genome.fa.s110.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold110
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1159294

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 712 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656140--657266	157	7.2	155	73	10	672	37	13	16	31	1.88
656415--657144	316	2.3	315	79	5	789	37	13	17	30	1.89
656198--657219	473	2.2	469	78	9	1066	37	13	16	31	1.88
659522--659682	83	1.9	83	87	1	232	50	6	21	21	1.70
668371--669849	159	9.4	158	71	10	574	37	12	18	31	1.89
672725--672749	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
686757--686800	22	2.0	22	100	0	88	27	4	22	45	1.72
688561--688633	12	6.6	11	73	21	55	38	0	46	15	1.46
688560--688669	42	2.6	42	89	0	166	40	0	45	13	1.44
693529--693684	64	2.4	64	100	0	312	30	21	20	27	1.98
700335--700415	32	2.5	32	95	0	144	44	0	45	9	1.37
700687--700711	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
705063--705152	39	2.2	39	82	5	99	35	28	2	33	1.70
707667--707985	170	1.9	169	81	0	386	27	27	15	28	1.97
711306--711340	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
711297--711383	42	2.1	42	88	0	129	47	0	41	11	1.40
711552--712088	160	3.4	158	79	8	422	32	17	12	37	1.87
711704--712088	159	2.5	156	81	5	431	32	18	12	36	1.89
711871--712488	277	2.2	277	97	1	1150	29	18	12	39	1.87
711871--712645	277	2.8	277	90	3	1024	30	18	12	38	1.88
712387--712762	157	2.4	155	78	10	372	30	18	13	37	1.89
714544--714682	42	3.3	42	75	11	124	47	0	40	11	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726309--726378	29	2.5	28	83	4	95	64	8	14	12	1.50
737541--737569	4	7.5	4	92	7	51	75	0	0	24	0.80
741770--741816	8	5.8	8	83	11	60	2	12	0	85	0.70
741769--741812	17	2.4	19	85	11	65	2	13	0	84	0.73
741780--741811	9	3.4	10	87	12	50	0	15	0	84	0.63
741769--741816	18	2.7	18	86	0	69	2	12	0	85	0.69
742374--742653	156	1.8	155	81	3	357	48	9	12	30	1.72
754966--755041	12	6.9	11	78	15	70	39	0	46	14	1.45
754965--755051	24	3.9	23	75	18	94	42	0	42	14	1.46
754986--755046	9	7.1	9	78	10	74	42	0	42	14	1.46
754957--755074	42	2.8	42	89	1	175	43	0	44	11	1.47
763063--763184	31	3.8	30	75	13	84	27	28	21	22	1.99
763052--763183	67	2.0	66	86	4	185	28	29	19	22	1.98
763122--763195	31	2.4	31	79	0	94	28	31	16	24	1.96
763352--763420	29	2.4	29	82	0	93	24	31	17	26	1.97
763546--763624	37	2.1	37	86	4	106	34	25	21	18	1.96
774244--774501	32	8.2	31	73	15	174	29	19	27	24	1.99
774244--774500	63	4.1	64	76	12	215	29	19	26	24	1.99
775391--775755	165	2.2	165	82	4	416	28	11	7	52	1.64
775488--775800	165	1.9	165	82	2	396	27	8	9	54	1.62
776429--776467	10	3.9	10	93	6	62	82	0	15	2	0.79
776435--776470	16	2.2	16	90	9	56	80	0	16	2	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782140--782164	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
782116--782184	33	2.1	33	89	2	104	33	14	17	34	1.90
784193--784237	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
784678--784768	13	7.0	13	93	0	155	35	15	18	30	1.92
784678--784767	26	3.5	26	100	0	180	34	15	18	31	1.93
789316--789346	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
790953--790977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
790930--790997	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
792029--792070	16	2.6	16	88	0	57	80	0	14	4	0.86
793088--793250	88	1.8	86	80	7	193	22	17	17	42	1.88
794371--794739	42	8.8	42	79	5	304	14	32	17	34	1.90
794351--794737	126	3.1	125	79	4	413	14	32	17	35	1.90
794337--794769	84	5.2	84	76	4	327	15	31	17	35	1.91
794733--794863	43	3.0	43	76	2	111	17	25	16	39	1.91
