genome.fa.s15154.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015154.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130198, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  822009

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6810--7000	89	2.1	89	83	10	246	36	12	23	28	1.90
12631--12663	6	5.5	6	100	0	66	30	0	36	33	1.58
27332--27486	29	5.4	28	73	13	109	33	5	26	34	1.79
27348--27599	29	8.7	28	77	12	183	36	3	25	34	1.75
27376--27627	29	8.6	28	76	15	158	37	3	23	35	1.72
27349--27627	59	4.8	58	80	6	246	36	3	24	35	1.73
27406--27649	116	2.1	117	81	6	280	38	2	23	34	1.70
28650--28695	20	2.3	20	100	0	92	32	8	8	50	1.64
28922--28947	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
28946--28971	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
29249--29294	23	2.0	23	95	4	85	21	10	8	58	1.58
32444--32491	21	2.3	21	82	7	53	68	8	0	22	1.16
32663--32713	22	2.4	21	80	9	59	62	5	15	15	1.50
33064--33690	79	8.2	78	70	14	353	30	27	8	33	1.87
33141--33463	151	2.2	146	83	6	409	30	30	8	29	1.87
33593--33841	129	1.9	130	82	3	313	29	28	8	33	1.86
33723--33976	79	3.2	78	72	6	217	31	26	7	34	1.85
37202--37246	3	14.7	3	95	4	81	66	0	2	31	1.04
37498--37551	26	2.1	26	85	0	72	27	1	14	55	1.50
48184--48210	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
63013--63065	27	2.0	26	86	13	74	50	5	20	22	1.69
66490--66519	13	2.3	13	94	0	51	90	10	0	0	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68976--69015	21	1.9	21	85	10	55	52	0	2	45	1.14
77048--77140	31	3.0	31	82	0	114	43	12	9	34	1.76
85047--85171	69	1.9	66	86	6	180	43	8	12	36	1.72
86895--86965	20	3.5	20	73	22	76	49	0	0	50	1.00
86886--86978	40	2.3	41	94	1	161	49	0	1	49	1.07
87641--87777	51	2.5	56	80	9	158	61	8	26	3	1.42
87830--87871	11	4.1	10	80	17	50	50	2	0	47	1.14
87829--87871	22	2.0	20	86	8	59	51	2	0	46	1.13
87811--87871	20	3.0	20	77	17	63	49	1	0	49	1.10
91181--91302	60	2.0	60	100	0	244	34	26	9	29	1.88
98063--98221	78	2.0	78	100	0	318	33	13	20	31	1.92
99557--99601	6	7.5	6	87	0	54	26	17	53	2	1.56
104772--104826	23	2.5	22	79	8	67	27	3	1	67	1.17
114600--114658	30	1.9	31	83	13	77	25	10	6	57	1.56
125488--125529	21	2.0	21	81	9	50	50	9	2	38	1.48
125977--126013	15	2.3	17	90	9	60	24	0	0	75	0.80
129016--129056	21	2.0	21	90	0	64	43	14	12	29	1.82
132633--132715	41	2.0	41	100	0	166	43	20	0	36	1.52
133384--133410	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
135698--135731	9	3.8	9	96	0	59	58	0	0	41	0.98
136036--136282	131	1.9	130	83	5	320	37	15	8	38	1.79
149113--149490	125	3.0	125	95	0	659	33	9	16	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151446--151509	30	2.1	30	82	5	76	39	0	7	53	1.30
151533--151562	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
153394--154721	123	10.8	123	86	1	1727	31	18	17	33	1.94
154635--155036	90	4.5	91	84	8	488	28	19	18	33	1.96
163569--163635	33	2.0	33	100	0	134	35	23	11	28	1.91
170259--170489	116	2.0	116	95	0	417	30	15	17	36	1.91
178248--178272	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
180050--180401	171	2.1	172	95	1	636	38	12	17	30	1.87
191421--191492	27	2.8	26	79	18	80	51	0	0	48	1.00
191421--191489	11	5.6	11	73	21	57	50	0	0	49	1.00
192762--192791	15	2.1	14	93	6	51	43	0	10	46	1.37
192874--192921	14	3.5	14	82	5	53	41	0	0	58	0.98
192867--192927	8	7.8	8	73	10	54	39	0	0	60	0.97
201999--202064	23	3.0	21	72	12	69	37	1	9	51	1.43
