genome.fa.s15383.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015383.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130430, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  970611

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 346 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630309--630477	91	1.9	91	87	2	250	25	14	23	36	1.93
631855--631879	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
640750--641042	26	11.3	26	85	1	390	34	15	20	30	1.93
642682--642722	18	2.3	19	79	12	50	63	12	0	24	1.28
648094--648224	50	2.6	50	80	3	136	35	12	14	36	1.85
650137--650194	22	2.6	22	91	2	89	39	44	1	13	1.54
650137--650201	22	3.0	22	86	4	60	41	43	1	13	1.54
650260--650372	35	3.2	35	65	16	97	23	16	3	56	1.56
650250--650390	71	2.0	71	98	0	273	21	19	2	56	1.55
653487--653535	25	2.0	25	83	0	62	30	12	2	55	1.48
653589--653615	11	2.5	11	100	0	54	48	18	7	25	1.74
666073--666128	21	2.7	21	88	0	76	32	25	16	26	1.96
671864--671904	20	2.0	21	86	13	59	2	19	0	78	0.87
679921--679962	16	2.4	18	88	11	61	76	7	2	14	1.10
680464--680516	27	1.9	28	85	11	74	43	28	1	26	1.65
680991--681031	13	3.1	13	85	3	55	41	19	19	19	1.91
681127--681172	21	2.3	19	85	14	58	13	4	32	50	1.61
698944--698977	16	2.1	16	88	5	50	8	5	17	67	1.37
740585--740609	12	2.1	12	100	0	50	8	40	0	52	1.31
741238--741270	11	3.0	11	90	0	57	21	0	0	78	0.75
749949--749989	18	2.3	18	91	0	64	58	9	21	9	1.59
753263--753327	26	2.5	26	80	2	69	26	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757532--757573	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
757532--757570	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
760618--760670	11	4.7	12	73	17	51	77	1	20	0	0.87
760618--760681	12	5.3	12	76	14	53	78	1	20	0	0.84
760618--760681	31	2.0	31	87	6	92	78	1	20	0	0.84
764113--764164	22	2.4	22	93	0	86	32	9	17	40	1.82
773184--773222	20	2.0	20	90	10	62	56	0	0	43	0.99
783477--783569	46	2.0	46	100	0	186	35	6	30	27	1.82
788608--788647	15	2.7	15	84	11	55	7	0	30	62	1.23
791177--791224	17	2.8	18	81	12	57	27	20	4	47	1.68
794016--794056	16	2.4	18	80	15	52	14	9	7	68	1.39
810831--810897	17	3.9	17	80	7	64	53	13	13	19	1.72
810866--810902	18	2.1	18	89	0	56	59	10	10	18	1.59
820801--820840	21	1.9	21	84	0	53	7	0	25	67	1.16
821730--821823	23	4.1	23	86	4	136	19	24	10	45	1.81
821730--821819	47	2.0	45	88	4	135	18	23	11	46	1.81
822732--822784	19	2.7	19	80	8	63	56	5	0	37	1.23
824075--824130	26	2.2	26	100	0	112	30	14	7	48	1.70
828930--829037	51	2.1	51	92	0	180	26	22	8	42	1.81
832395--832556	80	2.0	80	98	0	315	37	9	14	38	1.79
836790--836860	28	2.5	28	82	8	90	52	11	14	22	1.73
847101--847168	21	3.2	22	91	4	88	22	11	19	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847704--847798	27	3.5	27	83	1	127	30	21	12	35	1.90
848168--848216	25	2.0	25	95	0	89	34	28	14	22	1.93
855433--855486	21	2.6	21	85	5	74	40	27	9	22	1.84
856055--856145	24	3.8	24	83	1	110	26	28	21	23	1.99
863653--863793	72	2.0	72	87	2	203	27	16	21	34	1.94
868728--868865	72	1.9	72	89	2	215	28	15	21	33	1.95
