genome.fa.s15296.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015296.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130341, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  852674

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 354 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
579674--579717	22	2.0	23	86	8	65	47	0	2	50	1.13
590008--590034	14	1.9	14	100	0	54	33	29	0	37	1.58
595416--595561	71	2.1	71	100	0	292	43	0	4	52	1.20
607375--607408	10	3.2	10	91	8	50	11	2	0	85	0.71
611457--611514	23	2.5	23	97	0	107	43	3	29	24	1.70
611608--611663	23	2.5	23	91	8	89	51	12	17	17	1.75
613793--613845	20	2.7	20	81	0	61	30	13	28	28	1.94
635523--635561	9	4.3	9	87	9	53	76	0	2	20	0.90
635521--635562	5	9.0	5	89	10	54	76	0	2	21	0.90
642251--642348	45	2.2	45	83	7	119	39	7	22	30	1.81
642341--642376	18	1.9	19	88	5	56	63	0	19	16	1.30
643030--643176	52	2.9	51	86	4	208	54	10	4	30	1.55
643580--643623	9	4.8	9	77	5	52	54	9	0	36	1.32
643583--643623	14	2.9	14	88	0	64	56	9	0	34	1.32
651018--651056	15	2.5	16	83	4	53	53	10	5	30	1.56
652390--652677	144	2.0	144	97	0	540	34	14	12	38	1.84
659441--659576	68	2.0	68	100	0	272	35	8	22	33	1.85
662295--662479	64	2.9	65	83	8	238	33	20	22	23	1.97
662726--662858	39	3.4	39	71	15	121	39	21	16	23	1.92
662726--662983	78	3.3	78	82	2	306	40	22	13	23	1.90
665771--666014	122	2.0	121	98	0	470	33	13	25	27	1.93
669622--669812	77	2.5	78	85	4	244	41	19	15	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672091--672223	60	2.3	61	78	10	143	30	20	13	36	1.91
672161--672351	55	3.5	54	80	9	208	30	15	16	37	1.90
672161--672351	56	3.5	54	82	6	215	30	15	16	37	1.90
672163--672338	54	3.2	53	83	5	201	30	15	16	37	1.90
673319--673379	30	2.1	29	93	3	104	63	6	3	26	1.34
674023--674131	17	6.3	17	87	3	155	38	1	2	56	1.24
674049--674131	6	14.3	6	76	12	84	39	2	1	56	1.20
674072--674127	11	4.9	11	82	10	60	39	3	0	57	1.16
674023--674131	35	3.1	34	93	2	164	38	1	2	56	1.24
675938--676181	59	4.2	57	79	10	232	36	24	2	36	1.69
675874--676181	29	10.6	29	74	13	210	36	24	2	37	1.68
687530--687709	39	4.6	39	74	8	132	23	30	20	25	1.98
687567--688032	39	11.9	39	70	9	256	24	30	19	25	1.98
687569--687976	117	3.5	115	80	7	416	24	30	18	25	1.98
688543--688574	6	5.3	6	92	0	55	46	3	0	50	1.17
692807--692887	30	2.7	30	76	12	87	38	4	3	53	1.41
693876--693904	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
694123--694173	26	1.9	26	84	11	68	35	1	0	62	1.06
694144--694185	13	3.4	13	77	12	52	30	2	0	66	1.04
694145--694202	12	4.8	11	79	14	53	32	3	1	62	1.22
696528--696596	23	3.0	23	77	14	70	17	5	5	71	1.27
696609--696646	17	2.2	18	85	4	51	23	2	2	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696619--696733	32	3.5	31	72	19	76	22	3	5	68	1.25
696585--696740	76	2.0	75	83	8	190	21	5	5	67	1.32
696559--696733	4	40.8	4	68	21	63	21	5	4	68	1.28
700319--700548	54	4.2	54	84	2	176	29	25	19	25	1.98
700353--700588	27	8.6	27	83	4	262	31	24	20	24	1.98
700353--700581	81	2.8	81	86	4	300	30	24	20	24	1.99
705625--705651	7	3.9	7	100	0	54	59	0	29	11	1.32
719395--719435	21	1.9	22	90	5	66	34	26	14	24	1.94
721215--721266	22	2.4	22	100	0	104	34	7	0	57	1.27
724052--724666	52	11.8	52	82	9	689	35	23	13	27	1.93
724052--724669	104	5.9	104	84	5	759	35	22	13	27	1.93
