genome.fa.s15136.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015136.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130180, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  601175

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9655--9708	23	2.3	23	81	6	65	33	20	14	31	1.93
17806--17836	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
18340--18405	32	2.1	32	91	2	107	46	12	6	34	1.66
19655--19849	30	6.5	28	76	12	124	32	23	3	40	1.70
19694--19849	59	2.6	58	79	11	172	32	26	1	39	1.68
19706--19908	30	6.8	29	77	12	155	33	27	2	36	1.72
38286--38348	30	2.1	30	100	0	126	15	23	20	39	1.91
42668--42701	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
50921--50988	30	2.2	32	81	7	86	38	7	4	50	1.51
51851--51911	30	2.0	30	100	0	122	37	13	6	42	1.70
55559--55624	29	2.2	29	84	7	80	53	10	3	33	1.51
56838--56868	14	2.2	14	100	0	62	51	19	0	29	1.47
60084--60221	59	2.3	58	75	6	134	26	7	10	55	1.61
67014--67065	21	2.5	22	81	12	65	51	30	0	17	1.45
67035--67103	27	2.6	27	72	9	68	50	28	1	18	1.56
67014--67065	20	2.5	20	81	12	61	51	30	0	17	1.45
73839--73924	6	14.5	6	71	7	68	40	3	1	54	1.25
73830--73909	42	1.9	42	82	5	99	36	3	3	56	1.35
73839--73909	19	3.6	18	80	16	79	38	2	1	57	1.22
73878--73935	17	3.4	17	75	13	57	44	3	3	48	1.36
73894--73939	23	2.0	23	82	0	56	52	2	2	43	1.25
74601--74675	3	25.0	3	77	5	62	57	5	2	34	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75761--75992	29	7.9	28	72	10	119	35	23	3	37	1.73
75708--75970	88	3.0	86	76	9	237	35	23	3	36	1.72
75749--75993	30	8.3	30	71	14	145	36	22	3	37	1.72
75748--75993	59	4.2	60	83	6	240	36	22	3	36	1.72
80898--80926	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
88520--88606	6	15.0	6	68	19	51	44	1	4	49	1.30
88570--88613	23	1.9	23	90	9	72	47	0	2	50	1.13
88520--88599	17	4.7	17	82	0	97	45	1	3	50	1.28
90365--90558	60	3.3	60	79	9	202	36	24	2	37	1.67
90470--90742	59	4.7	57	79	8	241	33	28	4	34	1.76
90662--90888	58	3.9	55	76	10	161	32	28	4	34	1.78
90333--90824	29	16.8	30	73	12	292	34	26	3	34	1.74
90747--90841	29	3.3	28	72	13	86	32	30	5	31	1.80
90748--90908	58	2.8	57	76	8	155	28	26	8	37	1.85
93005--93043	9	4.3	9	80	0	51	38	7	5	48	1.54
96321--96379	31	1.9	31	86	6	84	45	10	8	35	1.68
105052--105086	17	2.0	18	88	5	54	57	0	2	40	1.14
113561--113598	19	2.1	19	85	5	51	34	5	0	60	1.19
115214--115245	15	2.1	15	94	0	55	40	6	15	37	1.73
117757--117846	30	3.0	30	78	10	87	66	2	0	31	1.04
117793--117865	29	2.6	29	84	2	94	65	4	0	30	1.11
118034--118083	19	2.5	21	81	9	61	34	2	4	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118050--118105	24	2.4	23	80	11	69	35	1	3	58	1.26
118056--118104	24	2.0	24	92	7	82	40	2	4	53	1.32
118423--118453	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
119626--119651	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
119657--119767	54	2.0	56	92	3	190	35	21	7	36	1.81
121048--121099	19	2.6	21	77	22	58	46	7	3	42	1.51
131308--131366	31	1.9	31	85	0	82	40	10	13	35	1.78
131852--131910	30	2.0	29	83	6	73	69	0	0	30	0.89
136202--136256	2	27.5	2	96	0	101	49	0	1	49	1.11
138160--138195	18	2.1	16	90	10	54	52	0	16	30	1.44
138736--138993	52	5.0	52	90	1	403	29	14	22	34	1.93
144540--144635	29	3.6	24	83	14	93	27	16	6	50	1.69
144549--144634	29	3.0	29	94	1	147	27	17	5	48	1.70
157205--157271	31	2.2	30	81	5	82	40	4	7	47	1.52
