genome.fa.s15305.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015305.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130350, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  751316

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6421--6483	23	2.6	24	78	17	67	39	1	0	58	1.07
8641--8718	9	8.7	9	78	0	57	16	42	5	35	1.71
8638--8717	15	5.1	15	73	8	70	16	41	5	37	1.70
8641--8718	18	4.3	18	76	0	66	16	42	5	35	1.71
8662--8714	6	8.3	6	78	12	52	16	43	1	37	1.60
8674--8714	21	2.0	21	95	0	73	19	43	0	36	1.51
11292--11323	16	1.9	17	93	6	57	40	6	21	31	1.78
13132--13172	20	2.0	20	85	0	55	46	2	4	46	1.37
16181--16236	24	2.3	24	96	0	103	35	23	7	33	1.82
17080--17140	30	2.0	30	93	0	104	39	6	29	24	1.80
17968--18005	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
40181--40328	70	2.1	70	96	1	271	27	18	15	37	1.92
41690--41722	13	2.4	14	90	5	50	48	0	3	48	1.17
72694--72723	15	1.9	16	93	6	53	46	0	3	50	1.18
73871--73924	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
74269--74336	27	2.5	27	81	11	68	36	2	1	58	1.22
74299--74341	11	3.8	11	80	17	52	32	2	0	65	1.06
76684--76734	23	2.3	22	86	10	68	72	1	0	25	0.95
76696--76729	18	1.9	17	94	5	59	76	2	0	20	0.92
77509--77558	24	2.1	24	100	0	100	40	4	16	40	1.67
77766--77799	13	2.6	13	95	0	59	23	17	32	26	1.97
77866--77908	16	2.5	17	81	7	52	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77875--77907	17	1.9	17	88	11	50	30	0	15	54	1.41
78706--79262	279	2.0	279	96	1	1028	40	8	8	41	1.66
80091--80115	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
82262--82309	26	1.9	24	87	8	69	54	4	2	39	1.32
86607--86639	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
91286--91345	31	2.0	30	83	3	75	30	15	16	38	1.89
107616--107691	38	2.0	38	86	0	107	31	17	23	27	1.97
118669--118762	48	2.0	48	89	0	143	34	9	14	41	1.79
121314--121365	22	2.2	24	77	19	65	34	0	3	61	1.14
133145--133220	22	3.3	22	88	7	107	9	22	23	44	1.81
133151--133240	26	3.7	26	88	7	127	11	26	22	40	1.87
136355--136385	15	2.1	15	100	0	62	32	38	19	9	1.84
138399--138434	6	6.2	6	96	3	65	16	0	52	30	1.44
138557--138591	13	2.5	14	86	13	54	22	8	0	68	1.16
142288--142345	9	6.9	8	77	16	55	24	0	3	72	1.00
142289--142324	16	2.2	16	95	0	63	25	0	5	69	1.10
144271--144343	23	3.2	22	84	3	83	39	30	17	12	1.87
144332--144385	23	2.3	23	93	0	90	38	22	29	9	1.85
156396--156461	15	4.4	15	86	0	51	25	15	6	53	1.65
156409--156460	15	3.5	14	82	10	59	23	17	5	53	1.64
157578--157697	61	2.0	60	88	4	181	20	18	16	45	1.86
169566--169599	2	17.0	2	87	0	50	0	44	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179762--179802	21	1.9	22	85	14	59	36	0	0	63	0.95
183852--183886	7	4.9	7	96	3	61	0	28	0	71	0.86
190798--190897	6	17.3	6	76	12	93	54	3	1	42	1.22
190798--190925	17	7.5	16	77	14	123	53	4	0	40	1.27
190831--190897	11	5.8	12	82	10	86	55	2	0	41	1.15
190798--190925	34	3.7	34	89	5	161	53	4	0	40	1.27
192823--192868	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
202569--202639	31	2.4	30	83	4	81	35	9	12	42	1.76
209304--209330	13	2.1	13	100	0	54	48	7	37	7	1.59
212922--212953	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
219567--219824	42	6.0	42	80	7	284	26	17	25	30	1.97
219567--219826	87	3.0	86	83	6	337	26	16	26	30	1.97
219894--220076	99	1.8	98	82	4	233	26	19	19	34	1.96
222603--222640	20	2.0	20	89	5	60	50	18	18	13	1.78