204762--204792	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
205751--205829	37	2.1	37	86	4	106	24	18	29	27	1.98
205760--205837	37	2.1	37	83	9	97	26	19	28	25	1.99
206875--206931	17	3.4	17	76	9	62	52	10	21	15	1.72
209233--209263	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
210180--210255	37	2.1	36	85	2	98	26	14	28	30	1.95
210196--210300	37	2.8	37	83	0	120	23	18	28	29	1.98
212146--212302	24	6.2	25	76	11	133	19	30	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212224--212501	52	5.4	52	69	10	178	21	28	15	34	1.94
212177--212504	80	4.3	77	78	9	296	21	28	16	33	1.95
212418--212504	28	3.2	28	70	18	85	22	27	18	31	1.97
220391--220724	52	6.3	52	73	10	246	20	26	16	36	1.94
220442--220510	33	2.1	32	89	2	102	17	30	18	33	1.94
220484--220559	24	3.1	24	77	3	89	18	22	17	42	1.89
220541--220728	28	7.0	28	72	9	149	21	25	17	36	1.95
220399--220728	132	2.5	131	84	4	414	20	25	16	36	1.94
225407--225660	126	2.0	126	99	0	499	44	8	16	31	1.77
226994--227093	49	2.0	49	100	0	200	31	12	14	43	1.81
228385--228424	21	1.9	21	85	10	55	42	7	0	50	1.30
229249--229324	37	2.0	37	87	7	107	39	23	9	27	1.85
233985--234052	30	2.3	30	78	0	73	25	26	20	27	1.99
240571--240620	15	3.3	15	86	5	66	28	28	20	24	1.99
242839--242901	27	2.3	27	84	10	76	73	3	6	17	1.18
243422--243464	23	1.9	22	86	13	61	37	4	2	55	1.33
243712--243760	21	2.3	21	79	6	64	46	4	0	48	1.20
243719--243759	22	1.9	21	85	5	55	39	4	0	56	1.21
243614--244046	156	2.8	157	82	10	481	45	8	2	43	1.48
243874--243946	22	3.3	21	70	24	60	42	5	0	52	1.24
244935--245317	42	9.1	42	86	0	507	36	22	18	22	1.95
245721--245767	21	2.3	21	85	10	62	0	14	8	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245722--245766	20	2.2	20	84	7	56	0	15	8	75	1.03
251118--251172	17	3.2	17	76	0	56	50	10	18	20	1.76
252327--252374	18	2.7	18	83	0	60	20	14	27	37	1.92
254121--254168	23	2.1	23	84	7	62	68	10	6	14	1.37
263961--264002	17	2.6	16	88	7	59	76	0	11	11	1.03
272391--272462	17	4.3	16	79	11	65	54	15	12	18	1.71
272391--272462	34	2.2	33	80	12	76	54	15	12	18	1.71
279284--279338	15	3.6	15	74	25	53	0	20	1	78	0.85
290329--290373	21	2.1	21	91	0	72	8	17	33	40	1.81
293637--293676	16	2.5	16	87	0	62	22	27	5	45	1.73
297389--297436	18	2.8	18	81	6	55	29	4	0	66	1.10
298311--298385	24	2.8	27	80	11	75	52	8	28	12	1.66
305619--305657	21	2.0	20	85	10	53	64	12	23	0	1.28
306682--306834	77	2.0	77	98	0	297	24	16	13	44	1.85
322955--323032	29	2.7	29	76	7	77	33	19	16	30	1.94
327816--327849	17	2.1	16	88	5	50	47	14	0	38	1.45
334479--334522	17	2.4	18	85	11	54	18	13	4	63	1.46
334480--334521	18	2.3	19	84	12	52	16	11	4	66	1.40
342001--342053	12	4.2	12	75	13	52	62	0	35	1	1.06
345542--345598	15	3.8	15	73	0	60	22	21	26	29	1.99
345542--345609	30	2.3	30	78	0	73	20	25	26	27	1.99
353632--353688	23	2.4	23	82	11	71	66	14	10	8	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355460--355680	94	2.4	94	92	0	361	31	19	4	45	1.69
360088--360193	51	2.1	51	96	0	194	29	31	13	26	1.94
360139--360598	78	5.9	77	87	2	632	33	24	17	25	1.96
381890--381931	20	2.2	20	86	4	59	57	4	7	30	1.47
382983--383015	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
383747--383788	16	2.6	16	81	7	50	66	4	9	19	1.38
384342--384378	19	2.1	18	90	10	58	48	5	0	45	1.25
384392--384440	20	2.5	20	76	6	55	48	0	0	51	1.00
384285--384562	140	2.0	137	85	9	371	44	8	3	43	1.51
386654--386686	12	2.8	12	90	4	50	6	3	27	63	1.32

Tables:   1   2   3