genome.fa.s15269.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015269.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130314, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  664642

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165--204	18	2.2	18	86	0	53	47	7	10	35	1.65
3122--3146	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
3380--3707	37	8.8	37	84	2	388	14	19	27	38	1.91
3380--3701	149	2.2	148	84	0	419	15	19	27	38	1.91
8843--8880	19	2.0	19	90	10	60	26	15	13	44	1.83
13795--14134	41	8.6	41	76	7	272	32	20	28	19	1.97
13833--13891	30	2.0	30	93	0	100	32	20	25	22	1.98
13795--13932	71	2.0	70	85	1	186	31	21	26	20	1.97
13863--14123	123	2.1	123	83	1	326	32	19	27	19	1.97
14139--14245	54	2.0	53	81	7	126	35	20	25	18	1.95
19083--19326	52	4.7	52	93	0	407	35	26	13	23	1.93
21394--21451	22	2.7	22	97	2	109	44	8	0	46	1.34
27194--27244	21	2.4	21	90	0	84	41	19	39	0	1.52
27623--27736	43	2.7	43	88	0	165	24	20	25	29	1.99
27622--27773	43	3.5	43	81	4	137	28	18	25	27	1.98
36331--36391	19	3.2	19	72	4	68	32	22	9	34	1.87
36310--36378	20	3.5	20	74	6	77	36	18	13	31	1.89
36301--36391	39	2.3	40	96	1	166	35	20	12	31	1.90
39543--39575	17	1.9	17	88	11	50	66	3	0	30	1.06
47174--47205	7	4.6	7	100	0	64	28	15	0	56	1.40
48159--48201	18	2.3	18	84	8	50	27	9	20	41	1.83
53999--54146	50	2.9	51	81	12	139	54	8	1	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54015--54146	50	2.6	50	83	8	162	56	9	0	34	1.31
68362--68386	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71750--71813	3	21.0	3	84	9	76	1	31	0	67	1.00
75337--75364	12	2.3	12	100	0	56	53	0	25	21	1.46
85272--85343	35	2.1	35	100	0	144	36	5	16	41	1.72
93889--93932	18	2.5	17	81	7	52	20	4	0	75	0.98
93912--93945	12	2.9	11	87	12	50	26	2	0	70	1.01
96554--97053	59	8.5	59	82	3	578	32	2	28	36	1.72
96571--97061	29	16.7	30	74	5	401	32	2	28	36	1.71
96571--97053	118	4.1	118	89	3	663	32	2	28	36	1.71
102681--102870	95	2.0	94	97	1	362	20	21	24	33	1.97
106705--107390	345	2.0	345	97	0	1309	32	15	21	30	1.94
107430--107603	96	1.8	96	86	7	255	37	14	18	29	1.90
107951--108269	30	10.8	29	78	8	297	31	2	30	35	1.72
107834--108242	59	6.9	59	75	14	237	32	3	30	33	1.75
107834--108265	118	3.7	115	78	10	364	31	3	30	34	1.76
107952--108269	59	5.4	58	79	10	326	31	2	30	35	1.72
107956--108298	29	11.6	28	77	11	228	32	3	29	34	1.74
110029--110086	6	10.0	6	73	14	50	56	1	1	39	1.19
110029--110103	17	4.3	17	84	5	96	56	2	1	40	1.22
110029--110103	35	2.1	35	85	4	98	56	2	1	40	1.22
110968--111004	17	2.2	17	86	13	51	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112101--112137	3	12.3	3	88	0	56	35	5	0	59	1.20
112681--113225	150	3.6	152	87	6	728	44	2	10	42	1.52
112681--113053	51	7.4	51	64	15	155	43	2	9	44	1.51
121184--121215	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
121872--121906	2	17.5	2	93	0	61	54	45	0	0	0.99
122535--122648	30	3.9	30	74	12	94	34	24	8	32	1.86
122553--122648	30	3.2	30	77	14	101	36	22	9	31	1.86
122523--122662	59	2.4	59	77	10	153	34	23	8	33	1.85
123755--123797	16	2.6	17	88	7	70	6	25	23	44	1.78
126009--126038	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
127548--127700	23	6.6	23	78	12	125	45	20	20	12	1.83
127595--127721	23	5.4	23	81	9	116	44	21	22	11	1.84
127573--127721	23	6.3	24	78	10	98	43	20	23	12	1.85
127570--127721	48	3.2	44	75	15	128	44	21	23	11	1.85
127596--127721	46	2.7	47	78	10	141	44	21	22	11	1.84
