genome.fa.s15199.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015199.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130243, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  887795

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1162--1260	48	2.0	50	94	3	175	37	6	15	41	1.71
9838--9952	23	5.0	23	88	0	140	15	20	20	43	1.88
15028--15119	23	4.0	23	75	18	84	41	19	23	15	1.89
15082--15131	23	2.2	23	81	0	55	48	22	16	14	1.81
20645--20672	10	2.8	10	100	0	56	89	0	0	10	0.49
23994--24088	27	3.5	27	80	5	111	28	27	13	30	1.94
24180--24246	27	2.4	27	80	11	91	23	28	13	34	1.93
26107--26145	13	2.8	13	84	7	51	46	10	0	43	1.37
38417--38455	20	2.0	20	90	10	62	56	12	0	30	1.37
53696--53805	53	2.1	53	85	8	145	25	17	10	46	1.80
53789--53887	52	1.9	52	87	2	146	25	24	10	40	1.86
64023--64193	84	2.0	84	95	0	306	42	11	13	33	1.80
66292--66341	21	2.3	22	79	3	57	44	6	8	42	1.58
70583--70609	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
83771--83824	22	2.8	18	73	21	56	64	3	1	29	1.21
83779--83828	22	2.3	22	89	6	75	68	2	2	28	1.12
84175--84199	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
84702--84733	16	2.1	15	94	5	55	84	3	0	12	0.74
92301--92612	40	7.8	40	79	3	279	26	17	23	32	1.97
92300--92612	120	2.6	120	88	0	455	26	17	23	32	1.96
92637--92794	50	3.2	49	76	8	149	21	25	17	35	1.95
97862--97891	12	2.5	12	100	0	60	20	16	26	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100891--100920	9	3.3	9	100	0	60	26	0	0	73	0.84
101388--101422	17	2.1	17	88	0	52	0	28	0	71	0.86
103838--103944	27	4.0	27	80	0	115	23	29	29	16	1.96
107242--107291	26	1.9	26	87	0	73	30	0	12	58	1.34
107359--107393	12	2.9	12	84	16	54	68	8	2	20	1.29
109209--109529	29	11.0	28	78	11	324	34	30	3	31	1.75
109209--109532	59	5.5	59	88	2	422	34	30	4	31	1.76
109209--109573	118	3.1	115	82	8	425	33	30	5	30	1.80
110758--110869	56	2.0	56	94	0	197	27	23	8	40	1.84
118271--118355	30	2.9	30	83	11	104	30	31	4	32	1.78
119581--119692	56	2.0	56	94	0	197	27	23	8	40	1.84
137358--137403	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
137555--137609	23	2.4	23	69	3	58	52	3	3	40	1.36
138774--138848	37	2.0	37	100	0	150	32	37	17	13	1.88
139147--139218	29	2.5	29	78	10	85	66	5	0	27	1.13
140109--140175	32	2.1	32	100	0	134	29	26	11	31	1.92
141977--142020	16	2.7	16	85	3	52	54	0	0	45	0.99
150946--151244	49	6.1	48	81	3	292	37	15	26	20	1.92
150946--151249	98	3.1	98	81	0	358	37	15	27	20	1.92
150943--151214	147	1.9	147	88	0	409	37	13	27	20	1.91
150951--151278	147	2.2	147	81	7	396	38	15	26	19	1.92
151247--151362	42	2.8	42	80	5	119	41	13	25	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152111--152142	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
154872--154922	19	2.6	19	81	12	50	43	5	1	49	1.38
156873--156931	24	2.5	23	78	8	57	28	1	1	67	1.10
156896--156931	17	2.1	17	94	0	63	25	0	0	75	0.81
172368--172415	20	2.3	21	86	13	64	18	12	0	68	1.20
176380--176445	33	2.0	33	96	0	123	39	10	15	34	1.82
185431--185469	20	1.9	21	94	5	71	53	17	0	28	1.44
186061--186100	19	2.2	19	86	4	55	22	30	5	42	1.75
189819--189863	16	2.8	16	82	0	63	46	2	20	31	1.62
189827--189888	16	3.9	16	78	14	65	46	3	17	32	1.64
194091--194161	3	24.0	3	94	2	126	33	0	30	35	1.58
199213--199257	22	2.0	22	83	12	56	24	6	6	62	1.44
199180--199317	58	2.4	59	78	12	142	24	8	10	55	1.62
199561--199622	31	2.0	31	100	0	124	51	6	12	29	1.65
