genome.fa.s15079.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015079.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130123, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  413849

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216--269	16	3.4	16	86	0	72	27	27	5	38	1.79
226--271	16	2.9	16	90	0	74	28	26	4	41	1.74
3429--3469	20	2.1	19	86	4	55	46	2	2	48	1.28
3429--3478	20	2.6	19	79	14	50	42	2	6	50	1.38
4121--4224	49	2.1	49	98	1	199	34	9	3	51	1.53
4234--4281	21	2.2	22	85	10	64	31	2	0	66	1.03
4234--4277	19	2.1	22	84	12	58	31	2	0	65	1.05
7396--7446	21	2.4	21	83	0	66	39	17	7	35	1.79
7511--7542	7	4.6	7	96	0	55	28	0	21	50	1.49
9485--9665	92	2.0	92	92	0	299	27	24	17	31	1.97
9996--10080	43	2.0	42	90	2	134	48	11	12	27	1.76
10666--10740	30	2.5	29	80	6	78	38	2	4	54	1.33
14464--14568	40	2.6	40	79	10	117	23	20	15	40	1.90
21893--21945	21	2.5	20	75	19	63	43	28	3	24	1.71
29020--29049	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
30203--30270	28	2.3	29	85	12	86	66	1	2	29	1.15
33235--33260	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
34494--34529	18	2.0	18	100	0	72	38	16	22	22	1.93
38252--38313	30	2.1	30	93	0	106	27	1	11	59	1.41
44226--44273	20	2.4	18	78	18	51	52	0	0	47	1.00
45413--45492	9	9.2	9	75	24	75	47	0	0	52	1.00
45392--45491	31	3.3	29	78	15	114	47	1	0	52	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45392--45494	22	5.0	22	75	20	89	48	0	0	50	1.07
45411--45500	20	4.5	20	75	20	98	47	1	0	51	1.08
46315--46349	18	1.9	18	88	0	52	65	0	2	31	1.07
48860--48913	21	2.6	21	85	5	74	29	27	14	27	1.95
51461--51506	23	2.0	23	95	0	83	36	17	13	32	1.88
51572--51632	29	2.1	29	84	0	77	21	22	13	42	1.87
52007--52129	38	3.3	38	81	1	158	32	19	11	36	1.87
53773--53812	21	1.9	21	84	0	53	25	15	22	37	1.93
56645--56701	13	4.5	13	78	8	64	78	0	3	17	0.88
56639--56701	12	5.2	12	74	14	58	79	0	3	17	0.86
60711--60750	21	1.9	21	94	0	71	27	17	12	42	1.85
60718--60761	21	2.1	21	86	0	61	29	15	13	40	1.86
62303--62363	22	2.8	22	85	11	74	72	1	9	16	1.19
62329--62358	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
63161--63203	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
64243--64286	22	2.0	21	86	4	61	52	2	0	45	1.13
64243--64296	23	2.3	24	81	12	60	50	3	0	46	1.19
65804--65836	15	2.2	15	89	10	50	63	0	9	27	1.24
65905--65972	23	3.0	23	79	14	70	33	4	2	58	1.33
66104--66138	17	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
66104--66141	19	2.0	19	85	10	51	60	0	0	39	0.97
68441--68519	28	2.9	26	75	14	79	45	27	3	22	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83225--83460	30	7.9	30	80	7	234	36	27	2	32	1.71
83235--83519	30	9.7	28	77	10	163	35	28	2	32	1.71
83819--84004	96	1.9	97	83	7	245	30	19	13	36	1.91
89103--89277	52	3.4	52	90	1	262	26	14	24	34	1.94
95972--96016	21	2.1	21	84	8	56	44	2	0	53	1.13
96713--96768	27	2.1	27	100	0	112	32	19	21	26	1.97
110048--110082	6	5.8	6	96	0	61	0	62	0	37	0.95
116311--116349	18	2.1	19	85	4	53	66	5	0	28	1.12
116387--116450	29	2.2	29	78	10	67	64	3	3	29	1.24
116872--116917	23	2.0	23	86	0	65	32	13	19	34	1.90
117116--117228	58	1.9	58	89	3	174	46	20	0	32	1.51
125718--125783	19	3.4	18	79	10	60	27	0	9	63	1.24
125728--125790	19	3.2	19	80	8	56	26	1	9	61	1.36
125742--125900	55	2.9	55	87	0	201	28	5	12	52	1.61
125806--125901	21	5.1	20	68	16	62	28	7	12	52	1.66
129962--130009	24	2.0	25	87	4	71	39	2	2	56	1.23
