genome.fa.s1092.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1092
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  788722

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
550045--550075	16	2.0	16	93	6	55	45	3	6	45	1.45
551296--551378	32	2.6	32	81	7	105	30	15	14	39	1.87
552973--553066	38	2.5	38	100	0	188	35	22	13	28	1.92
557208--557306	52	1.9	52	87	0	144	41	11	17	30	1.84
558491--558763	143	1.9	144	82	8	351	44	15	14	26	1.84
559749--559793	20	2.1	21	84	8	56	57	4	2	35	1.31
559901--559936	14	2.6	14	81	0	54	66	0	13	19	1.24
560925--560951	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
567195--567234	13	3.1	13	96	0	71	35	15	10	40	1.80
569749--569773	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
569762--569813	20	2.7	20	87	3	79	34	11	17	36	1.86
569842--569895	20	2.7	20	88	5	74	33	12	16	37	1.87
571123--571149	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
571135--571190	19	2.8	21	86	8	80	33	14	17	33	1.90
571135--571292	20	7.8	20	74	16	85	34	13	17	34	1.89
571220--571273	20	2.7	20	100	0	108	33	11	20	35	1.88
574090--574114	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
574103--574152	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
574205--574229	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
574238--574366	52	2.5	52	94	0	240	34	17	18	28	1.94
575219--575257	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
581397--581456	18	3.6	17	78	10	63	71	5	1	21	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
595998--597447	42	34.7	42	77	5	1082	14	29	18	37	1.90
595996--597442	376	3.8	378	80	4	1363	14	29	18	38	1.90
603398--603456	3	19.7	3	89	0	64	57	1	38	1	1.19
604640--604685	24	1.9	24	90	0	74	28	17	8	45	1.78
607779--608148	185	2.0	184	97	0	695	25	19	20	35	1.95
613271--613312	20	2.1	20	90	0	66	30	30	4	33	1.78
616737--616779	22	1.9	23	85	4	61	65	4	27	2	1.25
617787--617966	90	2.0	90	98	0	351	25	27	12	34	1.92
620422--620446	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
620426--620468	20	2.2	20	82	0	50	41	2	2	53	1.26
622220--622265	22	2.1	22	88	8	67	52	2	4	41	1.33
626742--626788	6	8.2	6	76	9	53	78	0	17	4	0.90
626742--626777	11	3.2	11	88	4	54	83	0	13	2	0.76
626748--626788	17	2.4	17	91	4	64	78	0	17	4	0.93
628179--628209	11	2.8	11	95	0	53	64	3	6	25	1.33
628428--628544	51	2.3	51	88	4	173	29	13	27	29	1.94
628480--628904	79	5.4	79	93	0	661	34	14	24	27	1.94
628331--628623	130	2.2	132	82	5	371	34	13	25	26	1.93
630294--630562	35	7.7	35	95	1	497	20	31	5	42	1.75
630320--630412	14	5.7	14	67	28	51	20	35	6	37	1.78
630294--630562	69	3.9	70	96	1	497	20	31	5	42	1.75
630294--630562	104	2.6	104	97	1	504	20	31	5	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630572--630606	6	5.7	6	89	3	52	31	0	2	65	1.07
631037--631140	42	2.5	41	80	10	113	44	10	27	17	1.82
631274--631446	61	2.8	59	78	10	170	29	21	23	24	1.99
631396--631641	95	2.6	95	90	3	372	25	19	29	25	1.98
631612--631670	29	2.0	29	96	0	109	25	18	28	27	1.98
631641--632221	55	9.9	55	78	11	597	26	19	27	25	1.99
631890--632193	61	4.9	63	81	8	297	29	19	25	25	1.98
632237--632483	55	4.4	56	86	8	329	23	20	27	28	1.99
632142--632316	95	1.8	95	90	2	280	26	18	29	25	1.98
632082--632371	150	1.9	152	85	7	408	25	19	28	26	1.99
632235--632483	117	2.2	110	83	8	322	23	20	28	28	1.99
632501--632649	61	2.4	61	91	3	228	26	20	28	24	1.99
645928--646144	105	2.1	102	81	4	238	32	14	25	27	1.94
645965--646144	51	3.5	51	78	4	164	32	13	25	28	1.93
646080--646501	79	5.4	79	92	1	659	33	15	24	27	1.95
