genome.fa.s105.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold105
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2918491

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274886--2274935	17	3.0	17	80	13	59	46	0	0	54	1.00
2276670--2276826	52	3.0	52	79	5	158	26	14	22	36	1.92
2276887--2276921	18	2.0	18	88	5	54	31	2	0	65	1.07
2277181--2277228	7	6.3	7	80	17	51	77	0	2	20	0.88
2277413--2277444	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2277745--2277771	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2288038--2288171	6	21.8	6	69	17	62	59	0	1	38	1.12
2288036--2288171	25	5.3	25	72	18	84	59	0	1	38	1.12
2288095--2288164	24	2.9	24	83	10	81	57	0	1	41	1.08
2288787--2288824	17	2.3	16	83	16	51	55	2	26	15	1.54
2289301--2289332	15	2.2	14	94	5	55	28	0	0	71	0.86
2294995--2295037	16	2.7	16	80	20	54	44	0	0	55	0.99
2297719--2297751	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
2298546--2298687	73	2.0	72	82	9	173	48	6	1	43	1.37
2312652--2312683	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2313041--2313121	14	5.8	14	73	18	62	56	0	1	41	1.07
2314257--2314368	57	2.0	57	82	3	136	50	5	10	33	1.60
2315113--2315175	14	4.5	14	81	18	78	0	17	1	80	0.78
2315113--2315177	4	17.2	4	75	15	59	0	18	1	80	0.80
2315117--2315177	31	2.0	31	87	6	88	0	18	1	80	0.80
2315113--2315175	27	2.2	29	86	10	87	0	17	1	80	0.78
2315790--2315839	23	2.2	22	89	3	73	46	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318789--2318819	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2324134--2324167	15	2.3	15	100	0	68	38	0	0	61	0.96
2327291--2327321	15	2.1	15	100	0	62	74	0	0	25	0.82
2327474--2327500	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2331624--2331723	21	4.9	19	72	13	67	57	3	2	38	1.26
2333852--2333884	2	17.0	2	93	6	59	0	51	0	48	1.00
2339238--2339263	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2340022--2340073	23	2.3	23	82	0	68	48	3	1	46	1.31
2339990--2340094	27	4.2	23	69	17	66	49	4	0	44	1.29
2340024--2340094	27	2.8	25	76	12	74	46	4	1	47	1.30
2340548--2340577	10	3.0	10	95	0	51	73	0	0	26	0.84
2341587--2341638	3	17.3	3	79	0	50	55	32	9	1	1.43
2351054--2351126	31	2.3	34	76	13	82	46	0	0	53	1.00
2351073--2351133	22	2.8	20	79	18	61	42	0	1	55	1.09
2351074--2351153	34	2.4	32	82	13	92	41	0	1	57	1.07
2359090--2359121	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2367264--2367301	18	2.1	18	85	9	51	47	7	23	21	1.77
2369166--2369198	17	2.1	17	88	11	52	33	0	0	66	0.92
2369564--2369615	24	2.2	24	82	6	61	42	0	0	57	0.98
2369579--2369632	24	2.2	24	80	6	65	44	0	1	53	1.11
2369624--2369682	24	2.4	23	83	13	66	54	1	0	44	1.10
2369741--2369803	3	20.3	3	79	12	56	57	0	3	39	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369742--2369841	21	4.6	21	74	14	87	55	0	2	43	1.11
2369875--2369926	16	3.3	16	74	15	54	51	0	1	46	1.12
2371342--2371385	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
2375833--2375895	23	2.8	22	76	9	65	42	0	0	57	0.99
2375815--2375916	17	6.1	17	66	14	52	47	0	0	52	1.00
2375850--2375892	22	2.0	22	90	9	70	34	0	0	65	0.93
2386792--2386834	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2389912--2389949	19	2.0	19	85	10	51	52	0	0	47	1.00
2390173--2390208	17	2.1	17	94	0	63	69	0	0	30	0.89
2390167--2390205	8	4.8	8	84	6	51	66	0	0	33	0.92
2392520--2392545	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2392752--2392777	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2407595--2407675	26	3.0	26	78	19	78	48	0	6	45	1.27
