genome.fa.s1627.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01001627.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113264, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  288041

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776--823	24	2.0	25	84	12	64	70	4	8	16	1.27
10328--10543	104	2.1	104	100	0	432	33	20	24	22	1.97
17856--18149	52	5.7	52	94	0	507	29	13	21	35	1.92
18931--18982	21	2.5	21	75	6	52	26	13	28	30	1.94
20653--20696	15	3.1	15	80	9	56	38	6	6	47	1.57
20674--20702	13	2.1	14	93	6	51	34	13	6	44	1.71
26722--26780	29	2.0	29	83	6	75	30	3	13	52	1.57
27529--27584	26	2.2	25	87	3	76	35	1	0	62	1.06
35789--35883	27	3.5	27	89	0	127	24	12	22	41	1.88
40065--43404	216	15.5	216	82	2	3618	41	13	16	28	1.87
43038--43767	363	2.0	363	81	2	865	40	13	17	28	1.88
43401--46112	216	12.6	215	79	6	2418	40	14	16	28	1.88
44577--45361	199	3.8	201	74	10	670	41	13	16	28	1.86
45396--45425	8	3.6	8	95	4	51	30	16	26	26	1.97
46114--48549	216	11.3	216	81	4	2441	41	13	17	28	1.87
49241--49390	74	2.0	74	93	0	255	34	11	14	40	1.81
49928--49987	5	12.0	5	84	7	77	75	3	20	1	1.04
49930--49990	20	3.0	21	83	9	90	73	3	19	3	1.11
55550--55699	74	2.0	74	93	0	255	36	12	13	38	1.83
56174--58256	216	9.7	216	79	5	1984	41	14	15	28	1.86
56174--58256	429	4.8	424	80	5	1975	41	14	15	28	1.86
56174--58256	645	3.2	640	79	8	2138	41	14	15	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58618--58790	62	2.9	57	84	9	240	52	13	21	12	1.74
59643--59675	17	1.9	17	93	0	57	90	6	3	0	0.52
59642--59683	19	2.3	19	87	4	59	90	4	4	0	0.55
59634--59677	11	4.0	11	82	8	54	88	4	6	0	0.62
59617--59683	8	8.6	8	78	6	59	85	2	10	1	0.78
60003--60284	112	2.5	112	86	4	359	29	21	11	36	1.89
60650--61009	49	7.4	50	75	6	290	35	15	28	21	1.93
60654--61088	98	4.4	98	83	4	486	34	15	28	21	1.94
60650--61088	195	2.2	195	82	5	528	34	15	28	21	1.94
61302--62098	42	19.5	42	79	7	721	30	26	15	27	1.96
61302--62081	81	9.6	81	80	6	745	31	26	16	26	1.96
61302--62081	123	6.4	122	80	8	719	31	26	16	26	1.96
61922--62079	40	3.9	40	80	10	144	36	24	13	25	1.93
63169--63205	18	2.1	18	90	10	58	24	0	2	72	0.97
65530--65564	17	2.1	17	100	0	70	28	17	11	42	1.83
74468--74535	4	17.2	4	96	3	129	23	0	0	76	0.79
74919--75034	50	2.3	49	81	7	126	30	14	21	33	1.93
75279--75526	42	5.8	42	85	6	286	29	18	22	29	1.98
75669--75764	42	2.3	42	83	3	113	20	27	13	38	1.90
75787--75979	49	4.0	49	78	2	167	22	23	15	38	1.92
76944--77010	7	9.7	7	81	15	59	0	19	0	80	0.71
76944--77011	13	5.2	12	76	16	64	0	19	0	80	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76952--77000	12	3.9	12	82	10	62	0	20	0	79	0.73
76944--77011	14	5.2	13	84	11	77	0	19	0	80	0.70
76939--77009	21	3.5	20	79	11	81	1	21	0	77	0.85
81743--81793	22	2.3	22	86	0	66	25	33	21	19	1.97
93981--94027	24	2.0	24	95	0	85	23	31	31	12	1.92
94140--94186	7	6.7	7	100	0	94	29	0	55	14	1.40
95569--95679	53	2.1	54	86	1	152	28	11	9	50	1.69
96792--96821	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
99510--99560	19	2.6	20	75	12	52	49	9	1	39	1.47
99459--100090	145	4.3	148	87	4	830	43	9	3	44	1.52
100567--100598	11	2.9	11	95	0	55	84	0	12	3	0.74
103033--103170	46	3.0	45	94	2	240	29	0	22	47	1.57
103588--103624	17	2.1	18	90	5	58	48	0	0	51	1.00
103588--103642	25	2.2	24	87	3	74	50	0	1	47	1.11
108729--108878	73	2.1	71	93	2	255	31	35	8	24	1.86
