genome.fa.s15091.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015091.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130135, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  803680

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9367--9690	99	3.3	94	81	8	312	36	15	29	19	1.92
9481--9642	49	3.3	50	71	9	152	32	13	33	20	1.92
9569--9714	50	3.0	49	74	8	116	35	15	29	19	1.92
9562--9713	49	3.1	48	74	9	144	35	15	28	19	1.93
13565--13589	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
15993--16027	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
17129--17333	40	5.1	40	80	2	205	25	15	27	31	1.96
27729--27823	14	6.8	14	73	7	59	34	25	16	23	1.95
27793--27837	21	2.1	21	83	0	54	35	24	17	22	1.95
30683--30768	43	2.0	43	90	0	136	33	6	9	50	1.62
31868--31934	18	3.7	18	82	11	75	11	25	23	38	1.89
35612--35655	18	2.4	18	84	0	61	63	6	2	27	1.31
38468--38492	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
39362--39394	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
46515--46556	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
46519--46555	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
50495--50563	20	3.5	20	67	13	52	53	1	5	39	1.34
50597--50714	46	2.5	46	82	13	127	61	5	0	33	1.24
51019--51059	15	2.9	14	85	7	64	29	0	2	68	1.03
56330--56582	116	2.2	115	89	1	380	37	29	8	24	1.85
57082--57185	36	2.9	36	88	1	154	21	25	16	36	1.94
74495--74543	19	2.9	16	80	16	55	2	18	0	79	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83358--83401	22	2.0	23	86	4	63	43	11	15	29	1.82
86027--86131	36	2.9	36	80	4	113	22	25	15	36	1.93
88035--88093	20	2.9	20	84	2	73	32	23	15	28	1.95
95446--95551	36	3.0	36	84	1	133	29	10	25	34	1.89
97151--97204	18	2.9	19	75	8	67	33	0	1	64	1.04
97155--97221	17	3.8	17	75	15	57	32	0	1	65	1.02
97247--97305	21	2.7	21	78	7	64	28	1	6	62	1.30
99110--99343	74	3.1	75	88	1	344	29	23	20	26	1.99
107562--107894	75	4.6	69	81	14	322	56	4	3	35	1.36
107638--107680	21	2.0	22	86	13	63	55	2	0	41	1.12
107638--107680	22	2.0	21	86	4	59	55	2	0	41	1.12
107562--107845	141	2.0	143	86	9	404	57	4	3	33	1.38
107834--107894	20	3.0	20	79	13	63	54	0	3	42	1.17
120317--120355	21	2.0	20	90	10	62	51	0	15	33	1.44
122926--122996	21	3.4	21	76	21	78	30	26	14	28	1.95
126984--127025	15	2.9	14	86	10	57	71	4	2	21	1.16
128856--129170	145	2.2	145	82	1	380	27	21	23	27	1.99
129081--129222	75	1.9	76	84	7	191	32	19	20	28	1.97
129082--129249	75	2.2	75	81	5	187	32	22	19	26	1.97
129898--129933	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
130058--130125	29	2.3	29	84	5	82	48	13	14	23	1.79
131406--131444	14	2.7	15	80	8	53	56	10	7	25	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131815--131860	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
131926--131959	13	2.6	13	85	0	50	58	14	0	26	1.36
135053--135110	21	2.8	21	74	10	57	27	13	24	34	1.93
137305--137362	26	2.3	26	81	3	64	37	6	5	50	1.52
137324--137362	13	3.0	12	85	14	51	41	2	2	53	1.28
137446--137479	18	1.9	18	88	5	52	32	0	2	64	1.08
145460--145489	14	2.1	14	93	0	51	43	20	6	30	1.77
147300--147366	29	2.2	30	79	12	75	34	10	5	49	1.62
147526--147590	29	2.2	28	84	15	80	56	6	10	26	1.56
148351--148493	44	3.1	44	63	19	103	51	3	6	38	1.46
150225--150289	24	2.7	25	85	7	89	21	26	24	27	1.99
150225--150299	24	3.1	24	83	7	73	25	22	24	28	2.00
156773--156851	42	1.9	42	85	10	110	55	0	0	44	0.99
