genome.fa.s15382.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015382.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130429, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  764726

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11260--11343	31	2.8	30	84	8	100	47	2	0	50	1.14
14908--14959	27	1.9	27	84	0	68	42	25	13	19	1.87
20004--20045	21	2.0	20	86	13	59	47	11	0	40	1.40
20912--21069	79	2.0	79	83	2	201	26	18	15	39	1.90
20868--21138	121	2.2	124	82	5	309	27	16	16	39	1.90
20852--21138	42	7.0	42	78	7	248	26	17	16	39	1.90
20989--21190	42	4.8	42	84	6	178	25	17	17	39	1.91
24470--24601	65	2.0	65	98	0	255	34	20	7	37	1.81
25617--25651	17	1.9	19	88	11	56	54	0	2	42	1.15
26811--26852	16	2.5	17	80	7	50	26	0	2	71	0.98
26825--26868	20	2.3	18	88	7	61	34	0	0	65	0.93
36323--36387	30	2.2	30	86	5	87	33	1	4	60	1.27
36627--36721	29	3.2	29	68	26	74	58	0	4	36	1.17
36635--36722	10	8.9	10	68	19	51	56	0	3	39	1.16
43407--43431	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
62216--62241	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
63317--63776	225	2.0	225	92	0	776	32	17	19	31	1.95
64789--64839	21	2.4	21	83	6	68	31	27	13	27	1.94
67002--67040	20	2.1	19	90	9	62	46	5	0	48	1.24
67312--67373	21	3.0	21	83	6	65	61	3	0	35	1.12
67337--67421	6	14.2	6	93	0	125	56	0	0	43	0.99
67337--67421	10	8.5	10	90	0	125	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67337--67421	4	21.2	4	92	0	125	56	0	0	43	0.99
77954--77992	21	1.9	21	89	5	62	20	0	35	43	1.52
85665--85695	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
86288--86357	33	2.2	32	82	12	81	52	1	0	45	1.09
95146--95218	14	5.2	14	66	18	53	24	1	8	65	1.28
104830--104869	11	3.6	11	86	0	62	2	2	25	70	1.13
104834--104878	22	2.0	22	91	0	72	6	6	20	66	1.38
119211--119236	8	3.2	8	100	0	52	38	15	0	46	1.46
124267--124291	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
125140--125263	61	2.0	60	84	1	158	49	14	12	23	1.78
131577--131620	23	1.9	23	100	0	88	36	15	11	36	1.84
137449--137522	37	2.0	37	100	0	148	32	18	13	35	1.90
137673--137710	19	2.1	19	85	14	53	34	0	0	65	0.93
140009--140054	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
140658--140702	23	1.9	24	81	4	56	20	11	0	68	1.19
143336--143367	2	16.5	2	93	6	57	53	0	46	0	1.00
145325--145577	125	2.0	125	98	0	488	34	20	14	31	1.92
145726--145797	28	2.4	31	90	6	114	51	1	2	44	1.24
146846--146916	9	7.6	9	72	18	56	43	1	0	54	1.08
146849--146908	20	3.0	20	90	2	84	46	1	0	51	1.10
146863--146900	11	3.5	11	82	17	53	50	0	0	50	1.00
150096--150120	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150466--150535	27	2.6	27	69	2	68	22	10	11	55	1.65
151069--151102	18	1.9	17	94	5	59	61	0	2	35	1.11
151287--151496	91	2.3	91	90	4	327	30	10	13	45	1.76
151731--151793	31	2.0	32	96	3	119	39	0	22	38	1.54
151836--151876	21	2.0	21	85	0	55	24	0	12	63	1.28
152326--152384	31	1.9	31	86	3	84	40	13	10	35	1.78
152328--152393	31	2.2	30	81	8	71	43	13	10	31	1.78
155784--155821	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
156339--156369	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
168064--168111	18	2.7	18	73	0	51	22	25	16	35	1.95
177879--177925	15	3.5	15	68	31	52	42	17	8	31	1.79
177869--177928	24	2.5	24	100	0	120	43	15	8	33	1.76
191874--191915	21	2.1	21	91	8	70	40	4	0	54	1.21
191873--191925	19	2.9	18	80	20	65	39	3	0	56	1.17
