genome.fa.s15266.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015266.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130311, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  514914

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212--2264	27	2.0	27	85	3	72	58	1	5	33	1.32
2835--2867	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
11120--11158	15	2.8	13	88	11	60	69	0	0	30	0.89
12128--12316	29	6.5	29	77	7	168	37	23	2	37	1.67
12137--12347	29	7.2	28	77	6	125	36	24	1	36	1.67
12137--12347	87	2.4	87	80	3	210	36	24	1	36	1.67
12219--12347	58	2.2	58	83	2	152	36	25	1	36	1.66
12332--12439	29	3.8	29	72	18	84	37	23	3	35	1.73
21003--21387	49	7.8	49	73	8	260	37	17	29	15	1.91
20996--21372	99	3.8	99	79	3	375	36	16	29	16	1.92
28295--28319	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
32408--32486	37	2.1	39	90	4	126	49	3	0	46	1.19
35530--35572	22	2.0	22	86	9	61	0	27	2	69	1.00
36865--36907	16	2.7	15	82	10	50	53	20	6	18	1.67
46464--46501	19	2.0	20	85	15	53	55	5	13	26	1.59
50286--50349	23	2.8	23	84	11	80	70	17	4	7	1.29
52563--52611	18	2.8	17	84	6	53	28	0	0	71	0.86
52595--52627	5	6.4	5	93	6	57	21	0	3	75	0.93
53700--53765	31	2.2	29	78	10	71	27	1	4	66	1.20
55946--56015	24	3.0	23	77	10	70	18	10	37	34	1.84
62526--62843	157	2.0	157	95	1	575	33	15	20	31	1.93
69383--69434	18	2.7	18	76	21	52	25	9	3	61	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75277--75335	31	1.9	31	89	0	91	22	11	11	54	1.69
75591--75717	31	4.2	31	77	14	129	54	10	10	25	1.65
87636--87806	49	3.5	49	72	7	159	30	11	23	33	1.91
87595--87834	98	2.4	97	84	5	286	33	11	22	32	1.89
100188--100298	55	2.0	55	96	0	204	36	15	18	30	1.91
100753--100809	21	2.7	21	89	5	89	31	19	19	29	1.96
101523--101768	52	4.7	52	88	2	334	32	24	15	27	1.95
105298--105359	24	2.6	25	82	14	69	43	0	24	32	1.54
105427--105477	23	2.2	23	92	0	84	9	27	21	41	1.84
105476--105535	22	2.6	22	84	5	66	16	21	25	36	1.94
108028--108182	52	3.0	52	91	0	247	30	23	14	31	1.94
113941--113979	14	2.8	14	92	0	60	15	10	2	71	1.23
118344--118415	30	2.4	31	86	6	94	23	13	15	47	1.81
119420--119483	20	3.2	19	79	20	69	56	9	0	34	1.32
119433--119492	20	3.1	19	78	4	57	56	6	0	36	1.26
125739--125951	41	5.2	41	82	0	183	32	17	28	22	1.96
125739--125965	82	2.8	82	79	4	233	32	17	28	22	1.96
126707--126815	57	1.9	57	83	9	141	39	11	6	43	1.66
127662--127703	20	2.1	20	86	8	59	45	0	9	45	1.36
127763--127854	42	2.2	42	81	11	109	36	21	22	18	1.95
130320--130443	8	15.4	8	68	17	60	44	4	0	50	1.26
130327--130483	44	3.6	42	78	13	158	47	5	0	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130373--130439	18	3.9	16	71	11	53	46	4	0	49	1.22
130369--130483	44	2.7	43	88	5	171	49	5	0	45	1.24
130455--130480	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
130411--130519	50	2.1	52	86	3	150	46	7	0	44	1.37
130431--130546	26	4.5	26	72	5	110	48	10	1	39	1.48
135909--135990	43	1.9	43	100	0	164	43	3	30	21	1.70
136300--136365	21	3.1	21	84	0	78	39	15	42	3	1.62
136676--136793	43	2.8	42	84	1	155	26	16	28	28	1.97
136676--136799	42	2.9	43	83	3	162	25	15	29	29	1.96
137266--137302	9	4.0	9	86	6	56	24	40	0	35	1.55
138607--138668	25	2.5	25	77	15	65	54	4	1	38	1.31
138595--138666	19	3.9	18	72	15	58	55	4	1	38	1.28
144402--144478	15	5.1	15	76	14	70	27	20	24	27	1.99
144408--144520	30	3.8	30	71	5	86	25	19	26	28	1.99
144396--144520	45	2.8	45	81	7	155	26	20	26	27	1.99