794737--795010	86	3.2	86	79	3	228	18	27	15	38	1.91
794747--795012	43	6.2	43	71	9	168	19	27	15	37	1.92
794793--795012	86	2.6	86	80	4	239	19	28	15	37	1.92
794737--795012	129	2.1	129	76	1	284	18	27	15	38	1.92
795016--795131	32	3.7	32	83	1	153	25	21	29	24	1.99
796039--796614	164	3.5	165	88	4	742	30	7	6	54	1.56
797226--797259	12	3.0	12	91	8	54	79	0	20	0	0.73
797226--797286	10	6.0	10	87	11	70	81	0	14	3	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797229--797295	11	6.4	11	89	6	95	83	0	11	4	0.78
797227--797295	20	3.3	20	90	8	95	82	0	13	4	0.81
806530--806693	76	2.2	76	92	0	265	38	10	23	27	1.87
807057--807103	23	2.0	23	91	0	76	23	19	19	38	1.93
817270--817372	45	2.3	45	94	1	181	19	15	20	44	1.86
817901--818017	33	3.2	36	75	13	96	11	40	0	47	1.45
817906--817975	33	2.1	33	89	0	104	11	42	1	44	1.49
817907--817959	15	3.3	15	73	14	52	9	47	1	41	1.47
817925--818016	42	2.2	42	84	7	125	13	38	0	48	1.42
821182--821257	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
821181--821266	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
821172--821290	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
830618--830644	12	2.2	12	100	0	54	37	11	25	25	1.89
833624--833741	42	2.8	41	79	3	137	43	1	44	11	1.49
845719--845863	9	16.1	9	71	14	95	14	42	0	42	1.50
845691--845893	42	4.8	42	90	1	300	13	42	0	42	1.50
845720--845893	33	5.5	30	74	13	84	13	41	0	43	1.48
849232--849307	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
849231--849316	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
849222--849340	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
860373--860433	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
860345--860454	42	2.6	42	97	0	202	12	46	0	40	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860378--860454	12	6.9	12	77	19	71	12	46	0	40	1.42
868445--869188	158	4.7	157	77	7	665	33	18	12	35	1.88
868453--869174	316	2.3	316	80	6	763	33	18	12	36	1.88
870063--870094	16	2.1	16	88	11	50	6	18	0	75	1.01
871701--872074	157	2.4	158	78	3	358	32	19	13	35	1.90
872026--872639	159	3.9	153	77	5	464	32	17	11	38	1.86
873892--873958	27	2.4	28	87	5	100	10	14	13	61	1.57
875308--875681	148	2.5	155	78	9	403	34	5	7	52	1.54
876949--878365	353	4.0	353	91	2	2207	33	11	12	42	1.78
876954--878365	708	2.0	707	91	2	2275	33	11	12	42	1.79
878071--878446	168	2.3	167	82	8	462	33	11	12	42	1.79
878506--878844	155	2.2	153	80	6	407	25	15	18	40	1.90
878595--878886	155	1.9	155	80	1	343	24	16	20	38	1.93
882308--882895	166	3.5	165	80	6	580	30	11	9	47	1.73
883221--883268	21	2.3	21	96	0	87	77	0	22	0	0.78
883219--883269	23	2.3	23	86	6	79	78	0	21	0	0.75
883220--883277	23	2.7	20	75	17	62	74	0	24	1	0.92
884458--884488	11	2.8	11	95	0	53	67	0	3	29	1.06
885659--885686	13	2.2	13	100	0	56	25	7	28	39	1.82
887400--887435	13	2.8	13	95	0	63	33	13	13	38	1.85
887447--887486	20	2.0	21	95	5	73	37	17	5	40	1.72
891969--892003	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893601--893648	21	2.3	21	89	3	71	37	18	8	35	1.81
894053--894094	22	1.9	22	100	0	84	19	14	4	61	1.49
894361--894645	155	1.9	151	84	6	371	31	8	7	52	1.60
894479--894853	126	3.0	125	85	4	486	31	9	7	52	1.61
903697--903748	19	2.7	19	84	3	59	32	19	11	36	1.87
905771--906259	158	3.2	156	77	9	450	26	15	19	38	1.91
909448--909505	19	3.0	20	80	7	75	34	15	15	34	1.89
909489--909513	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
913416--913497	9	8.8	9	70	21	62	43	0	42	13	1.43
913440--913510	18	3.6	18	72	20	61	45	0	42	12	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6