genome.fa.s15226.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015226.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130270, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  713267

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13549--13578	13	2.3	13	94	0	51	0	20	0	80	0.72
26870--26910	21	2.0	21	85	4	57	36	17	19	26	1.94
27524--27618	36	2.6	36	83	8	122	30	25	11	32	1.91
32822--32953	40	3.3	41	79	8	137	32	28	15	24	1.95
35297--35438	62	2.3	62	80	9	155	23	1	30	44	1.62
36929--37057	57	2.3	57	94	0	222	34	6	13	46	1.68
37653--37728	39	1.9	39	84	5	100	9	2	60	27	1.41
37774--37985	54	3.7	63	77	16	217	21	2	48	27	1.62
37815--37982	54	3.1	54	90	1	257	20	2	48	27	1.62
40363--40449	36	2.4	35	88	5	129	36	8	8	47	1.63
41378--41754	160	2.4	160	92	0	612	36	21	12	30	1.90
43299--43343	22	2.0	22	95	0	81	57	22	6	13	1.59
44491--44657	61	2.6	62	86	7	212	46	30	0	22	1.57
44615--44717	32	3.4	30	76	7	91	45	26	0	27	1.60
44914--44947	17	1.9	18	88	5	52	29	2	2	64	1.22
51917--51959	19	2.3	19	84	8	52	58	2	0	39	1.11
56774--56828	27	2.0	27	100	0	110	30	10	25	32	1.90
59210--59264	20	2.8	20	80	5	58	74	3	7	14	1.17
61275--61363	25	3.7	24	78	13	92	39	19	28	13	1.89
61275--61382	48	2.3	47	79	7	119	37	19	28	13	1.90
68421--68550	23	5.4	25	76	10	96	38	17	30	13	1.89
68446--68550	48	2.2	47	81	9	117	40	18	28	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71080--71126	3	15.7	3	90	0	76	31	2	2	63	1.18
73493--73615	47	2.6	47	82	3	151	23	12	19	44	1.84
75574--75598	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
76157--76212	21	2.7	20	78	8	67	76	3	3	16	1.06
76453--76524	9	6.9	10	72	18	58	72	5	1	20	1.13
76484--76523	20	2.0	21	85	5	55	70	10	0	20	1.16
79267--79304	20	1.9	20	100	0	76	52	5	18	23	1.65
86954--87016	30	2.1	30	96	0	117	33	17	25	23	1.96
94494--94649	78	2.0	78	96	0	285	23	21	17	37	1.94
104281--104376	27	3.5	27	89	1	138	25	15	23	35	1.94
104307--104413	27	4.0	27	82	10	87	25	16	24	33	1.96
104359--104439	27	3.0	27	80	8	85	27	18	20	33	1.96
104276--104403	54	2.4	54	80	7	145	25	16	23	35	1.95
117424--117475	15	3.5	14	78	19	52	48	1	46	3	1.31
117861--117930	17	4.1	17	74	7	61	15	12	17	54	1.71
118496--118540	15	3.1	15	87	3	56	80	2	17	0	0.82
118482--118540	14	4.5	13	72	12	50	77	1	20	0	0.85
118496--118538	20	2.1	21	87	12	63	79	2	18	0	0.85
133784--133822	15	2.9	14	88	11	55	0	30	0	69	0.89
144751--144791	12	3.4	12	81	18	50	0	36	0	63	0.95
157983--158024	20	2.1	20	100	0	84	33	4	19	42	1.72
164308--164374	27	2.4	28	87	2	100	23	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164352--164405	27	2.0	28	92	3	92	24	14	25	35	1.94
168576--168618	21	2.0	21	86	0	59	72	11	4	11	1.27
168816--168923	14	7.5	14	71	13	53	67	5	1	25	1.22
168852--168924	10	6.9	10	74	18	51	68	5	0	26	1.11
173408--173445	15	2.5	15	100	0	76	28	7	26	36	1.84
173837--173932	28	3.4	28	83	0	111	15	16	25	42	1.87
173872--173953	28	2.9	28	87	1	74	18	17	21	42	1.89
177699--177741	16	2.6	16	77	3	50	58	0	13	27	1.37
177718--177777	31	1.9	31	86	0	84	61	1	13	23	1.41
181115--181157	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
183376--183448	27	2.7	26	81	6	74	56	4	9	30	1.50
183330--183497	27	5.9	27	69	21	71	56	4	7	30	1.48
184795--184833	17	2.4	16	91	4	60	69	2	0	28	1.02
186793--187217	165	2.6	160	76	9	425	34	13	15	36	1.86
186793--187249	158	2.8	160	75	9	446	33	13	15	37	1.87
