genome.fa.s9427.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009427.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124134, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  447112

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11595--11652	30	2.0	29	87	12	84	46	0	0	53	1.00
16627--16713	20	4.4	20	69	23	67	49	0	1	49	1.08
16665--16716	9	5.4	9	82	13	68	55	0	0	44	0.99
16862--17056	96	2.0	98	91	3	322	24	33	7	34	1.84
17622--17664	21	2.0	20	86	13	59	51	0	2	46	1.13
18681--18725	18	2.5	17	82	7	54	55	4	4	35	1.40
19879--19957	31	2.6	31	85	2	97	27	13	10	48	1.75
25400--25804	201	2.0	201	99	0	801	31	18	17	32	1.95
26832--26864	17	1.9	17	93	0	57	39	0	30	30	1.57
37642--37694	3	17.7	3	100	0	106	0	32	0	67	0.91
37693--37776	3	28.3	3	97	2	161	32	0	0	67	0.91
41083--41462	188	2.0	189	85	1	512	38	15	13	31	1.87
54041--54121	6	13.7	6	75	14	53	20	3	1	74	1.05
54077--54116	19	2.2	18	90	4	62	15	5	0	80	0.88
54074--54126	25	2.2	24	90	10	81	18	3	0	77	0.92
54078--54124	5	9.4	5	86	9	53	17	4	0	78	0.90
55031--55068	9	4.0	9	93	6	58	84	0	2	13	0.73
71424--71520	48	2.0	48	95	0	176	37	20	16	25	1.93
76211--76384	84	2.1	85	97	1	332	33	21	4	40	1.72
91940--91987	20	2.3	21	92	3	80	33	0	16	50	1.46
92279--92303	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
96755--96794	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97735--97777	12	3.7	12	81	6	61	65	0	2	32	1.06
97731--97778	23	2.1	23	100	0	96	64	0	4	31	1.12
97956--98007	23	2.3	21	75	18	50	53	0	3	42	1.19
100381--100412	16	2.0	16	93	0	55	46	18	21	12	1.82
108004--108061	14	4.3	14	76	8	57	34	17	22	25	1.96
107982--108021	19	2.1	19	85	0	53	40	22	17	20	1.92
107992--108054	26	2.4	25	79	10	74	34	20	20	23	1.96
108004--108054	19	2.6	19	81	6	57	35	17	21	25	1.95
107985--108062	33	2.4	33	84	0	102	34	20	21	23	1.97
108010--108089	26	3.0	26	83	3	88	32	16	25	26	1.96
108694--108720	12	2.2	12	100	0	54	77	0	7	14	0.97
111532--111556	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
112493--112534	18	2.5	18	85	11	54	52	0	0	47	1.00
112558--112592	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
112609--112672	15	4.1	15	72	18	51	53	1	0	45	1.10
122915--122991	25	3.1	25	96	3	147	35	22	16	25	1.95
125027--125080	6	9.0	6	76	15	58	1	20	0	77	0.86
129595--130319	99	7.5	98	73	11	600	25	23	17	33	1.96
129537--130430	192	4.7	192	88	1	1274	26	22	17	33	1.96
129537--130430	383	2.3	382	89	1	1324	26	22	17	33	1.96
130631--130866	49	4.8	49	74	8	185	23	25	13	36	1.92
131320--131534	112	1.9	113	87	0	315	41	11	19	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131875--131901	12	2.2	12	100	0	54	0	14	0	85	0.61
132579--132619	6	7.0	6	88	5	57	0	17	4	78	0.93
132581--132618	11	3.4	11	85	7	58	0	15	5	78	0.91
136193--136414	120	1.9	120	90	1	356	57	5	7	29	1.49
138102--138935	192	4.3	192	79	5	734	24	21	17	36	1.95
138400--138916	93	5.4	93	69	12	280	24	23	17	34	1.96
138318--138822	99	5.2	97	69	13	342	24	22	18	34	1.96
139009--139122	42	2.7	42	81	10	135	16	18	16	48	1.82
139108--139313	49	4.2	49	75	8	168	23	25	14	36	1.93
139139--139346	98	2.1	98	85	3	276	23	23	15	37	1.93
139226--139349	49	2.5	51	72	7	130	23	20	16	39	1.92
139183--139533	98	3.6	98	75	4	298	23	24	14	37	1.93
140514--140556	20	2.2	19	87	4	59	0	16	0	83	0.64
140521--140554	15	2.3	15	95	5	61	0	11	0	88	0.52
142623--142672	25	2.0	25	84	4	64	60	0	22	18	1.37
