genome.fa.s15383.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015383.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130430, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  970611

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 346 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--417	214	1.9	214	79	5	437	29	16	13	40	1.86
232--612	196	2.0	194	82	5	464	28	17	12	41	1.86
424--2131	215	8.0	215	80	4	1611	28	16	14	40	1.87
424--2110	429	4.0	425	80	6	1579	28	16	14	40	1.87
2--2124	636	3.4	629	82	5	2210	28	16	14	40	1.87
9767--9928	28	5.6	29	69	13	100	32	8	27	32	1.86
9795--10113	29	10.8	30	75	11	257	32	5	26	36	1.79
9792--10117	118	2.8	118	82	5	367	31	5	27	35	1.79
9767--10113	59	5.9	58	80	6	299	32	5	26	35	1.80
11124--11165	10	4.2	10	87	0	66	40	0	2	57	1.12
11904--11962	18	3.3	18	81	9	68	50	1	1	45	1.21
11918--11961	17	2.5	17	88	3	61	52	2	2	43	1.26
11904--11930	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
12842--12898	26	2.2	27	87	6	82	22	3	10	63	1.42
17658--17980	158	2.0	158	89	0	484	23	23	23	29	1.99
27250--27313	33	1.9	33	96	0	119	45	12	20	21	1.84
35663--35985	158	2.0	158	89	1	495	22	24	23	29	1.99
37990--38055	28	2.3	29	82	12	84	19	16	4	59	1.54
38601--38646	13	3.4	13	90	6	65	58	2	0	39	1.10
38715--38739	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
43286--43330	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
52762--52811	18	2.7	19	84	6	68	2	20	0	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54104--54148	23	2.0	23	100	0	90	22	22	22	33	1.97
57300--57439	41	3.3	41	72	11	140	41	5	25	28	1.76
57282--57408	44	3.0	42	70	10	123	39	5	23	31	1.78
57282--57452	85	2.0	85	97	0	324	39	5	25	29	1.79
73243--73271	12	2.5	12	94	5	51	58	6	27	6	1.50
78248--78287	13	3.2	13	78	7	55	27	5	5	62	1.37
81743--81794	24	2.2	24	86	6	70	15	13	9	61	1.56
82791--82842	24	2.2	24	86	6	70	11	13	13	61	1.57
83379--83494	58	2.0	58	93	0	196	37	25	14	21	1.92
84788--84817	11	2.8	11	95	5	53	10	0	23	66	1.21
84909--84961	23	2.3	23	80	0	61	9	11	15	64	1.50
85878--85932	23	2.4	23	81	6	67	16	12	9	61	1.55
91804--91915	56	2.0	56	98	0	215	54	14	10	20	1.69
93762--93805	6	7.5	6	82	5	54	50	0	2	47	1.13
93732--93805	18	4.2	17	73	14	60	43	0	2	54	1.14
93732--93805	36	2.1	35	82	7	87	43	0	2	54	1.14
94632--94664	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
95690--95874	30	6.4	29	79	7	180	32	30	2	34	1.70
95673--95897	59	3.9	59	81	6	237	34	27	3	34	1.74
95733--95925	29	6.7	28	78	10	160	34	27	3	34	1.74
107800--108124	116	2.8	115	79	4	375	33	20	23	22	1.97
107938--108428	205	2.4	202	84	3	601	35	20	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108748--108839	6	15.8	6	71	10	66	43	0	3	53	1.17
108733--108839	17	6.2	17	81	3	124	42	0	4	52	1.22
108766--108838	29	2.5	29	80	10	78	43	0	2	53	1.15
108748--108839	35	2.6	34	83	5	112	43	0	3	53	1.17
109594--109678	3	28.0	3	86	2	116	62	2	1	34	1.16
109594--109752	33	4.6	34	76	9	126	57	4	3	34	1.37
110758--110976	29	7.4	29	80	11	214	36	27	3	33	1.73
110758--110917	59	2.7	59	90	3	252	35	28	3	33	1.73
113135--113164	11	2.7	11	94	0	51	16	20	0	63	1.31
128068--128236	58	2.9	57	72	6	142	53	10	11	24	1.68
129375--129438	28	2.3	28	82	10	78	43	3	1	51	1.26
130380--130566	96	1.9	96	80	12	215	36	12	18	31	1.89
130861--131268	30	13.9	30	82	7	464	33	3	26	36	1.73
130841--131290	59	7.7	59	79	8	386	33	3	26	36	1.74
131072--131119	25	1.9	26	87	8	73	37	4	16	41	1.68
