genome.fa.s15314.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015314.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130359, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  241155

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105--152	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
213--310	23	4.3	23	85	7	137	10	23	24	41	1.85
213--400	46	4.2	45	78	12	185	10	23	22	42	1.85
9626--9665	21	1.9	21	89	0	62	7	15	35	42	1.75
9631--9674	21	2.1	21	83	8	54	11	13	34	40	1.81
9662--9705	21	2.1	21	83	8	54	18	11	22	47	1.80
11327--11385	20	2.9	21	76	5	66	33	22	13	30	1.92
13193--13242	20	2.5	20	84	15	59	36	10	2	52	1.47
24876--24934	28	2.2	26	82	8	73	8	18	1	71	1.20
30542--30777	37	6.4	37	74	10	124	32	27	18	21	1.97
32159--32240	41	2.0	41	97	0	155	35	20	9	34	1.86
37445--37483	19	2.0	21	85	10	55	58	0	33	7	1.26
38168--38227	30	2.0	30	96	3	113	60	3	10	26	1.45
49821--49860	21	1.9	21	90	10	64	25	12	7	55	1.63
50230--50281	18	2.8	19	80	11	63	40	0	5	53	1.25
51302--51348	24	2.0	23	88	8	69	40	12	6	40	1.69
56576--56648	32	2.3	31	81	9	85	45	6	4	43	1.49
70864--70975	42	2.7	42	91	1	181	41	9	24	25	1.85
73055--73095	21	2.0	20	85	4	55	48	2	0	48	1.14
73034--73099	6	12.0	6	70	23	56	46	1	0	51	1.10
73002--73100	49	2.1	47	90	3	153	47	2	0	50	1.12
75401--75512	28	3.9	29	71	8	102	33	8	26	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75466--75712	59	4.2	59	80	7	193	40	3	23	31	1.72
75521--75610	30	3.0	30	68	20	80	38	4	27	28	1.76
75474--75829	29	12.2	29	64	11	102	41	2	23	33	1.68
75486--75992	116	4.3	117	80	7	469	39	2	24	33	1.67
75653--75981	29	11.3	28	65	12	119	39	1	23	36	1.63
75584--75983	117	3.4	116	83	5	436	40	1	23	34	1.64
75491--76015	59	8.9	58	75	12	362	39	2	24	33	1.68
77749--77849	17	5.9	17	81	2	121	55	3	1	38	1.30
78339--78959	49	12.7	49	74	12	447	16	24	18	39	1.91
78300--78715	99	4.2	98	85	3	527	17	23	18	40	1.91
78341--78715	196	1.9	197	87	2	549	16	24	18	40	1.91
78333--78758	99	4.3	97	84	3	518	16	24	19	40	1.91
78340--78761	196	2.1	196	84	4	539	16	24	18	40	1.91
80721--80766	23	2.0	23	100	0	92	13	26	17	43	1.85
82714--82748	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
83533--83577	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
82760--84374	823	2.0	824	92	0	2687	39	20	12	27	1.88
85467--85662	29	6.7	30	77	10	199	36	25	2	36	1.68
85470--85932	29	15.8	29	70	11	198	35	25	4	35	1.75
85734--85932	30	6.8	30	69	13	103	36	25	4	34	1.76
85477--85932	59	7.8	59	80	7	343	35	25	4	35	1.75
88081--88129	25	2.0	25	100	0	98	57	4	8	30	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89162--89196	12	2.9	12	82	0	52	31	28	17	22	1.96
90351--90392	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
91415--91447	12	2.6	13	80	9	50	24	6	9	60	1.49
93251--93531	59	4.8	58	75	9	198	37	4	24	34	1.75
93192--93353	29	5.6	28	67	21	77	37	3	24	34	1.73
93287--93529	59	4.2	58	76	9	217	36	4	24	34	1.76
93483--93571	29	3.1	28	83	4	115	37	3	24	34	1.72
94213--94268	23	2.4	23	96	0	103	12	51	23	12	1.73
94879--94911	16	2.0	17	88	5	50	57	3	9	30	1.45
94892--94916	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
95486--95603	6	20.0	6	68	13	75	50	2	4	43	1.35
95527--95617	41	2.2	41	82	1	121	56	3	4	36	1.36
95508--95582	17	4.4	17	80	6	80	53	4	2	40	1.34
96191--96400	49	4.6	47	69	19	156	24	24	15	34	1.95
96191--96481	134	2.2	134	93	1	485	24	24	16	35	1.94
