genome.fa.s1092.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1092
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  788722

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221738--221790	22	2.5	22	84	3	63	3	20	0	75	0.96
223697--223724	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
227029--227053	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
231942--232144	98	2.1	99	89	0	309	34	11	24	29	1.91
234141--234193	20	2.7	20	93	0	97	41	7	11	39	1.69
234184--234240	20	2.7	22	81	15	75	28	17	14	40	1.88
234206--235777	560	2.7	563	84	6	1989	32	15	16	34	1.91
235802--235860	20	2.8	20	79	5	64	38	13	10	37	1.79
240903--240958	21	2.7	19	82	17	67	39	7	23	30	1.81
242979--243035	27	2.1	27	96	0	105	15	22	40	21	1.91
244321--244364	20	2.3	19	80	4	52	54	2	0	43	1.12
247108--247240	56	2.4	56	87	0	176	39	12	18	30	1.87
247206--247270	28	2.3	28	84	5	78	46	10	16	26	1.80
247149--247320	84	2.0	84	84	0	218	42	11	16	29	1.83
248286--248628	156	2.2	156	81	7	378	40	20	14	23	1.90
248832--248877	19	2.4	19	96	0	83	36	23	19	19	1.95
249407--249460	20	2.7	20	88	2	72	40	12	14	31	1.84
251344--251381	13	3.0	13	88	3	60	31	18	13	36	1.89
253816--253934	50	2.4	51	91	1	186	31	25	13	30	1.94
253918--253989	28	2.6	28	97	0	135	23	31	19	25	1.98
253993--254089	51	1.9	51	83	8	126	27	24	13	34	1.93
253788--254118	158	2.1	157	84	3	416	28	25	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260112--260136	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
260883--260959	35	2.1	38	83	11	99	33	24	0	41	1.55
261118--261153	16	2.2	16	90	0	54	52	11	19	16	1.73
262237--262262	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263682--263758	32	2.4	29	82	18	84	50	1	19	28	1.55
267776--267837	21	3.0	21	85	4	72	19	16	0	64	1.29
271398--271447	19	2.6	19	96	0	91	36	18	12	34	1.87
274507--274625	52	2.3	51	94	1	202	30	17	17	34	1.93
274634--274658	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
274699--274765	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
274721--274745	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
275562--275755	52	3.7	52	82	6	216	34	16	24	24	1.95
275562--275766	49	3.9	51	82	6	209	34	16	25	24	1.95
275782--276234	30	15.5	30	78	10	384	24	16	29	29	1.97
275766--276234	58	8.0	59	76	10	338	23	17	29	29	1.97
275766--276234	88	5.3	87	79	9	387	23	17	29	29	1.97
276059--276230	29	5.9	29	82	4	177	25	18	29	27	1.98
276066--276236	86	2.0	86	84	2	227	23	18	30	28	1.97
277673--277779	1	107.0	1	75	0	70	1	4	8	85	0.81
277673--277779	10	10.5	10	72	17	78	1	4	8	85	0.81
277673--277778	27	3.9	26	75	18	99	1	4	8	84	0.82
287467--287493	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291625--291743	52	2.3	51	92	1	193	30	16	17	35	1.93
291752--291776	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
291838--291894	13	3.9	13	76	24	60	33	15	14	36	1.88
291817--291913	32	3.0	32	90	0	149	37	14	12	36	1.84
291851--291913	19	3.7	18	76	24	73	33	15	12	38	1.86
294411--294452	20	2.0	22	86	9	61	16	11	23	47	1.80
295985--296132	46	3.2	46	96	0	269	17	22	18	41	1.90
297953--297979	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
297928--297996	33	2.1	32	84	10	86	37	20	13	28	1.90
298025--298097	20	3.7	19	85	7	76	36	17	16	28	1.92
300481--300510	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
300459--300527	33	2.1	32	84	10	86	37	17	13	31	1.88
303975--304001	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