200936--201106	73	2.3	75	80	8	190	32	11	8	47	1.69
202545--202630	6	15.0	6	70	22	60	44	0	3	52	1.18
202545--202624	17	4.7	17	83	6	108	43	0	3	52	1.19
202545--202624	34	2.4	34	91	4	126	43	0	3	52	1.19
202580--202637	10	5.8	10	74	22	50	43	0	3	53	1.17
202590--202637	23	2.1	22	88	7	69	43	0	4	52	1.20
204429--204952	59	8.9	59	77	9	396	34	27	3	33	1.75
204429--204828	89	4.6	89	78	8	349	35	27	3	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204429--204829	30	13.7	29	77	8	348	35	27	3	33	1.73
204665--204952	29	9.8	29	66	17	82	34	28	4	33	1.76
217569--217657	40	2.3	39	92	2	151	30	29	16	23	1.97
218264--218302	20	2.0	20	84	0	51	53	0	0	46	1.00
234004--234248	121	2.0	121	94	1	429	33	12	12	41	1.81
239323--239368	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
239434--239467	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
242080--242124	24	1.9	24	81	4	56	33	2	6	57	1.37
243637--243679	16	2.6	17	82	14	54	2	41	0	55	1.12
247543--247592	26	1.9	26	84	8	66	38	4	8	50	1.51
248972--249019	22	2.1	23	88	3	71	14	18	27	39	1.90
249023--249111	23	3.8	22	75	18	67	13	28	20	38	1.90
249040--249148	23	4.5	25	80	11	113	13	27	19	39	1.89
249040--249133	48	1.9	49	89	2	145	13	28	19	38	1.90
249040--249145	48	2.2	48	86	3	142	13	28	19	38	1.89
250843--250886	22	2.0	22	81	0	52	25	22	0	52	1.48
250849--250880	16	2.0	16	100	0	64	25	18	0	56	1.42
250835--250895	6	10.5	6	77	7	54	22	26	0	50	1.49
250867--250900	12	2.8	12	86	0	50	17	23	0	58	1.38
255806--255983	34	5.0	33	75	14	142	43	26	4	24	1.73
255780--255925	27	5.4	26	69	15	77	45	27	3	23	1.69
255805--255940	7	19.9	7	71	4	89	44	27	2	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255874--256004	20	6.8	19	72	18	78	42	26	5	25	1.76
255893--256005	21	5.6	21	73	12	65	41	28	5	24	1.77
255967--256047	34	2.4	34	83	8	94	45	28	4	20	1.72
255987--256060	14	4.9	14	73	23	60	47	31	2	18	1.63
257879--257938	24	2.6	22	81	7	66	48	0	20	31	1.50
258017--258123	37	2.8	38	77	5	99	26	15	24	33	1.95
262857--262909	22	2.4	22	100	0	106	22	22	24	30	1.99
263456--263841	41	9.4	41	83	4	411	30	20	30	18	1.96
263528--263596	24	3.2	24	65	25	62	28	23	30	17	1.97
263449--263841	82	4.8	82	82	4	459	30	21	30	17	1.96
263449--263841	123	3.2	121	82	5	457	30	21	30	17	1.96
263770--263909	70	2.0	70	84	0	181	32	18	31	17	1.94
269180--269243	31	2.1	29	85	5	83	40	9	12	37	1.75
269828--269857	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
271831--271909	41	1.9	41	97	0	149	55	17	13	12	1.69
287914--287955	12	3.6	12	80	6	50	69	21	7	2	1.25
287896--287952	23	2.4	24	79	2	71	66	24	5	3	1.28
287944--287995	21	2.5	21	84	6	70	67	17	5	9	1.38
287896--288038	24	5.8	24	71	16	94	65	19	6	8	1.41
287978--288057	24	3.3	24	84	5	90	67	15	6	11	1.40
287925--288055	24	5.2	24	70	14	77	68	16	5	9	1.35
288070--288102	17	1.9	17	93	0	57	72	9	6	12	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288064--288121	22	2.9	22	73	17	63	67	15	8	8	1.41
288112--288331	111	2.0	111	96	0	406	39	17	15	27	1.91
291712--291803	11	7.8	12	71	18	68	46	2	2	48	1.26
291712--291803	6	15.7	6	71	17	68	46	2	2	48	1.26
291698--291801	17	6.6	16	71	19	62	42	2	2	51	1.31
291717--291802	36	2.4	36	81	11	99	44	2	2	51	1.27
292532--292564	13	2.5	13	95	0	57	57	0	0	42	0.98
292746--292780	16	2.1	18	89	10	56	57	2	5	34	1.37
293571--293887	59	5.4	59	85	2	406	35	29	2	32	1.72
293571--293885	30	10.8	29	74	12	259	35	29	2	32	1.72

Tables:   1   2   3