genome.fa.s15296.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015296.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130341, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  852674

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1789--2008	40	5.5	40	90	0	325	25	25	8	41	1.82
11953--12001	20	2.5	20	96	0	89	40	24	20	14	1.89
12392--12559	40	4.2	40	83	6	216	29	24	8	37	1.86
12392--12559	79	2.1	79	86	5	232	29	24	8	37	1.86
16685--16715	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
16875--17130	132	1.9	132	84	0	341	21	21	26	31	1.98
24346--24383	19	2.0	19	90	10	60	0	18	2	78	0.86
24534--24609	19	4.0	19	84	0	71	22	34	14	28	1.93
24559--24622	19	3.4	18	80	8	65	20	28	17	34	1.95
24546--24622	38	2.0	38	87	5	111	22	29	15	32	1.95
24619--24643	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
24619--24662	19	2.2	21	80	15	58	15	15	25	43	1.87
25373--25411	9	3.8	10	83	16	53	71	15	0	12	1.14
30052--30153	43	2.4	42	80	3	116	33	12	27	26	1.93
30805--30858	21	2.6	21	82	5	65	29	11	25	33	1.91
52353--52980	42	15.4	42	83	5	720	31	27	16	24	1.97
52345--52980	81	7.8	83	83	5	691	31	27	16	24	1.97
56093--56130	10	3.5	11	85	10	51	26	5	0	68	1.11
56441--56649	107	1.9	109	82	6	266	31	13	15	39	1.86
58720--58755	18	2.1	18	89	5	56	19	0	47	33	1.50
62868--62905	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
62932--62965	16	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64300--64355	21	2.7	21	82	0	76	32	26	14	26	1.95
64301--64364	21	3.0	21	79	4	58	34	26	12	26	1.92
81814--81868	28	2.0	27	82	7	65	29	5	0	65	1.15
93959--94001	21	2.1	20	86	4	59	11	9	11	67	1.42
95731--95766	18	2.1	18	89	5	56	38	16	0	44	1.48
96762--96849	37	2.4	37	100	0	176	51	6	23	18	1.70
101094--101193	43	2.3	43	77	6	105	24	33	23	20	1.97
102165--102223	29	2.0	29	100	0	118	40	6	16	35	1.76
103183--103225	4	10.2	4	87	5	59	69	2	2	25	1.12
103313--103361	15	3.4	15	76	15	50	65	6	4	24	1.33
103313--103369	19	3.0	18	76	16	53	64	5	3	26	1.30
103314--103385	38	2.0	39	81	13	91	65	6	2	25	1.31
103518--103567	21	2.4	22	80	10	59	74	4	2	20	1.08
105117--105480	98	3.7	97	87	1	496	24	19	19	36	1.95
106682--106756	34	2.2	34	88	7	107	26	1	13	58	1.43
109354--109385	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
109847--110103	52	4.9	52	88	0	388	26	13	23	35	1.92
110288--110728	52	8.5	52	85	2	530	26	12	23	36	1.91
113445--113796	52	6.7	52	87	2	463	32	23	14	29	1.95
113445--113796	158	2.2	156	86	2	472	32	23	14	29	1.95
115199--115611	206	2.0	206	99	0	808	35	10	18	35	1.85
115593--115632	12	3.3	12	80	13	55	7	2	17	72	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115660--115717	11	5.3	11	76	12	57	15	6	22	55	1.64
117055--117247	18	10.7	18	82	0	197	30	25	20	23	1.98
117071--117246	54	3.3	54	85	0	235	31	25	21	22	1.98
129833--129867	18	1.9	18	94	0	61	37	20	22	20	1.95
130803--131001	62	3.4	61	71	16	184	35	22	12	30	1.90
130872--130972	52	2.0	51	86	5	141	33	23	12	29	1.92
130803--131061	114	2.3	114	86	0	347	34	22	12	30	1.91
139439--139495	30	1.9	29	82	3	69	31	21	24	22	1.98
159243--159301	24	2.5	23	79	20	68	3	20	3	72	1.13
168154--168181	12	2.3	12	100	0	56	85	14	0	0	0.59
168545--168656	51	2.3	47	79	13	127	43	1	5	49	1.36
171240--171288	21	2.3	21	82	0	62	34	20	14	30	1.92
180183--182415	215	10.3	215	82	6	2429	27	16	14	40	1.88
180183--182415	428	5.1	429	82	6	2571	27	16	14	40	1.88
181243--181298	27	2.0	28	96	3	105	37	17	14	30	1.90
