genome.fa.s110.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold110
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1159294

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 712 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9531--9717	97	1.9	97	93	0	320	30	12	27	29	1.93
9768--9922	70	2.2	70	90	0	247	33	12	23	30	1.92
11691--11778	11	7.7	11	79	5	95	3	18	1	77	0.97
19988--20109	32	3.9	32	79	2	113	37	3	5	53	1.41
19988--20131	64	2.3	63	81	4	155	38	2	4	53	1.37
20575--20641	19	3.3	19	67	28	57	49	29	0	20	1.50
22019--22636	306	2.0	307	98	0	1204	33	3	9	52	1.51
22573--22615	21	2.0	21	86	0	59	37	2	4	55	1.33
23734--23800	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
24263--24318	21	2.6	22	91	5	96	39	10	25	25	1.87
24306--24336	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
24360--24396	19	2.0	19	89	5	58	29	10	13	45	1.77
24360--24496	53	2.6	53	92	1	229	27	17	17	37	1.92
24577--24617	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
26507--26553	21	2.4	19	80	16	60	48	10	19	21	1.78
27583--27630	20	2.4	20	89	0	69	31	14	12	41	1.83
28212--28395	52	3.2	62	74	17	205	36	14	26	23	1.93
28302--28414	60	1.9	60	84	0	154	38	9	26	25	1.87
28381--28570	52	3.7	51	81	4	193	36	13	23	25	1.92
28377--28569	104	1.9	104	86	2	280	36	13	23	25	1.92
28663--28724	31	2.0	31	87	3	88	29	16	24	30	1.96
28679--29167	28	16.8	30	77	12	371	28	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28838--28953	60	1.9	60	85	5	162	31	17	25	25	1.97
28734--29130	88	4.6	86	76	10	303	28	16	27	27	1.97
28734--29167	115	3.8	115	79	8	454	28	16	27	27	1.97
29093--29739	57	11.0	57	73	10	385	31	12	30	25	1.92
29126--29739	89	6.9	86	78	8	486	32	11	30	24	1.91
29093--29739	28	22.0	28	76	11	427	31	12	30	25	1.92
32018--32132	51	2.3	50	81	6	124	33	13	25	26	1.94
32066--32289	78	2.9	77	80	5	252	32	14	26	26	1.94
32231--32354	50	2.5	50	83	1	149	36	12	22	28	1.91
34560--34612	20	2.7	20	90	0	79	47	13	11	28	1.77
41606--41721	30	3.8	30	84	4	117	25	28	15	31	1.96
41607--41706	30	3.3	30	90	1	137	25	27	17	31	1.97
41707--41951	32	8.2	28	70	16	82	24	26	12	36	1.91
41739--41824	29	2.8	32	75	13	99	25	25	12	36	1.92
41830--41883	27	2.0	28	82	10	67	27	24	11	37	1.89
41858--41959	31	3.3	31	82	8	102	25	22	11	40	1.88
41710--41989	30	9.3	31	73	11	154	25	25	12	36	1.91
41985--42457	31	14.8	31	77	7	390	31	30	16	21	1.95
41985--42457	64	7.4	62	78	6	365	31	30	16	21	1.95
41985--42457	95	4.9	93	78	7	403	31	30	16	21	1.95
42518--42677	52	3.1	52	77	1	169	28	24	12	35	1.92
48360--48385	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48424--48499	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
48445--48517	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
48424--48517	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
49107--49175	36	1.9	36	100	0	138	15	33	5	44	1.71
49173--49242	34	2.1	34	100	0	140	40	25	2	31	1.70
51031--51069	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
53148--53178	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
57240--57265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
57304--57379	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
57325--57397	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
57304--57397	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
57815--57848	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
58174--58371	81	2.4	82	77	3	220	39	15	27	17	1.89
59575--59629	20	2.7	21	91	2	85	40	14	16	29	1.88