157999--158087	44	2.0	44	82	8	110	41	4	10	43	1.58
158000--158340	169	2.0	168	89	1	522	45	6	8	38	1.62
166577--166623	24	2.0	24	87	8	69	6	21	8	63	1.44
181493--181628	66	2.1	66	92	0	227	41	25	7	25	1.81
182222--182299	24	3.2	24	90	0	129	26	23	24	25	2.00
184221--184260	2	20.0	2	84	0	53	50	7	0	42	1.30
184223--184257	18	1.9	18	100	0	70	51	8	0	40	1.33
184221--184260	12	3.3	12	89	0	62	50	7	0	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186345--186438	21	4.3	21	71	17	84	42	22	9	25	1.83
186345--186476	66	2.0	66	95	0	237	41	21	9	27	1.83
187064--187164	24	4.2	24	84	0	139	27	22	22	26	1.99
190438--190475	20	1.9	20	88	0	58	15	7	7	68	1.37
194204--194445	78	3.0	80	81	6	258	32	12	12	42	1.81
196516--196576	30	2.0	30	93	0	104	31	21	22	24	1.98
209961--210209	79	3.2	79	84	2	331	31	25	16	26	1.96
210088--210210	39	3.2	39	75	15	121	32	26	15	25	1.95
209982--210191	39	5.3	39	67	16	126	30	24	19	25	1.98
210943--210974	16	1.9	17	93	6	57	56	18	0	25	1.42
212092--212366	30	9.3	30	80	5	211	37	20	4	37	1.74
212122--212366	90	2.8	89	78	6	246	37	21	4	36	1.74
212484--212522	20	1.9	21	84	5	53	25	2	2	69	1.14
219023--219068	23	2.0	23	82	0	56	32	2	2	63	1.19
219523--219586	34	1.9	34	84	9	87	35	9	4	50	1.56
223580--223624	21	2.1	22	87	4	65	71	8	0	20	1.12
236425--236453	12	2.4	12	100	0	58	86	0	13	0	0.58
237313--237985	98	6.9	98	77	5	609	37	16	25	20	1.93
237348--237967	49	12.8	48	67	13	254	37	16	26	20	1.93
237348--237985	190	3.3	190	82	6	660	37	16	25	20	1.93
238115--238159	21	2.1	22	84	12	58	73	8	0	17	1.08
242031--242061	15	2.1	15	100	0	62	67	6	19	6	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242711--242767	21	2.7	21	74	15	55	31	5	26	36	1.79
247635--247781	40	3.7	40	89	0	213	47	4	24	23	1.69
248191--248239	21	2.3	21	82	6	55	28	8	24	38	1.84
249730--249775	19	2.4	19	96	0	83	30	39	4	26	1.75
258198--258267	31	2.5	27	78	17	72	42	12	8	35	1.74
260613--260660	19	2.5	19	79	0	60	70	2	2	25	1.09
260720--260776	29	2.0	29	85	0	78	70	1	3	24	1.13
260876--260929	26	2.1	26	96	0	99	59	11	9	20	1.59
260959--261001	19	2.2	20	88	12	63	27	0	2	69	1.00
260960--261040	28	2.8	28	83	9	101	32	1	1	65	1.08
265174--265216	9	4.9	9	83	16	63	20	34	0	44	1.52
273401--273463	16	3.9	15	80	12	72	46	1	20	31	1.61
273636--273770	61	2.2	62	85	5	177	52	2	2	42	1.29
275298--275457	62	2.6	62	88	4	241	34	25	17	23	1.96
278300--278394	49	1.9	50	85	6	131	33	5	2	58	1.32
279658--279723	30	2.2	30	83	0	78	51	12	0	36	1.39
281419--281763	53	6.5	53	83	2	417	31	21	17	30	1.96
283909--283971	24	2.7	23	82	2	81	53	6	12	26	1.62
300138--300171	17	1.9	18	94	5	61	29	2	5	61	1.34
304148--304309	83	2.0	80	90	3	252	41	4	3	50	1.40
305037--305152	50	2.3	50	83	2	144	34	3	8	53	1.49
305287--305616	81	4.0	81	86	0	435	30	12	11	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305287--305656	81	4.6	81	84	2	404	31	12	11	45	1.77
307113--307222	55	2.0	55	100	0	220	41	12	9	36	1.75
308345--308679	158	2.1	158	85	0	463	28	24	25	22	1.99
310309--310365	20	2.8	20	76	10	53	14	12	0	73	1.09
310286--310351	29	2.3	29	94	0	114	12	13	0	74	1.08
311172--311207	13	2.8	13	95	0	63	44	19	0	36	1.51
318658--318698	20	2.1	20	82	13	50	46	9	0	43	1.36
319438--319565	25	5.1	25	98	0	238	28	16	23	31	1.96
320000--320048	20	2.5	20	96	0	89	26	28	16	28	1.97
321463--321845	198	1.9	198	92	0	649	33	16	10	39	1.83

Tables:   1   2   3