95975--96687	340	2.1	340	88	1	1072	23	23	17	35	1.95
96325--96979	206	3.2	206	88	1	954	23	23	17	35	1.95
97000--97074	39	1.9	39	86	0	105	20	20	36	24	1.95
98576--98614	3	12.7	3	83	5	51	0	25	0	74	0.82
98550--98615	15	4.2	16	81	13	75	0	24	3	72	0.98
98572--98619	9	5.7	9	75	20	50	0	22	0	77	0.78
98579--98622	6	7.3	6	89	5	54	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99865--99910	23	2.0	23	100	0	92	21	30	21	26	1.99
101817--102122	58	5.3	57	76	8	228	36	3	25	34	1.72
101809--102180	29	12.8	30	65	20	132	37	2	24	36	1.70
104100--104156	17	3.4	17	80	0	60	52	5	0	42	1.24
104100--104173	34	2.2	34	82	4	87	52	4	1	41	1.28
104124--104180	23	2.4	23	82	2	69	56	1	1	40	1.20
104078--104179	6	17.3	6	67	15	61	50	2	2	44	1.32
104147--104179	17	1.9	17	100	0	66	54	0	3	42	1.15
104957--104998	21	2.0	21	81	9	50	59	0	19	21	1.38
106744--106906	30	5.5	30	75	8	138	35	3	24	36	1.71
106864--106947	30	2.8	30	84	10	109	44	4	20	30	1.72
110837--111089	85	3.0	85	82	1	292	26	20	14	37	1.92
110922--111453	207	2.6	205	81	6	572	23	20	17	39	1.92
110715--111290	292	2.0	294	82	5	720	24	19	15	39	1.91
111457--111763	45	7.0	44	78	7	268	28	18	20	32	1.96
111458--111762	91	3.5	86	79	11	309	28	18	20	32	1.96
112022--112148	50	2.6	49	76	7	139	17	30	15	36	1.91
111994--112134	49	2.8	50	75	6	151	16	28	19	36	1.93
112929--112985	22	2.7	22	81	5	64	0	17	1	80	0.79
112934--112983	6	8.8	6	78	8	52	0	16	2	82	0.77
113841--113880	5	8.0	5	83	10	55	2	17	0	80	0.83
113841--113880	9	4.0	10	81	12	55	2	17	0	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113925--113979	24	2.2	25	87	9	76	0	16	0	83	0.64
113925--113979	17	3.2	17	87	5	76	0	16	0	83	0.64
118104--118168	29	2.3	29	84	7	80	29	1	32	36	1.67
118099--118283	30	6.3	30	75	10	141	33	1	27	38	1.64
118056--118279	30	7.6	29	74	9	114	35	1	24	38	1.66
129721--129767	21	2.3	21	96	3	87	27	0	17	55	1.42
129999--130054	20	2.8	21	81	5	62	53	3	8	33	1.49
130042--130075	16	2.1	16	94	0	59	58	0	0	41	0.98
131545--131585	18	2.2	19	86	4	57	26	0	7	65	1.18
132217--132269	25	2.1	25	100	0	106	32	15	24	28	1.95
132217--132278	25	2.5	25	92	5	90	33	14	22	29	1.94
134994--135044	21	2.5	20	81	12	59	31	13	21	33	1.92
140097--140136	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
140810--140878	30	2.4	28	76	11	66	40	0	0	59	0.97
140835--140878	19	2.3	19	80	0	61	34	0	0	65	0.93
140823--140890	30	2.3	30	79	2	75	44	0	1	54	1.09
141233--141914	48	13.4	48	78	11	569	21	20	24	33	1.97
141366--141931	105	5.5	104	81	8	596	21	20	25	33	1.97
141423--141914	150	3.2	151	88	3	668	20	20	24	34	1.97
141771--141878	57	1.9	57	94	0	189	19	22	25	32	1.97
145880--145922	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
146452--146494	19	2.3	18	80	4	50	34	2	6	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146348--146592	136	1.8	135	84	6	343	41	2	11	44	1.54
146607--146843	51	4.7	51	67	16	143	42	2	8	45	1.50
146460--147149	150	4.6	151	89	5	965	43	2	9	44	1.52
148182--148665	239	2.0	242	88	4	715	35	6	15	42	1.73
152947--153276	125	2.6	124	80	3	385	24	20	16	39	1.92
153389--153578	71	2.7	71	88	0	283	22	22	16	38	1.93
153753--153915	85	1.9	85	82	0	200	23	22	14	39	1.91
153526--154459	208	4.5	207	84	3	1153	24	20	15	39	1.91
154254--154581	123	2.7	123	83	3	392	25	20	14	39	1.91
154109--154790	331	2.1	331	84	3	881	24	20	15	39	1.91

Tables:   1   2