genome.fa.s15193.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015193.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130237, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  594178

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1172--1212	21	2.0	21	85	9	57	39	0	12	48	1.41
1288--1336	25	1.9	24	84	12	62	44	0	20	34	1.52
1399--1500	22	4.4	22	83	10	132	9	25	23	41	1.85
1412--1509	48	2.0	48	96	0	178	10	28	23	37	1.87
3673--3727	22	2.5	21	74	8	56	70	10	0	18	1.15
4301--4343	20	2.2	20	87	8	61	44	9	9	37	1.69
11571--11623	26	2.0	28	88	7	83	49	11	20	18	1.78
15887--16105	79	2.8	78	85	2	289	22	17	25	34	1.96
16144--16361	79	2.7	80	75	9	201	24	19	23	32	1.97
15847--16488	263	2.5	260	85	4	812	23	19	25	31	1.98
25896--25928	9	3.7	9	95	0	57	39	18	21	21	1.93
29897--29993	30	3.3	29	76	15	108	35	3	26	35	1.72
29897--30016	30	4.0	29	77	15	88	33	3	26	36	1.73
31652--31721	34	2.1	34	86	0	95	10	20	28	41	1.84
31860--31916	17	3.4	17	85	9	80	54	3	1	40	1.28
33674--33749	38	2.0	38	100	0	152	50	2	2	44	1.30
33681--33741	19	3.2	19	66	25	56	49	1	3	45	1.28
34044--34090	12	4.1	11	76	17	51	17	8	2	72	1.19
34149--34201	25	2.2	25	86	3	72	43	0	3	52	1.19
41134--41222	46	2.0	45	84	10	119	30	3	12	53	1.54
41578--41603	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
45732--45970	117	2.0	117	100	0	478	26	15	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46980--47040	9	6.4	9	78	15	61	31	1	1	65	1.12
46972--47040	22	3.8	17	76	22	61	33	1	1	63	1.12
46972--47014	8	5.1	8	89	10	52	37	0	0	62	0.95
46980--47042	19	3.3	17	79	14	54	31	1	1	65	1.12
46988--47060	31	2.4	31	86	6	96	30	2	1	65	1.15
47576--47621	23	2.0	23	82	0	56	50	6	0	43	1.28
49772--49801	7	4.3	7	95	0	51	0	3	10	86	0.67
52337--52377	14	2.7	15	88	7	57	34	14	12	39	1.84
53287--53327	20	2.2	20	83	12	52	41	2	0	56	1.13
56591--56635	22	2.0	22	86	0	63	22	11	15	51	1.75
60254--60340	38	2.2	40	80	11	110	60	2	4	32	1.29
72588--72632	24	1.9	23	86	4	63	55	15	17	11	1.68
74017--74071	25	2.2	26	83	6	69	41	1	1	54	1.21
74984--75019	19	2.0	19	89	10	58	61	5	11	22	1.50
74952--75029	29	2.6	28	75	18	70	62	8	10	17	1.52
81753--81804	8	6.9	7	79	20	52	28	0	3	67	1.08
81770--81799	13	2.2	14	94	5	53	30	0	3	66	1.07
83953--84384	126	3.4	126	75	6	399	28	33	16	21	1.95
84303--84574	63	4.3	63	71	9	196	28	31	17	22	1.97
84177--84606	189	2.3	189	86	1	585	28	33	16	20	1.95
92060--92118	28	2.0	29	87	6	84	32	5	0	62	1.17
94461--94707	28	9.0	28	80	3	250	23	23	15	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95814--95852	17	2.2	18	86	13	55	35	7	0	56	1.28
95961--95993	8	4.0	8	96	4	57	24	0	3	72	0.98
101473--101531	24	2.3	27	82	11	79	55	3	0	40	1.16
101474--101534	18	3.2	18	84	9	77	54	3	0	42	1.17
102589--102819	29	7.9	29	68	15	111	32	26	5	35	1.79
114802--115000	109	1.8	109	87	2	301	38	20	20	21	1.93
115394--115442	6	8.3	6	80	11	57	44	0	6	48	1.27
115398--115442	17	2.6	18	93	6	76	46	0	6	46	1.29
115422--115447	11	2.4	11	100	0	52	46	0	7	46	1.31
116073--116127	20	2.9	18	78	10	56	54	5	0	40	1.23
117255--117529	29	9.4	28	67	17	109	36	25	2	36	1.70
117240--117532	59	5.0	58	71	15	153	35	25	3	35	1.72
117572--117651	28	2.8	29	74	14	76	26	28	8	36	1.86
118591--118633	23	2.0	21	82	13	52	53	0	0	46	1.00
119133--119176	21	2.1	21	83	8	54	27	0	11	61	1.30
