genome.fa.s105.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold105
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2918491

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035024--2035058	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
2036520--2036559	21	1.9	21	94	0	71	32	10	25	32	1.89
2036817--2037446	244	2.6	243	89	2	931	34	13	16	36	1.87
2040534--2040581	23	2.0	26	84	12	66	41	4	12	41	1.62
2042227--2042262	7	5.3	7	93	6	65	72	0	0	27	0.85
2045869--2046014	69	2.1	69	94	0	256	30	26	8	34	1.87
2053144--2053195	22	2.3	23	80	6	63	46	0	0	53	1.00
2056358--2056404	10	4.6	10	84	5	67	85	0	12	2	0.70
2056358--2056404	21	2.3	19	86	13	67	85	0	12	2	0.70
2056410--2056448	21	1.9	19	85	10	51	28	2	2	66	1.18
2056430--2056478	15	3.3	15	80	11	57	40	0	0	59	0.98
2057044--2057085	10	4.3	10	84	3	59	78	4	16	0	0.91
2057025--2057086	20	3.1	20	88	4	81	75	4	17	1	1.05
2057042--2057088	20	2.3	20	96	3	85	80	4	14	0	0.85
2057860--2057906	20	2.4	20	86	10	62	78	0	19	2	0.85
2057863--2057906	9	4.6	9	78	15	52	81	0	15	2	0.78
2057912--2057950	21	1.9	19	85	10	51	28	2	2	66	1.18
2058391--2058435	13	3.5	13	87	0	72	20	44	6	28	1.76
2064627--2064651	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2066061--2066243	34	5.4	34	89	0	269	25	7	27	39	1.82
2066061--2066243	102	1.8	101	93	1	321	25	7	27	39	1.82
2070654--2070838	34	5.5	34	89	0	273	25	7	27	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070654--2070838	102	1.8	101	94	1	325	25	7	27	40	1.82
2078067--2078278	111	1.9	109	84	6	284	38	14	14	32	1.87
2079230--2079276	13	3.4	14	75	18	53	46	0	0	53	1.00
2085958--2085987	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2089583--2089611	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
2094197--2094229	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2094959--2095017	28	2.1	28	96	0	109	45	6	11	35	1.67
2105413--2105456	20	2.3	19	88	4	61	31	0	0	68	0.90
2105647--2105690	22	2.1	20	87	8	61	34	0	6	59	1.24
2106079--2106115	19	1.9	19	88	0	56	48	0	8	43	1.32
2106224--2106266	21	2.0	22	86	13	63	41	0	0	58	0.98
2119536--2119566	14	2.2	14	100	0	62	29	12	25	32	1.93
2121996--2122022	6	4.5	6	100	0	54	37	33	14	14	1.88
2122162--2122199	15	2.5	15	86	0	58	7	47	0	44	1.32
2124962--2125000	10	3.6	10	83	16	51	25	0	0	74	0.82
2143972--2144020	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2146991--2147063	30	2.6	28	79	16	71	50	0	6	42	1.29
2149123--2149152	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2156925--2156954	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2159150--2159189	16	2.5	16	79	0	53	35	5	10	50	1.58
2161477--2161516	20	2.0	20	90	0	62	52	2	22	22	1.59
2162774--2162817	15	3.1	14	80	12	54	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162771--2162810	13	2.9	14	85	7	55	47	5	0	47	1.24
2162772--2162831	28	2.2	28	84	3	77	48	5	0	46	1.24
2164295--2164344	16	3.1	16	80	11	57	36	0	8	56	1.29
2164329--2164392	32	2.1	32	82	11	80	31	4	14	50	1.63
2170678--2170725	17	2.7	18	90	6	71	37	0	0	62	0.95
2171814--2171859	24	1.9	24	86	0	65	23	6	26	43	1.78
2177005--2177041	19	1.9	19	94	0	65	13	13	35	37	1.84
2177061--2177115	28	2.0	28	96	0	101	18	10	20	50	1.76
2178076--2178165	28	3.4	27	80	8	87	25	7	21	45	1.78
2178221--2178266	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
2180717--2180762	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2182648--2182737	28	3.4	27	80	8	87	25	7	21	45	1.78
2182793--2182838	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
2183807--2183842	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