111991--112041	25	2.0	25	96	0	93	21	27	13	37	1.91
113826--114237	227	1.8	227	97	0	779	33	15	10	40	1.82
115373--115409	8	4.6	8	96	0	65	48	0	2	48	1.15
115483--115526	23	2.0	23	82	8	56	43	2	0	54	1.12
115519--115558	18	2.2	18	90	0	62	60	0	0	40	0.97
116751--116892	69	2.1	69	98	0	275	40	17	9	33	1.81
117046--117098	18	2.6	20	77	20	56	33	1	5	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118932--119020	25	3.6	25	81	0	106	35	10	26	26	1.88
120684--120736	21	2.5	21	82	11	65	32	24	13	30	1.93
123696--123737	21	2.0	21	100	0	84	47	0	9	42	1.36
123696--123765	21	3.7	20	80	16	78	47	0	8	44	1.34
126353--126508	30	5.3	30	84	2	199	21	11	25	41	1.86
126353--126539	60	3.2	59	82	4	220	21	11	25	40	1.87
126613--126679	28	2.4	28	84	0	89	19	17	19	43	1.89
127889--127918	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
131260--131288	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
142622--142709	46	1.9	46	90	0	140	38	21	10	29	1.86
145070--145171	46	2.2	46	94	1	177	57	12	7	21	1.60
148727--148759	9	3.8	9	84	8	50	63	0	0	36	0.95
148727--148761	17	2.1	17	94	0	61	60	0	0	40	0.97
149237--149316	19	4.3	19	73	12	67	31	7	0	61	1.24
149254--149349	48	2.0	49	83	2	122	33	4	0	62	1.14
158747--158773	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
159837--159952	40	2.8	41	76	8	110	23	17	24	35	1.95
160062--160086	12	2.1	12	100	0	50	40	12	0	48	1.40
161959--161999	18	2.2	19	86	4	57	56	0	41	2	1.13
164300--164349	4	11.8	4	91	4	64	22	2	0	76	0.89
164293--164351	5	12.0	5	81	15	54	22	3	0	74	0.96
165694--165823	28	4.6	28	74	0	116	34	20	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179913--179967	12	4.6	12	82	8	67	72	3	21	1	1.09
179912--179967	24	2.3	24	90	6	87	71	5	21	1	1.15
181746--181781	19	1.9	18	88	5	54	47	0	41	11	1.39
195825--195895	35	2.0	35	100	0	142	26	19	11	42	1.85
202403--202430	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
203049--203213	5	30.2	5	67	23	54	18	3	6	72	1.19
203049--203142	11	9.1	10	70	17	59	17	1	6	75	1.06
203049--203095	17	3.1	14	82	14	58	21	0	4	74	0.99
203058--203101	21	2.2	20	91	4	70	18	0	4	77	0.94
203062--203142	6	13.5	6	71	14	60	14	1	7	76	1.06
203083--203168	24	3.8	23	76	17	90	15	2	8	74	1.15
203127--203195	28	2.5	27	81	11	77	20	4	4	71	1.21
204871--204943	29	2.5	29	81	0	92	31	36	16	15	1.90
210022--210050	13	2.3	13	94	5	51	3	0	20	75	0.94
221508--221882	186	2.0	186	93	0	642	33	14	17	34	1.90
223171--223222	26	2.1	25	82	7	61	38	0	0	61	0.96
226162--226367	106	1.9	106	89	0	313	37	12	16	33	1.86
229115--229152	19	2.0	20	89	5	60	39	0	2	57	1.12
230860--230928	26	2.6	27	81	4	86	24	15	36	23	1.94
231273--231329	26	2.1	28	93	6	100	26	0	10	63	1.27
231333--231376	7	6.3	7	81	7	54	4	0	34	61	1.16
231448--231486	8	5.0	8	81	6	53	46	30	0	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231448--231497	23	2.2	22	86	10	66	50	28	0	22	1.49
232293--232397	26	4.0	26	86	0	156	59	9	0	30	1.36
232382--232459	28	2.8	28	96	0	138	47	15	0	37	1.46
235332--235392	27	2.3	27	91	0	95	22	39	19	18	1.92
236709--236763	21	2.6	21	79	0	65	34	27	14	23	1.94
237455--237748	52	5.6	52	84	3	331	35	22	14	27	1.93
243462--243596	71	1.9	71	83	6	175	23	20	17	38	1.93
252116--252247	71	1.9	71	83	3	176	22	18	19	39	1.92
263959--264124	52	3.2	50	85	10	219	33	24	15	25	1.95
269069--269113	23	2.1	21	84	12	56	40	2	8	48	1.47

Tables:   1   2