303956--304020	33	2.0	32	88	8	96	27	16	15	40	1.89
303982--304041	20	3.0	20	85	4	86	31	13	18	36	1.89
312145--312194	19	2.4	22	87	9	70	30	2	38	30	1.69
312721--312792	20	3.7	19	88	3	90	29	18	16	36	1.93
312823--312920	20	5.6	20	64	30	71	38	9	18	33	1.82
312841--312933	13	8.1	13	66	26	57	39	9	17	33	1.82
312823--312934	33	3.4	33	100	0	224	38	9	17	33	1.83
317638--317671	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
319329--319355	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320090--320149	21	2.9	21	82	12	88	30	16	16	36	1.91
320214--320280	33	2.0	33	85	5	91	34	16	14	34	1.90
320236--320260	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
320249--320300	20	2.6	20	87	6	79	28	17	17	36	1.92
320387--320445	22	2.8	21	84	2	64	30	15	6	47	1.71
328738--328811	20	3.6	20	81	9	87	35	14	12	37	1.84
329395--329547	79	1.9	79	82	5	193	26	26	10	37	1.88
329435--329674	131	1.8	132	81	6	299	28	25	8	37	1.85
332382--332436	23	2.4	23	87	3	76	56	20	18	5	1.61
332826--332875	22	2.2	24	89	7	77	66	12	22	0	1.24
334200--335034	156	5.3	156	81	3	856	23	17	20	38	1.93
334218--334991	314	2.5	311	83	2	955	24	17	20	38	1.93
337241--337280	20	2.0	20	85	9	55	27	2	2	67	1.16
338302--338341	18	2.2	18	86	8	55	17	5	0	77	0.94
340917--340962	22	2.1	22	100	0	92	26	4	0	69	1.07
341177--341262	45	1.9	45	90	0	136	47	5	5	40	1.51
341370--341415	22	2.1	22	91	0	74	39	4	17	39	1.69
341699--341757	2	27.5	2	77	13	55	44	0	11	44	1.41
344466--344540	2	35.5	2	81	10	87	45	9	0	45	1.35
344747--344806	26	2.3	25	83	11	68	40	1	1	56	1.19
344825--344870	22	2.1	22	95	0	83	39	15	4	41	1.67
344973--345062	45	2.0	45	91	0	144	40	6	4	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345277--345322	22	2.1	22	100	0	92	69	0	4	26	1.07
348181--348206	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
348159--348226	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
356799--356866	33	2.1	32	86	2	91	32	10	19	38	1.85
359178--359245	26	3.0	22	75	16	66	73	1	23	1	1.00
359209--359254	17	2.8	16	76	23	51	76	0	23	0	0.79
360138--360171	16	2.1	16	88	0	50	82	2	14	0	0.79
360244--360298	10	6.0	9	78	18	51	43	1	1	52	1.22
360313--360357	21	2.1	21	95	0	81	24	0	0	75	0.80
361256--361298	15	2.6	17	85	10	63	44	0	0	55	0.99
361932--362025	22	4.4	22	74	6	70	53	5	7	34	1.52
361967--362034	21	3.2	22	83	10	79	55	2	8	32	1.45
362171--362228	30	2.0	30	83	10	75	44	3	1	50	1.29
362436--362484	19	2.6	19	87	6	64	24	4	0	71	1.03
363465--363525	22	2.8	22	77	2	70	49	0	14	36	1.44
371617--371681	16	4.1	15	71	25	53	55	0	0	44	0.99
373549--373575	11	2.5	11	100	0	54	66	0	14	18	1.25
375046--375278	35	6.4	34	72	15	148	55	0	1	42	1.14
375075--375249	35	4.9	34	77	12	165	55	1	1	41	1.17
375037--375246	35	5.9	35	75	14	164	56	0	1	40	1.17
375048--375246	73	2.7	73	89	3	287	55	1	1	41	1.15
375228--375279	19	2.7	19	88	8	79	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
375232--375293	19	3.2	19	80	17	65	56	1	1	40	1.19
375232--375315	38	2.3	37	81	8	91	55	1	1	41	1.15
387222--387250	13	2.3	13	94	5	51	62	0	10	27	1.28
391314--391361	21	2.4	21	80	10	57	60	6	27	6	1.45
398182--398258	20	3.8	20	74	3	64	38	7	12	40	1.73
398911--399152	107	2.2	108	81	5	274	37	16	23	23	1.94
399232--399658	33	13.3	32	74	7	267	20	16	32	30	1.94
399209--399668	65	7.2	64	79	4	414	21	15	32	30	1.95
399673--399978	32	9.8	31	73	11	178	37	12	27	22	1.90
399749--399852	33	3.6	27	78	15	82	38	12	25	24	1.90

Tables:   1   2   3   4   5