156785--156828	15	2.8	15	86	6	52	56	0	0	43	0.99
165585--165859	59	4.6	59	77	10	206	31	3	25	39	1.73
165606--165858	30	8.5	30	68	14	105	32	3	24	39	1.71
166971--167043	3	24.0	3	90	2	110	34	2	0	63	1.09
170280--170378	21	4.7	21	78	13	114	3	5	22	69	1.22
170287--170371	19	4.2	20	77	18	95	3	5	22	68	1.27
170393--170488	12	8.3	12	68	11	58	7	4	18	69	1.28
170372--170489	56	2.1	55	79	4	128	6	6	18	67	1.36
170438--170502	20	3.0	20	73	16	58	6	4	21	67	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172487--172551	20	3.3	20	80	8	80	40	0	6	53	1.26
178145--178192	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
178274--178331	23	2.5	23	88	0	89	10	27	22	39	1.86
178320--178373	22	2.4	23	78	3	65	14	24	27	33	1.94
186998--187046	23	2.2	22	82	10	55	63	4	10	22	1.43
193329--193379	25	2.0	25	85	7	68	25	17	7	49	1.74
193351--193442	32	2.9	32	78	12	98	26	18	10	44	1.82
193700--193836	61	2.3	61	84	2	170	47	11	15	25	1.79
193758--193814	29	2.1	26	83	9	69	54	8	10	26	1.63
196434--196472	21	1.9	20	84	5	51	23	12	15	48	1.79
200509--200596	31	2.9	29	80	8	95	52	11	1	35	1.45
211397--211461	30	2.1	31	83	8	80	27	21	10	40	1.87
212056--212082	13	2.1	13	100	0	54	29	22	11	37	1.89
213535--213561	6	4.5	6	100	0	54	18	29	18	33	1.95
225392--225462	30	2.3	31	83	11	85	45	4	1	49	1.30
227513--227563	18	2.6	19	75	9	50	62	1	5	29	1.29
238146--238224	8	9.5	8	71	15	54	25	3	1	69	1.12
238151--238234	34	2.5	35	85	11	106	28	3	1	66	1.15
239857--239895	20	2.0	20	94	0	69	38	2	0	58	1.12
239854--239906	20	2.7	20	82	5	54	43	3	0	52	1.19
239951--239999	19	2.6	19	80	6	55	34	4	0	61	1.15
239964--240020	19	3.1	19	80	14	66	33	5	1	59	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248199--248257	6	10.0	6	78	10	68	47	0	1	50	1.11
248171--248257	17	5.4	17	74	19	78	43	0	3	52	1.18
250080--250244	29	5.6	29	75	9	129	30	21	3	44	1.70
250066--250383	59	5.6	58	73	12	180	32	26	3	38	1.72
250227--250263	19	1.9	19	89	10	58	37	27	2	32	1.71
250243--250380	58	2.4	59	87	3	190	34	30	1	34	1.67
250243--250383	29	4.8	29	75	14	137	33	30	2	34	1.70
250243--250414	59	2.9	59	83	5	172	33	30	3	33	1.75
257187--257229	18	2.3	19	84	8	61	60	2	32	4	1.30
261911--262293	49	7.8	49	74	11	277	39	20	25	14	1.90
261875--262282	98	4.2	98	79	7	339	39	19	25	15	1.91
261871--262261	147	2.7	147	87	1	536	38	20	25	15	1.92
262655--262716	6	10.0	6	77	19	65	46	3	1	48	1.28
262627--262716	17	5.4	17	74	15	80	43	2	3	51	1.30
262627--262716	11	7.5	11	72	18	56	43	2	3	51	1.30
264530--264762	29	7.9	30	72	15	164	30	22	5	40	1.77
264538--264761	58	3.8	59	82	3	238	30	21	5	41	1.77
264787--264893	30	3.6	30	75	15	114	28	28	4	37	1.77
264761--264893	59	2.3	59	87	5	182	31	30	3	34	1.75
267977--268043	30	2.2	30	81	7	73	49	2	1	46	1.26
285524--285601	31	2.6	29	82	8	93	37	10	10	42	1.73
285534--285599	31	2.2	31	86	2	98	34	12	9	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290973--291020	17	3.0	16	82	8	53	33	0	0	66	0.92
290974--291020	16	2.9	16	82	14	53	31	0	0	68	0.90
296852--296917	11	5.8	11	74	13	53	72	18	3	6	1.18
296852--296912	12	5.2	12	78	5	63	73	16	3	6	1.17
296921--296992	19	3.5	20	80	12	74	66	18	5	9	1.39
296940--296994	22	2.5	23	88	8	80	67	18	3	10	1.35
298831--298934	23	4.4	23	84	7	138	10	24	22	43	1.84
306934--306976	20	2.1	20	82	4	50	39	6	2	51	1.42
313951--313975	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
320196--320426	113	2.1	113	93	0	392	42	9	18	29	1.81

Tables:   1   2   3