genome.fa.s15255.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015255.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130300, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  749686

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5214--5275	28	2.4	25	79	12	70	59	12	3	24	1.48
6003--6052	26	2.0	26	92	4	84	64	14	0	22	1.29
7110--7147	20	2.0	18	90	10	58	31	0	5	63	1.17
7153--7217	34	2.0	32	84	6	85	27	9	1	61	1.35
7300--7324	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
8363--8543	30	6.1	30	90	1	256	29	4	3	61	1.33
8363--8543	60	3.0	60	92	0	283	29	4	3	61	1.33
8368--8562	59	3.3	58	86	9	254	30	4	3	61	1.31
10339--10363	8	3.1	8	100	0	50	12	16	0	72	1.13
10451--10507	9	6.1	9	78	11	53	28	1	1	68	1.09
10451--10506	20	2.9	19	84	7	78	26	1	1	69	1.08
10454--10497	20	2.2	20	95	0	79	25	2	0	72	0.96
10471--10565	44	2.2	42	85	12	131	29	2	3	65	1.20
10659--10707	20	2.5	19	83	3	53	24	4	6	65	1.33
11324--11371	20	2.5	20	87	12	66	64	4	4	27	1.30
11225--11526	155	1.9	156	89	2	473	51	4	6	37	1.49
13068--13121	23	2.4	23	84	3	65	38	1	0	59	1.08
13385--13472	11	7.6	11	73	13	61	43	1	2	53	1.20
13385--13473	35	2.6	33	77	13	81	42	1	2	53	1.20
13409--13457	25	1.9	26	88	12	75	48	0	4	46	1.20
13479--13530	20	2.7	20	82	8	63	36	0	0	63	0.95
13492--13522	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13491--13531	21	2.0	20	90	9	66	34	0	0	65	0.93
13603--13640	16	2.4	16	90	0	58	34	0	5	60	1.19
12894--13809	331	2.9	328	85	7	1074	38	4	5	51	1.45
14084--14160	18	4.4	18	69	9	61	32	10	3	53	1.53
14139--14197	31	1.9	31	82	0	73	42	6	1	49	1.39
14156--14249	37	2.5	38	77	8	95	43	4	4	47	1.42
14150--14225	6	12.3	6	77	2	53	44	3	2	48	1.35
18500--18662	53	3.1	52	80	1	184	26	16	18	38	1.92
19512--19572	23	2.7	23	82	5	70	70	1	24	3	1.11
19812--19866	25	2.3	23	87	12	76	18	0	7	74	1.04
19919--19959	21	2.0	21	90	0	64	34	0	12	53	1.38
20184--20236	25	2.3	23	81	18	65	75	7	0	16	1.02
20966--21031	27	2.5	26	80	7	78	27	34	12	25	1.91
23008--23045	19	1.9	20	89	10	60	15	0	15	68	1.22
28830--28937	53	2.0	53	87	0	153	10	5	23	61	1.49
29152--29235	26	3.2	26	71	3	78	58	21	7	13	1.59
29999--30106	36	3.0	36	100	0	216	30	19	22	27	1.98
30331--30387	30	1.9	30	92	0	96	24	3	35	36	1.73
32145--32201	26	2.2	26	93	0	96	15	14	17	52	1.75
42068--42096	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
51481--51516	17	2.1	17	89	0	54	61	2	0	36	1.11
59611--59670	28	2.3	27	80	8	70	35	13	1	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59857--59918	4	15.5	4	100	0	124	50	25	0	24	1.50
62519--62575	28	2.0	28	100	0	114	24	21	10	43	1.83
64611--64656	20	2.3	20	82	14	51	54	0	10	34	1.36
68980--69074	41	2.3	41	94	3	165	29	6	27	36	1.81
70601--70662	15	4.1	15	80	19	76	22	1	4	70	1.14
70612--70656	13	3.3	13	77	22	56	20	2	4	73	1.11
70607--70668	28	2.2	28	88	5	90	24	3	3	69	1.18
79661--79699	18	2.0	20	85	9	55	38	10	15	35	1.81
89877--89931	28	2.0	28	88	0	83	18	14	7	60	1.57
96300--96332	16	2.2	15	89	10	50	33	0	3	63	1.10
96393--96449	23	2.4	24	75	18	57	38	0	7	54	1.28
97653--98557	450	2.0	445	87	4	1298	32	15	21	30	1.94
103693--103783	47	1.9	47	88	4	139	41	10	3	43	1.56
109520--109597	29	2.6	30	82	8	88	55	2	1	41	1.22
116714--116761	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
120183--120222	21	2.0	20	85	5	53	42	2	10	45	1.51
120266--120327	27	2.3	26	83	10	72	54	0	3	41	1.16