127548--127697	69	2.1	68	85	9	196	46	20	21	12	1.83
132837--132907	34	2.1	34	94	0	124	16	32	16	33	1.92
134448--134622	23	7.5	23	75	12	144	44	19	23	12	1.85
134448--134588	69	2.0	69	85	8	189	45	19	21	12	1.84
135040--135087	10	4.7	10	92	2	78	18	8	2	70	1.22
137472--137505	17	1.9	17	88	5	50	58	11	11	17	1.62
137619--137650	3	10.7	3	100	0	64	31	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145173--145202	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
145595--145626	15	2.0	17	88	11	50	31	6	3	59	1.38
149859--149899	15	2.8	15	96	3	75	63	0	21	14	1.30
155201--156549	124	10.9	124	83	2	1620	39	17	21	21	1.92
155201--156549	249	5.4	247	85	2	1679	39	17	21	21	1.92
155198--156535	373	3.6	372	87	2	1774	39	17	21	22	1.92
155889--155980	48	1.9	48	95	0	166	40	16	22	20	1.91
156013--156103	46	1.9	48	88	4	141	40	14	21	23	1.90
156260--156353	48	2.0	48	93	0	161	37	17	25	20	1.93
158097--158184	30	2.9	30	81	3	106	37	18	6	37	1.77
158108--158222	30	3.9	29	82	6	115	35	23	6	34	1.80
158150--158249	30	3.4	28	84	5	110	39	26	5	30	1.77
158169--158251	29	2.9	28	85	7	103	36	27	4	31	1.78
161562--161595	17	2.0	17	94	0	59	35	20	17	26	1.95
166556--166609	21	2.6	21	78	0	63	22	11	27	38	1.88
167891--167950	31	2.0	30	83	9	77	33	10	16	40	1.82
168633--168715	33	2.5	31	78	18	80	48	2	1	48	1.22
170350--170527	72	2.5	72	93	0	302	56	15	5	23	1.58
170942--171011	18	3.9	18	85	7	106	40	11	8	40	1.72
177592--178131	153	3.6	152	81	9	528	44	9	2	43	1.51
177846--178121	138	2.0	141	88	5	418	43	8	3	44	1.52
178650--178745	3	32.0	3	95	0	174	66	2	0	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179107--179606	42	11.9	42	82	5	546	35	22	19	22	1.96
179128--179606	169	2.9	167	83	5	542	35	22	19	21	1.96
179992--180043	22	2.4	22	90	6	79	5	9	1	82	0.90
179992--180030	12	3.2	12	92	7	62	5	10	0	84	0.76
190205--190247	22	2.0	21	82	13	52	60	11	4	23	1.50
192137--192200	27	2.3	26	75	19	60	70	6	6	17	1.29
192795--193030	50	4.7	51	71	14	152	44	8	2	45	1.46
192745--193242	149	3.4	149	82	7	555	43	9	3	42	1.54
192995--193242	137	1.8	137	84	6	340	44	9	3	42	1.54
192995--193255	136	1.9	138	82	6	325	44	9	3	42	1.54
198517--198553	12	3.1	12	88	0	56	62	0	35	2	1.10
203198--203238	11	3.4	12	83	10	57	63	0	29	7	1.21
204207--204470	40	6.6	40	83	1	298	26	18	19	35	1.95
208725--208761	14	2.4	16	82	13	51	45	27	5	21	1.73
210270--210319	26	1.9	26	100	0	100	40	16	16	28	1.89
221160--221202	17	2.6	16	82	17	52	20	13	11	53	1.71
223277--223357	35	2.3	35	95	0	144	30	18	9	40	1.83
226489--226551	21	3.0	20	73	15	65	17	12	17	52	1.75
226500--226592	20	4.6	20	79	4	96	20	10	17	51	1.74
234663--234746	38	2.2	38	100	0	168	41	2	11	44	1.54
235311--235344	11	3.0	11	86	4	50	67	0	0	32	0.91
235302--235382	27	3.0	27	68	12	69	58	1	2	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246422--246451	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
255124--255198	21	3.6	20	80	10	80	52	1	14	32	1.51
255131--255217	7	12.4	7	73	13	63	50	1	16	32	1.52
255131--255212	28	2.9	28	75	15	78	51	1	15	31	1.52
255643--255677	17	2.1	17	89	10	54	54	2	0	42	1.15
263935--263999	25	2.7	25	81	11	66	46	1	4	47	1.32
263965--263999	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
264779--264867	36	2.5	36	72	3	90	46	10	17	25	1.80
265402--265457	19	2.8	20	84	10	71	64	3	1	30	1.21
265822--265873	22	2.3	23	75	15	56	23	5	3	67	1.29

Tables:   1   2   3