2408372--2408407	19	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
2408605--2408653	11	4.6	11	78	17	59	67	0	0	32	0.91
2408613--2408655	19	2.2	20	83	4	52	67	0	0	32	0.91
2408949--2408990	19	2.2	20	91	4	68	28	0	0	71	0.86
2408949--2408982	9	3.6	9	92	8	50	29	0	0	70	0.87
2408947--2408990	10	4.4	10	88	8	63	29	0	0	70	0.88
2408954--2408996	19	2.3	19	83	0	59	37	0	2	60	1.10
2423379--2423417	2	19.5	2	94	0	69	46	0	0	53	1.00
2428930--2429027	48	2.0	48	96	0	178	28	9	23	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429881--2429917	2	18.5	2	94	0	65	2	0	45	51	1.15
2437053--2437107	27	2.0	27	96	0	101	20	18	14	47	1.83
2443987--2444054	28	2.4	29	80	9	86	44	2	1	51	1.25
2444039--2444086	17	3.0	16	85	8	62	45	4	0	50	1.21
2448545--2448583	20	2.0	20	85	10	53	48	0	0	51	1.00
2448545--2448653	25	4.2	26	78	13	109	42	0	0	55	1.12
2448601--2448645	14	3.4	14	70	17	51	40	2	0	57	1.11
2449631--2449656	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2452879--2453027	79	1.9	79	90	0	235	29	18	16	36	1.92
2461863--2462013	29	5.3	27	76	10	133	42	0	1	54	1.16
2461935--2462012	35	2.2	35	81	4	86	42	0	2	55	1.13
2461863--2462038	29	6.0	28	72	17	110	43	1	1	53	1.18
2461983--2462029	25	2.0	23	83	8	58	40	0	0	59	0.97
2462396--2462435	20	2.0	20	85	0	53	62	0	0	37	0.95
2462406--2462471	20	3.5	20	71	23	61	57	0	0	42	0.98
2462424--2462471	21	2.2	22	85	3	62	58	0	0	41	0.98
2470926--2470971	23	2.0	23	100	0	92	52	4	4	39	1.41
2477047--2477083	17	2.2	17	90	0	56	45	0	2	51	1.15
2477090--2477156	24	2.9	22	86	6	89	71	4	0	23	1.04
2477099--2477160	30	2.1	30	88	11	92	72	3	0	24	0.99
2477129--2477232	55	1.9	55	83	15	135	65	3	2	27	1.24
2477913--2477948	18	1.9	19	88	5	56	44	0	2	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477945--2477975	10	3.0	10	95	4	53	32	0	0	67	0.91
2477918--2477981	11	5.1	13	74	24	57	39	0	1	59	1.07
2482587--2482615	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2482860--2482921	19	3.0	21	73	20	60	46	0	0	53	1.00
2482864--2482926	14	4.6	14	70	20	53	44	0	0	55	0.99
2484548--2485594	212	5.0	210	95	2	1805	33	18	17	31	1.94
2492654--2492786	3	44.3	3	92	0	176	0	25	33	40	1.56
2492830--2492896	15	4.7	15	74	10	50	4	17	35	41	1.70
2496001--2496036	18	2.0	18	89	10	56	38	5	5	50	1.49
2496001--2496037	19	2.0	18	89	5	56	40	5	5	48	1.49
2497726--2497797	18	3.9	18	73	21	69	29	0	0	70	0.87
2497724--2497798	38	2.0	37	82	12	91	29	0	0	70	0.87
2498240--2498275	7	5.1	7	90	10	56	0	16	0	83	0.65
2498240--2498275	13	2.6	14	91	8	56	0	16	0	83	0.65
2500613--2500671	22	2.5	22	84	13	66	45	1	3	49	1.28
2501861--2501909	19	2.6	19	80	20	59	34	4	0	61	1.15
2501862--2501911	22	2.3	22	89	6	75	36	4	0	60	1.16
2501828--2501911	39	2.3	35	79	18	91	34	3	1	60	1.21
2503440--2503487	21	2.3	22	82	10	64	56	0	0	43	0.99
2509656--2509703	17	2.8	17	79	17	55	60	0	0	39	0.97
2510620--2510648	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2512837--2512868	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514240--2514278	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2514747--2514781	15	2.2	16	90	5	54	42	0	0	57	0.99
2515204--2515311	32	3.6	30	76	13	98	57	0	1	40	1.09
2515294--2515341	22	2.2	21	85	3	60	62	0	0	37	0.95
2515262--2515332	17	4.0	18	70	21	60	56	0	0	43	0.99
2516801--2516860	22	3.1	19	75	22	61	35	0	1	63	1.05
2516842--2516892	27	1.9	26	88	11	77	47	0	0	52	1.00
2516839--2516920	32	2.4	34	82	11	98	43	0	2	53	1.13
2518998--2519036	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
2523831--2523864	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16