121355--121399	23	2.0	22	83	8	56	57	2	0	40	1.11
122688--122737	15	3.1	16	78	16	59	34	2	0	64	1.05
123519--123563	22	2.0	22	82	0	54	48	2	8	40	1.47
126600--126641	21	2.0	20	86	4	57	50	7	7	35	1.57
127003--127063	32	1.9	32	96	0	113	16	16	19	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135020--135083	33	1.9	33	87	6	94	34	12	18	34	1.89
140606--140705	49	2.0	49	96	0	182	35	24	13	28	1.92
144150--144207	19	2.9	19	75	22	57	27	0	0	72	0.85
153973--154371	60	6.8	58	74	13	255	29	18	17	34	1.94
154087--154299	113	1.9	113	87	0	309	24	20	19	35	1.95
154200--154391	60	3.2	60	87	1	258	25	17	17	39	1.91
155698--155741	19	2.3	19	100	0	88	13	20	15	50	1.78
156973--157012	20	2.1	19	85	4	53	32	0	10	57	1.32
156980--157024	20	2.2	21	85	14	60	33	0	8	57	1.30
159435--159459	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
169839--169991	57	2.7	57	86	0	216	26	25	20	27	1.99
190791--190825	17	2.1	17	88	0	52	51	0	0	48	1.00
193693--193746	14	3.6	14	79	13	54	68	3	0	27	1.06
201880--201923	23	2.0	23	86	4	63	40	2	0	56	1.11
202086--202115	16	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
209355--209381	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
227311--227356	18	2.6	18	89	0	65	6	0	50	43	1.28
248048--248096	13	3.6	13	78	10	53	28	8	14	48	1.72
248048--248102	28	2.0	28	88	0	83	25	7	12	54	1.63
248379--248489	31	3.6	31	75	17	113	53	7	12	27	1.64
249049--249094	24	2.0	24	91	4	76	54	17	8	19	1.68
263144--263179	19	1.9	19	88	5	56	61	0	8	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266601--266648	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
266711--266840	48	2.8	46	78	12	122	14	28	17	39	1.89
269799--270101	143	2.1	142	82	4	353	35	21	16	26	1.95
271087--271240	59	2.6	58	92	4	254	41	7	20	30	1.80
271116--271211	30	3.2	29	65	8	77	47	7	15	29	1.72
271138--271229	29	3.1	29	62	9	69	45	7	20	26	1.77
271220--271512	30	9.9	30	71	8	197	33	2	25	38	1.68
271206--271612	59	6.9	59	78	6	346	33	3	24	37	1.74
271233--271623	29	13.3	29	67	15	149	34	3	23	38	1.72
271856--271951	6	16.7	6	72	16	78	53	2	1	43	1.19
271856--271951	17	5.6	16	79	10	102	53	2	1	43	1.19
272208--272386	88	2.0	88	100	0	358	20	18	17	43	1.89
272361--273268	206	4.4	206	89	0	1359	21	22	20	35	1.96
273938--274320	100	3.9	101	83	6	435	13	26	19	39	1.89
273938--274562	49	12.7	49	71	12	289	14	27	20	38	1.91
274204--274503	146	2.1	146	85	2	397	15	26	19	38	1.92
274237--274662	195	2.2	196	85	2	579	16	27	19	36	1.93
274345--274760	100	4.2	100	78	4	405	16	26	20	37	1.93
281515--281734	59	3.7	59	80	4	187	34	5	24	35	1.79
281633--281781	29	5.1	28	73	10	129	32	3	26	36	1.73
281640--281801	29	5.5	29	71	7	121	31	3	25	39	1.73
281598--281805	59	3.5	59	79	2	195	31	2	26	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281699--281835	59	2.3	58	81	6	143	32	3	24	38	1.73
282064--282159	6	16.7	6	72	8	74	55	2	1	41	1.18
282064--282159	17	5.6	17	79	1	111	55	2	1	41	1.18
282062--282129	23	2.9	24	77	12	70	51	2	1	44	1.25
286738--286794	18	3.2	17	81	13	71	31	1	5	61	1.28
292507--292547	21	1.9	22	85	5	57	39	12	4	43	1.63
295341--295370	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
295678--295769	47	2.0	47	93	0	157	34	8	13	43	1.74
295941--295975	11	3.1	12	88	12	56	34	0	0	65	0.93
296088--296152	30	2.2	30	97	0	121	60	13	3	23	1.48

Tables:   1   2