133421--133464	4	11.0	4	100	0	88	25	0	0	75	0.81
135869--135946	41	1.9	41	83	0	102	21	23	21	33	1.97
135858--137771	43	44.7	43	74	3	1100	24	18	22	35	1.96
135910--136718	386	2.1	386	98	0	1546	21	18	23	36	1.95
135910--136978	386	2.8	385	88	2	1290	22	18	23	35	1.96
137060--137190	41	3.2	41	77	4	129	24	14	22	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137836--138783	43	22.4	43	73	10	281	22	18	22	36	1.95
138024--138084	22	2.8	22	76	18	65	19	19	27	32	1.96
138517--138717	84	2.4	83	82	5	224	25	17	22	33	1.96
137823--138783	127	7.6	129	70	9	350	22	18	22	35	1.95
137800--138783	86	11.6	86	72	10	381	22	18	22	35	1.96
138768--138876	43	2.5	43	79	2	121	23	15	18	42	1.89
139125--141778	43	63.3	43	68	14	182	23	14	21	40	1.90
139361--142171	86	33.4	86	69	11	444	23	14	21	40	1.90
139421--139661	127	1.9	127	83	3	315	24	14	21	39	1.91
139318--139784	213	2.2	208	80	6	492	22	14	22	40	1.91
139867--140060	84	2.3	84	77	8	207	23	15	24	36	1.93
140068--140238	41	4.1	42	74	4	132	27	11	18	42	1.85
140109--140270	84	1.9	85	83	3	211	26	13	17	41	1.87
140068--140295	126	1.8	127	80	2	280	26	13	17	42	1.87
140085--140283	84	2.3	83	76	10	195	26	13	17	42	1.86
140620--140744	36	3.3	36	73	18	137	26	16	18	39	1.91
140586--140787	77	2.6	76	92	1	323	27	15	19	38	1.91
141201--141887	170	4.0	169	76	8	502	24	13	21	40	1.90
141318--141887	213	2.7	213	79	8	509	23	14	22	40	1.90
140730--142171	43	33.8	43	72	9	697	23	13	22	40	1.90
142108--142239	64	2.0	65	84	5	169	23	13	26	36	1.92
142077--142280	107	1.9	109	83	4	270	22	14	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142184--142497	43	7.3	43	75	12	182	25	12	22	38	1.90
142184--142497	86	3.7	84	72	10	233	25	12	22	38	1.90
142496--144176	43	39.5	42	75	6	968	22	13	23	41	1.89
142496--144188	86	19.9	86	75	5	1152	22	13	23	41	1.88
142489--144183	129	13.3	129	74	7	1183	22	13	23	41	1.89
143160--143480	176	1.8	174	80	4	385	20	13	25	40	1.89
157404--157449	18	2.5	19	86	13	69	19	8	0	71	1.11
161163--161339	71	2.5	70	88	3	277	37	11	9	40	1.75
161513--161589	31	2.5	31	84	0	109	44	16	5	33	1.70
185524--185566	22	1.9	23	90	4	70	55	11	6	25	1.60
186952--186999	11	4.2	11	74	10	51	39	14	4	41	1.65
186964--187009	24	2.0	23	86	4	65	36	17	6	39	1.76
190052--190287	60	3.9	61	80	10	225	31	19	14	34	1.92
190057--190288	121	1.9	121	84	2	313	30	19	14	35	1.92
190116--190282	62	2.8	60	81	8	203	31	19	15	34	1.93
190898--191015	30	4.0	30	80	9	134	62	4	5	27	1.35
191450--191496	24	2.0	24	86	0	67	6	27	36	29	1.82
192010--192046	18	2.1	18	100	0	74	45	16	16	21	1.84
192163--192203	20	2.0	20	85	0	55	73	2	4	19	1.13
192171--192227	30	1.9	28	86	10	78	66	1	5	26	1.22
192249--192273	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
192111--192366	126	2.0	125	86	7	358	52	3	5	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193407--193476	22	3.2	22	91	4	97	21	8	30	40	1.83
193556--194360	93	8.5	94	88	4	1072	48	2	5	42	1.42
193580--194357	187	4.1	188	87	5	1076	48	3	6	42	1.43
193974--194122	48	3.1	48	64	21	123	47	5	6	40	1.53
193985--194140	45	3.4	45	69	16	140	49	5	6	39	1.51
193600--194346	371	2.0	366	87	5	1054	48	3	6	42	1.43
193581--194360	278	2.8	282	86	6	936	48	3	6	42	1.43
197377--197451	26	3.0	25	80	7	89	33	2	0	64	1.08
197389--197451	13	5.0	13	78	19	71	33	1	0	65	1.03
197394--197451	24	2.3	26	94	5	102	31	1	0	67	1.01

Tables:   1   2