647664--647973	35	8.9	35	94	0	548	20	31	6	42	1.76
647708--647844	21	7.5	21	63	30	73	19	29	6	43	1.76
647851--647948	21	5.3	21	65	30	80	19	32	6	41	1.76
649139--649180	16	2.6	16	88	7	59	61	9	7	21	1.50
650418--650475	20	2.9	20	94	0	107	39	8	18	32	1.82
652356--652419	19	3.1	21	80	11	78	45	0	20	34	1.51
652361--652419	21	3.0	20	78	16	68	42	0	20	37	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653028--653079	19	2.7	19	93	3	86	25	15	19	40	1.90
653028--653095	20	3.5	20	87	4	93	29	13	19	38	1.89
653046--653095	19	2.6	19	87	3	64	32	12	18	38	1.87
656571--656634	28	2.3	27	79	12	67	50	4	6	39	1.49
670646--670770	52	2.4	52	93	2	207	28	17	17	36	1.93
670646--670790	52	2.8	52	84	6	188	30	17	17	34	1.93
670779--670803	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
670867--670891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
671479--671539	32	1.9	31	86	3	86	27	13	13	45	1.80
671584--671622	20	2.0	20	90	10	62	35	10	20	33	1.86
673538--673612	20	3.8	20	84	10	109	33	16	17	33	1.92
673537--673613	39	2.0	39	94	0	136	33	16	16	32	1.92
673657--673686	13	2.3	13	94	0	51	36	10	13	40	1.78
673642--673706	33	2.0	33	87	6	96	33	9	18	38	1.83
680294--680350	20	2.8	20	81	0	60	36	14	15	33	1.88
680352--680404	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
680456--680481	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
680436--680503	33	2.1	32	88	2	100	35	16	14	33	1.89
686661--686699	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
686831--686871	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
687134--687185	20	2.4	21	84	9	61	19	48	26	5	1.71
689120--689176	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689165--689217	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
690039--690083	22	2.2	20	88	11	65	31	22	0	46	1.52
692370--692421	20	2.6	20	100	0	104	26	15	15	42	1.87
692410--692434	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
692390--692453	33	2.0	32	90	3	101	29	17	15	37	1.91
692423--692475	20	2.7	20	91	8	83	32	15	18	33	1.92
692370--692473	52	2.0	52	83	9	131	29	16	16	37	1.91
692520--692549	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
692505--692569	33	2.0	33	84	6	87	33	15	16	33	1.91
697264--697306	22	2.0	21	81	4	50	11	9	23	55	1.64
702582--703024	147	3.1	146	87	2	637	34	21	18	26	1.96
703300--703588	150	1.9	150	84	8	392	40	13	11	34	1.81
703468--703706	129	1.8	130	87	6	360	41	14	12	31	1.82
704485--704545	28	2.2	28	80	11	72	4	14	1	78	0.99
705109--705864	327	2.3	324	81	7	848	50	9	12	27	1.70
705109--705864	162	4.6	161	82	7	772	50	9	12	27	1.70
706711--706804	44	2.1	44	94	0	161	35	15	23	25	1.95
707111--707295	42	4.4	42	79	6	169	35	16	28	20	1.94
707288--707455	85	2.0	86	80	3	196	29	14	30	25	1.95
707282--707467	43	4.4	41	78	8	153	30	14	29	25	1.95
707318--707496	85	2.1	85	80	6	193	29	13	31	26	1.94
708719--708887	51	3.3	51	83	4	214	19	17	11	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710264--710317	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
710344--710417	20	3.8	20	84	12	91	39	17	13	29	1.88
712624--712704	34	2.4	34	97	0	153	32	13	17	37	1.89
715042--715435	52	7.6	51	70	14	257	29	25	11	32	1.91
715161--715548	107	3.7	106	72	10	326	28	27	13	31	1.94
715056--715544	211	2.3	210	89	2	732	28	26	13	31	1.93
715448--715649	79	2.6	79	84	1	253	25	29	16	29	1.97
721620--721678	19	3.4	19	73	26	76	33	13	18	33	1.90
721635--721692	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
721620--721691	32	2.2	32	97	0	135	33	15	18	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5