189507--189589	26	3.2	25	77	8	85	31	21	20	26	1.98
189507--189599	26	3.5	26	76	4	80	29	22	20	27	1.98
216154--216194	19	2.1	20	86	13	59	21	12	0	65	1.25
217243--217287	15	3.2	15	78	18	51	2	35	0	62	1.08
224275--224347	35	2.1	35	97	0	137	41	20	13	24	1.89
233063--233113	23	2.3	22	96	3	93	31	27	21	19	1.97
242628--242675	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244129--244178	26	2.0	26	96	4	93	44	26	4	26	1.72
245400--245438	17	2.4	16	87	8	60	2	15	0	82	0.79
247228--247278	5	9.8	5	78	16	50	76	0	21	1	0.88
247228--247272	16	2.8	16	82	3	54	75	0	22	2	0.91
247232--247280	21	2.3	21	82	10	64	73	0	24	2	0.94
247226--247379	84	1.8	84	86	13	228	66	7	20	5	1.37
247311--247363	6	9.5	6	78	13	51	81	0	18	0	0.70
247311--247363	17	3.2	16	76	12	54	81	0	18	0	0.70
248166--248229	10	6.1	10	75	8	56	79	0	17	3	0.85
249036--249492	99	4.6	99	83	3	517	35	15	30	19	1.93
249036--249531	198	2.5	198	84	2	622	35	15	29	18	1.93
249039--249639	149	4.0	149	76	5	568	35	15	30	18	1.92
249909--250821	40	22.9	40	76	11	665	33	25	16	24	1.96
249967--250730	78	9.6	77	79	8	661	33	25	16	24	1.96
249909--250751	120	7.1	116	79	10	745	33	25	15	24	1.95
250724--250821	46	2.2	46	87	5	137	34	22	19	23	1.96
252287--252352	33	2.0	34	88	8	100	21	9	3	66	1.33
252497--252651	30	5.1	30	72	14	99	33	23	1	41	1.62
258686--258738	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
259539--259569	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
277835--277922	44	2.0	44	95	0	158	28	0	38	32	1.57
280375--280412	18	2.1	19	90	5	60	68	0	2	28	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283749--283800	27	1.9	27	100	0	104	11	11	21	55	1.66
291211--291250	20	2.0	20	95	0	71	32	37	5	25	1.77
291467--291514	20	2.4	20	78	0	51	39	27	8	25	1.84
296359--296497	30	4.6	30	77	8	129	34	5	23	35	1.79
296474--296538	31	2.1	30	83	8	78	40	3	15	41	1.63
298431--298533	39	2.6	40	81	7	122	26	15	21	36	1.93
298502--298657	78	2.0	79	82	7	192	26	17	23	32	1.97
310040--310212	30	5.8	30	79	6	156	37	6	19	36	1.77
310025--310212	60	3.2	58	76	6	180	37	6	19	36	1.79
311428--311469	14	3.0	14	89	6	59	66	0	2	30	1.04
311439--311463	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
325278--325579	153	2.0	153	91	1	489	25	15	7	51	1.69
326089--326150	17	3.6	17	82	2	70	50	12	17	19	1.78
336684--336854	81	2.1	81	89	3	256	39	15	14	30	1.88
337292--337361	6	11.7	6	76	11	72	78	1	20	0	0.83
337292--337350	19	3.2	19	81	13	77	77	1	20	0	0.85
337291--337356	31	2.1	31	85	0	87	78	1	19	0	0.82
337674--337890	112	1.9	112	90	0	344	28	19	11	41	1.86
338315--338907	99	6.0	98	76	5	405	35	17	28	17	1.93
338431--338799	198	1.9	198	83	4	485	34	17	29	18	1.94
338431--338900	50	9.5	50	72	6	267	34	17	29	18	1.94
338451--338870	198	2.1	198	80	5	447	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339196--339860	42	16.4	41	78	11	570	29	25	17	27	1.97
363856--363907	15	3.7	15	80	15	74	51	3	36	7	1.49
363852--363928	12	5.9	12	73	16	64	49	5	38	6	1.51
363852--363918	27	2.5	27	97	0	125	50	4	38	5	1.47
364993--365025	16	2.0	16	94	5	57	84	0	15	0	0.61
379430--379603	30	5.8	30	80	2	145	41	1	20	37	1.60
379430--379570	29	4.7	30	84	5	171	40	0	21	37	1.54
379421--379570	59	2.5	57	82	8	174	38	0	23	37	1.60
379455--379603	59	2.5	59	80	5	158	40	1	21	36	1.62
380209--380246	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3