147258--147298	21	2.0	21	85	9	57	29	14	31	24	1.95
148800--149607	404	2.0	402	96	0	1472	30	17	22	29	1.96
154940--154994	21	2.6	21	85	0	74	23	12	27	36	1.91
157092--157140	23	2.1	23	85	7	64	51	16	2	30	1.56
157851--157876	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
168509--168667	37	4.4	37	91	1	232	16	18	30	34	1.93
168534--168602	21	3.5	21	67	18	67	18	17	27	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168484--168667	74	2.5	73	85	3	237	17	19	29	33	1.95
171221--171260	19	2.1	19	100	0	80	42	5	20	32	1.73
172889--172982	29	3.3	29	69	21	99	42	2	10	44	1.51
172871--172990	56	2.1	56	98	0	231	38	1	10	49	1.48
173113--173219	53	2.0	53	100	0	214	19	31	24	24	1.98
177903--177942	13	2.9	13	88	7	53	37	0	10	52	1.35
183281--183371	28	3.2	29	74	12	89	30	21	26	20	1.98
183260--183404	58	2.5	58	82	4	161	32	20	24	22	1.98
191463--191546	38	2.2	38	89	0	132	38	21	15	25	1.92
193964--193997	17	2.0	17	94	0	59	14	17	14	52	1.74
195001--195084	38	2.2	38	87	4	116	29	25	19	26	1.98
200270--200323	28	1.9	28	92	0	90	25	29	14	29	1.95
204457--204493	18	2.0	19	89	5	58	62	0	2	35	1.10
205907--206014	54	2.0	54	100	0	216	35	11	9	44	1.72
217979--218178	28	7.1	28	65	14	72	33	20	22	24	1.97
218104--218192	28	3.2	28	67	12	83	31	21	21	25	1.98
218119--218204	28	3.1	28	67	12	86	31	24	19	24	1.98
218132--218222	28	3.2	28	71	11	96	35	21	19	23	1.96
217971--218233	56	4.7	56	87	0	357	32	21	21	24	1.98
221293--221349	20	3.0	20	75	14	57	22	3	3	70	1.18
225152--225238	3	29.3	3	76	17	76	29	4	0	65	1.12
225151--225243	27	3.3	27	80	19	86	29	4	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225151--225242	30	3.1	30	83	10	109	29	4	0	66	1.11
226779--226822	23	2.0	22	86	4	61	38	0	13	47	1.43
237022--237061	20	2.0	20	100	0	80	55	5	15	25	1.60
237493--237536	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
240087--240126	21	2.0	21	90	5	64	35	25	12	27	1.92
240878--241064	52	3.6	52	91	0	293	34	25	14	25	1.94
242399--242438	21	2.0	19	85	9	53	7	10	0	82	0.84
260372--260585	41	5.2	41	90	0	293	24	15	28	31	1.95
267879--267996	41	2.9	41	88	0	173	23	19	27	28	1.98
272359--272403	22	2.0	23	91	4	74	35	2	6	55	1.38
272420--272689	129	2.1	131	90	1	427	37	12	13	37	1.83
275880--275919	5	8.0	5	94	0	71	20	2	57	20	1.52
276386--276462	35	2.2	35	93	2	129	29	19	0	50	1.48
276437--276529	47	2.0	47	95	0	168	19	19	10	50	1.76
279489--279567	28	2.8	28	79	11	72	36	1	2	59	1.19
291795--291857	31	2.0	31	100	0	126	28	9	9	52	1.65
292649--292692	22	2.0	22	90	0	70	27	4	27	40	1.75
297144--297179	18	2.1	16	90	10	54	52	0	16	30	1.44
299650--299744	42	2.2	42	96	3	172	36	10	4	48	1.57
301763--301817	29	2.0	27	86	13	76	45	1	1	50	1.22
301788--301842	10	5.4	10	76	20	51	41	0	0	58	0.98
308211--308251	21	2.0	21	85	0	55	12	29	7	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310907--310979	36	2.0	36	82	10	87	58	15	2	23	1.49
311535--311623	32	2.8	32	91	3	137	51	26	7	13	1.68
314954--314988	17	2.1	16	89	5	52	28	2	5	62	1.32
319874--319915	8	4.8	9	80	14	52	30	2	0	66	1.04
320746--320803	15	3.7	15	80	13	71	55	13	22	8	1.66
320741--320803	33	1.9	33	93	0	108	55	12	22	9	1.65
320741--320825	18	4.9	18	79	13	97	52	11	24	10	1.69
320741--320824	36	2.4	36	86	5	111	53	11	25	9	1.67
330997--331039	20	2.2	20	100	0	86	32	9	20	37	1.85
331978--332034	25	2.3	25	96	0	105	40	24	10	24	1.87

Tables:   1   2