181063--181514	243	1.9	243	88	2	685	29	17	12	40	1.87
181273--182415	218	5.3	216	83	4	1351	28	15	14	41	1.87
182728--184640	215	8.9	216	82	4	2062	27	17	14	40	1.89
182740--187806	647	7.7	643	70	13	2937	28	16	14	40	1.88
184467--184807	168	2.0	168	82	2	407	26	14	15	43	1.85
185385--187805	215	11.2	216	82	5	2600	27	16	14	41	1.88
182729--187811	862	5.8	854	71	13	3389	28	16	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188104--190521	215	11.2	214	82	4	2640	27	16	15	40	1.88
188115--190521	432	5.6	428	82	4	2733	27	16	15	40	1.88
190821--191356	215	2.5	215	88	1	770	27	17	13	41	1.88
194689--195009	37	8.7	37	87	0	437	12	21	33	33	1.91
194783--194846	21	3.3	21	66	28	59	10	25	34	29	1.90
201588--201629	12	3.5	12	81	12	59	4	16	2	76	1.07
201580--201635	24	2.3	24	96	0	103	3	19	5	71	1.21
203627--203664	19	2.0	19	90	10	60	7	13	5	73	1.22
210152--210205	23	2.3	24	90	3	83	72	1	20	5	1.14
210865--210913	24	2.0	24	100	0	98	26	32	12	28	1.92
213985--214044	15	4.0	15	72	8	50	25	28	25	21	1.99
218544--218587	12	3.9	12	80	17	58	79	0	15	4	0.89
218551--218593	15	2.7	15	85	7	50	79	2	13	4	1.00
230699--230740	16	2.6	16	96	0	75	33	16	26	23	1.96
239085--242017	216	13.6	215	81	4	2989	28	16	14	40	1.87
239085--242007	431	6.8	428	80	4	2895	28	16	13	40	1.87
246794--246845	6	9.2	6	82	14	58	82	0	17	0	0.66
246794--246842	16	3.0	16	88	8	64	83	0	16	0	0.64
246794--246845	22	2.3	23	87	12	81	82	0	17	0	0.66
247912--248093	80	2.3	81	84	3	224	35	24	14	26	1.93
247907--248041	39	3.4	38	71	15	96	34	25	12	27	1.92
247912--248087	42	4.4	40	73	13	130	35	24	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248030--248155	64	2.0	64	93	0	216	34	26	12	26	1.92
248131--248267	39	3.4	39	76	9	141	32	29	12	26	1.93
247950--248235	145	2.0	144	85	0	392	35	24	13	26	1.93
248094--248553	81	5.4	81	81	7	427	33	26	14	25	1.94
248094--248553	43	10.8	43	77	7	388	33	26	14	25	1.94
249419--249458	4	10.0	4	86	8	55	27	0	2	70	1.01
249383--249582	105	1.9	106	82	10	257	21	7	7	65	1.41
253551--253626	39	1.9	39	89	0	116	34	21	10	34	1.87
256767--257123	39	9.2	39	83	0	318	25	17	18	38	1.92
257367--257597	123	1.9	124	87	2	340	22	26	23	27	1.99
259112--259294	95	1.9	95	88	2	278	41	8	4	45	1.54
259310--259356	21	2.2	22	81	11	53	29	10	2	57	1.44
259207--259456	122	2.1	121	88	5	371	38	9	5	46	1.60
271225--271853	202	3.0	212	90	3	949	37	16	17	28	1.92
275882--275926	18	2.5	19	82	7	58	75	0	13	11	1.05
277523--277577	24	2.3	24	93	0	92	70	3	20	5	1.22
280184--280343	63	2.5	63	86	2	214	26	6	31	35	1.81
281134--281180	25	1.9	24	83	12	60	59	10	10	19	1.59
283602--283706	52	2.0	52	83	7	133	50	7	2	39	1.46
289725--289749	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
297170--297196	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
297595--297632	11	3.5	11	78	7	51	52	10	10	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299437--299479	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
299931--300104	37	4.7	37	81	1	197	14	21	30	33	1.93
300925--300957	11	2.9	12	86	13	52	27	42	12	18	1.85
317214--317252	17	2.3	17	100	0	78	35	20	17	25	1.95
320068--320348	146	1.9	146	95	0	508	20	20	22	36	1.95
322251--322287	19	1.9	19	89	10	58	10	13	0	75	1.04
327030--327061	15	2.1	15	94	0	55	18	15	31	34	1.93
331219--331585	183	2.0	182	98	0	707	28	13	16	40	1.87
332929--335719	215	13.1	215	83	5	3173	41	14	16	27	1.87
334791--335688	427	2.1	427	87	2	1296	41	14	16	26	1.87

Tables:   1   2   3