227457--227547	45	2.0	45	97	0	173	36	31	8	23	1.85
230033--230075	20	2.2	20	86	0	59	11	6	37	44	1.68
230041--230082	20	2.1	20	90	0	66	14	4	33	47	1.65
230693--230743	26	2.0	26	92	0	84	29	21	17	31	1.96
232958--233088	61	2.1	62	81	5	158	10	20	11	57	1.63
237395--237477	5	17.4	5	78	5	50	71	3	3	21	1.17
237433--237476	8	5.0	9	83	10	56	75	0	0	25	0.81
239605--239691	42	2.1	42	97	0	165	48	6	14	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239936--239968	3	11.0	3	93	0	57	0	30	0	69	0.88
257798--257854	28	2.1	28	90	3	89	50	15	19	14	1.77
259906--259948	19	2.3	19	88	4	61	58	11	0	30	1.34
259905--259948	18	2.3	20	80	11	56	59	11	0	29	1.32
261846--261879	15	2.3	15	90	5	52	52	0	2	44	1.16
265740--265787	24	2.0	24	87	0	69	27	18	10	43	1.82
280306--280541	120	2.0	120	82	1	294	30	17	23	28	1.97
283343--283387	23	2.0	23	95	0	81	24	13	35	26	1.92
287978--288026	25	2.0	24	84	11	64	20	2	6	71	1.18
287980--288023	19	2.4	18	82	10	54	20	2	4	72	1.13
294597--294647	25	2.0	25	92	0	84	37	23	29	9	1.87
299867--299962	46	2.1	46	100	0	192	35	28	15	20	1.93
305513--305542	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
310925--311108	93	2.0	93	92	0	305	29	23	13	32	1.93
315350--315436	44	2.0	43	88	2	129	28	12	18	40	1.87
320011--320177	83	2.0	83	92	0	280	44	14	9	31	1.77
327821--327888	25	2.7	25	71	8	66	73	2	8	14	1.19
328841--328912	7	10.6	7	81	11	62	15	0	38	45	1.46
328957--328989	14	2.4	14	100	0	66	9	0	6	84	0.76
329343--329497	50	3.1	51	75	4	156	23	20	21	34	1.96
329354--329673	99	3.2	100	77	5	317	25	21	18	34	1.96
343789--343833	17	2.8	16	81	18	58	77	2	20	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348189--348229	19	2.2	19	100	0	82	29	24	34	12	1.91
354965--355051	24	3.6	24	80	6	95	27	58	9	4	1.49
354965--355048	12	7.0	12	73	0	78	27	58	9	4	1.50
355080--355122	18	2.4	18	80	7	52	25	51	6	16	1.69
357170--357362	28	7.0	28	80	8	200	20	16	7	55	1.64
359072--359224	41	3.7	41	79	3	157	39	16	24	18	1.91
359154--359254	41	2.4	42	83	3	123	42	15	24	16	1.88
363738--363830	26	3.4	26	73	16	98	49	7	0	43	1.31
363729--363935	34	6.3	34	72	19	188	48	8	0	43	1.33
363721--363830	56	2.0	52	91	6	175	47	6	0	46	1.28
363795--363935	34	4.0	35	87	6	214	48	9	0	41	1.36
363818--363842	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
363729--363900	94	1.8	92	86	4	247	48	7	0	44	1.31
370119--370151	15	2.2	15	94	0	57	24	0	27	48	1.51
370220--370445	43	5.3	43	88	3	312	28	19	27	25	1.98
374961--375217	43	6.0	43	87	1	327	29	18	24	27	1.98
375557--375729	69	2.5	68	87	5	240	34	15	6	43	1.73
376234--376280	21	2.2	22	88	7	71	36	23	19	21	1.95
376965--377400	194	2.3	192	81	4	491	27	26	18	28	1.98
379367--379541	69	2.5	69	83	5	201	34	18	2	44	1.65
379527--379569	22	2.1	20	87	12	61	51	9	0	39	1.34
379720--379769	22	2.3	21	80	13	57	52	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
380603--380714	58	1.9	58	92	0	188	48	1	10	39	1.49
382697--382738	18	2.5	17	82	14	52	71	7	2	19	1.20
382791--382940	30	5.0	29	77	4	129	34	4	23	38	1.76
383885--383925	18	2.3	19	83	12	59	24	0	0	75	0.80
384523--384653	39	3.3	39	76	4	129	29	15	23	31	1.95
388424--388457	14	2.3	15	90	5	52	41	11	2	44	1.56
391074--391140	10	6.6	10	85	1	71	71	2	1	23	1.08
391087--391130	5	8.8	5	94	0	79	77	0	0	22	0.77
391079--391134	15	3.7	15	92	0	94	75	1	0	23	0.90
391179--391419	30	8.1	29	76	7	205	36	4	20	38	1.72

Tables:   1   2   3