genome.fa.s15129.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015129.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130173, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  947447

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 293 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
484563--484604	21	2.0	21	81	9	50	64	0	26	9	1.24
485895--485927	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
489337--489400	33	2.0	33	84	9	87	57	3	26	12	1.50
489945--489991	19	2.6	18	77	12	51	57	2	12	27	1.47
491435--491774	170	2.0	170	100	0	680	27	27	11	33	1.91
492135--492163	12	2.4	12	100	0	58	34	6	13	44	1.71
493700--493733	17	2.0	17	88	11	52	52	0	5	41	1.25
493736--493772	18	2.0	20	89	10	60	32	2	0	64	1.07
493792--493838	24	2.0	24	82	0	58	55	6	6	31	1.51
494563--494595	15	2.1	16	94	5	59	45	3	0	51	1.16
495526--495555	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
502603--502660	23	2.5	23	91	0	98	22	22	25	29	1.99
504774--504812	8	4.9	8	87	0	60	0	23	10	66	1.22
508253--508280	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
508458--508609	56	2.6	57	86	5	191	44	2	1	51	1.26
508689--508799	44	2.6	40	77	21	111	37	27	5	28	1.79
508701--508794	46	2.1	44	90	7	145	37	27	5	29	1.79
510258--510298	19	2.1	20	86	13	59	39	29	0	31	1.57
510286--510347	27	2.3	27	91	0	97	50	37	3	9	1.52
510409--510437	13	2.1	14	93	6	51	13	10	20	55	1.68
510381--510432	7	7.6	7	79	12	54	19	13	25	42	1.87
518724--519027	158	1.9	158	85	1	421	21	24	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
520280--520307	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
521361--521393	16	2.2	15	89	10	50	57	15	6	21	1.59
522627--522747	60	2.0	60	98	0	233	38	19	16	24	1.92
522889--522931	21	2.0	21	86	8	61	27	0	2	69	1.00
524157--524236	40	2.0	40	100	0	160	37	15	25	22	1.93
528077--528114	15	2.4	16	82	4	51	18	0	5	76	0.97
528538--528609	25	2.7	27	75	12	78	36	2	0	61	1.11
528528--528614	24	3.6	23	70	18	77	37	2	0	59	1.10
538273--538330	25	2.4	25	82	2	82	53	1	0	44	1.10
544673--544754	33	2.5	33	95	0	146	36	1	9	52	1.42
544669--544769	33	3.1	31	87	8	96	38	0	9	50	1.42
544843--545098	126	2.0	126	86	0	350	28	18	21	31	1.97
545309--545338	14	2.1	14	100	0	60	60	33	0	6	1.23
548542--548643	52	1.9	53	88	2	152	33	20	20	25	1.97
548542--548643	26	3.9	26	84	1	123	33	20	20	25	1.97
551391--551681	52	5.6	52	82	1	343	27	13	23	35	1.92
554319--554351	13	2.5	13	90	9	50	54	3	0	42	1.15
562967--563080	62	1.9	59	85	5	156	49	4	3	42	1.39
563065--563120	25	2.2	27	78	12	64	53	7	1	37	1.39
563509--563551	19	2.3	19	84	8	52	37	0	2	60	1.10
567820--567859	18	2.2	18	86	0	53	35	27	10	27	1.89
581191--581221	13	2.4	13	88	0	53	54	12	0	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
581766--581792	9	3.0	9	100	0	54	0	11	0	88	0.50
593760--593812	8	6.9	7	78	18	52	77	1	1	18	0.96
593764--593812	15	3.4	15	86	10	59	77	2	2	18	0.96
593760--593809	17	3.1	16	83	11	57	78	2	2	18	0.95
595067--595095	15	1.9	15	100	0	58	20	6	17	55	1.65
595524--595975	100	4.5	101	78	7	404	28	17	16	37	1.92
595537--595903	50	7.3	50	69	10	210	27	18	16	36	1.93
595528--595979	201	2.3	201	82	3	529	28	17	16	37	1.92
603687--603995	42	7.4	42	86	1	361	37	21	19	21	1.94
610382--610572	80	2.4	80	85	1	267	33	26	17	21	1.96
613779--613844	27	2.4	27	82	0	87	36	30	10	22	1.88
619742--619779	18	2.1	18	85	9	51	44	28	2	23	1.67
626780--626822	22	2.0	21	81	4	50	25	6	4	62	1.40
