1	23	88	7	71	29	4	2	64	1.23
173274--173443	4	42.0	4	79	2	124	27	3	5	63	1.34
175838--176114	41	6.7	40	82	10	260	27	23	11	37	1.90
175888--176101	82	2.6	82	93	0	356	26	23	12	37	1.90
175879--176114	123	1.9	126	86	2	343	27	22	12	37	1.90
181092--181162	38	1.9	36	86	11	99	59	0	1	39	1.06
181090--181170	38	2.2	36	78	10	94	56	0	1	41	1.07
181382--181430	18	2.6	19	78	15	57	14	0	6	79	0.91
182074--182115	20	2.1	20	90	0	66	30	7	28	33	1.84
184997--185038	12	3.3	12	78	21	50	47	0	0	52	1.00
184999--185048	26	2.0	26	84	11	68	48	2	0	50	1.12
185128--185219	41	2.2	41	80	3	96	52	14	5	28	1.63
188634--188687	28	1.9	28	88	0	81	48	1	5	44	1.37
190967--191006	21	1.9	21	89	0	62	40	2	5	52	1.37
194549--194788	123	1.9	124	88	3	367	32	7	12	47	1.70
195461--195559	29	3.4	29	68	5	92	40	21	8	30	1.82
195429--195560	58	2.2	60	90	2	205	37	19	8	34	1.82
195668--195786	60	2.0	60	86	0	166	37	10	15	36	1.82
201274--201322	23	2.1	23	100	0	98	40	8	12	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204192--204238	22	2.2	22	88	3	69	70	6	8	14	1.32
207144--207233	37	2.5	33	78	18	90	51	2	3	43	1.30
209508--209560	24	2.2	25	89	3	81	20	20	24	33	1.97
213003--213193	52	3.6	52	86	3	249	28	11	22	37	1.89
220670--220741	8	8.6	8	79	14	74	81	0	18	0	0.68
220670--220741	14	5.2	13	74	12	72	81	0	18	0	0.68
220672--220721	15	3.3	15	83	13	66	84	0	16	0	0.63
220670--220741	10	7.6	9	72	15	56	81	0	18	0	0.68
220672--220741	26	2.7	26	80	6	72	81	0	18	0	0.69
221689--223723	189	10.7	189	84	2	2355	32	16	25	25	1.96
221764--223205	94	15.2	93	67	14	509	32	16	25	25	1.96
221940--222261	99	3.4	96	70	15	245	32	17	25	24	1.97
221689--223723	572	3.6	568	85	2	2585	32	16	25	25	1.96
223789--224226	42	10.7	42	82	5	506	28	28	18	24	1.98
223789--224245	81	5.6	81	81	3	508	29	28	17	24	1.97
223789--224226	204	2.1	203	84	3	558	28	28	18	24	1.98
227202--227236	14	2.5	14	90	0	61	22	37	2	37	1.69
227914--228327	94	4.4	94	82	2	485	30	22	18	28	1.97
231394--231448	11	4.8	12	84	6	69	40	0	1	58	1.09
231396--231469	6	12.8	6	72	13	66	41	0	2	55	1.14
231396--231469	17	4.3	17	84	3	103	41	0	2	55	1.14
231396--231469	11	6.4	12	75	12	66	41	0	2	55	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231471--231501	14	2.2	14	94	0	53	58	19	6	16	1.59
232174--232208	13	2.7	13	90	0	52	57	2	8	31	1.44
232142--232192	16	3.2	16	72	8	50	54	0	7	37	1.29
233295--233510	30	7.3	30	68	21	118	30	25	4	40	1.74
233357--233602	117	2.1	117	84	6	320	30	26	3	39	1.72
233313--233602	59	5.0	59	81	9	287	30	24	3	40	1.73
233311--233587	30	9.4	29	65	17	117	31	24	3	41	1.72
233313--233602	117	2.5	116	82	7	306	30	24	3	40	1.73
245493--245696	49	4.2	49	82	3	232	40	20	26	12	1.88
245377--245710	98	3.4	98	80	7	288	40	18	25	15	1.90

Tables:   1   2