63260--63318	13	5.0	13	69	23	58	30	16	16	35	1.92
63241--63317	33	2.3	33	84	4	93	32	18	16	32	1.93
67154--67178	11	2.3	11	100	0	50	52	8	8	32	1.60
67732--67859	64	2.0	64	96	0	238	46	9	21	21	1.79
73099--73243	72	2.0	72	91	2	238	36	21	17	24	1.94
73404--73441	20	2.0	20	90	10	62	84	0	0	15	0.63
75273--75297	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75253--75318	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82583--82645	13	4.8	13	78	5	56	80	9	9	0	0.89
82607--82644	17	2.3	17	86	4	60	84	10	5	0	0.77
82582--82643	27	2.2	28	86	11	92	80	11	8	0	0.90
83590--83773	30	5.8	33	71	9	161	23	28	15	33	1.95
83566--83836	63	4.3	63	90	1	393	22	30	14	32	1.94
83727--83923	97	2.1	94	81	8	220	21	30	11	35	1.90
83566--83872	126	2.4	126	85	3	395	23	30	13	32	1.93
83792--83890	29	3.2	29	78	13	117	22	31	11	35	1.89
83725--84090	63	5.6	63	72	15	233	20	31	12	34	1.90
83765--84090	34	9.8	33	78	12	285	20	32	12	33	1.91
83833--84056	69	3.3	72	78	10	170	20	33	12	33	1.89
83766--84085	100	3.2	100	80	7	357	20	32	13	33	1.91
84092--84261	32	5.2	33	93	3	276	27	34	17	20	1.95
84094--84261	65	2.6	65	91	6	279	27	34	17	20	1.95
84262--84561	43	6.7	43	86	6	357	25	26	19	29	1.98
84371--84438	21	3.2	21	62	25	52	25	29	17	27	1.97
84387--84457	24	3.2	24	61	19	62	23	28	19	28	1.99
84392--84460	22	3.2	22	62	25	56	23	28	17	30	1.97
84256--84627	92	4.1	88	85	7	433	25	26	17	31	1.97
84529--84649	52	2.3	55	82	4	158	26	23	13	36	1.92
84698--84818	49	2.5	49	91	0	197	23	26	17	33	1.96
84577--84800	116	1.9	118	84	5	299	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84479--84963	218	2.2	217	82	6	563	23	25	15	36	1.94
85579--85635	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
85559--85636	32	2.4	33	97	2	149	34	12	17	34	1.88
94738--94815	28	2.8	28	100	0	156	25	34	15	24	1.95
95213--95237	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
95195--95257	31	2.0	31	87	6	92	38	17	14	30	1.89
99779--99816	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
101634--101686	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
103118--103174	19	2.9	20	78	5	71	33	15	12	38	1.85
103161--103185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103290--103343	21	2.5	21	74	11	56	46	11	7	35	1.67
104092--104158	33	2.0	33	88	0	98	29	14	28	26	1.96
112867--112932	32	2.1	32	91	5	107	15	25	39	19	1.91
115977--116033	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
115990--116050	19	3.6	18	75	25	69	32	11	18	37	1.86
115976--116057	32	2.6	32	96	0	146	34	10	17	37	1.85
122747--123176	33	13.4	33	71	14	231	22	24	11	41	1.86
122812--122982	60	2.8	60	79	7	182	21	25	11	40	1.87
122780--122954	93	1.9	92	80	5	201	22	26	12	38	1.90
122847--122905	27	2.2	27	78	0	64	23	25	11	38	1.89
123365--123481	29	4.1	28	76	5	99	23	29	12	34	1.92
123490--123621	31	4.2	31	75	5	122	28	32	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123730--123867	52	2.6	55	83	8	155	22	25	16	35	1.95
124038--124142	51	2.0	52	85	5	142	26	23	10	39	1.87
124862--124933	21	3.5	21	79	7	67	40	11	18	30	1.85
124982--125036	20	2.7	21	86	8	78	23	14	10	50	1.74
128881--128914	14	2.4	14	90	9	52	41	20	5	32	1.76
133202--133256	27	2.0	27	89	0	83	21	30	14	32	1.93
133224--133410	33	6.0	33	71	12	135	21	29	11	37	1.88
133193--133349	61	2.6	59	79	7	165	21	28	11	38	1.88
133257--133555	28	10.2	28	71	8	157	23	28	11	36	1.90
133226--133395	93	1.8	93	89	0	268	22	28	11	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6