genome.fa.s15090.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015090.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130134, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  762378

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603--837	105	2.2	104	79	5	242	29	13	23	32	1.93
4349--4397	24	2.0	24	100	0	98	20	12	30	36	1.89
7276--7314	3	13.0	3	83	0	51	0	35	5	58	1.20
12844--12893	2	26.0	2	84	8	68	52	4	0	44	1.20
17479--17517	6	6.5	6	100	0	78	17	0	0	82	0.68
18443--18468	9	2.9	9	100	0	52	0	7	57	34	1.27
18581--18623	6	7.2	6	100	0	86	0	0	51	48	1.00
19384--19437	20	2.7	20	85	5	56	24	0	3	72	1.01
19403--19437	10	3.5	10	92	0	61	25	0	2	71	1.00
30046--30178	59	2.2	59	82	6	160	33	9	19	36	1.85
32715--32743	14	2.1	14	100	0	58	34	27	6	31	1.83
35716--35749	9	3.7	9	84	7	50	47	8	11	32	1.71
61820--61858	19	2.2	19	86	9	55	10	10	0	79	0.94
72347--72392	23	2.0	23	82	0	56	52	2	2	43	1.25
74099--74147	15	3.1	16	79	5	55	12	14	0	73	1.10
85468--85500	12	2.8	12	100	0	66	33	18	15	33	1.92
86751--87213	204	2.3	205	94	0	811	35	21	21	21	1.96
86877--87579	372	1.9	372	86	1	998	35	19	22	22	1.96
87934--88019	18	4.8	18	78	8	86	39	2	5	52	1.38
87967--88021	17	3.2	17	78	12	60	47	0	3	49	1.19
89681--90050	29	12.7	29	79	10	355	35	28	1	34	1.68
89681--90050	58	6.3	59	86	4	500	35	28	1	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89686--90091	116	3.5	113	85	5	490	35	27	2	34	1.72
93155--93215	29	2.2	27	82	8	77	55	0	3	40	1.16
93820--93865	18	2.6	18	82	0	56	23	0	6	69	1.11
94413--94488	19	3.4	22	70	25	52	30	3	2	63	1.26
101840--101890	18	2.9	18	86	11	63	52	0	0	47	1.00
120894--121630	39	18.5	39	78	6	649	28	28	17	25	1.97
120895--121628	81	9.2	78	78	5	637	28	28	17	25	1.97
120895--121616	120	6.0	120	83	3	733	29	28	17	24	1.98
123346--123389	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
123588--123621	8	4.2	8	84	0	50	20	0	5	73	1.04
130889--130948	22	2.7	22	72	10	59	6	30	21	41	1.79
148437--148525	25	3.5	25	74	11	74	55	1	3	40	1.24
148863--148888	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
154925--155039	60	1.9	59	85	1	158	40	3	4	51	1.39
156309--156347	9	4.3	9	84	9	53	51	7	7	33	1.59
156429--156469	18	2.2	19	86	4	57	63	2	0	34	1.08
156426--156482	19	2.9	19	74	25	57	64	3	0	31	1.10
156426--156495	22	3.2	22	70	25	60	62	2	0	34	1.10
156475--156508	18	2.0	18	88	11	54	44	0	2	52	1.16
160523--160567	22	2.0	23	82	4	56	57	2	0	40	1.11
161846--161892	24	2.0	24	91	0	76	53	6	8	31	1.57
163931--163975	6	7.5	6	89	0	63	46	0	31	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168447--168498	24	2.1	25	85	3	70	65	5	3	25	1.32
171935--171996	6	10.5	6	79	10	56	27	22	0	50	1.50
174496--174552	24	2.4	24	79	5	62	50	3	14	31	1.59
174693--174747	27	2.0	27	100	0	110	63	10	10	14	1.52
175958--176026	20	3.3	20	76	13	68	24	13	27	34	1.92
175958--176034	22	3.7	20	77	19	68	24	11	28	35	1.91
176437--176481	23	2.0	23	83	16	58	28	13	20	37	1.90
177741--177783	20	2.2	20	88	12	63	41	2	2	53	1.26
177997--178030	17	2.0	17	100	0	68	52	17	11	17	1.73
178255--178287	11	2.8	12	86	13	50	0	18	0	81	0.68
178255--178287	6	5.5	6	86	13	50	0	18	0	81	0.68
178255--178293	10	3.5	11	89	10	53	0	17	0	82	0.68
178864--178910	17	2.8	17	83	0	58	51	14	14	19	1.77
195548--195753	38	5.5	38	76	8	156	16	20	29	33	1.94
195513--195819	75	4.1	76	77	7	216	17	20	28	33	1.96