124264--124607	172	2.0	172	100	0	688	35	9	16	38	1.82
131539--131581	21	2.0	21	86	0	59	27	6	4	60	1.43
134610--134645	18	2.0	18	100	0	72	16	16	11	55	1.68
135056--135104	26	1.9	25	87	4	71	48	0	4	46	1.20
145196--146000	413	1.9	412	87	4	1170	36	19	15	28	1.93
147416--147463	25	1.9	25	82	0	60	60	27	0	12	1.32
148232--148345	11	10.0	11	72	12	79	40	0	3	56	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148233--148364	17	7.4	17	78	13	131	43	0	3	53	1.16
148233--148364	6	23.0	6	71	14	100	43	0	3	53	1.16
148236--148347	58	1.9	58	87	3	163	42	0	3	53	1.18
148254--148366	58	1.9	58	85	0	154	44	0	2	53	1.14
150283--150587	29	10.4	29	74	9	217	37	24	2	35	1.69
150325--150609	30	9.7	29	72	10	150	37	23	2	36	1.69
150297--150626	59	5.6	58	77	9	244	37	23	3	36	1.71
157383--157491	30	3.7	30	82	6	132	38	19	2	39	1.66
157383--157675	29	10.1	29	77	9	165	35	26	3	34	1.74
157383--157531	30	5.1	30	78	11	123	35	22	4	38	1.73
157385--157652	57	4.6	60	73	10	164	36	24	3	35	1.74
157457--157669	57	3.7	55	76	10	180	35	27	3	33	1.75
157873--157910	19	2.0	20	89	5	60	21	15	10	52	1.72
162584--162632	17	2.9	16	80	14	55	65	6	6	22	1.38
162620--162687	27	2.6	24	84	11	73	66	1	1	30	1.10
163030--163079	25	2.0	26	88	4	75	30	18	26	26	1.98
163035--163089	25	2.2	26	83	9	69	34	20	25	20	1.96
165632--165682	24	2.1	24	88	0	75	25	23	23	27	2.00
166381--166456	21	3.7	20	85	7	82	31	14	27	26	1.95
168032--168148	18	6.7	18	69	16	59	31	2	0	64	1.12
168013--168109	50	1.9	50	87	8	144	35	5	0	59	1.19
168029--168108	16	5.0	15	71	15	54	33	3	0	62	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168097--168135	19	2.1	18	85	4	51	25	0	2	71	0.98
178990--179031	13	3.4	13	81	18	54	69	2	28	0	1.01
180125--180202	35	2.2	35	83	0	93	30	25	17	25	1.97
181631--181677	20	2.3	21	78	7	53	23	8	10	57	1.60
182133--182202	28	2.5	28	97	0	131	30	17	28	24	1.97
185815--185897	43	1.9	43	82	4	105	30	3	20	45	1.68
186539--186620	11	8.2	10	78	18	82	62	1	10	25	1.36
186539--186623	39	2.2	40	89	6	129	61	1	10	27	1.36
189479--189524	20	2.2	22	84	7	60	36	6	8	47	1.60
194167--194230	30	2.1	30	97	0	119	39	23	0	37	1.55
197340--197500	80	2.0	80	95	0	286	34	9	13	42	1.77
201278--201315	19	2.0	20	89	5	60	47	10	0	42	1.38
201323--201373	17	2.9	18	86	13	72	58	0	3	37	1.16
201323--201369	16	2.8	17	87	12	62	61	0	2	36	1.08
201322--201373	18	3.1	17	81	15	63	57	0	3	38	1.17
206496--206564	27	2.6	27	82	15	90	31	2	1	63	1.18
206495--206564	26	2.6	25	83	16	88	31	2	1	64	1.17
210372--210396	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
211333--211397	31	2.1	31	85	0	85	43	15	13	27	1.85
215365--215407	20	2.1	21	82	4	52	37	6	2	53	1.41
215440--215478	13	3.1	12	82	13	51	51	2	2	43	1.29
221141--221354	40	5.4	40	81	0	241	36	18	14	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221141--221354	80	2.7	80	82	0	268	36	18	14	29	1.91
223206--223276	36	2.0	35	83	8	90	16	7	11	64	1.46
234050--234113	30	2.1	30	82	5	76	50	9	1	39	1.44
236103--236156	24	2.3	22	81	15	56	44	1	3	50	1.30
240935--241870	466	2.0	466	90	0	1489	32	23	16	27	1.96
248911--248976	31	2.1	31	83	5	80	40	24	6	28	1.79
249687--249729	10	4.4	10	82	5	52	76	0	2	20	0.89
249652--249778	59	2.1	60	84	5	168	62	2	6	29	1.32
249652--249738	29	2.9	29	77	5	102	64	1	3	31	1.17
249657--249755	29	3.4	29	77	6	101	62	2	6	29	1.30

Tables:   1   2   3