869807--869948	30	4.7	30	76	4	144	33	3	26	37	1.73
869864--869958	30	3.2	29	80	10	111	32	0	23	44	1.54
869788--870032	90	2.8	90	79	5	205	33	3	24	37	1.73
870739--870771	17	1.9	17	88	11	50	78	0	3	18	0.87
870830--870872	23	1.9	22	85	4	59	37	0	18	44	1.50
870916--870940	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
871717--872206	125	4.0	125	88	2	661	22	19	17	40	1.91
872106--872314	108	1.9	110	88	1	314	21	21	19	37	1.94
872215--872689	124	3.8	124	88	1	643	21	21	17	38	1.93
872397--872489	48	1.9	48	93	0	159	19	22	17	40	1.91
872570--872765	76	2.6	76	90	0	302	22	20	17	38	1.93
872461--872888	200	2.1	200	87	1	608	21	22	18	37	1.94
872655--872911	124	2.1	124	85	1	336	21	22	17	38	1.93
873141--873421	49	5.8	49	73	2	199	21	27	14	36	1.93
874280--874383	6	18.7	6	88	9	71	0	19	0	80	0.71
874277--874379	43	2.4	43	96	3	192	0	18	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875235--875277	5	9.0	5	84	5	54	0	18	2	79	0.85
875228--875284	28	2.0	29	86	3	80	0	19	7	73	1.05
875321--875365	12	3.8	12	85	5	56	2	13	0	84	0.72
875327--875367	18	2.2	18	91	4	64	0	12	0	87	0.53
875327--875367	10	4.1	10	84	9	57	0	12	0	87	0.53
879502--879663	30	5.4	29	77	10	123	33	6	27	33	1.82
879521--879664	30	4.8	30	75	9	125	32	6	27	34	1.82
879522--879713	90	2.1	91	80	6	212	32	4	26	36	1.77
880311--880349	19	2.1	19	100	0	78	23	10	25	41	1.86
882723--882759	19	1.9	19	94	0	65	27	2	2	67	1.17
883338--883387	15	3.3	15	85	0	64	52	0	2	46	1.12
883347--883381	13	2.7	13	90	0	52	51	0	0	48	1.00
888077--888117	18	2.2	19	83	12	50	70	2	0	26	0.99
888087--888136	24	2.0	25	81	11	59	70	6	0	24	1.10
890365--890408	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
894677--894723	21	2.2	21	85	7	60	4	29	8	57	1.48
896790--896875	41	2.1	41	97	0	163	29	19	19	31	1.97
898615--898673	25	2.4	25	100	0	118	15	22	8	54	1.68
900951--901015	17	3.9	17	75	4	60	18	21	13	46	1.84
904904--905005	27	3.8	27	77	2	107	32	20	19	27	1.97
905377--905424	25	1.9	25	83	8	62	31	4	2	62	1.26
912731--912940	109	1.9	109	81	3	253	39	17	12	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913065--913112	5	8.8	5	80	15	51	70	2	0	27	0.98
914500--914776	81	3.4	82	84	3	260	26	15	24	33	1.95
914521--915334	39	20.5	40	70	12	502	25	15	27	31	1.96
914578--914801	81	2.8	81	89	0	322	25	15	25	33	1.95
914680--914945	144	1.8	144	85	6	378	26	15	25	31	1.96
914824--915333	81	6.2	81	86	3	609	24	16	28	31	1.96
914540--915113	305	1.9	305	84	5	766	24	16	26	32	1.96
914824--915334	161	3.1	162	84	3	625	24	16	28	31	1.96
915799--915961	47	3.5	46	73	11	168	25	19	20	33	1.97
915395--915975	95	6.0	95	75	7	472	26	17	19	36	1.94
916893--916967	7	10.4	7	84	4	69	0	24	1	74	0.89
919223--919277	24	2.3	24	87	3	76	5	21	3	69	1.25
937152--937475	162	2.0	162	99	0	639	37	8	9	44	1.68
943998--944037	20	2.1	19	85	4	53	42	5	22	30	1.75
948238--948315	40	1.9	41	92	2	131	52	1	5	41	1.32
953748--953811	30	2.1	30	82	0	74	31	6	28	34	1.82
954882--954921	21	2.0	21	90	5	64	25	10	15	50	1.74
959169--959224	24	2.3	24	93	0	94	5	19	5	69	1.28

Tables:   1   2   3

The End!