genome.fa.s1092.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1092
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  788722

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6315--6497	31	5.8	31	70	5	123	20	18	26	34	1.96
6326--6475	33	4.7	32	69	12	103	21	16	28	34	1.94
6314--6486	64	2.7	64	81	5	197	21	17	26	34	1.96
6496--6672	35	5.3	33	79	9	182	36	10	30	22	1.88
7668--7697	14	2.2	14	94	5	53	0	16	0	83	0.65
10873--10930	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
10971--10995	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11004--11124	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
16947--17000	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
17050--17076	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
24178--24212	18	1.9	18	94	0	61	25	28	5	40	1.78
25796--25849	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
25877--25932	19	2.8	20	79	12	71	37	17	8	35	1.82
29050--29123	21	3.6	21	87	1	105	33	20	6	39	1.79
35875--35903	15	1.9	15	100	0	58	89	10	0	0	0.48
37031--37107	24	3.4	24	66	20	74	15	20	14	49	1.79
37014--37119	44	2.4	44	96	0	194	19	18	11	50	1.77
38207--38319	48	2.4	48	89	0	172	17	25	15	41	1.88
38471--38690	42	5.2	42	74	9	144	16	25	16	40	1.89
38471--38703	126	1.8	126	81	7	285	16	25	17	40	1.89
38727--39275	43	12.8	42	79	8	428	17	28	16	36	1.92
38727--39275	86	6.4	85	80	5	511	17	28	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39268--39514	42	5.9	42	76	6	185	20	31	15	31	1.94
39269--39743	42	11.2	42	72	4	130	20	30	16	31	1.95
42089--42123	15	2.2	16	90	5	54	85	0	14	0	0.59
42532--42602	36	2.0	36	88	0	106	36	19	25	18	1.94
44442--45132	157	4.4	155	79	6	642	21	17	22	38	1.93
51057--51155	20	4.8	20	68	16	76	36	13	11	39	1.80
51108--51207	52	1.9	52	93	0	173	34	16	12	38	1.85
52524--52875	164	2.2	163	84	5	451	42	12	8	37	1.73
53234--53271	20	1.9	20	100	0	76	39	10	15	34	1.82
56374--56792	164	2.6	158	88	5	604	43	12	9	34	1.74
57558--57625	22	3.1	23	73	14	72	7	20	1	70	1.19
58240--58673	166	2.6	167	83	6	508	52	8	9	29	1.63
59494--59567	20	3.7	20	90	3	96	37	16	12	33	1.85
59616--59642	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
68340--68392	13	4.5	13	71	26	55	35	16	16	30	1.92
68355--68408	20	2.7	20	88	5	74	35	18	16	29	1.93
68437--68491	19	2.8	20	76	15	60	38	18	12	30	1.88
69595--69690	32	3.0	31	80	16	115	31	27	11	30	1.91
69595--69692	36	2.9	35	85	8	125	30	27	11	30	1.91
70138--70163	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
74476--74573	36	2.9	35	76	13	100	28	25	13	32	1.93
75159--75196	13	2.9	13	92	0	58	36	15	13	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76887--77516	167	3.8	165	82	6	709	29	10	8	51	1.67
76890--77516	333	1.9	332	85	6	878	29	10	8	51	1.67
78160--78208	12	4.2	12	75	19	50	79	0	18	2	0.83
85714--86207	246	2.0	246	96	0	916	34	10	16	38	1.83
86931--87064	32	4.2	31	87	2	187	38	11	22	27	1.88
95173--95357	58	3.2	58	76	3	178	30	11	11	45	1.77
96246--96301	19	2.9	19	81	2	67	35	14	17	32	1.90
96286--96312	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
97804--97853	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
97878--97918	21	2.0	21	100	0	82	43	9	19	26	1.82
100280--100402	51	2.4	53	87	5	180	32	26	10	30	1.90
100386--100461	27	2.8	27	86	6	100	23	31	21	23	1.98
100413--100588	79	2.3	76	86	3	235	26	25	15	31	1.96
100568--100689	51	2.4	51	90	0	190	27	27	14	30	1.95
100444--100769	178	1.8	181	87	3	498	27	25	13	32	1.94
100621--100767	79	1.9	79	86	2	215	27	27	13	31	1.94
