genome.fa.s15232.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015232.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130277, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  719139

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11577--11641	19	3.3	20	80	6	80	52	6	3	38	1.42
11648--11681	18	1.9	17	94	5	59	47	0	0	52	1.00
14333--14369	5	7.4	5	100	0	74	37	40	0	21	1.54
23391--23430	20	2.0	20	85	4	55	42	0	0	57	0.98
25812--25854	14	3.0	14	82	3	50	20	2	18	58	1.50
46442--46502	30	2.0	30	100	0	122	34	19	3	42	1.68
48648--49011	29	12.5	29	82	5	340	31	2	31	34	1.72
50050--50107	21	2.6	23	75	8	57	37	6	5	50	1.52
50524--50562	19	2.1	19	100	0	78	15	20	48	15	1.81
58391--58446	21	2.8	20	89	10	89	73	0	14	12	1.11
59785--59815	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
67358--67399	21	2.0	21	95	0	75	21	4	45	28	1.72
68726--68877	29	5.1	30	77	6	132	37	26	15	20	1.93
68761--68877	59	2.0	58	85	5	155	36	26	16	20	1.93
68700--68877	90	2.0	90	85	4	245	37	26	15	20	1.93
76211--76259	17	2.7	18	84	9	55	6	10	16	67	1.39
77865--77894	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
78563--78623	24	2.5	24	86	7	79	60	1	0	37	1.07
79141--79211	31	2.3	31	82	2	88	59	4	1	35	1.26
83644--83702	31	1.9	31	85	0	82	44	16	11	27	1.83
85626--85650	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
85787--85858	33	2.2	33	100	0	144	23	8	30	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115374--115407	18	1.9	18	88	5	52	20	20	8	50	1.75
117183--117216	17	1.9	17	88	5	50	14	5	5	73	1.21
119170--119246	21	3.4	22	72	19	68	24	3	29	41	1.73
121489--121514	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
128902--128936	6	5.7	6	89	3	52	65	5	0	28	1.15
139402--139436	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
139908--139965	29	2.0	30	86	3	82	56	10	1	31	1.43
144255--144294	20	2.0	20	85	4	55	20	10	10	60	1.57
145143--145170	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
145749--145781	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
148906--148935	16	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
149025--149126	47	2.1	48	90	3	161	26	4	15	52	1.63
150981--151017	16	2.3	16	90	0	56	56	0	2	40	1.13
155508--155595	42	2.1	42	95	0	158	44	17	17	21	1.87
163486--163558	17	4.3	17	76	0	74	31	1	8	58	1.36
164216--164255	21	1.9	21	84	0	53	35	0	7	57	1.27
164299--164351	3	18.0	3	78	18	58	66	0	0	33	0.92
165456--165743	29	9.7	29	67	19	148	33	27	5	34	1.79
165460--165680	123	1.8	121	88	5	338	33	26	5	34	1.79
165373--165680	58	5.2	58	81	10	295	32	25	5	37	1.79
167504--167550	15	2.8	18	79	20	50	65	6	0	27	1.16
168762--168789	12	2.3	12	100	0	56	7	17	0	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169239--169280	22	1.9	22	90	0	66	42	2	4	50	1.36
178145--178180	8	4.6	8	89	3	56	66	22	0	11	1.22
178728--178752	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
181766--182076	158	2.0	154	85	2	415	30	19	12	36	1.89
186676--186780	48	2.2	48	88	6	151	25	16	16	41	1.88
186659--186780	24	5.1	24	82	4	122	23	17	17	41	1.89
196368--196689	165	2.0	164	86	3	459	29	13	23	34	1.92
201876--201928	18	2.9	18	70	13	54	41	0	0	58	0.98
201877--201973	43	2.4	40	79	17	112	38	1	2	58	1.16
201877--201937	19	3.3	18	75	11	61	36	0	1	62	1.05
204262--204309	23	2.1	23	84	0	60	58	2	0	39	1.10
205756--205806	25	2.0	25	100	0	102	41	31	3	23	1.73
212021--212134	57	2.0	57	100	0	228	36	35	5	22	1.77