195513--195902	150	2.6	147	80	7	387	16	20	29	33	1.94
195526--195910	37	10.3	37	75	5	249	16	20	29	34	1.94
202210--202975	383	2.0	383	93	0	1309	34	24	12	29	1.91
205397--205451	26	2.1	26	93	6	94	29	16	23	30	1.96
208598--208628	14	2.2	14	94	0	53	45	0	6	48	1.28
208676--208729	15	3.7	15	87	5	67	37	1	16	44	1.59
211713--212094	39	9.7	39	78	5	281	26	18	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211792--212094	157	1.9	157	84	7	400	27	18	29	25	1.98
212414--213055	49	13.3	49	69	11	295	19	25	16	38	1.92
212348--213058	98	7.3	98	86	3	855	20	24	16	38	1.93
212406--213058	189	3.4	189	85	4	826	19	25	16	38	1.92
215055--215112	6	9.5	6	77	18	50	0	17	0	82	0.66
215055--215113	15	4.1	15	80	12	70	0	16	0	83	0.66
215055--215113	21	2.8	21	82	17	77	0	16	0	83	0.66
215055--215106	15	3.5	15	87	10	72	0	19	0	80	0.71
215149--215181	17	1.9	18	88	11	52	0	21	0	78	0.75
222657--222691	17	2.1	17	88	0	52	31	5	8	54	1.54
224067--224119	28	1.9	28	84	3	72	41	1	0	56	1.10
231804--231877	21	3.5	21	87	3	96	37	10	22	28	1.88
231844--231898	21	2.6	21	85	0	65	27	12	29	30	1.93
238552--238609	21	2.8	21	83	0	71	29	13	24	32	1.94
244051--244135	23	3.7	23	88	0	116	45	17	4	31	1.69
246486--246536	20	2.5	20	87	9	77	39	19	23	17	1.92
246486--246536	13	3.8	13	76	5	57	39	19	23	17	1.92
248601--248652	20	2.5	20	81	3	59	36	17	0	46	1.48
248900--249090	23	8.3	22	86	4	193	48	14	4	31	1.65
248900--249094	46	4.2	46	86	3	250	48	15	4	31	1.65
249085--249157	10	7.4	10	87	1	85	42	19	1	36	1.60
249227--249363	66	2.1	66	87	2	195	43	26	11	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249627--249822	107	1.8	107	86	2	286	38	23	9	29	1.86
249633--249835	71	2.8	72	82	5	216	38	23	8	29	1.84
249612--249835	36	6.2	36	78	2	218	37	23	9	29	1.86
251699--251746	18	2.6	18	80	3	60	20	20	37	20	1.95
253746--253860	61	1.9	61	81	0	140	50	0	1	46	1.17
257672--257806	12	11.8	12	79	9	113	71	20	2	4	1.16
257683--257755	3	25.0	3	75	5	51	72	21	1	4	1.09
257690--257881	23	8.3	23	68	16	103	74	18	1	5	1.08
257684--257806	45	2.8	44	85	3	165	73	19	2	4	1.13
257660--257831	12	15.3	11	71	12	109	72	19	2	5	1.16
257812--257881	15	4.8	14	73	16	52	77	17	0	4	0.92
259174--259222	25	1.9	26	84	12	66	44	0	4	51	1.20
262848--262891	21	2.1	21	86	0	61	34	4	0	61	1.16
279834--279920	41	2.1	43	91	4	142	49	14	16	19	1.80
280094--280128	16	2.1	18	89	10	56	54	31	0	14	1.40
280401--280451	19	2.7	20	87	6	79	37	13	0	49	1.43
298328--298404	36	2.1	36	85	0	100	27	10	25	36	1.89
300341--300465	65	1.9	65	82	9	157	41	2	3	52	1.30
300430--300468	20	2.0	21	85	10	55	35	2	2	58	1.25
302821--302935	30	3.6	30	72	13	95	30	17	20	31	1.96
302808--303000	66	2.9	66	77	6	201	30	13	23	32	1.93
305062--305132	24	3.0	24	83	4	81	25	12	11	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308596--308624	6	4.8	6	100	0	58	34	17	48	0	1.47
314761--314788	12	2.3	12	100	0	56	7	67	0	25	1.15
316969--317104	69	2.0	69	88	2	202	31	14	19	34	1.92
320734--320783	21	2.4	21	89	0	73	36	16	22	26	1.94
321551--321858	158	1.9	158	84	1	402	29	21	24	24	1.99
325051--325075	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
333149--333187	16	2.4	16	87	12	53	30	0	5	64	1.15
335273--335352	36	2.2	36	97	0	151	32	18	25	23	1.97
340724--340803	36	2.2	36	95	0	142	33	21	23	21	1.97
340735--340824	36	2.5	35	85	8	119	41	16	24	17	1.90

Tables:   1   2   3