107023--107071	22	2.3	21	82	10	55	24	10	4	61	1.45
109320--109375	20	2.8	20	83	2	69	37	12	16	33	1.86
114449--114477	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
115186--115468	157	1.8	156	85	4	399	30	14	18	37	1.90
117131--117187	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
117113--117211	32	3.1	32	94	1	171	35	11	17	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117113--117206	19	5.6	18	68	28	73	35	11	17	36	1.86
117333--117409	32	2.4	32	100	0	154	32	20	20	25	1.97
117282--117442	84	1.9	84	96	0	295	34	18	18	27	1.95
128615--128671	22	2.6	22	94	0	96	36	12	24	26	1.91
129430--129525	48	2.0	48	89	4	149	32	6	18	42	1.75
131203--131228	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
133444--133488	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
135293--135328	15	2.4	15	90	0	54	50	16	19	13	1.79
137402--137427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
139191--139312	56	2.2	56	100	0	244	40	3	26	29	1.72
141551--141852	50	6.0	49	78	6	282	39	19	17	23	1.92
141551--141852	100	3.0	100	79	3	329	39	19	17	23	1.92
141555--141850	150	2.0	152	82	4	366	39	19	17	23	1.92
146483--146513	16	1.9	16	93	0	53	35	12	9	41	1.76
146466--146531	19	3.6	17	82	14	71	33	15	13	37	1.86
152633--152687	20	2.8	20	94	0	92	40	10	14	34	1.81
155295--155332	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
155955--155998	22	2.0	23	82	13	56	31	9	20	38	1.84
167824--167866	18	2.4	18	92	0	68	46	4	27	20	1.71
172225--172265	22	1.9	21	90	5	64	48	0	0	51	1.00
175028--175058	16	1.9	16	93	0	53	22	0	6	70	1.09
176681--176714	17	1.9	18	88	5	52	70	0	14	14	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181453--181510	29	2.0	29	100	0	116	27	24	10	37	1.88
183359--183389	5	6.2	5	100	0	62	0	38	22	38	1.54
184364--184451	43	2.1	40	81	14	97	50	0	1	48	1.08
185621--185679	13	4.0	13	73	26	55	32	18	15	33	1.92
185622--185700	33	2.4	32	100	0	140	32	20	15	31	1.93
185635--185699	20	3.6	20	73	26	81	33	21	15	29	1.94
185688--185739	20	2.7	20	81	3	61	32	13	15	38	1.86
185769--185835	20	3.7	19	74	25	74	31	13	19	35	1.90
185785--185814	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
185770--185834	33	2.0	33	93	6	114	32	13	20	33	1.91
194494--194520	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
197545--197599	17	3.1	17	84	5	65	45	0	7	47	1.30
202101--202141	17	2.5	16	88	7	64	85	12	2	0	0.70
203120--204245	176	6.4	172	84	8	1183	25	30	20	23	1.98
203120--204245	292	3.9	292	92	1	1784	25	30	20	23	1.98
204942--205018	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
205129--205154	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
205109--205175	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
207511--207898	52	7.4	51	68	14	175	30	25	12	32	1.92
207622--207693	27	2.6	27	86	2	90	23	34	22	19	1.96
207677--207899	52	4.3	52	81	5	193	29	26	11	32	1.91
207724--207899	52	3.4	52	82	7	230	30	26	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207882--207958	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
207511--208009	264	1.9	264	89	1	768	28	26	13	31	1.94
209460--209537	30	2.7	29	82	7	86	44	10	24	20	1.82
209554--209625	31	2.3	33	79	13	89	50	18	16	15	1.79
209686--209831	31	4.8	31	71	10	113	48	11	14	25	1.77
209743--209831	30	3.0	29	77	11	74	51	13	12	22	1.74
209834--209900	29	2.2	31	86	5	93	41	5	23	28	1.78
210157--210272	60	1.9	60	80	0	133	49	15	16	18	1.80
210645--210698	20	2.6	21	88	2	74	40	11	18	29	1.85
220438--220821	139	2.8	138	80	8	456	44	12	9	33	1.75

Tables:   1   2   3   4   5