724287--724420	26	5.2	26	60	20	64	38	23	11	26	1.89
724591--724750	81	2.0	81	90	2	250	35	23	15	26	1.94
724672--724946	52	5.3	52	92	0	442	35	23	14	26	1.94
724737--724818	26	3.2	26	62	25	64	35	21	14	28	1.93
729708--729746	20	1.9	20	84	5	51	23	23	7	46	1.78
729704--729758	21	2.7	20	75	5	56	23	18	10	47	1.80
729770--729820	20	2.5	21	83	3	59	25	15	11	47	1.80
730388--730577	100	1.9	100	90	2	301	36	22	17	23	1.95
731401--731484	18	5.1	17	74	21	81	64	26	0	9	1.24
731411--731484	15	4.6	18	78	21	92	64	25	0	9	1.23
731404--731496	32	2.6	37	77	19	115	62	26	1	9	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731411--731484	32	2.3	32	100	0	148	64	25	0	9	1.23
732784--732870	21	4.3	21	75	11	65	16	3	5	74	1.14
732785--732871	39	2.2	41	81	8	99	17	3	5	73	1.17
732829--732966	72	2.0	68	84	8	179	17	7	5	69	1.32
732827--732974	68	2.1	70	81	7	185	16	6	5	70	1.27
732874--733017	68	2.1	68	79	5	157	22	6	4	67	1.31
732901--733019	16	7.1	16	65	24	50	21	4	4	69	1.23
741883--741926	22	2.0	21	83	12	54	50	6	0	43	1.29
741955--742010	25	2.2	27	78	12	64	53	5	1	39	1.34
742006--742064	22	2.8	19	78	19	55	55	0	3	40	1.16
745866--745914	21	2.3	21	92	0	80	22	14	30	32	1.93
754811--754852	22	2.0	22	85	4	59	11	40	0	47	1.40
760894--760918	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
764381--764439	18	3.3	18	72	15	59	8	30	10	50	1.66
764393--764443	18	2.9	17	88	5	75	9	31	5	52	1.58
764441--764466	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
773507--773687	52	3.5	52	86	1	256	38	22	12	26	1.90
776861--776926	20	3.3	18	75	10	51	46	21	4	27	1.70
777594--777823	114	2.0	114	97	0	433	33	7	23	36	1.83
788461--788807	158	2.2	158	87	1	489	25	19	22	33	1.97
789953--790000	25	1.9	25	95	0	87	31	18	16	33	1.94
793961--794004	23	1.9	23	86	9	63	81	0	9	9	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794990--795042	23	2.2	24	83	3	63	43	1	3	50	1.30
803748--803848	20	4.9	20	77	10	89	32	6	12	47	1.68
804294--804368	36	2.1	37	82	7	91	45	10	8	36	1.68
807422--807524	19	5.4	19	80	3	109	26	22	18	33	1.97
807409--807484	38	2.0	38	82	5	91	27	22	17	32	1.96
813715--813768	21	2.6	21	85	5	74	27	24	11	37	1.89
814435--814538	19	5.4	19	82	3	120	23	24	18	34	1.96
814445--814551	57	1.9	56	82	5	135	27	23	18	30	1.98
819850--819906	30	1.9	30	86	10	82	29	28	14	28	1.95
825523--825638	57	2.0	57	91	3	189	31	35	8	24	1.86
826532--826598	29	2.3	29	79	7	73	13	31	34	20	1.92
827709--827756	19	2.5	19	93	0	78	52	8	2	37	1.44
828013--828059	23	2.0	23	83	0	58	29	14	8	46	1.74
828221--828357	58	2.4	58	81	4	152	43	17	22	16	1.88
831013--831142	64	2.0	64	95	0	233	36	16	24	22	1.95
832037--832063	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
836373--836397	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
836939--847126	215	47.3	215	77	7	8844	27	16	14	40	1.88
840139--840178	21	2.0	21	85	5	55	30	7	12	50	1.68
844307--844481	93	1.9	93	89	0	269	28	21	11	38	1.88
847131--851005	214	18.1	216	76	8	2977	27	16	14	41	1.88
847224--852047	646	7.5	645	79	9	4109	27	16	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850064--850138	35	2.1	35	87	0	105	24	24	12	40	1.88
847131--852047	214	22.8	211	73	11	2717	27	16	14	41	1.88
850922--851093	93	1.8	93	88	0	263	29	19	10	40	1.85
851339--851400	29	2.1	29	90	0	97	25	17	12	43	1.85

Tables:   1   2   3

The End!