genome.fa.s15237.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015237.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130282, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  810367

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7809--7876	14	5.0	14	78	5	68	23	0	30	45	1.53
7809--7876	27	2.5	27	76	11	75	23	0	30	45	1.53
7815--7874	20	2.9	21	87	5	86	25	0	28	46	1.53
7829--7882	27	2.0	27	85	7	74	31	0	22	46	1.52
18913--18958	4	11.2	4	86	4	65	78	0	21	0	0.76
18913--18960	25	1.9	25	91	0	78	77	0	22	0	0.78
19351--19391	21	2.0	21	85	4	57	24	2	14	58	1.49
20091--20152	17	3.6	17	82	0	79	41	1	1	54	1.19
20109--20166	10	5.8	10	70	22	50	43	3	0	53	1.17
20160--20206	25	2.0	24	87	8	69	53	14	4	27	1.60
20162--20213	23	2.2	24	82	6	61	55	13	5	25	1.60
22003--22119	29	4.0	29	83	8	139	36	30	2	29	1.71
21999--22236	59	4.1	57	78	10	198	33	30	4	31	1.77
21999--22230	29	7.9	28	71	13	119	34	29	4	32	1.77
21999--22236	58	4.1	59	77	9	220	33	30	4	31	1.77
24861--24977	29	4.0	29	83	8	139	36	30	2	29	1.71
24857--25094	59	4.1	57	78	10	198	33	30	4	31	1.77
24857--25088	29	7.9	28	71	13	119	34	29	4	32	1.77
24857--25094	58	4.1	59	77	9	220	33	30	4	31	1.77
36990--37039	21	2.4	21	86	0	73	54	12	6	28	1.60
39948--39983	17	2.1	17	89	0	54	55	0	0	44	0.99
53758--53793	3	12.0	3	93	0	63	0	30	33	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54009--54217	83	2.6	82	79	7	203	44	22	11	22	1.84
54010--54245	83	2.9	82	78	8	189	45	20	11	22	1.83
55618--55644	14	1.9	14	100	0	54	7	14	25	51	1.68
56128--56165	17	2.4	16	86	8	51	31	2	0	65	1.06
57612--57672	23	2.6	25	77	17	67	29	3	8	59	1.43
61133--61254	27	4.5	27	74	6	95	30	18	21	30	1.97
61124--61254	54	2.4	54	78	7	133	30	18	22	29	1.97
67885--68068	57	3.2	58	79	9	189	37	3	27	32	1.73
67818--68069	116	2.2	117	80	9	273	39	4	26	29	1.75
67888--68093	59	3.5	55	78	11	182	36	3	27	32	1.73
69261--69309	3	15.3	3	79	12	53	32	0	2	65	1.04
69261--69311	10	4.9	10	77	17	59	33	0	1	64	1.05
69261--69309	13	3.5	14	82	15	57	32	0	2	65	1.04
69255--69312	29	2.0	29	86	6	82	32	1	3	62	1.22
69995--70104	11	9.7	11	69	15	55	50	6	3	39	1.45
69994--70104	6	19.5	6	67	13	56	50	6	3	39	1.45
70010--70103	17	5.6	17	79	2	82	53	7	3	36	1.45
70015--70103	34	2.7	33	78	1	97	53	7	3	34	1.46
72602--72639	18	2.1	18	100	0	76	18	28	5	47	1.70
77316--77358	14	3.1	14	77	12	52	16	9	0	74	1.06
85597--85638	17	2.4	18	88	11	61	73	2	0	23	0.94
86790--86970	30	6.1	29	81	8	204	38	22	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86790--86970	59	3.1	59	84	5	222	38	22	3	35	1.72
93704--93753	20	2.4	21	81	15	52	42	10	0	48	1.37
96293--96386	43	2.2	43	98	1	181	29	20	14	35	1.93
99020--99069	20	2.4	21	81	15	52	42	10	0	48	1.37
100203--100375	43	4.0	42	78	10	147	36	8	24	30	1.84
100240--100392	43	3.6	42	83	4	173	38	7	26	28	1.82
101100--101139	21	2.0	20	90	5	62	37	10	22	30	1.87
103492--103598	53	2.0	53	98	0	205	22	19	27	30	1.98
106246--106329	37	2.3	37	78	16	93	27	22	16	33	1.96
106985--107147	80	2.0	80	98	0	317	28	17	11	42	1.84
109211--109268	17	3.4	17	75	0	53	20	17	13	48	1.81
109811--109845	15	2.3	15	90	9	54	88	0	11	0	0.51
110406--110488	37	2.2	36	77	10	87	24	25	21	28	1.99
112630--112777	42	3.5	42	84	3	181	39	10	24	25	1.88
112629--112756	43	3.0	42	84	5	168	39	10	25	25	1.87