2183807--2183846	18	2.2	18	86	8	55	45	0	0	55	0.99
2183886--2183930	23	1.9	24	82	13	58	42	2	8	46	1.47
2184801--2184899	16	6.2	16	78	10	105	41	1	4	53	1.26
2185587--2185624	19	2.0	19	89	0	58	47	0	5	47	1.24
2190624--2190660	17	2.2	17	86	13	51	32	0	5	62	1.18
2190843--2190912	30	2.4	29	80	7	88	65	5	1	27	1.23
2190860--2190921	28	2.1	27	83	13	79	64	8	1	25	1.30
2191527--2191675	81	1.9	82	87	8	229	44	11	4	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191595--2191740	74	2.0	73	81	9	170	52	11	4	32	1.57
2192151--2192203	22	2.5	21	82	17	65	45	0	0	54	0.99
2192509--2192568	20	3.0	19	76	9	57	60	3	0	36	1.14
2193561--2193678	20	5.8	20	71	19	84	53	0	1	44	1.10
2193826--2193907	10	8.4	10	73	9	62	47	2	3	46	1.33
2194317--2194368	16	3.2	16	73	10	52	55	15	5	23	1.61
2194316--2194376	32	1.9	32	86	0	86	55	16	6	21	1.63
2194382--2194414	16	2.0	17	88	5	50	63	6	3	27	1.32
2194998--2195029	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2198265--2198309	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2198813--2198847	2	17.0	2	88	5	52	45	0	5	48	1.26
2201282--2201322	5	8.4	5	97	2	75	63	0	0	36	0.95
2206565--2206592	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
2206556--2206602	20	2.4	19	82	3	58	68	0	0	31	0.90
2207660--2207694	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2213420--2213456	19	2.0	18	94	5	65	37	0	0	62	0.96
2215708--2215768	29	2.0	29	84	12	79	37	1	0	60	1.07
2215695--2215768	26	2.7	28	82	16	93	37	1	0	60	1.05
2221682--2221733	17	2.9	18	81	15	56	53	0	0	46	1.00
2224819--2224859	20	2.2	20	91	8	68	48	2	2	46	1.28
2224865--2224914	23	2.2	23	89	3	75	52	0	0	48	1.00
2227971--2228035	34	1.9	34	81	12	80	44	4	4	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228096--2228149	22	2.5	22	78	6	56	38	3	1	55	1.28
2230710--2230775	33	2.0	33	85	5	89	43	0	1	54	1.09
2232822--2232879	29	2.0	29	86	0	80	43	5	0	51	1.24
2233243--2233301	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
2233715--2233747	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
2233790--2233832	18	2.4	18	84	7	61	67	0	2	30	1.03
2233825--2233884	16	3.8	17	70	24	51	51	1	1	45	1.21
2233827--2233885	31	1.9	31	92	0	100	52	1	1	44	1.21
2241334--2241411	34	2.2	37	84	15	103	20	17	25	35	1.95
2241788--2241865	6	12.0	6	70	18	50	46	0	0	53	1.00
2241788--2241863	12	6.3	13	72	15	56	46	0	0	53	1.00
2249978--2250036	17	3.0	21	62	23	56	28	10	16	44	1.81
2249968--2250047	37	2.2	37	97	0	151	30	10	13	46	1.76
2251467--2251518	24	2.4	22	76	17	63	21	3	9	65	1.38
2257533--2257575	17	2.4	18	81	14	54	34	0	2	62	1.08
2257533--2257593	25	2.5	24	74	23	56	39	0	1	59	1.08
2257659--2257707	11	4.4	11	82	12	55	32	0	0	67	0.91
2257659--2257707	22	2.2	23	88	3	73	32	0	0	67	0.91
2257670--2257724	11	5.2	11	78	6	60	40	0	1	58	1.09
2257669--2257724	22	2.6	22	86	5	71	39	0	1	58	1.08
2261022--2261061	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
2263683--2263710	13	2.2	13	100	0	56	92	7	0	0	0.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265070--2265112	17	2.6	18	82	14	56	39	0	0	60	0.97
2266064--2266225	80	2.0	80	98	0	315	35	25	15	23	1.94
2267349--2267374	11	2.4	11	100	0	52	50	7	0	42	1.31
2268064--2268095	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2269875--2269909	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2270630--2270740	30	3.7	30	87	0	141	18	29	36	16	1.92
2270787--2270818	6	5.3	6	100	0	64	31	0	50	18	1.48
2271257--2271306	19	2.5	20	78	12	59	42	0	0	58	0.98
2272490--2272523	17	2.1	17	88	5	52	50	0	47	2	1.16
2273822--2273855	16	2.1	17	88	5	52	50	2	2	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16