215869--216162	147	2.0	147	99	0	579	32	19	15	32	1.93
223280--223569	43	6.9	43	84	1	286	32	11	27	27	1.92
224207--224260	21	2.6	21	88	5	74	31	11	25	31	1.91
225209--225385	87	2.0	87	97	0	336	35	5	16	42	1.72
226235--226290	24	2.4	23	83	13	71	44	0	0	55	0.99
226233--226279	24	2.0	24	92	8	80	46	0	0	53	1.00
231601--231625	7	3.6	7	100	0	50	24	0	28	48	1.52
235396--235685	154	1.9	154	89	2	458	32	13	23	31	1.93
239091--239117	7	3.9	7	100	0	54	0	40	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240028--240072	21	2.1	21	83	0	54	42	2	2	53	1.25
244285--244538	58	4.4	57	85	7	273	36	7	20	34	1.82
244430--244525	29	3.3	29	65	8	86	32	7	20	39	1.80
244456--244555	30	3.4	30	67	8	96	42	6	19	33	1.75
244299--244559	59	4.5	59	83	8	286	37	7	20	34	1.81
244315--244536	114	1.9	114	83	5	288	34	8	20	36	1.82
246123--246190	24	2.9	23	76	4	73	30	2	13	52	1.55
247418--247446	15	2.0	15	93	6	51	48	6	17	27	1.72
248302--248349	21	2.3	21	88	0	69	25	2	16	56	1.51
258474--258527	26	2.1	26	100	0	108	42	7	11	38	1.68
261168--261208	20	2.0	21	86	9	59	31	0	4	63	1.15
261862--261902	21	1.9	22	90	5	66	43	4	9	41	1.59
262689--262753	27	2.4	28	80	12	73	64	1	3	30	1.18
263585--263627	22	2.0	22	95	0	77	46	16	11	25	1.80
269351--269391	19	2.2	19	86	4	57	39	0	2	58	1.11
271804--271861	30	1.9	30	96	0	107	41	5	6	46	1.53
272888--272922	18	1.9	18	94	0	61	68	11	0	20	1.20
274768--274792	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
274738--274796	22	2.7	23	79	10	70	55	0	0	44	0.99
275996--276034	13	2.9	13	84	3	51	28	2	0	69	1.02
276283--276332	17	2.9	17	75	21	59	62	0	4	34	1.14
276358--276430	35	2.1	35	100	0	146	50	10	0	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276866--276916	26	1.9	27	92	4	86	39	3	13	43	1.63
276866--276929	26	2.4	26	86	5	83	39	4	10	45	1.60
278673--278727	25	2.2	24	81	12	67	29	7	3	60	1.41
289788--289910	61	2.0	61	93	0	210	30	10	10	48	1.71
292116--292712	159	3.8	160	84	7	742	35	15	19	29	1.92
300054--300114	17	3.6	16	77	18	52	47	0	3	49	1.18
301171--301234	25	2.8	24	80	17	75	39	0	4	56	1.20
301399--301432	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
301420--301485	30	2.2	31	83	2	80	42	0	3	54	1.15
308220--308280	33	1.9	33	87	12	92	45	8	8	37	1.64
312784--312852	25	2.7	27	78	12	76	26	4	4	65	1.30
312798--312851	26	2.2	24	83	6	63	24	3	3	68	1.22
319910--319992	4	20.2	4	80	9	78	63	0	36	0	0.94
319910--319992	17	5.3	17	79	16	90	63	0	36	0	0.94
319909--319992	29	2.8	30	81	7	107	63	0	36	0	0.95
321046--321093	20	2.4	20	79	6	53	66	0	2	31	1.03
321560--321601	12	3.6	12	77	3	50	21	4	0	73	1.01
321871--321925	29	1.9	29	85	10	78	41	0	5	52	1.24
321899--321969	37	1.9	37	85	5	99	43	4	2	49	1.36
322367--322418	16	3.1	17	69	8	52	36	19	1	42	1.62
328488--328536	23	2.0	25	84	7	66	57	0	8	34	1.29
330488--330517	14	2.1	15	93	6	53	60	0	6	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331001--331045	22	2.0	24	86	8	67	62	0	20	17	1.33
345562--345611	23	2.2	23	92	0	82	46	18	18	18	1.85
347502--347568	26	2.4	30	75	9	70	22	4	4	68	1.26
347502--347569	27	2.4	29	76	13	79	22	4	4	69	1.25
350616--350672	29	2.0	28	93	3	96	17	17	21	43	1.88
355274--355517	84	2.9	84	90	1	339	36	10	26	27	1.88
355221--355517	43	7.1	40	82	6	270	36	10	25	27	1.88
355227--355524	41	7.1	41	81	5	251	36	10	26	27	1.88
357817--358106	75	3.9	75	78	4	262	28	22	23	26	1.99
358820--358903	3	27.7	3	80	11	91	27	3	2	66	1.20

Tables:   1   2   3