113432--113510	21	3.8	21	78	6	88	32	10	24	32	1.88
119299--119380	43	1.9	43	92	0	137	39	8	24	28	1.84
123729--123844	50	2.3	50	79	7	128	32	18	24	24	1.97
124017--124471	40	11.4	40	77	4	411	30	26	16	26	1.97
124017--124472	79	5.7	79	85	2	554	30	26	16	26	1.97
124013--124472	161	2.9	160	87	3	649	30	26	16	26	1.97
125187--125229	22	2.0	22	86	9	61	20	2	2	74	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125309--125347	10	3.9	10	90	9	62	28	0	0	71	0.86
125311--125343	16	2.1	16	100	0	66	30	0	0	69	0.88
126266--126467	30	6.7	30	82	6	212	40	20	5	33	1.76
126266--126471	90	2.3	90	85	1	261	40	21	5	33	1.76
127953--127982	14	2.1	15	93	6	53	43	6	30	20	1.77
129278--129310	15	2.2	15	89	10	50	12	18	0	69	1.18
139299--139488	102	1.9	102	84	2	256	27	26	20	25	1.99
150755--150784	12	2.5	12	94	0	51	66	0	33	0	0.92
151146--151247	51	2.0	51	98	0	195	24	11	13	50	1.75
152374--152436	26	2.4	26	75	0	72	25	22	25	26	2.00
157391--157488	37	2.6	37	86	0	151	34	14	22	28	1.93
161356--161500	39	3.7	38	75	7	96	41	20	15	22	1.90
162482--162521	20	2.0	20	85	9	55	62	0	2	35	1.09
162482--162777	54	5.6	53	75	12	270	58	4	2	34	1.31
162579--162629	21	2.5	21	83	3	59	62	0	5	31	1.19
162480--162777	109	2.8	104	83	8	338	58	4	3	34	1.32
162644--162719	15	4.6	15	71	17	53	61	1	1	35	1.12
162675--162742	26	2.6	26	76	2	73	63	1	2	32	1.18
162644--162777	16	8.0	15	68	25	65	61	2	1	34	1.20
162696--162739	21	2.1	21	82	0	52	65	0	2	31	1.05
164160--164211	13	3.9	13	82	2	50	38	17	5	38	1.74
169052--169336	21	14.4	18	65	22	69	58	3	5	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169052--169339	10	28.2	10	66	18	96	58	3	5	32	1.37
169052--169362	19	15.8	19	66	19	104	58	3	5	32	1.37
169349--169406	8	7.4	8	75	24	52	63	0	3	32	1.11
169650--169697	18	2.6	20	78	18	59	56	2	0	41	1.11
169673--169716	17	2.6	17	86	10	63	61	2	0	36	1.09
169668--169716	9	5.7	9	78	9	57	61	2	0	36	1.08
170164--170208	22	2.0	22	100	0	90	42	8	22	26	1.83
180754--180806	2	27.0	2	96	3	99	0	49	0	50	1.00
180923--180964	6	6.8	6	94	5	75	0	16	16	66	1.25
180925--180964	13	3.2	13	92	7	73	0	15	15	70	1.18
180923--180964	19	2.3	18	95	4	75	0	16	16	66	1.25
182872--182920	20	2.7	18	82	17	57	65	4	2	28	1.22
185984--186055	30	2.4	30	95	2	126	68	12	5	13	1.38
190396--190428	14	2.4	14	94	0	57	45	6	15	33	1.70
190793--190896	45	2.3	46	86	5	140	40	20	9	29	1.84
190976--191161	67	2.7	68	85	8	241	47	0	3	48	1.22
190976--191161	71	2.7	69	85	9	247	47	0	3	48	1.22
192221--192305	30	2.9	30	87	1	118	40	23	1	35	1.63
197593--197635	16	2.7	16	96	0	77	55	13	4	25	1.58
204023--204416	40	9.9	40	77	6	359	30	23	17	28	1.97
204048--204416	80	4.6	80	85	1	474	30	22	17	29	1.97
205059--205198	67	2.1	67	90	4	221	41	0	4	53	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205220--205263	13	3.4	13	83	0	52	63	18	2	15	1.41
206350--206469	29	4.1	29	81	3	107	40	20	3	35	1.69
206369--206469	29	3.5	29	83	0	121	43	20	1	33	1.63
206642--206689	18	2.7	19	76	23	59	25	0	6	68	1.12
214055--214116	24	2.6	25	78	12	69	48	0	1	50	1.10
215003--215072	23	3.0	23	77	12	79	48	1	1	48	1.19
218164--218248	10	8.4	10	73	19	54	37	0	3	58	1.15
218182--218215	9	3.7	9	92	4	50	29	0	5	64	1.17
218655--219538	293	3.0	292	91	1	1419	26	21	14	37	1.92
221429--221477	23	2.1	24	85	11	66	34	2	2	61	1.19

Tables:   1   2   3