644783--645051	133	2.0	133	99	0	529	31	11	13	43	1.80
648415--648474	20	2.9	20	82	5	57	50	10	6	33	1.62
648446--648511	20	3.3	20	77	14	73	45	22	6	25	1.75
649892--649942	21	2.4	22	80	3	59	52	7	9	29	1.62
651628--651655	10	2.8	10	100	0	56	50	0	17	32	1.47
653936--654005	20	3.5	20	73	7	61	42	11	8	37	1.72
656054--656131	20	4.0	20	79	12	81	48	11	6	33	1.65
656934--656996	24	2.6	24	84	0	81	49	9	14	26	1.74
658889--658948	25	2.5	24	86	2	84	50	11	11	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668874--668926	21	2.5	21	90	0	79	11	1	35	50	1.49
671967--672148	91	2.0	91	100	0	364	39	3	21	35	1.70
673760--673972	36	6.0	36	82	3	234	38	24	14	22	1.91
673760--673972	108	2.0	106	83	1	264	38	24	14	22	1.91
673772--673972	72	2.8	71	88	1	276	39	24	13	21	1.90
681563--681601	21	2.0	20	85	10	53	35	5	7	51	1.53
682968--683023	22	2.5	22	94	0	94	25	26	25	23	2.00
683339--683384	5	9.2	5	82	17	51	80	15	2	2	0.91
684030--684069	15	2.6	15	84	4	53	0	17	2	80	0.83
697172--697210	16	2.4	17	82	8	53	76	0	10	12	1.01
702214--702247	13	2.6	13	90	0	50	64	5	5	23	1.38
703410--703496	31	2.8	31	91	3	140	39	24	11	25	1.89
703471--703531	30	2.0	31	84	9	81	44	26	6	22	1.77
731286--731337	23	2.3	23	100	0	104	23	26	21	28	1.99
732105--732133	14	2.1	14	100	0	58	79	6	6	6	1.06
735989--736058	33	2.1	33	94	0	122	22	4	21	51	1.65
746013--746046	13	2.7	13	90	4	52	11	8	0	79	0.94
756287--756337	21	2.4	21	83	0	75	39	23	9	27	1.86
756870--756902	12	2.8	12	86	4	50	63	27	0	9	1.24
758081--758110	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
758197--758238	21	1.9	23	85	9	61	33	23	0	42	1.55
762917--762958	18	2.3	18	88	8	59	16	14	47	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764747--764844	26	3.8	26	77	5	90	31	23	17	27	1.97
766738--766779	21	1.9	23	85	9	61	33	23	0	42	1.55
772374--772423	26	2.0	23	81	11	55	46	2	2	50	1.24
772710--772773	26	2.5	26	97	0	119	25	43	20	10	1.84
775450--775492	14	3.1	14	80	12	61	72	0	25	2	0.97
782349--782392	17	2.6	17	86	10	63	75	0	22	2	0.92
785720--785772	12	4.3	12	81	9	63	86	0	13	0	0.56
785722--785766	20	2.2	20	92	7	74	86	0	13	0	0.57
785720--785772	18	2.9	18	86	10	72	86	0	13	0	0.56
785721--785771	10	4.9	10	81	13	59	86	0	13	0	0.58
786869--787194	101	3.3	99	77	7	345	33	18	23	25	1.96
786823--787194	101	3.8	98	75	11	316	34	18	22	24	1.96
787200--787949	42	17.5	42	84	4	858	30	29	14	25	1.95
787200--787992	86	9.2	84	82	4	879	30	28	14	26	1.95
787199--788008	170	4.7	168	83	5	906	30	28	14	26	1.95
787200--788008	212	3.8	212	83	5	930	30	28	14	26	1.95
787982--788035	26	2.1	26	100	0	108	33	18	14	33	1.92
788007--788107	43	2.3	44	81	6	116	32	26	12	27	1.93
789835--789904	15	5.1	13	73	14	52	18	4	2	74	1.11
789831--789876	15	3.1	15	87	9	60	17	4	4	73	1.15
789863--789906	22	2.0	22	90	4	70	20	4	2	72	1.13
792410--792592	68	2.7	68	76	4	188	32	16	19	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792624--792718	39	2.4	40	82	7	113	52	14	6	26	1.65
792995--793025	15	2.0	16	93	6	55	70	9	0	19	1.14
797452--797489	16	2.3	16	90	4	58	68	0	2	28	1.03
810285--810594	153	2.1	148	85	4	406	36	19	8	35	1.83
812183--812267	23	3.7	23	73	9	66	35	17	11	35	1.87
812194--812253	22	2.7	21	82	7	66	35	13	11	40	1.81
812244--812293	26	1.9	26	91	0	82	34	18	12	36	1.87
813995--814033	17	2.4	17	91	4	62	33	30	2	33	1.72
822034--822067	16	2.1	16	88	0	50	44	0	2	52	1.16
830784--830826	17	2.5	18	81	11	54	60	0	2	37	1.10

Tables:   1   2   3