130866--131268	116	3.4	114	81	8	393	33	3	26	36	1.73
131097--131290	30	6.5	31	82	7	204	35	3	25	36	1.72
132486--132522	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
133136--133224	17	5.2	17	85	6	108	49	2	2	46	1.26
133150--133199	23	2.2	23	86	13	68	50	2	2	46	1.24
133136--133216	6	14.0	6	75	17	73	49	2	2	45	1.28
133637--134855	205	5.9	205	92	0	1891	22	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134460--135228	373	2.1	373	95	0	1376	21	23	19	35	1.96
134665--135023	168	2.1	168	94	0	628	22	23	18	35	1.96
134255--135336	578	1.9	578	94	0	1914	22	23	19	34	1.96
134833--135336	205	2.5	205	94	0	891	21	23	19	34	1.96
136951--137001	6	8.8	6	80	8	61	41	0	1	56	1.10
136946--137018	17	4.4	17	89	5	105	42	0	2	54	1.14
136952--137001	23	2.2	23	85	7	66	40	0	2	58	1.10
137051--137121	15	4.7	15	82	0	97	43	26	12	16	1.84
137051--137134	30	2.8	30	82	7	100	44	28	11	15	1.82
138876--139208	30	11.3	29	69	14	164	34	30	3	30	1.75
138868--139397	59	9.0	59	85	4	653	33	30	4	31	1.78
139666--139852	96	1.9	97	84	9	249	28	20	13	36	1.91
143984--144047	32	2.0	32	96	0	119	35	6	10	46	1.64
146134--146167	13	2.6	13	90	0	50	26	5	14	52	1.64
146143--146168	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
165141--165200	6	10.0	6	100	0	120	50	16	0	33	1.46
169304--169616	159	2.0	159	94	2	558	33	23	15	28	1.95
177068--177092	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
187158--187201	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
189585--189613	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
190558--190586	14	2.0	15	93	6	51	17	0	0	82	0.66
193917--193946	16	1.9	16	93	6	53	56	6	0	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209051--209080	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
214868--214894	14	1.9	14	100	0	54	44	11	22	22	1.84
215482--215621	49	2.9	49	93	0	244	40	20	13	25	1.89
239382--239413	12	2.7	12	95	0	55	6	18	40	34	1.76
266289--266472	59	3.1	59	81	4	208	26	13	10	49	1.75
266289--266394	30	3.6	30	74	12	92	26	12	11	50	1.73
266652--266753	27	3.7	27	71	17	100	44	12	14	28	1.82
266625--266784	57	2.8	58	90	1	259	45	12	15	26	1.82
272919--272951	16	2.0	17	88	5	50	45	12	3	39	1.57
273372--273436	4	16.0	4	81	9	69	67	0	32	0	0.91
273372--273436	17	4.0	16	82	7	69	67	0	32	0	0.91
273372--273438	25	2.7	25	76	2	82	67	0	32	0	0.91
273477--273522	20	2.4	19	85	7	65	36	0	0	63	0.95
276845--276885	21	2.0	21	90	4	66	29	14	36	19	1.92
276889--277014	45	2.8	45	85	0	171	22	22	23	32	1.98
277578--277667	43	2.1	43	83	4	110	47	8	12	31	1.71
278912--278960	16	3.2	16	77	16	68	36	0	4	59	1.17
279220--279262	21	2.1	21	86	4	61	58	13	2	25	1.48
279420--279445	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
279647--279686	4	10.2	4	86	5	55	0	17	0	82	0.67
279647--279682	11	3.2	11	92	4	54	0	16	0	83	0.65
279644--279687	19	2.3	19	84	0	61	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279647--279686	12	3.4	12	89	6	64	0	17	0	82	0.67
283097--283161	25	2.6	25	79	13	71	23	3	3	70	1.15
283115--283208	23	4.0	23	73	21	70	28	3	3	64	1.24
283235--283304	28	2.6	28	80	13	76	27	8	0	64	1.22
283334--283405	19	3.6	20	71	16	60	37	0	5	56	1.22
283332--283373	22	1.9	22	85	9	59	38	0	2	59	1.10
285647--285721	21	3.8	20	77	8	73	34	20	8	37	1.82
286302--286328	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
292437--292468	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
293207--293258	4	13.0	4	91	0	86	25	3	25	46	1.70

Tables:   1   2   3