145892--145921	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57
162938--163058	15	8.1	15	73	12	97	26	20	27	25	1.99
162938--163046	30	3.6	30	79	0	128	28	20	26	24	1.99
162940--163061	60	2.0	60	96	0	226	25	21	27	25	1.99
162964--163058	30	3.2	30	78	0	118	25	20	28	26	1.99
165329--165389	32	1.9	32	89	0	95	40	8	18	32	1.80
166122--166167	22	2.0	23	87	4	67	56	15	17	10	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168765--168803	20	2.0	20	89	0	60	61	2	0	35	1.10
175402--175440	18	2.1	19	85	4	53	58	0	0	41	0.98
175396--175442	19	2.4	19	79	10	51	57	0	0	42	0.98
180280--180337	17	3.3	18	87	7	75	37	0	12	50	1.40
180282--180321	17	2.4	17	100	0	80	40	0	15	45	1.46
182257--182334	33	2.4	34	86	4	115	26	17	6	48	1.71
182445--182508	27	2.4	26	92	2	101	50	4	3	42	1.39
187909--187949	21	1.9	22	85	5	57	12	14	7	65	1.45
188201--188241	21	2.0	21	90	0	64	34	7	0	58	1.26
188146--188391	96	2.6	94	76	10	275	26	11	2	59	1.44
194753--195291	49	11.0	49	69	6	239	37	16	25	20	1.93
194705--195291	98	6.0	98	85	0	688	37	16	25	20	1.93
199162--199199	16	2.3	16	90	4	58	15	10	0	73	1.09
202247--202285	20	2.0	20	85	5	53	15	15	17	51	1.77
211377--211424	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
218045--218111	25	2.9	23	76	20	68	14	14	0	70	1.18
219380--219517	50	2.7	50	81	9	154	37	10	15	36	1.82
221687--221807	50	2.4	50	83	5	145	37	12	14	35	1.84
222009--222041	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
222874--222952	28	2.8	27	82	7	86	67	1	3	27	1.16
223937--224030	20	4.8	19	71	13	75	35	4	2	58	1.29
223931--224034	9	10.9	9	67	15	57	33	3	1	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223943--224060	37	3.1	37	78	10	114	35	4	2	57	1.32
223990--224048	29	2.1	27	81	15	66	32	5	3	59	1.36
224193--224297	9	11.7	9	74	16	85	26	0	0	71	0.98
224194--224297	10	11.4	10	73	21	79	25	0	0	72	0.97
224202--224258	15	3.9	15	76	17	66	24	1	0	73	0.92
224194--224251	28	2.1	28	100	0	116	24	0	0	75	0.80
224179--224234	18	3.1	19	77	15	64	26	1	0	71	0.96
224180--224295	43	3.0	36	74	21	101	27	1	0	69	1.03
224192--224295	53	2.0	51	81	10	122	27	0	0	70	1.00
228795--228836	19	2.2	20	86	4	59	21	4	2	71	1.16
229256--229345	23	3.9	23	73	2	83	37	3	7	51	1.48
231646--232054	207	2.0	202	87	2	593	35	17	21	25	1.95
232974--233013	15	2.7	14	88	11	62	22	0	17	60	1.37
233024--233075	21	2.5	21	83	0	68	26	0	21	51	1.47
233053--233124	14	5.1	14	79	11	76	26	0	29	44	1.55
233038--233114	7	10.9	7	71	15	52	27	0	25	46	1.53
233058--233154	21	4.6	21	75	10	81	24	0	30	44	1.54
233058--233154	7	13.7	7	68	6	61	24	0	30	44	1.54
235547--235587	21	2.0	21	95	0	73	56	17	0	26	1.41
235911--235947	17	2.2	17	90	0	56	0	21	0	78	0.75
248624--248863	123	1.9	125	85	3	333	39	12	25	23	1.89
248669--248868	41	4.9	41	90	2	294	40	12	25	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254493--254521	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
255866--255919	21	2.6	20	91	5	81	27	25	11	35	1.90
256685--256726	18	2.3	18	91	0	66	30	21	21	26	1.98
261336--261423	43	2.1	42	82	6	106	42	4	1	52	1.29
262149--262197	23	2.1	23	100	0	98	36	16	4	42	1.67
262915--262957	9	4.8	9	81	18	54	39	9	6	44	1.64
262909--262957	18	2.7	19	77	22	61	40	8	8	42	1.64
262987--263039	16	3.2	16	82	17	65	45	9	5	39	1.60
263014--263051	17	2.2	17	90	9	60	52	2	5	39	1.38
268839--268876	19	2.0	19	94	0	67	36	7	21	34	1.82

Tables:   1   2   3