199715--199776	22	2.8	23	73	7	56	51	0	3	45	1.17
201817--201858	22	2.0	21	85	4	57	26	0	4	69	1.08
204533--204840	109	2.9	105	79	6	329	37	17	13	31	1.89
205271--205387	30	3.9	30	78	5	121	40	5	21	33	1.75
205271--205387	60	1.9	61	81	5	139	40	5	21	33	1.75
205325--205408	30	2.8	30	82	7	98	34	4	22	38	1.75
205271--205408	60	2.3	60	80	5	136	39	5	20	35	1.75
207234--208052	38	20.7	39	73	14	239	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207228--208053	78	10.5	79	78	9	599	25	16	26	31	1.97
207228--208052	116	7.0	115	75	11	602	25	16	26	31	1.97
207207--208052	194	4.3	192	77	9	667	26	16	26	30	1.96
208145--208512	99	3.7	99	86	1	481	19	32	15	32	1.92
208166--208552	50	7.8	50	76	6	356	18	32	16	32	1.93
208998--209194	105	1.9	107	83	2	263	38	9	21	30	1.85
209512--209545	12	2.9	11	91	8	50	0	11	2	85	0.71
209512--209569	21	2.8	20	80	17	64	1	15	1	81	0.86
214147--214454	109	2.9	103	77	8	246	37	18	13	30	1.90
214898--215012	60	1.9	59	82	8	144	40	6	19	33	1.78
214898--215003	30	3.5	30	75	3	88	41	6	16	34	1.75
216948--217037	45	2.0	45	91	0	144	44	15	10	30	1.79
219546--219765	51	4.4	50	67	17	127	45	10	2	41	1.52
219375--219861	148	3.3	148	82	8	486	45	10	3	40	1.55
219634--219883	136	1.8	136	83	6	337	49	10	3	36	1.55
220706--221172	42	11.1	42	87	0	585	33	23	21	20	1.97
221519--221569	15	3.2	17	68	21	56	37	11	15	35	1.84
221518--221578	30	2.0	30	100	0	122	37	13	13	36	1.83
221604--221645	10	4.2	10	84	9	50	9	7	2	80	0.97
229087--229135	24	2.0	24	100	0	98	30	16	4	48	1.64
230551--230575	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
230407--230722	167	1.9	165	84	5	422	41	8	3	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231351--231421	3	23.7	3	91	0	115	63	32	0	4	1.14
232771--232808	15	2.5	15	95	0	67	34	28	28	7	1.85
236050--236111	9	6.7	9	78	7	52	33	1	1	62	1.14
236050--236111	19	3.3	18	75	6	61	33	1	1	62	1.14
236189--236367	86	2.1	85	83	6	216	32	10	16	40	1.83
241747--241985	90	2.7	90	82	3	302	25	18	28	27	1.98
241925--242164	120	2.0	120	88	1	356	29	18	26	25	1.98
244082--244180	39	2.5	39	91	0	162	54	16	4	25	1.59
247320--247376	31	1.9	28	86	10	78	3	28	1	66	1.18
247351--247399	20	2.4	20	82	3	62	6	22	0	71	1.08
249477--249523	25	1.9	25	87	12	71	23	12	2	61	1.42
252765--252821	31	1.9	28	86	10	78	3	28	1	66	1.18
252796--252844	20	2.4	20	82	3	62	6	22	0	71	1.08
254922--254968	25	1.9	25	87	12	71	23	12	2	61	1.42
255740--255772	10	3.3	10	100	0	66	30	9	42	18	1.81
256141--256239	39	2.5	39	86	0	144	54	14	5	26	1.60
256784--256850	20	3.3	20	73	19	75	16	2	28	52	1.58
256774--256834	20	3.0	21	72	18	65	21	4	24	49	1.69
262858--262984	36	3.5	36	83	2	139	25	22	18	33	1.97
263249--263290	20	2.1	20	86	0	57	21	26	4	47	1.70
269203--269256	15	3.6	15	76	16	58	62	0	37	0	0.95
269203--269247	17	2.6	18	76	16	58	62	0	37	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270247--270304	16	3.6	16	71	13	55	65	3	17	13	1.40
282156--282192	15	2.4	16	86	8	51	81	0	16	2	0.81
295106--295149	22	2.0	22	86	0	61	56	0	36	6	1.26
301859--301912	23	2.2	25	84	12	69	16	12	1	68	1.29
303139--303174	18	2.1	17	89	5	54	63	5	30	0	1.17
303654--303692	19	2.2	17	86	9	51	56	2	41	0	1.13
312914--312947	17	1.9	18	94	5	61	0	0	29	70	0.87
334607--334672	26	2.6	25	72	13	62	25	22	18	33	1.97
334650--334696	19	2.3	21	79	20	64	21	23	21	34	1.97
334657--334721	19	3.4	19	81	8	78	23	24	20	32	1.98

Tables:   1   2   3